-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
/
test_basic_generator.py
191 lines (171 loc) · 25.6 KB
/
test_basic_generator.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
import os
from parse import parse_symcat_conditions, parse_symcat_symptoms, slugify_condition
from generator.basic_module_generator import BasicModuleGenerator
from generator.generator import GeneratorConfig
from generator.helpers import prob_val
class TestBasicGenerator(object):
def test_symcat_2_synthea__generator(self, tmpdir):
sample_symptoms = [
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal distention,\"description_1\",\"cause_description_1\",Cirrhosis,http://www.symcat.com/conditions/cirrhosis,18,http://www.symcat.com/conditions/cirrhosis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal distention,-''-,\"cause_description_1\",Alcoholic liver disease,http://www.symcat.com/conditions/alcoholic-liver-disease,10,http://www.symcat.com/conditions/alcoholic-liver-disease,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal distention,-''-,\"cause_description_1\",Heart failure,http://www.symcat.com/conditions/heart-failure,8,http://www.symcat.com/conditions/heart-failure,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal distention,-''-,\"cause_description_1\",Pleural effusion,http://www.symcat.com/conditions/pleural-effusion,5,http://www.symcat.com/conditions/pleural-effusion,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal distention,-''-,\"cause_description_1\",Liver disease,http://www.symcat.com/conditions/liver-disease,5,http://www.symcat.com/conditions/liver-disease,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal distention,-''-,\"cause_description_1\",Anemia,http://www.symcat.com/conditions/anemia,5,http://www.symcat.com/conditions/anemia,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal distention,-''-,\"cause_description_1\",Pyogenic skin infection,http://www.symcat.com/conditions/pyogenic-skin-infection,5,http://www.symcat.com/conditions/pyogenic-skin-infection,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal distention,-''-,\"cause_description_1\",Fluid overload,http://www.symcat.com/conditions/fluid-overload,5,http://www.symcat.com/conditions/fluid-overload,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,< 1 years,http://www.symcat.com/demographics/age-1-years,0.8x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,1-4 years,http://www.symcat.com/demographics/age-1-4-years,0.0x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,5-14 years,http://www.symcat.com/demographics/age-5-14-years,0.0x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,15-29 years,http://www.symcat.com/demographics/age-15-29-years,0.3x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,30-44 years,http://www.symcat.com/demographics/age-30-44-years,0.8x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,45-59 years,http://www.symcat.com/demographics/age-45-59-years,1.9x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,60-74 years,http://www.symcat.com/demographics/age-60-74-years,2.4x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,75+ years,http://www.symcat.com/demographics/age-75-years,0.3x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,Male,http://www.symcat.com/demographics/sex-male,1.2x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,Female,http://www.symcat.com/demographics/sex-female,0.9x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,Black,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-black,0.9x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,Hispanic,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-hispanic,0.5x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,White,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-white,1.2x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,Other,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-other,0.5x,Abdominal distention,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Bleeding from ear,description_2,\"cause_description_2\",Otitis media,http://www.symcat.com/conditions/otitis-media,34,http://www.symcat.com/conditions/otitis-media,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Bleeding from ear,description_2,\"cause_description_2\",Otitis externa (swimmer's ear),http://www.symcat.com/conditions/otitis-externa-swimmer-s-ear,15,http://www.symcat.com/conditions/otitis-externa-swimmer-s-ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Bleeding from ear,description_2,\"cause_description_2\",Burn,http://www.symcat.com/conditions/burn,8,http://www.symcat.com/conditions/burn,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Bleeding from ear,description_2,\"cause_description_2\",Injury to the face,http://www.symcat.com/conditions/injury-to-the-face,8,http://www.symcat.com/conditions/injury-to-the-face,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Bleeding from ear,description_2,\"cause_description_2\",Ear drum damage,http://www.symcat.com/conditions/ear-drum-damage,7,http://www.symcat.com/conditions/ear-drum-damage,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Bleeding from ear,description_2,\"cause_description_2\",Open wound of the ear,http://www.symcat.com/conditions/open-wound-of-the-ear,5,http://www.symcat.com/conditions/open-wound-of-the-ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Bleeding from