ngs_POST.sh

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# SINGLE-END READS
# INPUT: $SAMPLE/trim/unaligned_1.fq
# OUTPUT: $SAMPLE/trim/unaligned_1.fq.gz
#
# PAIRED-END READS
# INPUT: $SAMPLE/trim/unaligned_1.fq and $SAMPLE/trim/unaligned_2.fq
# OUTPUT: $SAMPLE/trim/unaligned_1.fq.gz and $SAMPLE/trim/unaligned_2.fq.gz
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# USAGE
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NGS_USAGE+="Usage: `basename $0` post OPTIONS sampleID    --  clean up RUM and trimmed data\n"

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# HELP TEXT
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ngsHelp_POST() {
	echo -e "Usage:\n\t`basename $0` post [-i inputDir] sampleID"
	echo -e "Input:\n\tsampleID/INPUTDIR/*.fq"
	echo -e "Output:\n\tsampleID/INPUTDIR/*.fq.gz"
	echo -e "OPTIONS:"
	echo -e "\t-i - directory containing fastq files to be compressed with gzip (default: sampleID/trim).\n" 
	echo -e "Compresses all files that end with 'fq'. For example the unaligned_1.fq file in the trim directory will be compressed with gzip and renamed unaligned_1.fq.gz."
}

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# LOCAL VARIABLES WITH DEFAULT VALUES. Using the naming convention to
# make sure these variables don't collide with the other modules.
##########################################################################################

ngsLocal_POST_INP_DIR="trim"

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# PROCESSING COMMAND LINE ARGUMENTS
# POST args: sampleID
##########################################################################################

ngsArgs_POST() {
	if [ $# -lt 1 ]; then printHelp "POST"; fi

	# getopts doesn't allow for optional arguments so handle them manually
	while true; do
		case $1 in
			-i) ngsLocal_POST_INP_DIR=$2
				shift; shift;
				;;
			-*) printf "Illegal option: '%s'\n" "$1"
				printHelp $COMMAND
				exit 0
				;;
 			*) break ;;
		esac
	done

	SAMPLE=$1
}

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# RUNNING COMMAND ACTION
# POST command. Compresses trimming data.
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ngsCmd_POST() {
	prnCmd "# BEGIN: POST PROCESSING"
	
	prnCmd "gzip $SAMPLE/$ngsLocal_POST_INP_DIR/*fq"
	if ! $DEBUG; then 
		gzip $SAMPLE/$ngsLocal_POST_INP_DIR/*fq
	fi
	
	prnCmd "# FINISHED: POST PROCESSING"
}