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@jinseob2kim
jinseob2kim committed Dec 4, 2024
1 parent 4733558 commit b159e30
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83 changes: 9 additions & 74 deletions docs/japanR2024/index.html
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Expand Up @@ -409,6 +409,8 @@ <h1 class="title">医学研究のためのオープンソースR統計パッケ
</section>
<section id="自己紹介" class="slide level2">
<h2>自己紹介</h2>
<div class="columns">
<div class="column" style="width:70%;">
<p>会社: ツァラトゥ株式会社(Zarathu Co.,Ltd)</p>
<ul>
<li>R活用した医学研究支援</li>
Expand All @@ -422,22 +424,9 @@ <h2>自己紹介</h2>
<li>創業, Zarathu Co.,Ltd (2018~)</li>
</ul>
<p><strong>[email protected], github.com/jinseob2kim</strong></p>
<aside class="notes">
<p>こんにちは。私（わたくし）はキム・ジンソプと申（もう）します。本日（ほんじつ）は韓国（かんこく）の医学研究（いがくけんきゅうのためのオープンソースR統計(とうけい)パッケージ。</p>
<p>本発表では私が開発した医学研究用Rパッケージを紹介し、創業した会社でこれをどのように利用するのか、オープンソースパッケージの管理はどのようにするのか簡単に紹介します。 今後、日本のRユーザーの方々、医学研究者の方々と交流したいです。</p>
<p>私（わたくし）は韓国（かんこく）で「ツァラトゥ」という医学研究（いがくけんきゅう）支援（しえん）会社（かいしゃ）を創業（そうぎょう）し、6年間（ろくねんかん）運営（うんえい）しております。この会社（かいしゃ）は、研究者（けんきゅうしゃ）と製薬（せいやく）会社（かいしゃ）に分析（ぶんせき）サービスを提供（ていきょう）しています。私たちの分析（ぶんせき）機能（きのう）はRパッケージとしてCRANに公開（こうかい）されており、継続的（けいぞくてき）に更新（こうしん）しています。日本（にほん）のユーザーのブログでも度々（たびたび）紹介（しょうかい）されています。</p>
<p>私（わたくし）は韓国（かんこく）の医科大学（いかだいがく）を卒業（そつぎょう）後（ご）、保健（ほけん）大学院（だいがくいん）で予防医学（よぼういがく）を専攻（せんこう）し、その後（そのご）サムスン電子（でんし）の無線（むせん）事業部（じぎょうぶ）ヘルスサービスグループで勤務（きんむ）しました。</p>
<style type="text/css">
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}</style></aside>
</div><div class="column" style="width:30%;">
<p><img data-src="깃허브.png"></p>
</div></div>
</section>
<section id="医学研究のためのスr統計パッケージ" class="slide level2">
<h2>医学研究のためのスR統計パッケージ</h2>
Expand All @@ -450,21 +439,6 @@ <h2>医学研究のためのスR統計パッケージ</h2>
<center>
<a href="https://github.com/jinseob2kim/"><img src="Unknown-2.png" width="50%"></a>
</center>
<aside class="notes">
<p>今回ご紹介するRパッケージは3つで、CRANから合計17万回ダウンロードされました。 콘카이 고쇼오카이스루 아아루팟케에지와 밋츠데, 크란 카라 고오케에 주우나나만카이 다운로오도사레마시타</p>
<p>第一に、生存分析のKaplan-meier絵を描くjskm、第二に、多様な回帰分析結果を論文用テーブルに作るjstable、最後に各分析機能をShiny moduleにして、これを集めてローカルで実行可能な分析ウェブを提供するjsmoduleです。 다이이치니, 세에존분세키노 카푸란마이아아에오 에가쿠 jskm, 다이 니니 타요오나 카이키분세키켓카오 론분요오테에부루니 츠쿠루 jstable, 사이고니 카쿠분세키키노오오 샤이니이 모주우루니 시테 코레오 아츠메테 로오카루데 짓코오 카노오나 분세키웨부오 테에쿄오스루 jsmodule 데스</p>
<p>以下のスクリーンショットは、3 パッケージのクランの累積ダウンロード数です。 이카노 스쿠리이쇼쯔토와 산 팟케에지노 쿠란노 루이세키다운로오도스우데스</p>
<style type="text/css">
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}</style></aside>
</section>
<section id="section" class="slide level2">
<h2></h2>
Expand Down Expand Up @@ -549,19 +523,6 @@ <h2></h2>
<span id="cb4-9"><a href=""></a><span class="sc">$</span>last.lines</span>
<span id="cb4-10"><a href=""></a>[<span class="dv">1</span>] <span class="st">"No. of observations = 32</span><span class="sc">\n</span><span class="st">AIC value = 23.8304</span><span class="sc">\n\n</span><span class="st">"</span></span></code><button title="Copy to Clipboard" class="code-copy-button"><i class="bi"></i></button></pre></div>
</div></div>
<aside class="notes">
<p>次はjstableです。 このパッケージは回帰分析結果を論文用テーブルにしてくれるパッケージで、単変量分析、univariate analysis結果を一緒に見せてくれるのが特徴です。 回帰分析、GLM、Cox、Linearmixed model、GEE、Survey glm、survey coxなど様々な回帰モデルをサポートします。 下のコードにあるように、glmshow.displayはGLM結果を示す関数です。 츠기와 제에에스티이에에비이에루이이데스 코노 팟케에지와 카이키분세키켓카오 론분요오테에부루니 시테쿠레루 팟케에지데 탄헨료오분세키 유우니붸리이아토 아나리시스켓카오 잇쇼니 미세테쿠레루노가 토쿠초오데스 카이키분세키 지이에루에무 시이옷쿠스 리니이아아밋쿠스토 모데루 지이 사아베이 지이에루에무 사아베이 콧쿠스나도 사마자마나 카이키모데루오 사포오토시마스 시타노 코오도니 아루요오니 지이에루에무에스에에치오오다부류우 디스푸레에와 지이에루에무켓카오 시메스 칸스우데스</p>