ear,description_2,\"cause_description_2\",Foreign body in the ear,http://www.symcat.com/conditions/foreign-body-in-the-ear,3,http://www.symcat.com/conditions/foreign-body-in-the-ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Bleeding from ear,description_2,\"cause_description_2\",Chronic otitis media,http://www.symcat.com/conditions/chronic-otitis-media,2,http://www.symcat.com/conditions/chronic-otitis-media,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,< 1 years,http://www.symcat.com/demographics/age-1-years,2.1x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1-4 years,http://www.symcat.com/demographics/age-1-4-years,4.2x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,5-14 years,http://www.symcat.com/demographics/age-5-14-years,1.7x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,15-29 years,http://www.symcat.com/demographics/age-15-29-years,0.7x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,30-44 years,http://www.symcat.com/demographics/age-30-44-years,0.8x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,45-59 years,http://www.symcat.com/demographics/age-45-59-years,0.5x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,60-74 years,http://www.symcat.com/demographics/age-60-74-years,0.3x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,75+ years,http://www.symcat.com/demographics/age-75-years,1.1x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Male,http://www.symcat.com/demographics/sex-male,1.3x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Female,http://www.symcat.com/demographics/sex-female,0.8x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Black,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-black,0.9x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Hispanic,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-hispanic,1.4x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,White,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-white,0.9x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Other,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-other,1.0x,Bleeding from ear,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,"
]
symptoms = tmpdir.join("symptoms.csv")
sample_data = "\n".join(sample_symptoms)
symptoms.write(sample_data)
filename_symptom = os.path.join(tmpdir, 'symptoms.csv')
symptom_map = parse_symcat_symptoms(filename_symptom)
sample_conditions = [
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal aortic aneurysm,http://www.symcat.com/conditions/abdominal-aortic-aneurysm,Abdominal aortic aneurysm,\"condition_description_1\",\"symptom_summary_1\",Bleeding from ear,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,53,http://www.symcat.com/symptoms/bleeding-from-ear,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
"Abdominal aortic aneurysm,http://www.symcat.com/conditions/abdominal-aortic-aneurysm,Abdominal aortic aneurysm,-''-,\"symptom_summary_1\",Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,35,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,< 1 years,http://www.symcat.com/demographics/age-1-years,0.0x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,1-4 years,http://www.symcat.com/demographics/age-1-4-years,0.0x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,5-14 years,http://www.symcat.com/demographics/age-5-14-years,0.0x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,15-29 years,http://www.symcat.com/demographics/age-15-29-years,0.0x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,30-44 years,http://www.symcat.com/demographics/age-30-44-years,0.1x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,45-59 years,http://www.symcat.com/demographics/age-45-59-years,0.4x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,60-74 years,http://www.symcat.com/demographics/age-60-74-years,2.9x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,75+ years,http://www.symcat.com/demographics/age-75-years,5.0x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,Male,http://www.symcat.com/demographics/sex-male,1.8x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,Female,http://www.symcat.com/demographics/sex-female,0.4x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,Black,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-black,0.4x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,Hispanic,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-hispanic,0.6x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,White,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-white,1.4x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,Other,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-other,0.1x,Abdominal aortic aneurysm,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,Appendicitis,http://www.symcat.com/conditions/appendicitis,Appendicitis,\"condition_description_2\",\"symptom_summary_2\",Abdominal distention,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,91,http://www.symcat.com/symptoms/abdominal-distention,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,< 1 years,http://www.symcat.com/demographics/age-1-years,0.1x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,1-4 years,http://www.symcat.com/demographics/age-1-4-years,0.3x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,5-14 years,http://www.symcat.com/demographics/age-5-14-years,2.2x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,15-29 