Python3 源码安装 #13
shenweiyan
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1.3-折腾
Python3 源码安装
#13
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编程，作为生物信息学的一个基础性技能，是任何一个生信工程师都无法绕开话题。也许有些人还在纠结 Perl 和 Python 到底应该学习哪一个，但作为目前最火最流行的编程语言 Python 还是非常值得尝试的。它不但可以进行文本处理，在统计、网站、游戏、爬虫、数据可视化等方面也有非常强大的应用，比起曾经的 Perl 真的强大和全面很多，且比 Perl 更容易入手。不管从长远发展，还是短期需要，学会 Python，看懂 Perl (或者先学 Python，后学 Perl) 应该是每一个生信工程必备的基础技能之一。
工欲善其事，必先利其器。关于 Python 安装教程在网上一搜一大把，但总感觉不够全面，尤其对于中间出现的一些问题的解决方法不尽如人意。鉴于此，本文基于 CentOS/RHEL Linux 对 Python 的源码编译安装进行了一下简单的总结，记录如下。
安装环境
Red Hat 6.5 + GCC 4.4.7（GCC-7.3.0 - 此版本 gcc 为手动安装）。
GCC 高级版本手动或者
yum安装参考以下文章：解决依赖
如果您拥有 root 权限，请执以下依赖安装：
如果您没有 root 权限，可以参考《手把手教你在 Linux 源码安装最新版本的 R》一文，手动一个个去解决以上的依赖。
_sqlite3
执行 make 过程中提示 _sqlite3 not found，如下：
系统已安装 sqlite3
如果执行 rpm -qa|grep sqlite 看到 sqlite 和 sqlite-devel 都已经安装（libsqlite3.so 默认保存在 /usr/lib64 下；
sqlite3.h默认保存在/usr/include下）。$ sqlite3 -version 3.6.20 $ ll /usr/lib64/libsqlite3.so lrwxrwxrwx 1 root root 19 Apr 23 2015 /usr/lib64/libsqlite3.so -> libsqlite3.so.0.8.6 $ ll /usr/include/sqlite3.h -rw-r--r-- 1 root root 263K Nov 25 2009 /usr/include/sqlite3.h但是，执行
make依然出现以上报错，参考下面的方法《python build from source: cannot build optional module sqlite3 - Stack Overflow》。手动安装 sqlite3
$ wget https://www.sqlite.org/2021/sqlite-autoconf-3360000.tar.gz --no-check-certificate $ tar zvxf sqlite-autoconf-3360000.tar.gz $ cd sqlite-autoconf-3360000 $ ./configure --prefix=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/sqlite-3.36.0 $ make $ make install配置 sqlite3
对于 3.11.x 以上版本的 Python 可以在
configure指定自定义安装的 sqlite3 路径解决_sqlite3依赖。有些低版本的 Python (如 3.7) 可能需要再源码文件中加入
sqlite3.h的文件路径。_ssl
Python3 需要引用
openssl模块，但是 python3.7+ 在 CentOS 中要求的 openssl 版本最低为 1.0.2，而 CentOS 默认的为 1.0.1（CentOS-6.x 通过yum源安装的 openssl 的最高版本是 1.0.1），所以需要手动更新 openssl。对于 openssl 版本的选择，建议至少选择 1.1.1+ 版本：
请注意：
--with-openssl的自定义路径，依然会导致Could not build the ssl module!报错！yum安装的最高版本的 openssl-1.0.2k 目前发现依然会导致Could not build the ssl module，建议从 https://www.openssl.org/source/old/ 下载 1.1.1 的源码编译安装。最后，在 Python 执行
configure的时候指定 openssl 的相关参数：_tkinter
Tkinter 模块缺失是一个比较棘手的问题，为此专门写了一篇文章来介绍这个问题。
具体请参考：Python 中 tkinter 源码安装使用与中文乱码 - Knowledge-Garden#12
_dbm
_dbm和_gdbm的模块缺失可以通过下面手动的方法解决。最后，增加环境变量，并调整 Python 执行
configure时的参数：_lzma
正常情况下，下面的方法可以解决该问题（如果您有 root 权限的话）。
普通用户可以手动安装解决：
$ wget https://tukaani.org/xz/xz-5.2.5.tar.gz --no-check-certificat $ tar zvxf xz-5.2.5.tar.gz $ cd xz-5.2.5 $ ./configure --prefix=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/xz-5.2.5 $ make $ make install最后，配置环境：
_ctypes
在 CentOS 6.x 安装
libffi-devel的时候出现以下问题：可以使用下面的方法安装：
手动的源码方法安装如下：
pygraphviz
如果你不需要使用 pygraphviz，可以不用管这个依赖。
参考：《Installation:fatal error: 'graphviz/cgraph.h' file not found》
推荐把安装好的 graphviz 添加到环境变量，这样可以避免运行过程中出现："pygraphviz/graphviz_wrap.c:2987:29: fatal error: graphviz/cgraph.h: No such file or directory" 无法找到头文件的异常。
如果 graphviz 添加到环境变量，
pygraphviz的 python 包可以参考下面的方法安装：编译安装
这里的编译安装，以 Python-3.11.6 为示例。
第一，下载 Python 源码，解压。
第二，进入解压的源码路径，编译 Python 源码。
--enable-optimizations是优化选项（LTO，PGO 等）加上这个 flag 编译后，性能有 10% 左右的优化，但是这会明显的增加编译时间。建议使用这个参数；--prefix声明安装路径；--enable-shared，指定不同路径即可。当开启--enable-shared时，默认只有一个版本的 python。make过程可能出错。make过程如果出现ModuleNotFoundError: No module named '_ctypes'或者INFO: Could not locate ffi libs and/or headers参考：https://groups.google.com/forum/#!topic/comp.lang.python/npv-wzmytzo--with-openssl=DIR依然无法解决 ssl 模块的问题，可以参考修改 Modules/Setup.dist 文件（默认这块是注释的，放开注释即可。这块功能是开启 SSL 模块，不然会出现安装完毕后，提示找不到 ssl 模块的错误）再执行 configure，修改内容如下：第三，Makefile 生后依次在当前路径执行编译和安装命令。
make && make install第四，安装完成。以上命令执行完毕，且无报错的情况下，我们将默认 python 换将切换至 3.11.6（一般不建议替换，个人建议把自定义安装的 Python bin 路径添加到 PATH 环境变量即可）：
运行命令
python -V，查看是否出现 3.11.6 的版本，出现即为安装成功。其他工具
Python >= 3.10 在安装时候，默认会同时安装 pip3！如果你的 python < 3.10，可以参考下面的方法安装 pip。
# 下载 setuptools 和 pip 安装程序 curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py python3 get-pip.py至此，CentOS Linux release 6.5 下的 python-3.11.6 全部安装完成。如果在安装过程中出现其他的报错，建议把 error 关键信息直接复制到 Google 进行检索，参考其他人的解决方法。
其他异常与解决
_bz2
在 CentOS 7 中安装 Python-3.6.9 中发现 make 过程中一直提示："ModuleNotFoundError: No module named '_bz2'"，尽管
sudo yum install bzip2 bzip2-devel已经安装了 bzip2 的依赖，问题还是不得其解。最后参考 stackoverflow 上的《Correctly building local python3, with bz2 support》，终于解决问题，下面记录一下。Correctly building local python3, with bz2 support
手动安装 bzip2：
几点说明：
编译安装 Python-3.6.9：
./configure --help中没有--with-openssl参数！有点神奇，我也不知道原因。from _bz2 import BZ2Compressor, BZ2Decompressor测试一下_bz2是否可用。参考资料
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