Para criar um enviroment e instalar as dependêndias, execute:
make install
*Será perguntado o Token de Segurança utilizado na API, e a senha utiliazda na UI.
Para executar as aplicações existêntes, execute:
Executar a API localmente
make launch-api
Executar o Jupyter Notebook
make launch-jupyter
Executar uma UI de uso da API
make launch-ui
Executar uma UI para Analisar informações do BD
make launch-analytics
Visualizar a Documentação
make launch-documentation
Verificar PEP8 dos arquivos desevolvidos
make check-pep
Para colocar a API no Lambda:
*Lembre-se sempre de informar o Token de Segurança da API.
Subir API para Lambda:
make zappa-deploy
Atualizar API do Lambda:
make zappa-update
Retirar API do Lambda:
make zappa-undeploy
###Error
Se aparecer um erro com relação a lib binária, o zappa apareceu com esse bug em alguns projetos. Para solucionar esse problema, olhe o comentario do deanq:
Smart Cdss API é um software desenvolvido para a análise da sensibilidade de antibióticos com base em dados ambulatoriais que podem ser complementados com dados clínicos. Sua utilização implica no envio de informações no formato Json para o endereço url da api. O retorno, no formato Json, possui alguns dados, bem como uma lista de medicamentos que surtem efeito para o caso especificado.
Para utilizar a API, o Header da requisição deve conter duas chaves. A primeira é referente ao conteúdo Json definido no Body. A segunda chave deve ser chamada de ‘Token’ e seu valor deve ser o token de acesso informado.
O Json de entrada deverá possuir o formato especificado nesta seção, não admitindo campos a mais ou a menos. Cada campo possui um tipo (string, bool) sendo que alguns campos aceitam (null). Os campos não aceitam valores que não sejam de seu tipo, resultando em um erro 400. Passar para um campo um valor não especificado aqui, poderá resultar em um erro 400/500 ou em uma resposta vazia.
| Parâmetros | Subseção | Valores |
|---|---|---|
| idade | "recem_nascido”,”lactente”,”crianca”,”adolescente”,”adulto”,”idoso” | |
| sexo | “feminino”,”masculino” | |
| atendimento | “comunitario”,”hospitalar” | |
| subdivisao_sitio | Valor* | |
| grupo | null,Valor* | |
| familia | null,Valor* | |
| microrganismo | null,Valor* | |
| sepse | “baixo”,”moderado”,”alto” | |
| restricoes | diabetico | true,false |
| restricoes | imunossupressao | true,false |
| restricoes | gestante | true,false |
| restricoes | nao_cf | true,false |
| restricoes | nao_pen | true,false |
| restricoes | via_de_administracao | null,”oral”,”parenteral” |
| restricoes | funcao_renal | null,“normal”,“leve-mod”,“mod-grave”,“grave”,“falencia” |
*Valor informado separadamente, correspondente a uma subdivisão de sito, um grupo, uma familia ou um microrganismo válidos na base de dados.
Os campos, “grupo”, “familia” e “microrganismo” são complementares, nessa ordem. Ou seja, não pode haver uma especificação de valor para “familia” com o valor null em “grupo”. Bem como não pode haver uma especificação de valor para “microrganismo”, com os campos “grupo” e “familia” com o valor de null . Caso seja enviado o valor de “alto” para o campo “sepse”, é esperado que o campo “via_de_administracao” possua o valor de “parenteral”. O valor null no campo “via_de_administracao” demonstra que não há restrição quanto a exclusividade da administração do medicamento. As restrições “nao_cf” e “nao_pen” estão relacionadas à não utilização de medicamentos com base no grupo Cefalosporina e Penicilina respectivamente.
Exemplo Json in:
{
"idade": "adulto",
"sexo": "masculino",
"atendimento": "hospitalar",
"subdivisao_sitio": "*********",
"grupo": null,
"familia": null,
"microrganismo": null,
"sepse": "baixo",
"restricoes": {
"diabetico": false,
"imunossupressao": false,
"gestante": false,
"nao_cf": false,
"nao_pen": false,
"via_de_administracao": null,
"funcao_renal": "normal"
}
}O Json de retorno possui apenas dois campos:
- n_critico, o qual possui o valor do número mínimo de amostra que um antibiótico deve ter para não possuir um alerta de amostragem pequena;
- antibioticos, o qual é uma lista de subseções contendo as informações dos antibióticos que atendem a tal consulta.
Tais subseções possuem os seguintes campos:
- medicamento, contendo o nome do antibiótico;
- sensivel, contendo a sensibilidade do medicamento;
- i_c_max, contendo o valor máximo do intervalo de confiança;
- i_c_min, contendo o valor mínimo do intervalo de confiança;
- amostra, contendo a quantidade de ocorrências desse medicamento nesse caso analisado na base de dados;
- dosagem, valor da dosagem (**campo ainda em modificações).
Caso não haja dados suficientes para a consulta, a lista do campo antibioticos retornará vazia.
A lista de antibióticos pode sofre alterações dependendo do valor do campo sepse informado no Json de input. Caso o valor seja ‘baixo“, será retornado uma lista, onde cada elemento será um medicamento com atuação no estado consultado, juntamente com suas informações. Caso o valor seja “moderado” ou “alto”, será retornado uma lista com a combinação dos medicamentos junstamente com uma probabilidade cumulativa.
Exemplo Json out “sepse” = “baixo”:
{
"n_critico": 100 ,
"antibioticos": [
{
"medicamento": "Antib1",
"sensivel": 0.8338198498748958,
"i_c_max": 0.9438104119656554,
"i_c_min": 0.7238292877841361,
"amostra": 44,
"dosagem": 100
},
{
"medicamento": "Antib2",
"sensivel": 0.7798165137614679,
"i_c_max": 0.915177467826587,
"i_c_min": 0.6444555596963487,
"amostra": 36,
"dosagem": 100
}
]
}Exemplo Json out “sepse” = “moderado”/”alto”:
{
"n_critico": 100,
"antibioticos": [
{
"medicamento": "Antib1",
"sensivel": 0.8338198498748958,
"i_c_max": 0.9438104119656554,
"i_c_min": 0.7238292877841361,
"amostra": 44,
"dosagem": 100
},
{
"medicamento": "Antib1 + Antib2",
"sensivel": 0.9098165137614679,
"i_c_max": 0.95177467826587,
"i_c_min": 0.8544555596963487,
"amostra": 76,
"dosagem": 100
},
{
"medicamento": "Antib1 + Antib2 + Antib3",
"sensivel": 0.9598165137614679,
"i_c_max": 0.98177467826587,
"i_c_min": 0.9344555596963487,
"amostra": 101,
"dosagem": 100
}
]
}