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GeneKmer.snakefile
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GeneKmer.snakefile
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# FUNCTIONS #
#################################################################################
#################################################################################
# GLOBALS #
#################################################################################
def get_fasta(fl):
fasta_files = expand(shell("grep -v '^#' data/interim/fasta_files_list_no_ecoli.txt"))
#################################################################################
# RULES #
#################################################################################
rule all:
#input: "data/interim/gene_kmers/cmy2_kmer_ftests.tsv"
input: "data/gene_kmers/nongrdi_blastdb.nin"
rule db:
input:
"data/interim/fasta_files_list_no_ecoli.txt"
output:
"data/gene_kmers/nongrdi_blastdb.nin"
params:
tmp="tmp.fasta",
blastdb="data/gene_kmers/nongrdi_blastdb"
shell:
"cat $(grep -v '^#' {input[0]}) > {params.tmp}"
"makeblastdb -in {params.tmp} -out {params.blastdb} -dbtype 'nucl' -max_file_sz '4GB'"
rule blast:
input:
"data/interim/fasta_files_list_no_ecoli.txt"
output:
"data/gene_kmers/cmy2_blast_results/log.txt"
params:
script:
"src/data/make_kmer_table.py"