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#!/bin/bash
# Copyright (c) 2012,2013, Stephen Fisher and Junhyong Kim, University of
# Pennsylvania. All Rights Reserved.
#
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# located at
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# http://kim.bio.upenn.edu/software/LICENSE
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# Unless required by applicable law or agreed to in writing, this
# software is distributed on an "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR
# CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. See the License
# for the specific language governing permissions and limitations
# under the License.
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# INPUT: n/a
# OUTPUT: n/a
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# USAGE
##########################################################################################
NGS_USAGE+="Usage: `basename $0` help COMMAND -- expanded command help (ex: `basename $0` help blast)\n"
##########################################################################################
# HELP TEXT
##########################################################################################
ngsHelp_HELP() {
echo -e "Usage:\n\t`basename $0` help COMMAND\n"
echo -e "Example:\n\t`basename $0` help blastdb"
}
##########################################################################################
# PROCESSING COMMAND LINE ARGUMENTS
# HELP args: command
##########################################################################################
ngsArgs_HELP() {
if [ $# -lt 1 ]; then printHelp "HELP"; fi
# convert module name to uppercase
helpModule=$( echo $1 | tr "[a-z]" "[A-Z]" )
printHelp $helpModule
exit 0
}