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@0x00b1
0x00b1 committed Apr 17, 2024
1 parent 1662c98 commit 34334d3
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Showing 9 changed files with 179 additions and 2 deletions.
4 changes: 2 additions & 2 deletions .pre-commit-config.yaml
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Expand Up @@ -3,11 +3,11 @@ repos:
- id: "check-toml"
- id: "check-yaml"
repo: "https://github.com/pre-commit/pre-commit-hooks"
rev: "v4.5.0"
rev: "v4.6.0"
- hooks:
- args:
- "--fix"
id: "ruff"
- id: "ruff-format"
repo: "https://github.com/astral-sh/ruff-pre-commit"
rev: "v0.3.5"
rev: "v0.3.7"
10 changes: 10 additions & 0 deletions pyproject.toml
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -21,6 +21,16 @@ test = [
]

[tool.ruff]
exclude = [
"./src/beignet/constants/_blosum45.py",
"./src/beignet/constants/_blosum50.py",
"./src/beignet/constants/_blosum62.py",
"./src/beignet/constants/_blosum80.py",
"./src/beignet/constants/_blosum90.py",
"./src/beignet/constants/_blosum_vocabulary.py",
]

[tool.ruff.lint]
select = [
"B", # FLAKE8-BUGBEAR
"E", # PYCODESTYLE ERRORS
Expand Down
16 changes: 16 additions & 0 deletions src/beignet/constants/__init__.py
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,16 @@
from ._blosum45 import BLOSUM45

# from ._blosum50 import BLOSUM50
# from ._blosum62 import BLOSUM62
# from ._blosum80 import BLOSUM80
# from ._blosum90 import BLOSUM90
# from ._blosum_vocabulary import BLOSUM_VOCABULARY

__all__ = [
"BLOSUM45",
# "BLOSUM50",
# "BLOSUM62",
# "BLOSUM80",
# "BLOSUM90",
# "BLOSUM_VOCABULARY",
]
25 changes: 25 additions & 0 deletions src/beignet/constants/_blosum45.py
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@@ -0,0 +1,25 @@
BLOSUM45 = [[ 5, -2, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -1, -1, -5,],
[-2, 7, 0, -1, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 3, -1, -2, -2, -1, -1, -2, -1, -2, -1, -3, 1, -1, -5,],
[-1, 0, 6, 2, -2, 0, 0, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -2, -2, 1, 0, -4, -2, -3, 5, -3, 0, -1, -5,],
[-2, -1, 2, 7, -3, 0, 2, -1, 0, -4, -3, 0, -3, -4, -1, 0, -1, -4, -2, -3, 6, -3, 1, -1, -5,],
[-1, -3, -2, -3, 12, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3, -2, -2, -4, -1, -1, -5, -3, -1, -2, -2, -3, -1, -5,],
[-1, 1, 0, 0, -3, 6, 2, -2, 1, -2, -2, 1, 0, -4, -1, 0, -1, -2, -1, -3, 0, -2, 4, -1, -5,],
[-1, 0, 0, 2, -3, 2, 6, -2, 0, -3, -2, 1, -2, -3, 0, 0, -1, -3, -2, -3, 1, -3, 5, -1, -5,],
[ 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 7, -2, -4, -3, -2, -2, -3, -2, 0, -2, -2, -3, -3, -1, -4, -2, -1, -5,],
[-2, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -2, 10, -3, -2, -1, 0, -2, -2, -1, -2, -3, 2, -3, 0, -2, 0, -1, -5,],
[-1, -3, -2, -4, -3, -2, -3, -4, -3, 5, 2, -3, 2, 0, -2, -2, -1, -2, 0, 3, -3, 4, -3, -1, -5,],
[-1, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -3, -2, 2, 5, -3, 2, 1, -3, -3, -1, -2, 0, 1, -3, 4, -2, -1, -5,],
