Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Add evaluateKinetics.py script to testing folder #117

Merged
merged 16 commits into from
Jul 27, 2016
Merged
Show file tree
Hide file tree
Changes from 12 commits
Commits
File filter

Filter by extension

Filter by extension

Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
5 changes: 4 additions & 1 deletion .gitignore
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -12,4 +12,7 @@
# C-Compiled scripts
*.pyc

*.ipynb_checkpoints
*.ipynb_checkpoints

# evaluate kinetics folder stuff
testing/eval/*
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,7 +1,7 @@
C6H11-2
multiplicity 2
1 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
3 *1 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
4 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
5 *3 C u0 p0 c0 {3,S} {6,S} {15,S} {16,S}
Expand Down Expand Up @@ -140,7 +140,7 @@ multiplicity 2

C6H11
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
4 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {6,D} {13,S}
Expand Down
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -4333,7 +4333,7 @@
Ea = (100.6, 'kJ/mol'),
T0 = (1, 'K'),
Tmin = (400, 'K'),
Tmax = (400, 'K'),
Tmax = (2000, 'K'),
),
reference = Article(
authors = ["Hoyermann, K.", "Olzmann, M.", "Seeba, J.", "Viskolcz, B."],
Expand Down
64 changes: 32 additions & 32 deletions input/kinetics/families/intra_H_migration/NIST/dictionary.txt
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -25,7 +25,7 @@ multiplicity 2
C5H11O2-2
multiplicity 2
1 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {8,S} {9,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {8,S} {9,S}
3 C u0 p0 c0 {1,S} {10,S} {11,S} {12,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
5 *1 C u1 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S}
Expand All @@ -46,7 +46,7 @@ multiplicity 2
C4H9O
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {5,S} {6,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {8,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {8,S}
3 *2 C u0 p0 c0 {1,S} {10,S} {11,S} {12,S}
4 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {9,S} {13,S} {14,S}
5 H u0 p0 c0 {1,S}
Expand All @@ -64,7 +64,7 @@ C7H15O
multiplicity 2
1 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {6,S} {8,S}
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
3 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
3 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
4 *4 C u0 p0 c0 {3,S} {7,S} {9,S} {14,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
6 C u0 p0 c0 {1,S} {18,S} {19,S} {20,S}
Expand Down Expand Up @@ -205,7 +205,7 @@ multiplicity 2

C4H9O-2
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {6,S} {7,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {6,S} {7,S}
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {8,S} {9,S}
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
4 *1 C u1 p0 c0 {2,S} {12,S} {13,S}
Expand All @@ -223,7 +223,7 @@ multiplicity 2
C6H13O-10
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
3 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
4 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
5 C u0 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S} {17,S}
Expand Down Expand Up @@ -276,7 +276,7 @@ multiplicity 2

C6H11O2-4
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {9,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {9,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
3 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {12,S} {13,S}
4 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {14,S} {15,S}
Expand Down Expand Up @@ -320,8 +320,8 @@ multiplicity 2

C6H11O2-2
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {9,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {10,S} {11,S}
1 *7 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {9,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {10,S} {11,S}
3 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {12,S} {13,S}
4 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {14,S} {15,S}
5 C u0 p0 c0 {3,S} {6,S} {16,S} {17,S}
Expand All @@ -342,7 +342,7 @@ multiplicity 2

C6H11O2-3
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
3 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {12,S} {13,S}
4 C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {14,S} {15,S}
Expand Down Expand Up @@ -387,7 +387,7 @@ multiplicity 2
C5H11O-6
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {6,S} {7,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {10,S} {11,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
5 *1 C u1 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S}
Expand All @@ -406,7 +406,7 @@ multiplicity 2

C5H11O-4
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {7,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {7,S}
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {8,S} {9,S}
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
Expand All @@ -426,7 +426,7 @@ multiplicity 2

C5H11O-5
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {6,S} {11,S}
4 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {12,S} {13,S} {14,S}
Expand All @@ -446,7 +446,7 @@ multiplicity 2

