- Utilisez le script Script_phyloseq.R fourni.
- Lisez biens les textes et commentaires.
- Répondez aux questions dans les espaces prévus à cet effet.
- Utilisez les connaissances acquises pour poser les mêmes questions sur un véritable jeu de données"
- Suivez le tutoriel ggplot2 directement inspiré de l'ouvrage d'Hadley Wickham
- Conservez bien ce script pour vous aider lors de vos stages futurs.
Cherchez des ressources en ligne pour vous aider à réaliser ces tâches habituelles de la bioinformatique :
- Combien de séquences comporte le fichier fasta ?
- Extraire les séquences Cluster_4162, Cluster_666, Cluster 845 en une seule ligne de commande
- Transformer le fichier multi-fasta en de nombreux autres fichiers fasta individuels
- Récupérez la liste de tous les noms de séquences
- Créez un fichier avec touch, Editez le avec nano
- Choisissez une ou plusieurs séquence(s) du fichier fasta
- Identifiez l'organisme auquel elle appartient
- Trouvez l'origine de la séquence dans la base de donnée
- Retrouvez l'article détaillant la soumission de cette séquence dans la base de données
- Discutez