Merge pull request #117 from ReactionMechanismGenerator/leaveOneOut

Add evaluateKinetics.py script to testing folder
ReactionMechanismGenerator · Jul 27, 2016 · 7a4207d · 7a4207d
2 parents 4748b00 + 78e42c5
commit 7a4207d
Show file tree

Hide file tree

Showing 7 changed files with 488 additions and 36 deletions.
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
@@ -12,4 +12,7 @@
 # C-Compiled scripts
 *.pyc
 
-*.ipynb_checkpoints
+*.ipynb_checkpoints
+
+# evaluate kinetics folder stuff
+testing/eval/*
diff --git a/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/NIST/dictionary.txt b/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/NIST/dictionary.txt
@@ -1,7 +1,7 @@
 C6H11-2
 multiplicity 2
 1  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
 3  *1 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
 4  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
 5  *3 C u0 p0 c0 {3,S} {6,S} {15,S} {16,S}
@@ -140,7 +140,7 @@ multiplicity 2
 
 C6H11
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
+1  *6  C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
 2  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
 4  *2 C u0 p0 c0 {2,S} {6,D} {13,S}

diff --git a/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/NIST/reactions.py b/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/NIST/reactions.py
@@ -4333,7 +4333,7 @@
         Ea = (100.6, 'kJ/mol'),
         T0 = (1, 'K'),
         Tmin = (400, 'K'),
-        Tmax = (400, 'K'),
+        Tmax = (2000, 'K'),
     ),
     reference = Article(
         authors = ["Hoyermann, K.", "Olzmann, M.", "Seeba, J.", "Viskolcz, B."],

diff --git a/input/kinetics/families/intra_H_migration/NIST/dictionary.txt b/input/kinetics/families/intra_H_migration/NIST/dictionary.txt
@@ -25,7 +25,7 @@ multiplicity 2
 C5H11O2-2
 multiplicity 2
 1  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {8,S} {9,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {8,S} {9,S}
 3     C u0 p0 c0 {1,S} {10,S} {11,S} {12,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
 5  *1 C u1 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S}
@@ -46,7 +46,7 @@ multiplicity 2
 C4H9O
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {5,S} {6,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {8,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {8,S}
 3  *2 C u0 p0 c0 {1,S} {10,S} {11,S} {12,S}
 4  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {9,S} {13,S} {14,S}
 5     H u0 p0 c0 {1,S}
@@ -64,7 +64,7 @@ C7H15O
 multiplicity 2
 1  *2 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {6,S} {8,S}
 2  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
-3     C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
+3  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
 4  *4 C u0 p0 c0 {3,S} {7,S} {9,S} {14,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
 6     C u0 p0 c0 {1,S} {18,S} {19,S} {20,S}
@@ -205,7 +205,7 @@ multiplicity 2
 
 C4H9O-2
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {6,S} {7,S}
+1  *6  C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {6,S} {7,S}
 2  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {8,S} {9,S}
 3  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
 4  *1 C u1 p0 c0 {2,S} {12,S} {13,S}
@@ -223,7 +223,7 @@ multiplicity 2
 C6H13O-10
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
 3     C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
 4  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
 5     C u0 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -276,7 +276,7 @@ multiplicity 2
 
 C6H11O2-4
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {9,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {9,S}
 2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
 3     C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {12,S} {13,S}
 4  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {14,S} {15,S}
@@ -320,8 +320,8 @@ multiplicity 2
 
 C6H11O2-2
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {9,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {10,S} {11,S}
+1  *7 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {9,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {10,S} {11,S}
 3     C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {12,S} {13,S}
 4  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {14,S} {15,S}
 5     C u0 p0 c0 {3,S} {6,S} {16,S} {17,S}
@@ -342,7 +342,7 @@ multiplicity 2
 
 C6H11O2-3
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
 2  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
 3     C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {12,S} {13,S}
 4     C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {14,S} {15,S}
@@ -387,7 +387,7 @@ multiplicity 2
 C5H11O-6
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {6,S} {7,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {10,S} {11,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
 5  *1 C u1 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S}
@@ -406,7 +406,7 @@ multiplicity 2
 
 C5H11O-4
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {7,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {7,S}
 2  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {8,S} {9,S}
 3  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
@@ -426,7 +426,7 @@ multiplicity 2
 
 C5H11O-5
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
+1  *6  C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
 2  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {6,S} {11,S}
 4  *2 C u0 p0 c0 {2,S} {12,S} {13,S} {14,S}
@@ -446,7 +446,7 @@ multiplicity 2
 
