informacion_interes.ipynb

{
 "cells": [
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "caed7264",
   "metadata": {},
   "source": [
    "# Información de importancia SEREMI salud Aysén\n",
    "\n",
    "### Objetivo:\n",
    "\n",
    "- Analizar datos regionales de `etapa_clinica` por semana epidemiologica\n",
    "- Casos confirmados/probables por semana epidemiologica\n",
    "- Tasas de Incidencia \n",
    "\n",
    "$\\frac{Casos\\:confirmados\\:+\\:Casos\\:probables}{Población}\\:en\\:semana\\:x$\n",
    "\n",
    "#### Observación:\n",
    "\n",
    "- Datos anteriores son necesarios a nivel regional y comunal, además de por semana epidemiologica como acumulado\n"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "5f3749b3",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Importación de datos y librerias"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 1,
   "id": "2f15edd2",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Importa librerias necesarias para el análisis\n",
    "\n",
    "import pandas as pd\n",
    "import numpy as np\n",
    "import plotly.express as px"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 2,
   "id": "20c7abe1",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Importa base de datos generada mediante merging \n",
    "\n",
    "data = pd.read_csv(\"data/df_clean.csv\", \n",
    "                   low_memory=False\n",
    "                  )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 11,
   "id": "12e45a9a",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>Unnamed: 0</th>\n",
       "      <th>id_formulario_eno</th>\n",
       "      <th>numero_folio</th>\n",
       "      <th>id_enfermedad_eno</th>\n",
       "      <th>enfermedad_notificada</th>\n",
       "      <th>semana_epidemiologica</th>\n",
       "      <th>fecha_notificacion</th>\n",
       "      <th>etapa_clinica</th>\n",
       "      <th>establecimiento_salud</th>\n",
       "      <th>region</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>fecha_resultado_otro_cultivo_3</th>\n",
       "      <th>factor_riesgo_caso_confirmado</th>\n",
       "      <th>factor_riesgo_caso_sospechoso</th>\n",
       "      <th>factor_riesgo_viaje_internacional</th>\n",
       "      <th>factor_riesgo_viaje_nacional</th>\n",
       "      <th>ningun_factor_riesgo</th>\n",
       "      <th>test_antigeno_sars_positivo</th>\n",
       "      <th>tac_torax_covid</th>\n",
       "      <th>condicion</th>\n",
       "      <th>region_separacion</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>0</th>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>100166</td>\n",
       "      <td>50166</td>\n",
       "      <td>50</td>\n",
       "      <td>Coronavirus (COVID-19)</td>\n",
       "      <td>11</td>\n",
       "      <td>2020-03-12</td>\n",
       "      <td>DESCARTADA</td>\n",
       "      <td>Hospital Regional (Coihaique)</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>1 rows × 276 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "   Unnamed: 0  id_formulario_eno  numero_folio  id_enfermedad_eno  \\\n",
       "0           0             100166         50166                 50   \n",
       "\n",
       "    enfermedad_notificada  semana_epidemiologica fecha_notificacion  \\\n",
       "0  Coronavirus (COVID-19)                     11         2020-03-12   \n",
       "\n",
       "  etapa_clinica          establecimiento_salud  \\\n",
       "0    DESCARTADA  Hospital Regional (Coihaique)   \n",
       "\n",
       "                                              region  ...  \\\n",
       "0  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  ...   \n",
       "\n",
       "  fecha_resultado_otro_cultivo_3 factor_riesgo_caso_confirmado  \\\n",
       "0                            NaN                           NaN   \n",
       "\n",
       "  factor_riesgo_caso_sospechoso  factor_riesgo_viaje_internacional  \\\n",
       "0                           NaN                                NaN   \n",
       "\n",
       "  factor_riesgo_viaje_nacional ningun_factor_riesgo  \\\n",
       "0                          NaN                  NaN   \n",
       "\n",
       "  test_antigeno_sars_positivo tac_torax_covid condicion  \\\n",
       "0                         NaN             NaN       NaN   \n",
       "\n",
       "                                   region_separacion  \n",
       "0  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  \n",
       "\n",