[-1, 3, 0, 0, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -3, 5, -1, -3, -1, -1, -1, -2, -1, -2, 0, -3, 1, -1, -5,],
[-1, -1, -2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, 2, 2, -1, 6, 0, -2, -2, -1, -2, 0, 1, -2, 2, -1, -1, -5,],
[-2, -2, -2, -4, -2, -4, -3, -3, -2, 0, 1, -3, 0, 8, -3, -2, -1, 1, 3, 0, -3, 1, -3, -1, -5,],
[-1, -2, -2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 9, -1, -1, -3, -3, -3, -2, -3, -1, -1, -5,],
[ 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -1, 4, 2, -4, -2, -1, 0, -2, 0, -1, -5,],
[ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 2, 5, -3, -1, 0, 0, -1, -1, -1, -5,],
[-2, -2, -4, -4, -5, -2, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, -3, 15, 3, -3, -4, -2, -2, -1, -5,],
[-2, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 3, -3, -2, -1, 3, 8, -1, -2, 0, -2, -1, -5,],
[ 0, -2, -3, -3, -1, -3, -3, -3, -3, 3, 1, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -3, -1, 5, -3, 2, -3, -1, -5,],
[-1, -1, 5, 6, -2, 0, 1, -1, 0, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 0, 0, -4, -2, -3, 5, -3, 1, -1, -5,],
[-1, -3, -3, -3, -2, -2, -3, -4, -2, 4, 4, -3, 2, 1, -3, -2, -1, -2, 0, 2, -3, 4, -2, -1, -5,],
[-1, 1, 0, 1, -3, 4, 5, -2, 0, -3, -2, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -2, -2, -3, 1, -2, 5, -1, -5,],
[-1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -5,],
[-5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1,]]
25 changes: 25 additions & 0 deletions src/beignet/constants/_blosum50.py
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,25 @@
BLOSUM50 = [[ 5, -2, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -2, -1, -2, -1, -1, -3, -1, 1, 0, -3, -2, 0, -2, -2, -1, -1, -5,],
[-2, 7, -1, -2, -4, 1, 0, -3, 0, -4, -3, 3, -2, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -3, -1, -3, 0, -1, -5,],
[-1, -1, 7, 2, -2, 0, 0, 0, 1, -3, -4, 0, -2, -4, -2, 1, 0, -4, -2, -3, 5, -4, 0, -1, -5,],
[-2, -2, 2, 8, -4, 0, 2, -1, -1, -4, -4, -1, -4, -5, -1, 0, -1, -5, -3, -4, 6, -4, 1, -1, -5,],
[-1, -4, -2, -4, 13, -3, -3, -3, -3, -2, -2, -3, -2, -2, -4, -1, -1, -5, -3, -1, -3, -2, -3, -1, -5,],
[-1, 1, 0, 0, -3, 7, 2, -2, 1, -3, -2, 2, 0, -4, -1, 0, -1, -1, -1, -3, 0, -3, 4, -1, -5,],
[-1, 0, 0, 2, -3, 2, 6, -3, 0, -4, -3, 1, -2, -3, -1, -1, -1, -3, -2, -3, 1, -3, 5, -1, -5,],
[ 0, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 8, -2, -4, -4, -2, -3, -4, -2, 0, -2, -3, -3, -4, -1, -4, -2, -1, -5,],
[-2, 0, 1, -1, -3, 1, 0, -2, 10, -4, -3, 0, -1, -1, -2, -1, -2, -3, 2, -4, 0, -3, 0, -1, -5,],
[-1, -4, -3, -4, -2, -3, -4, -4, -4, 5, 2, -3, 2, 0, -3, -3, -1, -3, -1, 4, -4, 4, -3, -1, -5,],
[-2, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -4, -3, 2, 5, -3, 3, 1, -4, -3, -1, -2, -1, 1, -4, 4, -3, -1, -5,],
[-1, 3, 0, -1, -3, 2, 1, -2, 0, -3, -3, 6, -2, -4, -1, 0, -1, -3, -2, -3, 0, -3, 1, -1, -5,],
[-1, -2, -2, -4, -2, 0, -2, -3, -1, 2, 3, -2, 7, 0, -3, -2, -1, -1, 0, 1, -3, 2, -1, -1, -5,],
[-3, -3, -4, -5, -2, -4, -3, -4, -1, 0, 1, -4, 0, 8, -4, -3, -2, 1, 4, -1, -4, 1, -4, -1, -5,],
