Skip to content

Commit

Permalink
fixup! updated atomTypes throughout the repository
Browse files Browse the repository at this point in the history 
Os to O2s
Od to O2d
Ot to O4tc
  • Loading branch information
@alongd
alongd committed Jun 17, 2017
1 parent 7ba4ed8 commit 6da8e83
Show file tree
Hide file tree
Showing 42 changed files with 5,298 additions and 5,298 deletions.
6 changes: 3 additions & 3 deletions input/kinetics/families/1+2_Cycloaddition/groups.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -749,7 +749,7 @@
"""
1 *1 Ct u0 {2,T} {3,S}
2 *2 Ct u0 {1,T} {4,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 H u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -775,8 +775,8 @@
"""
1 *1 Ct u0 {2,T} {3,S}
2 *2 Ct u0 {1,T} {4,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down
56 changes: 28 additions & 28 deletions input/kinetics/families/1,2-Birad_to_alkene/groups.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -46,7 +46,7 @@
"""
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cs,Os] u0 {1,S}
3 [Cs,O2s] u0 {1,S}
4 H u0 {1,S}
5 H u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
Expand All @@ -68,8 +68,8 @@
"""
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
5 H u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
Expand All @@ -83,9 +83,9 @@
"""
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 H u0 {1,S}
5 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
5 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -98,9 +98,9 @@
"""
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
5 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
5 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -113,10 +113,10 @@
"""
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
5 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
6 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
5 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
6 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down Expand Up @@ -218,7 +218,7 @@
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
5 H u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
Expand All @@ -234,7 +234,7 @@
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 H u0 {1,S}
5 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
5 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -256,7 +256,7 @@
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
5 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
5 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -270,7 +270,7 @@
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
5 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
Expand All @@ -291,8 +291,8 @@
"""
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
5 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
Expand All @@ -306,9 +306,9 @@
"""
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
5 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
5 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
6 H u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -330,8 +330,8 @@
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
5 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
6 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
5 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
6 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand All @@ -344,9 +344,9 @@
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
5 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {2,S}
6 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
6 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand All @@ -361,7 +361,7 @@
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
5 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {2,S}
6 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
6 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand All @@ -373,9 +373,9 @@
"""
1 *1 Cs u1 {2,S} {3,S} {4,S}
2 *2 Cs u1 {1,S} {5,S} {6,S}
3 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
5 [Cs,Os,S2s] u0 {2,S}
3 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 [Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
5 [Cs,O2s,S2s] u0 {2,S}
6 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {2,S}
""",
kinetics = None,
Expand Down
42 changes: 21 additions & 21 deletions input/kinetics/families/1,2_shiftS/groups.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -351,7 +351,7 @@
"""
1 *1 C u0 {2,D} {3,S}
2 C u0 {1,D}
3 Os u0 {1,S}
3 O2s u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down Expand Up @@ -465,7 +465,7 @@
group =
"""
1 *1 CS u0 {2,S}
2 Os u0 {1,S}
2 O2s u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down Expand Up @@ -575,7 +575,7 @@
group =
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 Os u0 {1,S}
2 O2s u0 {1,S}
3 H u0 {1,S}
4 H u0 {1,S}
""",
Expand All @@ -588,7 +588,7 @@
group =
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 Os u0 {1,S}
2 O2s u0 {1,S}
3 Cs u0 {1,S}
4 H u0 {1,S}
""",
Expand All @@ -601,7 +601,7 @@
group =
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 Os u0 {1,S}
2 O2s u0 {1,S}
3 Cs u0 {1,S}
4 Cs u0 {1,S}
""",
Expand All @@ -614,8 +614,8 @@
group =
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 Os u0 {1,S}
3 Os u0 {1,S}
2 O2s u0 {1,S}
3 O2s u0 {1,S}
4 H u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -627,8 +627,8 @@
group =
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 Os u0 {1,S}
3 Os u0 {1,S}
2 O2s u0 {1,S}
3 O2s u0 {1,S}
4 Cs u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -640,9 +640,9 @@
group =
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 Os u0 {1,S}
3 Os u0 {1,S}
4 Os u0 {1,S}
2 O2s u0 {1,S}
3 O2s u0 {1,S}
4 O2s u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down Expand Up @@ -732,8 +732,8 @@
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
3 [H,Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [H,Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
3 [H,Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
4 [H,Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down Expand Up @@ -903,7 +903,7 @@
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
3 Os u0 {1,S}
3 O2s u0 {1,S}
4 H u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
Expand Down Expand Up @@ -1008,7 +1008,7 @@
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
3 Os u0 {1,S}
3 O2s u0 {1,S}
4 Cs u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -1034,8 +1034,8 @@
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
3 Os u0 {1,S}
4 Os u0 {1,S}
3 O2s u0 {1,S}
4 O2s u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand All @@ -1047,7 +1047,7 @@
"""
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
3 Os u0 {1,S}
3 O2s u0 {1,S}
4 S2s u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
Expand All @@ -1074,7 +1074,7 @@
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 [H,Cs,Os,S2s] u0 {1,S}
4 [H,Cs,O2s,S2s] u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down Expand Up @@ -1515,7 +1515,7 @@
1 *1 C u0 {2,S} {3,S} {4,S}
2 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
3 [Cd,Ct,Cb,CO,CS] u0 {1,S}
4 Os u0 {1,S}
4 O2s u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down
12 changes: 6 additions & 6 deletions input/kinetics/families/1,3_Insertion_CO2/groups.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -52,8 +52,8 @@
group =
"""
1 *2 Cdd u0 {2,D} {3,D}
2 *1 Od u0 {1,D}
3 Od u0 {1,D}
2 *1 O2d u0 {1,D}
3 O2d u0 {1,D}
""",
kinetics = None,
)
Expand All @@ -64,8 +64,8 @@
group =
"""
1 *1 Cdd u0 {2,D} {3,D}
2 *2 Od u0 {1,D}
3 Od u0 {1,D}
2 *2 O2d u0 {1,D}
3 O2d u0 {1,D}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down Expand Up @@ -188,7 +188,7 @@
1 *3 Cd u0 {2,D} {3,S} {4,S}
2 Cd u0 {1,D}
3 *4 H u0 {1,S}
4 Os u0 {1,S}
4 O2s u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down Expand Up @@ -271,7 +271,7 @@
2 *4 H u0 {1,S}
3 H u0 {1,S}
4 H u0 {1,S}
5 Os u0 {1,S}
5 O2s u0 {1,S}
""",
kinetics = None,
)
Expand Down
Loading

0 comments on commit 6da8e83

Please sign in to comment.