       "[1 rows x 276 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 11,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "# Filtra datos obtenidos solo para pacientes con residencia en la Región de Aysén\n",
    "\n",
    "data_aysen = data[data['region_residencia'] == 'Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo']\n",
    "\n",
    "data_aysen.head(1)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 12,
   "id": "a02e25d3",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "Validada       156514\n",
       "Inconcluso       8560\n",
       "No validada       322\n",
       "Name: estado_caso, dtype: int64"
      ]
     },
     "execution_count": 12,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "data_aysen['estado_caso'].value_counts()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 13,
   "id": "10d9da69",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "SEREMI De Aisén del General Carlos Ibañez del Campo    154787\n",
       "SEREMI De Los Lagos                                      3562\n",
       "SEREMI Metropolitana de Santiago                         3550\n",
       "SEREMI De La Araucanía                                    999\n",
       "SEREMI De Los Ríos                                        607\n",
       "SEREMI Del Biobío                                         602\n",
       "SEREMI De Valparaíso                                      384\n",
       "SEREMI Del Maule                                          279\n",
       "SEREMI Del Ñuble                                          277\n",
       "SEREMI Del Libertador Gral. B. OHiggins                   182\n",
       "SEREMI De Coquimbo                                         97\n",
       "SEREMI De Magallanes y la Antártica Chilena                30\n",
       "SEREMI De Antofagasta                                      22\n",
       "SEREMI De Tarapacá                                          7\n",
       "SEREMI De Atacama                                           6\n",
       "SEREMI De Arica y Parinacota                                5\n",
       "Name: seremi, dtype: int64"
      ]
     },
     "execution_count": 13,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "data_aysen['seremi'].value_counts()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 14,
   "id": "fa7e6244",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "True     162310\n",
       "False      3086\n",
       "Name: vigente_no_eliminado, dtype: int64"
      ]
     },
     "execution_count": 14,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "data_aysen['vigente_no_eliminado'].value_counts()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 15,
   "id": "93bd512d",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "Coronavirus (COVID-19)    165396\n",
       "Name: enfermedad_notificada, dtype: int64"
      ]
     },
     "execution_count": 15,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "data_aysen['enfermedad_notificada'].value_counts()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "f9551d19",
   "metadata": {},
   "source": [
    "Adicionalmente datos deben ser filtrados para otras dos variables: \n",
    "\n",
    "|variable|tipo|valor a mantener|valor a eliminar|\n",
    "|---|---|---|---|\n",
    "|`seremi`|Text|SEREMI De Aisén del General Carlos Ibañez del Campo|otros|\n",
    "|`estado_caso`|Text|Validada e Inconcluso|No validada|\n",
    "|`vigente_no_eliminado`|Boolean|t|f|\n",
    "\n"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 16,
   "id": "68ec24f5",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>Unnamed: 0</th>\n",
       "      <th>id_formulario_eno</th>\n",
       "      <th>numero_folio</th>\n",
       "      <th>id_enfermedad_eno</th>\n",
       "      <th>enfermedad_notificada</th>\n",
       "      <th>semana_epidemiologica</th>\n",
       "      <th>fecha_notificacion</th>\n",
       "      <th>etapa_clinica</th>\n",
       "      <th>establecimiento_salud</th>\n",
       "      <th>region</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>fecha_resultado_otro_cultivo_3</th>\n",
       "      <th>factor_riesgo_caso_confirmado</th>\n",
       "      <th>factor_riesgo_caso_sospechoso</th>\n",
       "      <th>factor_riesgo_viaje_internacional</th>\n",
       "      <th>factor_riesgo_viaje_nacional</th>\n",
       "      <th>ningun_factor_riesgo</th>\n",
       "      <th>test_antigeno_sars_positivo</th>\n",
       "      <th>tac_torax_covid</th>\n",
       "      <th>condicion</th>\n",
       "      <th>region_separacion</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>165354</th>\n",
       "      <td>165354</td>\n",
       "      <td>7007703</td>\n",
