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# FUNCTIONS #
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#################################################################################
# GLOBALS #
#################################################################################
#################################################################################
# RULES #
#################################################################################
rule all:
input:
"data/interim/mic_class_dataframe2.pkl",
"data/interim/mic_class_order_dict2.pkl"
rule mics:
input:
"data/raw/GenotypicAMR_Master.xlsx"
output:
"data/interim/mic_class_dataframe2.pkl",
"data/interim/mic_class_order_dict2.pkl"
script:
"src/data/bin_mics.py"
rule test:
input:
"data/raw/ResolvedCIPARS_SRL (1).xlsx"
output:
"data/interim/mic_class_dataframe_test.pkl",
"data/interim/mic_class_order_dict_test.pkl"
params:
class_labels="data/interim/test_amp_classes.yaml"
script:
"src/data/bin_mics.py"