[-1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -4, -1, -3, -4, 10, -1, -1, -4, -3, -3, -2, -3, -1, -1, -5,],
[ 1, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -3, 0, -2, -3, -1, 5, 2, -4, -2, -2, 0, -3, 0, -1, -5,],
[ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 2, 5, -3, -2, 0, 0, -1, -1, -1, -5,],
[-3, -3, -4, -5, -5, -1, -3, -3, -3, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -4, -3, 15, 2, -3, -5, -2, -2, -1, -5,],
[-2, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, 0, 4, -3, -2, -2, 2, 8, -1, -3, -1, -2, -1, -5,],
[ 0, -3, -3, -4, -1, -3, -3, -4, -4, 4, 1, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -3, -1, 5, -3, 2, -3, -1, -5,],
[-2, -1, 5, 6, -3, 0, 1, -1, 0, -4, -4, 0, -3, -4, -2, 0, 0, -5, -3, -3, 6, -4, 1, -1, -5,],
[-2, -3, -4, -4, -2, -3, -3, -4, -3, 4, 4, -3, 2, 1, -3, -3, -1, -2, -1, 2, -4, 4, -3, -1, -5,],
[-1, 0, 0, 1, -3, 4, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -4, -1, 0, -1, -2, -2, -3, 1, -3, 5, -1, -5,],
[-1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -5,],
[-5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1,]]
25 changes: 25 additions & 0 deletions src/beignet/constants/_blosum62.py
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,25 @@
BLOSUM62 = [[ 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -4,],
[-1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1, -2, 0, -1, -4,],
[-2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3, 4, -3, 0, -1, -4,],
[-2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4, -3, -3, 4, -3, 1, -1, -4,],
[ 0, -3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -1, -3, -1, -4,],
[-1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1, -2, 0, -2, 4, -1, -4,],
[-1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2, -2, 1, -3, 4, -1, -4,],
[ 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2, -3, -3, -1, -4, -2, -1, -4,],
[-2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2, -3, 0, -3, 0, -1, -4,],
[-1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3, -1, 3, -3, 3, -3, -1, -4,],
[-1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2, -1, 1, -4, 3, -3, -1, -4,],
[-1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2, -2, 0, -3, 1, -1, -4,],
[-1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1, -1, 1, -3, 2, -1, -1, -4,],
[-2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3, -1, -3, 0, -3, -1, -4,],
[-1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -3, -1, -1, -4,],
[ 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2, -2, 0, -2, 0, -1, -4,],
[ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2, -2, 0, -1, -1, -1, -1, -4,],
[-3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2, 11, 2, -3, -4, -2, -2, -1, -4,],
[-2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2, 7, -1, -3, -1, -2, -1, -4,],
[ 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3, -1, 4, -3, 2, -2, -1, -4,],
[-2, -1, 4, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3, -3, 4, -3, 0, -1, -4,],
