blender_chemicals

edit version: https://e.coding.net/nino/blender_chemicals.git

blender_chemicals 是一个基于blender-chemicals¹的插件，可以用来将SMILE格式的分子转换成3D的结构。但是由于Blender最新版的python api和以往相差较多，因此blender-chemicals已经无法使用，会产生很多的错误。因此，我将blender-chemicals进行修改，并转换成适应最新Blender的一个插件，其界面如下图所示。

安装支持软件

这个Blender插件对于smile格式的转换是基于Openbabel的，因此需要安装openbabel，但是这个软件的安装，非常容易出错，因此，推荐严格按照如下的方法进行安装。

• 安装Anaconda²
• 使用conda命令安装openbabel

conda install -c openbabel openbabel

安装完成之后，在python环境中执行如下的命令，看看是否出错，出错代表没有安装成功

import pybel
import openbabel

安装blender_chemicals

• 下载blender_chemicals，并压缩成一个zip文件。
• 在Blender中将这个zip文件安装一个插件的方式进行安装[Edit]-[Preferences]-[Addon] as below.

• 按 N 键展示插件的设置和输入面板。

支持

可以使用 https://cactus.nci.nih.gov/cgi-bin/osra/index.cgi 来创建或者转换SMILE格式

Footnotes

1. https://github.com/patrickfuller/blender-chemicals ↩

2. https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/install/windows.html ↩