leafcutterFilePrep.sh

#!/bin/bash

### UVA-CPHG MILLER LAB'S LEAFCUTTER FILE PREP PIPELINE ###

#Flags:
main_dir="PATH_TO_DATA"
BAM_dir="PATH_TO_BAM_FILES"
JUNC_dir="PATH_JUNC_FILES"

##################################################################################################
### INDEX BAM FILES WITH SAMTOOLS ###
module load samtools/1.10
cat ${main_dir}/samples.txt | while read sample || [[ -n $line ]];
do 
    sbatch -A "GROUP" \
           -p parallel \
           -t 1:00:00 \
           --mem=10g \
           -N 2 \
           -n 20 \
           --job-name=${sample}_index_log.out \
           --wrap="samtools index ${BAM_dir}/${sample}_Aligned.sortedByCoord.out.bam"
done
##################################################################################################


##################################################################################################
### JUNCTION FILE CREATION ###
cat ${main_dir}/samples.txt | while read sample || [[ -n $line ]];
do
    sbatch -A "GROUP" \
           -p parallel \
           -t 1:00:00 \
           --mem=10g \
           -N 2 \
           -n 20 \
           --job-name=${sample}_junc_log.out \
           --wrap="regtools junctions extract \
                            -a 8 \
                            -m 50 \
                            -s 0 \
                            -M 100000 \
                            ${BAM_dir}/${sample}_Aligned.sortedByCoord.out.bam \
                            -o ${JUNC_dir}/${sample}.bam.junc" 
done
##################################################################################################


#Make sure to filter unwanted/unknown chromosomes from junc files and then gzip them