[-1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, -4, -3, 3, 3, -3, 2, 0, -3, -2, -1, -2, -1, 2, -3, 3, -3, -1, -4,],
[-1, 0, 0, 1, -3, 4, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -2, -2, -2, 0, -3, 4, -1, -4,],
[-1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -4,],
[-4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1,]]
25 changes: 25 additions & 0 deletions src/beignet/constants/_blosum80.py
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,25 @@
BLOSUM80 = [[ 5, -2, -2, -2, -1, -1, -1, 0, -2, -2, -2, -1, -1, -3, -1, 1, 0, -3, -2, 0, -2, -2, -1, -1, -6,],
[-2, 6, -1, -2, -4, 1, -1, -3, 0, -3, -3, 2, -2, -4, -2, -1, -1, -4, -3, -3, -1, -3, 0, -1, -6,],
[-2, -1, 6, 1, -3, 0, -1, -1, 0, -4, -4, 0, -3, -4, -3, 0, 0, -4, -3, -4, 5, -4, 0, -1, -6,],
[-2, -2, 1, 6, -4, -1, 1, -2, -2, -4, -5, -1, -4, -4, -2, -1, -1, -6, -4, -4, 5, -5, 1, -1, -6,],
[-1, -4, -3, -4, 9, -4, -5, -4, -4, -2, -2, -4, -2, -3, -4, -2, -1, -3, -3, -1, -4, -2, -4, -1, -6,],
[-1, 1, 0, -1, -4, 6, 2, -2, 1, -3, -3, 1, 0, -4, -2, 0, -1, -3, -2, -3, 0, -3, 4, -1, -6,],
[-1, -1, -1, 1, -5, 2, 6, -3, 0, -4, -4, 1, -2, -4, -2, 0, -1, -4, -3, -3, 1, -4, 5, -1, -6,],
[ 0, -3, -1, -2, -4, -2, -3, 6, -3, -5, -4, -2, -4, -4, -3, -1, -2, -4, -4, -4, -1, -5, -3, -1, -6,],
[-2, 0, 0, -2, -4, 1, 0, -3, 8, -4, -3, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 2, -4, -1, -4, 0, -1, -6,],
[-2, -3, -4, -4, -2, -3, -4, -5, -4, 5, 1, -3, 1, -1, -4, -3, -1, -3, -2, 3, -4, 3, -4, -1, -6,],
[-2, -3, -4, -5, -2, -3, -4, -4, -3, 1, 4, -3, 2, 0, -3, -3, -2, -2, -2, 1, -4, 3, -3, -1, -6,],
[-1, 2, 0, -1, -4, 1, 1, -2, -1, -3, -3, 5, -2, -4, -1, -1, -1, -4, -3, -3, -1, -3, 1, -1, -6,],
[-1, -2, -3, -4, -2, 0, -2, -4, -2, 1, 2, -2, 6, 0, -3, -2, -1, -2, -2, 1, -3, 2, -1, -1, -6,],
[-3, -4, -4, -4, -3, -4, -4, -4, -2, -1, 0, -4, 0, 6, -4, -3, -2, 0, 3, -1, -4, 0, -4, -1, -6,],
[-1, -2, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -3, -1, -3, -4, 8, -1, -2, -5, -4, -3, -2, -4, -2, -1, -6,],
[ 1, -1, 0, -1, -2, 0, 0, -1, -1, -3, -3, -1, -2, -3, -1, 5, 1, -4, -2, -2, 0, -3, 0, -1, -6,],
[ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -2, -2, 1, 5, -4, -2, 0, -1, -1, -1, -1, -6,],
[-3, -4, -4, -6, -3, -3, -4, -4, -3, -3, -2, -4, -2, 0, -5, -4, -4, 11, 2, -3, -5, -3, -3, -1, -6,],
[-2, -3, -3, -4, -3, -2, -3, -4, 2, -2, -2, -3, -2, 3, -4, -2, -2, 2, 7, -2, -3, -2, -3, -1, -6,],
[ 0, -3, -4, -4, -1, -3, -3, -4, -4, 3, 1, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 4, -4, 2, -3, -1, -6,],
[-2, -1, 5, 5, -4, 0, 1, -1, -1, -4, -4, -1, -3, -4, -2, 0, -1, -5, -3, -4, 5, -4, 0, -1, -6,],
[-2, -3, -4, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 3, 3, -3, 2, 0, -4, -3, -1, -3, -2, 2, -4, 3, -3, -1, -6,],
[-1, 0, 0, 1, -4, 4, 5, -3, 0, -4, -3, 1, -1, -4, -2, 0, -1, -3, -3, -3, 0, -3, 5, -1, -6,],
[-1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -6,],
[-6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, 1,]]