 C5H11O-2
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
 2  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {9,S} {10,S}
 3  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {11,S} {12,S}
 4     C u0 p0 c0 {5,S} {13,S} {14,S} {15,S}
@@ -519,7 +519,7 @@ multiplicity 2
 C6H13O-8
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -607,7 +607,7 @@ multiplicity 2
 1  *2 C u0 p0 c0 {3,S} {5,S} {6,S} {10,S}
 2  *4 C u0 p0 c0 {4,S} {7,S} {8,S} {9,S}
 3  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
-4     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {13,S} {14,S}
+4  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {13,S} {14,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
 6     C u0 p0 c0 {1,S} {18,S} {19,S} {20,S}
 7     C u0 p0 c0 {2,S} {21,S} {22,S} {23,S}
@@ -665,8 +665,8 @@ multiplicity 2
 
 C6H11O2
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
+2  *7 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
 3     C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {12,S} {13,S}
 4  *2 C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {9,S} {14,S}
 5  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {15,S} {16,S}
@@ -783,7 +783,7 @@ multiplicity 2
 C7H15O-4
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {8,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {7,S} {11,S} {12,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
@@ -828,7 +828,7 @@ multiplicity 2
 
 C6H11-2
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
+1   C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
 2  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {11,S} {12,S}
 4  *2 C u0 p0 c0 {2,S} {13,S} {14,S} {15,S}
@@ -851,7 +851,7 @@ multiplicity 2
 1  *2 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
 2  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
 3     C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
-4     C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
+4  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
 5     C u0 p0 c0 {3,S} {16,S} {17,S} {18,S}
 6  *4 C u0 p0 c0 {4,S} {15,S} {19,S} {20,S}
 7  *3 H u0 p0 c0 {1,S}
@@ -872,7 +872,7 @@ multiplicity 2
 C8H17O-2
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {9,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {8,S} {12,S} {13,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {14,S} {15,S} {16,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {17,S} {18,S} {19,S}
@@ -929,7 +929,7 @@ multiplicity 2
 C6H13O-7
 multiplicity 2
 1  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
 3  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
@@ -952,7 +952,7 @@ multiplicity 2
 C5H11O2
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,S} {8,S}
+2  *6  C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,S} {8,S}
 3  *2 C u0 p0 c0 {1,S} {9,S} {10,S} {11,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -990,7 +990,7 @@ multiplicity 2
 
 C6H13O-6
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
 2  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
 3  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {7,S} {12,S} {13,S}
 4     C u0 p0 c0 {6,S} {14,S} {15,S} {16,S}
@@ -1013,7 +1013,7 @@ multiplicity 2
 
 C6H13O-9
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
 2  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {10,S}
 3  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
 4     C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
@@ -1058,7 +1058,7 @@ C6H13O-5
 multiplicity 2
 1  *2 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
 2  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
-3     C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
+3  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
 6  *4 C u0 p0 c0 {3,S} {12,S} {19,S} {20,S}
@@ -1098,7 +1098,7 @@ multiplicity 2
 C6H13O-3
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {9,S} {10,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
 3  *2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {8,S} {13,S}
 4  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {7,S} {14,S}
 5     C u0 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -1120,7 +1120,7 @@ multiplicity 2
 
 C6H13O-2
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
 2  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
 3     C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {12,S} {13,S}
 4  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {7,S} {14,S} {15,S}
@@ -1144,7 +1144,7 @@ multiplicity 2
 C7H15O-2
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {7,S} {12,S} {13,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {14,S} {15,S} {16,S}
 5     C u0 p0 c0 {7,S} {17,S} {18,S} {19,S}
@@ -1170,7 +1170,7 @@ multiplicity 2
 C7H15O-3
 multiplicity 2
 1  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {6,S} {8,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
 3  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
 4  *2 C u0 p0 c0 {3,S} {7,S} {9,S} {14,S}
 5     C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -1235,7 +1235,7 @@ multiplicity 2
 
 C6H11
 multiplicity 2
-1     C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
+1  *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
 2  *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
 4  *2 C u0 p0 c0 {2,S} {6,D} {13,S}
@@ -1256,7 +1256,7 @@ multiplicity 2
 C6H13O-4
 multiplicity 2
 1  *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {8,S}
-2     C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
+2  *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
 3  *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {11,S} {12,S}
 4     C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
 5     C u0 p0 c0 {6,S} {16,S} {17,S} {18,S}

diff --git a/input/kinetics/families/ketoenol/NIST/dictionary.txt b/input/kinetics/families/ketoenol/NIST/dictionary.txt
diff --git a/input/kinetics/families/ketoenol/NIST/reactions.py b/input/kinetics/families/ketoenol/NIST/reactions.py
@@ -0,0 +1,8 @@
+#!/usr/bin/env python
+# encoding: utf-8
+
+name = "ketoenol/NIST"
+shortDesc = u""
+longDesc = u"""
+
+"""