LEGGIMI.txt

Riccardo Bertossa, 2018
SISSA

1) Introduzione

    Programma che esegue molti tipi di analisi su traiettorie in formato binario o
    testuale. È posssibile utilizzare traiettorie direttamente generate da LAMMPS
    nel formato .bin con "id type xu yu zu vx vy vz" per le analisi che utilizzano
    le posizioni o le velocità degli atomi (spettro vibrazionale, spostamento
    quadratico medio, funzione di van Hove -- g(r), istogramma del numero di
    vicini) oppure partendo da file di testo con dati in colonna per le analisi che
    utilizzano le correnti (calcolo dei coefficienti di Green-Kubo). Sono presenti
    nella cartella dei sorgenti degli script python che convertono l'output del
    programma cp.x di Quantum Espresso nel formato convertibile nel formato
    binario di LAMMPS (vedi help del programma). Il programma può convertire anche in
    questo formato le traiettorie di gromacs.
    
    Per compilare utilizzare cmake.
    Il programma presenta una parallelizzazione con i thread e con mpi (solo per
    l'analisi a blocchi). Se si utilizza la parallelizzazione mpi ciascun
    blocco viene assegnato ad un processo, quindi conviene utilizzare un
    numero di blocchi multiplo del numero di processi. Bisogna ancora
    utilizzare la parallelizzazione sui thread all'interno di ogni nodo di
    calcolo per essere efficienti (opzione -N [#threads]).
    
    Dipendenze:
    compilatore C++11
    kernel unix (mmap)
    FFTW3
    Eigen3
    Boost (program_options)
    Mpi (opzionale)
    libxdrfile (formato file di gromacs -- opzionale )


2) Compilazione

    (mpi, in una cartella separata dai sorgenti)
    
      cmake [cartella sorgenti] -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DUSE_MPI=ON
      make
    
    
    se non si vuole utilizzare MPI, eseguire 
    
      cmake [cartella sorgenti]
      make
    

    visualizzare l'aiuto con
    
      ./analisi --help

    se cmake non trova le librerie (viene detto durante la configurazione)
    potrebbe essere necessario specificarle manualmente con
    -D[nome variabile mancante]=[percorso della libreria .so oppure .a]
    fra gli argomenti con cui viene chiamato cmake

3) Struttura

    La classe Traiettoria legge i file binari di LAMMPS e applica opzionalmente le
    pbc.
    La classe MediaBlocchiG (mediablocchi.h) esegue le medie a blocchi su oggetti generali che
    supportano le operazioni necessarie a calcolare la media e la varianza. Qui è
    svolta la parallelizzazione MPI. Ci sono molte classi che vi si interfacciano.
    In main.cpp vengono lette le opzioni da riga di comando e impostati i vari
    calcoli che è possibile fare.
    La parallelizzazione sui thread è svolta con la libreria standard del C++11

    Per aggiungere altri calcoli utilizzare come esempio la classe che calcola
    lo spostamento quadratico medio Msd (msd.h,msd.cpp).