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</section>
<section id="subgroup-analysis" class="slide level2">
<h2>Subgroup analysis</h2>
Expand All @@ -585,19 +546,6 @@ <h2>Subgroup analysis</h2>
<span id="cb8-8"><a href=""></a><span class="dv">6</span> kk1 <span class="sc">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="fl">0.997</span></span>
<span id="cb8-9"><a href=""></a><span class="dv">7</span> <span class="dv">0</span> <span class="dv">8</span> <span class="fl">3.6</span> <span class="sc">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="dv">0</span> <span class="dv">100</span> <span class="sc">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span> <span class="er">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span></span>
<span id="cb8-10"><a href=""></a><span class="dv">8</span> <span class="dv">1</span> <span class="dv">217</span> <span class="fl">96.4</span> <span class="fl">1.88</span> <span class="fl">1.12</span> <span class="fl">3.17</span> <span class="dv">100</span> <span class="dv">100</span> <span class="fl">0.018</span> <span class="sc">&lt;</span><span class="cn">NA</span><span class="sc">&gt;</span></span></code><button title="Copy to Clipboard" class="code-copy-button"><i class="bi"></i></button></pre></div>
<aside class="notes">
<p>jstable만의 기능으로 subgroup analysis가 있는데요, 같은 분석을 성별, 나이 등 서브그룹에 따라 수행하고 Interaction P value를 보여줍니다. 이 테이블과 forestplot 패키지를 이용하면 의학논문에서 흔히 이용되는 forestplot을 그릴 수 있습니다.</p>
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</section>
<section id="中国での映像やブログレビュー" class="slide level2">
<h2>中国での映像やブログレビュー</h2>
Expand All @@ -607,19 +555,6 @@ <h2>中国での映像やブログレビュー</h2>
</div><div class="column" style="width:50%;">
<p><img data-src="jstable_ch2.png"></p>
</div></div>
<aside class="notes">
<p>이 subgroup analysis 기능은 중국연구자들이 많이 이용중이며, 블로그와 영상으로 많이 리뷰되었습니다. jstable 패키지 issue 내용의 80% 이상이 중국 의학연구자들로부터의 요청입니다.</p>
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</section>
<section id="section-2" class="slide level2">
<h2></h2>
Expand Down Expand Up @@ -693,12 +628,12 @@ <h2>無料統計ウェブ</h2>
<li>jskm/jstable/jsmoduleの分析モジュールを適用</li>
</ul>
<div class="columns">
<div class="column" style="width:50%;">
<div class="column" style="width:70%;">
<p><a href="https://openstat.ai/"><strong>openstat.ai</strong></a><strong>: free</strong></p>
<p><img data-src="example-meta.png"></p>
</div><div class="column" style="width:50%;">
<p><strong>研究に合わせた分析ウェブは有料サービス</strong></p>
<p><img data-src="https://oopy.lazyrockets.com/api/v2/notion/image?src=https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F5a9631fa-d51e-4701-a2e8-c1087a0f2c3b%2FUntitled.png&amp;blockId=05eff788-7894-4c2e-9cfe-b8056bc0bcd7"></p>
</div><div class="column" style="width:30%;">
<p><strong>Openstat QR code</strong></p>
<p><img data-src="오픈스탯.png"></p>
</div></div>
<aside class="notes">
<p>연구자들이 R 패키지 설치없이도 웹에서 이용할 수 있도록 하기 위해 openstat.ai를 출시하였습니다. 연구자는 자신의 데이터를 업로드하여 jsmodule의 4가지 Shiny app을 이용할 수 있습니다. 메타분석, 샘플수계산을 위한 Shiny app도 이용할 수 있습니다.</p>
Expand Down
46 changes: 11 additions & 35 deletions docs/japanR2024/index.qmd
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -21,6 +21,8 @@ subtitle: "Zarathu Co., Ltd"

