lab_419--工具集

sample：添加的例子

目录

一、数据获取

• 1、ncbi 查找SRR号通过sratoolkit下载
• 2、ncbi_jp 获取链接通过wget下载
• 3、 hmp
• 4、 Aspera:快速下载SRR等文件

二、数据处理

• 1、kmc：计算kmer频度
• 2、metaphlan:测序数据转丰度数据
• 3、sratoolkit：下载srr文件，并转换为fasta格式
• 4、fastq转fasta

awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta

三、距离计算

• 1、cafe：多种距离计算方式
• 2、Afnn：alignment-free计算方法
• 3、mash:依据kmer缺失计算
• 4、skmer:mash优化后的

四、数据分析

• 1、mega：距离矩阵转进化树图
• 2、树距离计算
  • 2.1、philp:Symmetric difference
  • 2.2、Mothur::Parsimony
  • 2.3、TreeCmp:the triples distance

工具介绍：

sample:

• 简易使用：

sample

• 支持文档： https://sample.com

二、数据处理:

kmc:

• 简易使用：

kmc -k8 -ci2 -cs65536000 -t10 -fm -b -v input output1 ./
kmc_dump2 ouput1  ouput 
#output1由一产生，kmc_dump2产生二进制文件，kmc_dump产生十进制

• 支持文档： http://sun.aei.polsl.pl/REFRESH/index.php?page=projects&project=kmc&subpage=about

metaphlan:

• 简易使用：

 metaphlan2.py SRS014476-Supragingival_plaque.fasta.gz  --input_type fasta > SRS014476-Supragingival_plaque_profile.txt
单线程
zcat  CSM9X23N_R1.fastq.gz CSM9X23N_R2.fastq.gz | metaphlan --input_type fastq 
//一般使用双端fastq作管道输入

--nproc 4 。4线程

 merge_metaphlan_tables.py *_profile.txt > merged_abundance_table.txt
将所有的结果合起来

 metaphlan_hclust_heatmap.py -c bbcry --top 25 --minv 0.1 -s log --in merged_metaphlan2.txt --out abundance_heatmap.pdf
可视化

• 支持文档： https://github.com/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2

sratoolkit:

• 简易使用：

/home/yingwang/data1/wangying/wangkun/sratoolkit.2.9.0-ubuntu64/bin/prefetch -X 41943040 SRR8307275    ----下载

fastq-dump  ./SRR***.sra -O ./   ---转fastq

fastq-dump  --fasta  ./SRR306998.sra  -O ./   ----转---fasta

• 支持文档：

三、距离计算:

cafe:

• 简易使用：

 ./cafe_linux -M 0 -O 27ecoli -S 27ecoli -T plain -I  /home/yingwang/jiaxing/27ecoli/E.coli-APECO1.fna,/home/yingwang/jiaxing/27ecoli/E.coli-C-ATCC-8739.fna  -K 14 -D Ma

• 支持文档： https://github.com/younglululu/CAFE

Afann:

• 简易使用：

python afann.py -r -a d2star,d2shepp -k 5 -m 0 -f test_file.txt -t 8 -d test_count/ -o test_result/ --adjust

• 支持文档： https://github.com/GeniusTang/Afann

skmer:

• 简易使用：

./mash sketch /home/yingwang/jiaxing/MammalianGut_Fna/*C.fna  /home/yingwang/jiaxing/MammalianGut_Fna/*H.fna -k 14 -o mammaliangutmash14
./mash dist mammaliangutmash14.msh mammaliangutmash14.msh >mammaliangutmash14dist

• 支持文档： https://github.com/marbl/Mash/releases

skmer:

• 简易使用：

构建参考树
skmer reference ref_dir -p 4 -o [distance_dir] -l [library_dir]
计算数据库中两两距离
skmer distance library -t(tree) -o jc-dist-mat
计算输入序列与数据库的距离
skmer query qry.fastq library -o output_prefix

• 支持文档： https://github.com/shahab-sarmashghi/Skmer

四、数据分析

mega:

• 简易使用： 输入是R处理好的nwk文件，可以多棵树同时操作，放大缩小加颜色，
• 支持文档： https://www.megasoftware.net/

philp:

• 简易使用：

计算 Symmetric Difference
cmd进入exe目录，开启treedist.exe程序：
H:\my_task\CRAFT\实验结果数据\利用距离矩阵建树\树之间的距离计算\phylip-3.695\27four_method.nwk
修改D(D回车可以修改,为所要的距离)
修改2为P（所有的树互相计算距离）
F全矩阵输出

• 支持文档： http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

Mothur:

• 简易使用：

parsimony(tree=28.nj,group=28mammalian_gut.groups)
parsimony(tree=27.nj, group=27ecoli.groups)

• 支持文档： http://www.mothur.org/wiki

TreeCmp:

• 简易使用：

java -jar H:\my_task\TreeCmp\TreeCmp\bin\TreeCmp.jar -m -d qt -i 28four_method.nwk -o 28four_method.nwk.out

• 支持文档：
• https://github.com/TreeCmp/TreeCmp