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Obsidian Chem

Obsidian Downloads Powered by RDKit

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Chem 是一个旨在提升化学相关笔记记录体验的 Obsidian.md 插件。目前，本插件能够将您笔记中的SMILES字符串渲染为化学结构式。（基于 Smiles Drawer 与 RDKit.js）

Note

最新插件版本: 0.4.1
文档版本: 0.4.1

功能介绍

将 SMILES 字符串渲染为化学结构式

代码块渲染

如图所示，本插件能够识别语言被标记为 smiles 的代码块，并将其中的 SMILES 字符串逐行转化为化学结构式。得益于 SMILES 的纯文本特性，数据能够持久保存，该功能将得到稳定支持；此外，由于 SMILES 是一个通用标准，即使本插件换用了其他化学信息学工具包，SMILES 字符串仍能够被正确解析和渲染

渲染 SMILES 字符串

行内渲染

行内渲染功能可以在插件设置页中启用。具有特定前缀的代码行将被 Chem 插件识别、解析。默认的语法格式是 $smiles=C1=CC=CC=C1，前缀同样可以在插件设置页中调整

设置结构图像大小和样式主题

您可以在插件设置页面调整化学结构式的尺寸比例，或指定图像大小，并分别调整浅色模式/深色模式下对应的结构式颜色主题。插件设置发生更改，或浅色/深色模式切换后，图像样式会自动更新

设置大小和样式主题

复制、导出图像

复制功能位于结构图像的右键菜单。图像均以 png 格式导出，并能直接粘贴到笔记中，作为文件保存入附件文件夹，也可以以图片形式粘贴到微信、PowerPoint 等其他软件中。导出比例、透明/有背景色、颜色主题等可以灵活配置。

在代码块中调用 Dataview

在插件设置中启用解析 Dataview功能后，smiles 代码块将逐行被 Dataview 解析，解析结果用于渲染结构图像。内联 Dataview 查询式 (Queries) 和内联 DataviewJS 的启用、前缀等设置与 Dataview 插件本体保持一致。

在 SMILES 代码块中编写内联 Dataview

Warning

本功能依赖 Dataview 插件本体，若要使用本功能，请确保您已安装并启用 Dataview 插件

运行 DataviewJS 需要调用 eval() 函数，具有一定的风险。请确保您输入/粘贴的代码是受信任的

若您希望在启用 Dataview 查询式 (Queries) 时禁用 DataviewJS，请在 Dataview 插件设置中禁用 Enable JavaScript Queries 或 Enable Inline JavaScript Queries 选项

SMILES 介绍

SMILES 是什么？

简化分子线性输入规范，Simplified Molecular-Input Line-Entry System，简称 SMILES，是一种用线性 ASCII 字符串描述化学结构的规范。您可以参阅官方网站或维基百科以了解更多内容

为什么使用 SMILES？

SMILES 使用 ASCII 字符串表示化学结构的特性与 Obsidian 的纯文本编辑器的定位十分契合。作为一种通用规范，SMILES 得到了许多专业化学工具的支持，相比于 mhchem 和 chemfig 等 LaTeX 包，使用起来更加方便；而与其他通用化学结构规范相比，SMILES 的语义明晰，可读性更强

如何生成 SMILES 字符串？

对于简单结构，您在初步学习 SMILES 知识后即可手动输入。对于复杂结构，您可以使用 ChemDraw，ChemDrawJS，MarvinJS 或 Ketcher 等结构编辑器先行绘制，再导出 SMILES 字符串。您可以使用 Obsidian Ketcher 插件在 Obsidian 中直接绘制化学结构，并导出 SMILES 字符串。

您也可以使用 Open Babel，JOELib 或 Chemical Translation Service 等化学语言转换工具/化学数据库，将化合物名称、CAS 号、*.mol 文件等转化为 SMILES 格式

安装步骤

Note

确保您已在设置→第三方插件中禁用安全模式

本插件可以在官方插件市场中找到。在设置→第三方插件→浏览中，搜索 Chem 插件，点击安装并启用

由于网络问题无法浏览插件市场时，请按照以下步骤手动安装

  1. 在本仓库的最新 release 页面中下载 main.js，style.css 和 manifest.json 三个文件，或者下载压缩包后解压
  2. 将上述文件复制到您本地的笔记库的插件路径，如 [yourvault]/.obsidian/plugins/chem/。您可能需要自行新建 chem 这个文件夹
  3. 打开/重启 Obsidian 或刷新插件列表，您将看到 Chem 插件，点击启用，安装完成！

Note

若您希望使用 RDKit.js 作为渲染器，插件会访问 release 页面，尝试下载 RDKit_minimal 和 RDKit_minimal.wasm 两个文件。若您无法连接到 GitHub，请在 release 页面中手动下载它们，并放在 [yourvault]/.obsidian/plugins/chem/rdkit/ 路径下，以供插件识别、加载

插件定位

我希望本插件能够提升化学相关笔记的记录体验。例如，您可能希望在电子实验记录中记下您今天合成的化合物的结构式，或者您想创建有机化学反应的 Anki 卡片等等。下面是一些我认为本插件可以提供的功能：

  • 显示化学式、结构式
  • 从剪切板或常用化学文件导入分子结构
  • 在分子结构旁添加化合物信息，如精确质量等，能够帮到质谱用户和化学初学者
  • 支持以内坐标表示的分子结构，优化计算化学工作流
  • 物理化学LaTeX公式模板，拯救您的物理化学课笔记
  • ......

你们的意见对这个插件的迭代、建设有着很大的帮助。本插件的首个功能——将 SMILES 字符串渲染为结构式，就是在社区用户的呼唤下开发的。我十分感谢用户们的有益讨论 （参见 acknowledgment 部分），也欢迎各位的任何反馈和建议

贡献指南

首先感谢您考虑为本项目添砖加瓦！本插件欢迎任何错误报告（bug report）、功能请求（feature request）和合并请求（pull request）。更多细节请参见贡献指南

Note

您可以直接使用中文提交内容。能力允许时，还希望您能够附上对应的英文关键词/标题，以便潜在的国际用户和开发者检索和阅读。您使用中文提交的内容将由我翻译

开发进展

本项目使用 GitHub Projects 记录开发进展

同类插件推荐

Chem 插件目前专注于将文本渲染为化学结构。如果您希望在 Obsidian 中从头绘制复杂的化学结构，Ketcher 插件集成了一个强大的结构编辑器。

Chemical Structure Renderer 与本插件功能类似。不同于本插件的本机解析、渲染，Chemical Structure Renderer 是由 Ketcher、Indigo 等在线服务驱动的。

致谢

本插件依赖 Smiles Drawer 和 RDKit.js 实现 SMILES 字符串的解析以及结构式绘制的功能。Mathpix 展示了导入 Smiles Drawer 包以及使用代码块语法的实例。向这些杰出的工作表示感谢!

在整个开发过程中，官方开发者文档提供了非常详细的指引，感谢 @marcusolsson 的早期非官方文档，以及对官方开发者文档整理工作的领导!

本插件是在关于“在笔记中包含化学结构式”的论坛讨论的驱动下产生的，感谢论坛成员的启发性讨论！