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애플리케이션의 부족 : 대부분의 이용자들이 MS 윈도우즈기반의 GUI에 익숙한 반면, 오픈소스는 GUI가 일반적이지 않다. 또 오픈소스는 리눅스 기반으로 개발된 애플리케이션이 많기 때문에 윈도우즈 기반 애플리케이션과는 호환되니 않는다.
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빈약한 문서 : 오픈소스를 수정하여 원하는 애플리케이션을 제작하고자 할 경우 문서화가 중요한데, 상용 프로그램에 비해 오픈소스는 체게적인 문저를 갖지 않은 경우가 많다. 경우에 따라서는 개발과정을 지체시키는 원인이 되기도 한다.
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불확실한 로드맵 : 오픈소스는 영리를 목적으로 하는 회사에서 개발되는 것이 아니라 개인의 자발적인 참여를 통해 개발되는 경우가 많기 때문에 독점 프로그램에서 볼 수 있는 로드맵을 기대하기는 어렵다. 어느날 갑자기 단종되고, 업그레이드가 중단되는 경우도 있다.
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지적재산권 : 일반적으로 오픈소스를 수정한 프로그램은 사용료 없이 배포할 것을 요구한다. 따라서 기업이 보유한 특허를 소스코드에 포함시켜 재배포하려는 경우 반드시 명확한 입장을 밝히고 오픈소스 저작권자의 정책을 고려해야 한다.