## 自己紹介

::: columns
::: {.column width="70%"}
会社: ツァラトゥ株式会社(Zarathu Co.,Ltd)

- R活用した医学研究支援
Expand All @@ -34,17 +36,12 @@ subtitle: "Zarathu Co., Ltd"
- 創業, Zarathu Co.,Ltd (2018\~)

**jinseob2kim\@gmail.com, github.com/jinseob2kim**

::: notes
こんにちは。私（わたくし）はキム・ジンソプと申（もう）します。本日（ほんじつ）は韓国（かんこく）の医学研究（いがくけんきゅうのためのオープンソースR統計(とうけい)パッケージ。

本発表では私が開発した医学研究用Rパッケージを紹介し、創業した会社でこれをどのように利用するのか、オープンソースパッケージの管理はどのようにするのか簡単に紹介します。 今後、日本のRユーザーの方々、医学研究者の方々と交流したいです。

私（わたくし）は韓国（かんこく）で「ツァラトゥ」という医学研究（いがくけんきゅう）支援（しえん）会社（かいしゃ）を創業（そうぎょう）し、6年間（ろくねんかん）運営（うんえい）しております。この会社（かいしゃ）は、研究者（けんきゅうしゃ）と製薬（せいやく）会社（かいしゃ）に分析（ぶんせき）サービスを提供（ていきょう）しています。私たちの分析（ぶんせき）機能（きのう）はRパッケージとしてCRANに公開（こうかい）されており、継続的（けいぞくてき）に更新（こうしん）しています。日本（にほん）のユーザーのブログでも度々（たびたび）紹介（しょうかい）されています。

私（わたくし）は韓国（かんこく）の医科大学（いかだいがく）を卒業（そつぎょう）後（ご）、保健（ほけん）大学院（だいがくいん）で予防医学（よぼういがく）を専攻（せんこう）し、その後（そのご）サムスン電子（でんし）の無線（むせん）事業部（じぎょうぶ）ヘルスサービスグループで勤務（きんむ）しました。
:::

::: {.column width="30%"}
![](깃허브.png)
:::
:::