years,http://www.symcat.com/demographics/age-15-29-years,1.9x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,30-44 years,http://www.symcat.com/demographics/age-30-44-years,1.0x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,45-59 years,http://www.symcat.com/demographics/age-45-59-years,0.7x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,60-74 years,http://www.symcat.com/demographics/age-60-74-years,0.5x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,75+ years,http://www.symcat.com/demographics/age-75-years,0.2x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,,,,,Male,http://www.symcat.com/demographics/sex-male,1.3x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,,,,,Female,http://www.symcat.com/demographics/sex-female,0.8x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Black,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-black,0.4x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Hispanic,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-hispanic,1.5x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,White,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-white,0.0x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,",
",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,http://www.symcat.com/conditions?q=&page=2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Other,http://www.symcat.com/demographics/race-ethnicity-other,1.3x,Appendicitis,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,"
]
conditions = tmpdir.join("conditions.csv")
sample_data_conditions = "\n".join(sample_conditions)
conditions.write(sample_data_conditions)
filename_condition = os.path.join(tmpdir, 'conditions.csv')
condition_map = parse_symcat_conditions(filename_condition)
key1 = "abdominal-distention"
key2 = "bleeding-from-ear"
prob = "distribution"
name = "name"
state = "states"
dist_dis = "distributed_transition"
M = "Male"
F = "Female"
black = "Race_Black"
hispa = "Race_Hispanic"
white = "Race_White"
other = "Race_Other"
a0_1 = "Ages_Less_1"
a1_4 = "Ages_1_4"
a5_14 = "Ages_5_14"
a15_29 = "Ages_15_29"
a30_44 = "Ages_30_44"
a45_59 = "Ages_45_59"
a60_74 = "Ages_60_74"
a75 = "Ages_75_More"
sym = "symptom"
tran1 = "Simple_Transition_1"
tran2 = "Simple_Transition_2"
ndigits = 4
gen_config = GeneratorConfig()
generator = BasicModuleGenerator(gen_config)
modules = {
key: generator.generate_module(value, symptom_map)
for key, value in condition_map.items()
}
key1 = slugify_condition("Abdominal aortic aneurysm")
key2 = slugify_condition("Appendicitis")
assert len(modules) == 2
##################### Test for condition 1 ############################
assert key1 in modules
assert modules[key1][name] == "Abdominal aortic aneurysm"
assert modules[key1][state][M][dist_dis][0][prob] == prob_val(1.8)
assert modules[key1][state][F][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.4)
assert modules[key1][state][black][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.4)
assert modules[key1][state][hispa][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.6)
assert modules[key1][state][white][dist_dis][0][prob] == prob_val(1.4)
assert modules[key1][state][other][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.1)
assert a0_1 not in modules[key1][state]
assert a1_4 not in modules[key1][state]
assert a5_14 not in modules[key1][state]
assert a15_29 not in modules[key1][state]
assert modules[key1][state][a30_44][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.1)
assert modules[key1][state][a45_59][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.4)
assert modules[key1][state][a60_74][dist_dis][0][prob] == prob_val(2.9)
assert modules[key1][state][a75][dist_dis][0][prob] == prob_val(5.0)
assert modules[key1][state]["Symptom_1"][sym] == "Bleeding from ear"
assert modules[key1][state][tran1][dist_dis][0][prob] == 0.53
assert modules[key1][state]["Symptom_2"][sym] == "Abdominal distention"
assert modules[key1][state][tran2][dist_dis][0][prob] == 0.35
##################### Test for condition 2 ############################
assert key2 in modules
assert modules[key2][name] == "Appendicitis"
assert modules[key2][state][M][dist_dis][0][prob] == prob_val(1.3)
assert modules[key2][state][F][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.8)
assert modules[key2][state][black][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.4)
assert modules[key2][state][hispa][dist_dis][0][prob] == prob_val(1.5)
assert modules[key2][state][white][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.001)
assert modules[key2][state][other][dist_dis][0][prob] == prob_val(1.3)
assert modules[key2][state][a0_1][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.1)
assert modules[key2][state][a1_4][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.3)
assert modules[key2][state][a5_14][dist_dis][0][prob] == prob_val(2.2)
assert modules[key2][state][a15_29][dist_dis][0][prob] == prob_val(1.9)
assert modules[key2][state][a30_44][dist_dis][0][prob] == prob_val(1.0)
assert modules[key2][state][a45_59][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.7)
assert modules[key2][state][a60_74][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.5)
assert modules[key2][state][a75][dist_dis][0][prob] == prob_val(0.2)
assert modules[key2][state]["Symptom_1"][sym] == "Abdominal distention"
assert modules[key2][state][tran1][dist_dis][0][prob] == 0.91