C5H11O-2
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {9,S} {10,S}
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {11,S} {12,S}
4 C u0 p0 c0 {5,S} {13,S} {14,S} {15,S}
Expand Down Expand Up @@ -519,7 +519,7 @@ multiplicity 2
C6H13O-8
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
Expand Down Expand Up @@ -607,7 +607,7 @@ multiplicity 2
1 *2 C u0 p0 c0 {3,S} {5,S} {6,S} {10,S}
2 *4 C u0 p0 c0 {4,S} {7,S} {8,S} {9,S}
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
4 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {13,S} {14,S}
4 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {13,S} {14,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
6 C u0 p0 c0 {1,S} {18,S} {19,S} {20,S}
7 C u0 p0 c0 {2,S} {21,S} {22,S} {23,S}
Expand Down Expand Up @@ -665,8 +665,8 @@ multiplicity 2

C6H11O2
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 *7 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
3 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {12,S} {13,S}
4 *2 C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {9,S} {14,S}
5 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {15,S} {16,S}
Expand Down Expand Up @@ -783,7 +783,7 @@ multiplicity 2
C7H15O-4
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {8,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {7,S} {11,S} {12,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
Expand Down Expand Up @@ -828,7 +828,7 @@ multiplicity 2

C6H11-2
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {11,S} {12,S}
4 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {13,S} {14,S} {15,S}
Expand All @@ -851,7 +851,7 @@ multiplicity 2
1 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
3 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
4 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
5 C u0 p0 c0 {3,S} {16,S} {17,S} {18,S}
6 *4 C u0 p0 c0 {4,S} {15,S} {19,S} {20,S}
7 *3 H u0 p0 c0 {1,S}
Expand All @@ -872,7 +872,7 @@ multiplicity 2
C8H17O-2
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {9,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {8,S} {12,S} {13,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {14,S} {15,S} {16,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {17,S} {18,S} {19,S}
Expand Down Expand Up @@ -929,7 +929,7 @@ multiplicity 2
C6H13O-7
multiplicity 2
1 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
3 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
Expand All @@ -952,7 +952,7 @@ multiplicity 2
C5H11O2
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,S} {8,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,S} {8,S}
3 *2 C u0 p0 c0 {1,S} {9,S} {10,S} {11,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
Expand Down Expand Up @@ -990,7 +990,7 @@ multiplicity 2

C6H13O-6
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {7,S} {12,S} {13,S}
4 C u0 p0 c0 {6,S} {14,S} {15,S} {16,S}
Expand All @@ -1013,7 +1013,7 @@ multiplicity 2

C6H13O-9
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {10,S}
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
Expand Down Expand Up @@ -1058,7 +1058,7 @@ C6H13O-5
multiplicity 2
1 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
3 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
3 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
6 *4 C u0 p0 c0 {3,S} {12,S} {19,S} {20,S}
Expand Down Expand Up @@ -1098,7 +1098,7 @@ multiplicity 2
C6H13O-3
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {9,S} {10,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
3 *2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {8,S} {13,S}
4 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {7,S} {14,S}
5 C u0 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S} {17,S}
Expand All @@ -1120,7 +1120,7 @@ multiplicity 2

C6H13O-2
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
3 C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {12,S} {13,S}
4 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {7,S} {14,S} {15,S}
Expand All @@ -1144,7 +1144,7 @@ multiplicity 2
C7H15O-2
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {7,S} {12,S} {13,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {14,S} {15,S} {16,S}
5 C u0 p0 c0 {7,S} {17,S} {18,S} {19,S}
Expand All @@ -1170,7 +1170,7 @@ multiplicity 2
C7H15O-3
multiplicity 2
1 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {6,S} {8,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
3 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
4 *2 C u0 p0 c0 {3,S} {7,S} {9,S} {14,S}
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
Expand Down Expand Up @@ -1235,7 +1235,7 @@ multiplicity 2

C6H11
multiplicity 2
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
4 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {6,D} {13,S}
Expand All @@ -1256,7 +1256,7 @@ multiplicity 2
C6H13O-4
multiplicity 2
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {8,S}
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {11,S} {12,S}
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
5 C u0 p0 c0 {6,S} {16,S} {17,S} {18,S}
Expand Down
Empty file.
8 changes: 8 additions & 0 deletions input/kinetics/families/ketoenol/NIST/reactions.py
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,8 @@
#!/usr/bin/env python
# encoding: utf-8

name = "ketoenol/NIST"
shortDesc = u""
longDesc = u"""
"""
Loading