## 医学研究のためのスR統計パッケージ

Expand All @@ -59,6 +56,7 @@ CRAN(計17万回ダウンロード)




##

<center><a href="https://github.com/jinseob2kim/jskm"><img src="jskm.png" width="100%"/></a></center>
Expand Down Expand Up @@ -151,12 +149,6 @@ $last.lines



::: notes
次はjstableです。 このパッケージは回帰分析結果を論文用テーブルにしてくれるパッケージで、単変量分析、univariate analysis結果を一緒に見せてくれるのが特徴です。 回帰分析、GLM、Cox、Linearmixed model、GEE、Survey glm、survey coxなど様々な回帰モデルをサポートします。 下のコードにあるように、glmshow.displayはGLM結果を示す関数です。
츠기와 제에에스티이에에비이에루이이데스 코노 팟케에지와 카이키분세키켓카오 론분요오테에부루니 시테쿠레루 팟케에지데 탄헨료오분세키 유우니붸리이아토 아나리시스켓카오 잇쇼니 미세테쿠레루노가 토쿠초오데스 카이키분세키 지이에루에무 시이옷쿠스 리니이아아밋쿠스토 모데루 지이 사아베이 지이에루에무 사아베이 콧쿠스나도 사마자마나 카이키모데루오 사포오토시마스 시타노 코오도니 아루요오니 지이에루에무에스에에치오오다부류우 디스푸레에와 지이에루에무켓카오 시메스 칸스우데스

:::

## Subgroup analysis

```r
Expand Down Expand Up @@ -192,11 +184,6 @@ sex Overall 228 100 1.91 1.14 3.2 100 100 0.014

```

::: notes

jstable만의 기능으로 subgroup analysis가 있는데요, 같은 분석을 성별, 나이 등 서브그룹에 따라 수행하고 Interaction P value를 보여줍니다. 이 테이블과 forestplot 패키지를 이용하면 의학논문에서 흔히 이용되는 forestplot을 그릴 수 있습니다.

:::


## 中国での映像やブログレビュー
Expand All @@ -212,12 +199,6 @@ jstable만의 기능으로 subgroup analysis가 있는데요, 같은 분석을
:::


::: notes

이 subgroup analysis 기능은 중국연구자들이 많이 이용중이며, 블로그와 영상으로 많이 리뷰되었습니다. jstable 패키지 issue 내용의 80% 이상이 중국 의학연구자들로부터의 요청입니다.

:::



##
Expand Down Expand Up @@ -274,16 +255,16 @@ SCI論文200編以上支援
- jskm/jstable/jsmoduleの分析モジュールを適用

::: columns
::: {.column width="50%"}
::: {.column width="70%"}
[**openstat.ai**](https://openstat.ai/)**: free**

![](example-meta.png)
:::

::: {.column width="50%"}
**研究に合わせた分析ウェブは有料サービス**
::: {.column width="30%"}
**Openstat QR code**

![](https://oopy.lazyrockets.com/api/v2/notion/image?src=https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F5a9631fa-d51e-4701-a2e8-c1087a0f2c3b%2FUntitled.png&blockId=05eff788-7894-4c2e-9cfe-b8056bc0bcd7)
![](오픈스탯.png)
:::
:::

Expand Down Expand Up @@ -386,11 +367,6 @@ R必要なくexeファイルにしてローカル環境で実行 - [executablePa



::: notes
발표 들어주셔서 감사드리고 내용을 간단히 정리하겠습니다. 의학연구용 R패키지와 Shiny app을 개발하였고 일본과 중국에서 많이 이용되고 있습니다. 한국에서 R&D 지원을 받아 고도화하였으며, 최신 오픈소스 관리기술을 적용하고 라이선스를 검증받았습니다. 인턴십과 커뮤니티를 통해 활발한 패키지 업데이트를 수행하였습니다. 있고 향후 일본의 R 유저 및 의학연구자들과 활발히 교류하고 싶습니다.
:::


# ご清聴、ありがとうございました。


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