added 3D

docs/make.jl

@@ -15,6 +15,7 @@ makedocs(
         "Termostato de Langevin" => "langevin.md",
         "Monte-Carlo" => "montecarlo.md",
         "Comparando MD y MC" => "md_vs_mc.md",
+        "Ejecución en 3D" => "running3D.md",
         "Help entries" => "help.md",
     ]
 )

docs/src/running3D.md

@@ -0,0 +1,77 @@
+# Ejecución en 3D
+
+Todos los códigos aqui pueden generar simulaciones tri-dimensionales. En realidad los únicos códigos que tienen alguna 
+dimensionalidad definida son los que escriben el archivo de salida (`printxyz`) y el que calcula la función de distribución
+radial (`radial_distribution`). Todos los otros códigos son genéricos, y lo que hace depende apenas del tipo de variable de entrada, o sea, de la dimensión de la caja y de lo puntos. A lo largo de los códigos.  
+
+## 9.1. Inicializando el sistema con 3 dimensiones:
+
+Basta crear el sistema en un caja tri-dimensional:
+
+```julia-repl
+julia> sys = System(n=100,sides=[50,50,50])
+System{Point3D}:
+ Number of particles = 100
+ Box sides = [50.0, 50.0, 50.0]
+```
+Note que ahora los puntos son del tipo `Point3D`. Efectivamente, las coordenadas, `sys.x0` son tri-dimensionales:
+
+```julia-repl
+julia> sys.x0
+100-element Vector{Point3D}:
+ [1.7209592667160578, 2.6345231665739135, 1.9123751433362468]
+ [0.8615941909462954, -5.3152138387533565, -1.6775684653805492]
+ [5.492878544337906, -7.041239125665051, -4.395671467880198]
+⋮
+ [-2.229487380572972, -2.4612177799986634, 8.742176399685668]
+ [3.9099597073208123, 7.797739759305074, 4.3056981321251655]
+```
+
+La energia puede entonces ser mininimizada como antes:
+```julia-repl
+julia> minimize!(sys)
+Energy before minimization: 1.8502746330219281e6
+Energy after minimization: -451.7109718153855
+```
+
+## 9.2. Ejecutando y visualizando la simulación
+
+La simulación, cualquiera que sea, puede ser ejecutada normalmente. Los códigos ejecutados son exactamente los mismos. Por ejemplo, una simulación con dinámica de Langevin puede ser ejecutada con:
+
+```julia-repl
+julia> md_out = md_langevin(
+         sys,
+         Options(lambda=0.01,nsteps=20_000,trajectory_file="md.xyz")
+       )
+```
+
+La simulación pude ser visualizada en `VMD`, con:
+```
+shell> vmd md.xyz
+```
+
+Y podemos visualizar la función de distribucion radial, con
+
+```julia-repl    
+julia> rmd, gmd = radial_distribution(sys,"md.xyz")
+
+julia> plot(rmd,gmd,xlabel="r",ylabel="g(r)",label="MD")
+
+```
+
+## 9.3. Código completo resumido
+
+```julia
+using FundamentosDMC, Plots
+
+sys = System(n=100,sides=[50,50,50])
+minimize!(sys)
+
+md_out = md_langevin(
+  sys,
+  Options(lambda=0.01,nsteps=100_000,trajectory_file="md.xyz")
+)
+rmd, gmd = radial_distribution(sys,"md.xyz")
+plot(rmd,gmd,xlabel="r",ylabel="g(r)",label="MD")
+```
+