24 changes: 24 additions & 0 deletions src/beignet/constants/_blosum90.py
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@@ -0,0 +1,24 @@
BLOSUM90 = [[ 5, -2, -2, -3, -1, -1, -1, 0, -2, -2, -2, -1, -2, -3, -1, 1, 0, -4, -3, -1, -2, -2, -1, -1, -6,],
[-2, 6, -1, -3, -5, 1, -1, -3, 0, -4, -3, 2, -2, -4, -3, -1, -2, -4, -3, -3, -2, -3, 0, -1, -6,],
[-2, -1, 7, 1, -4, 0, -1, -1, 0, -4, -4, 0, -3, -4, -3, 0, 0, -5, -3, -4, 5, -4, -1, -1, -6,],
[-3, -3, 1, 7, -5, -1, 1, -2, -2, -5, -5, -1, -4, -5, -3, -1, -2, -6, -4, -5, 5, -5, 1, -1, -6,],
[-1, -5, -4, -5, 9, -4, -6, -4, -5, -2, -2, -4, -2, -3, -4, -2, -2, -4, -4, -2, -4, -2, -5, -1, -6,],
[-1, 1, 0, -1, -4, 7, 2, -3, 1, -4, -3, 1, 0, -4, -2, -1, -1, -3, -3, -3, -1, -3, 5, -1, -6,],
[-1, -1, -1, 1, -6, 2, 6, -3, -1, -4, -4, 0, -3, -5, -2, -1, -1, -5, -4, -3, 1, -4, 5, -1, -6,],
[ 0, -3, -1, -2, -4, -3, -3, 6, -3, -5, -5, -2, -4, -5, -3, -1, -3, -4, -5, -5, -2, -5, -3, -1, -6,],
[-2, 0, 0, -2, -5, 1, -1, -3, 8, -4, -4, -1, -3, -2, -3, -2, -2, -3, 1, -4, -1, -4, 0, -1, -6,],
[-2, -4, -4, -5, -2, -4, -4, -5, -4, 5, 1, -4, 1, -1, -4, -3, -1, -4, -2, 3, -5, 3, -4, -1, -6,],
[-2, -3, -4, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 1, 5, -3, 2, 0, -4, -3, -2, -3, -2, 0, -5, 4, -4, -1, -6,],
[-1, 2, 0, -1, -4, 1, 0, -2, -1, -4, -3, 6, -2, -4, -2, -1, -1, -5, -3, -3, -1, -3, 1, -1, -6,],
[-2, -2, -3, -4, -2, 0, -3, -4, -3, 1, 2, -2, 7, -1, -3, -2, -1, -2, -2, 0, -4, 2, -2, -1, -6,],
[-3, -4, -4, -5, -3, -4, -5, -5, -2, -1, 0, -4, -1, 7, -4, -3, -3, 0, 3, -2, -4, 0, -4, -1, -6,],
[-1, -3, -3, -3, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -4, -2, -3, -4, 8, -2, -2, -5, -4, -3, -3, -4, -2, -1, -6,],
[ 1, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, -2, 5, 1, -4, -3, -2, 0, -3, -1, -1, -6,],
[ 0, -2, 0, -2, -2, -1, -1, -3, -2, -1, -2, -1, -1, -3, -2, 1, 6, -4, -2, -1, -1, -2, -1, -1, -6,],
[-4, -4, -5, -6, -4, -3, -5, -4, -3, -4, -3, -5, -2, 0, -5, -4, -4, 11, 2, -3, -6, -3, -4, -1, -6,],
[-3, -3, -3, -4, -4, -3, -4, -5, 1, -2, -2, -3, -2, 3, -4, -3, -2, 2, 8, -3, -4, -2, -3, -1, -6,],
[-1, -3, -4, -5, -2, -3, -3, -5, -4, 3, 0, -3, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -3, 5, -4, 1, -3, -1, -6,],
[-2, -2, 5, 5, -4, -1, 1, -2, -1, -5, -5, -1, -4, -4, -3, 0, -1, -6, -4, -4, 5, -5, 0, -1, -6,],
[-2, -3, -4, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 3, 4, -3, 2, 0, -4, -3, -2, -3, -2, 1, -5, 4, -4, -1, -6,],
[-1, 0, -1, 1, -5, 5, 5, -3, 0, -4, -4, 1, -2, -4, -2, -1, -1, -4, -3, -3, 0, -4, 5, -1, -6,],
[-1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -6,]]
27 changes: 27 additions & 0 deletions src/beignet/constants/_blosum_vocabulary.py
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@@ -0,0 +1,27 @@
BLOSUM_VOCABULARY = {
"A": 0,
"R": 1,
"N": 2,
"D": 3,
"C": 4,
"Q": 5,
"E": 6,
"G": 7,
"H": 8,
"I": 9,
"L": 10,
"K": 11,
"M": 12,
"F": 13,
"P": 14,
"S": 15,
"T": 16,
"W": 17,
"Y": 18,
"V": 19,
"B": 20,
"J": 21,
"Z": 22,
"X": 23,
"*": 24,
}

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