É muito fácil usar o Php Obfuscator.
Para ofuscar um único arquivo PHP, usa-se a classe Obfuscate, fornecendo o caminho completo até o arquivo PHP a ser processado e também a localização do resultado ofuscado.
- O método from() marca o arquivo para ofuscação;
- O método generate() ofusca efetivamente, salvando na localização especificada.
$ob = new PhpObfuscator\Obfuscate();
$ob->from('/var/www/app/projeto/arquivo.php')
->generate('/var/www/app/projeto/ofuscado.php');/*
* Arquivo /var/www/app/index.php
*/
include 'projeto/ofuscado.php';