       "      <td>6957703</td>\n",
       "      <td>50</td>\n",
       "      <td>Coronavirus (COVID-19)</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>2021-01-15</td>\n",
       "      <td>DESCARTADA</td>\n",
       "      <td>Clínica Alemana</td>\n",
       "      <td>Región Metropolitana de Santiago</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>True</td>\n",
       "      <td>NO</td>\n",
       "      <td>NO</td>\n",
       "      <td>no</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>120496</th>\n",
       "      <td>120496</td>\n",
       "      <td>13551407</td>\n",
       "      <td>13501407</td>\n",
       "      <td>50</td>\n",
       "      <td>Coronavirus (COVID-19)</td>\n",
       "      <td>23</td>\n",
       "      <td>2021-06-09</td>\n",
       "      <td>DESCARTADA</td>\n",
       "      <td>Centro de Salud Familiar Puerto Aysen</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>True</td>\n",
       "      <td>NO</td>\n",
       "      <td>NO</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>113455</th>\n",
       "      <td>113455</td>\n",
       "      <td>13044804</td>\n",
       "      <td>12994804</td>\n",
       "      <td>50</td>\n",
       "      <td>Coronavirus (COVID-19)</td>\n",
       "      <td>22</td>\n",
       "      <td>2021-05-31</td>\n",
       "      <td>DESCARTADA</td>\n",
       "      <td>Actividades gestionadas por la Dirección del S...</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>True</td>\n",
       "      <td>DESCONOCIDO</td>\n",
       "      <td>DESCONOCIDO</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>79074</th>\n",
       "      <td>79074</td>\n",
       "      <td>10134164</td>\n",
       "      <td>10084164</td>\n",
       "      <td>50</td>\n",
       "      <td>Coronavirus (COVID-19)</td>\n",
       "      <td>13</td>\n",
       "      <td>2021-03-29</td>\n",
       "      <td>CONFIRMADA</td>\n",
       "      <td>Actividades gestionadas por la Dirección del S...</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>True</td>\n",
       "      <td>NO</td>\n",
       "      <td>NO</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>100850</th>\n",
       "      <td>100850</td>\n",
       "      <td>12142595</td>\n",
       "      <td>12092595</td>\n",
       "      <td>50</td>\n",
       "      <td>Coronavirus (COVID-19)</td>\n",
       "      <td>19</td>\n",
       "      <td>2021-05-11</td>\n",
       "      <td>DESCARTADA</td>\n",
       "      <td>Ejercicio libre de la profesión XI región</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>False</td>\n",
       "      <td>True</td>\n",
       "      <td>NO</td>\n",
       "      <td>NO</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>5 rows × 276 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "        Unnamed: 0  id_formulario_eno  numero_folio  id_enfermedad_eno  \\\n",
       "165354      165354            7007703       6957703                 50   \n",
       "120496      120496           13551407      13501407                 50   \n",
       "113455      113455           13044804      12994804                 50   \n",
       "79074        79074           10134164      10084164                 50   \n",
       "100850      100850           12142595      12092595                 50   \n",
       "\n",
       "         enfermedad_notificada  semana_epidemiologica fecha_notificacion  \\\n",
       "165354  Coronavirus (COVID-19)                      2         2021-01-15   \n",
       "120496  Coronavirus (COVID-19)                     23         2021-06-09   \n",
       "113455  Coronavirus (COVID-19)                     22         2021-05-31   \n",
       "79074   Coronavirus (COVID-19)                     13         2021-03-29   \n",
       "100850  Coronavirus (COVID-19)                     19         2021-05-11   \n",
       "\n",
       "       etapa_clinica                              establecimiento_salud  \\\n",
       "165354    DESCARTADA                                    Clínica Alemana   \n",
       "120496    DESCARTADA              Centro de Salud Familiar Puerto Aysen   \n",
       "113455    DESCARTADA  Actividades gestionadas por la Dirección del S...   \n",
       "79074     CONFIRMADA  Actividades gestionadas por la Dirección del S...   \n",
       "100850    DESCARTADA          Ejercicio libre de la profesión XI región   \n",
       "\n",
       "                                                   region  ...  \\\n",
       "165354                   Región Metropolitana de Santiago  ...   \n",
       "120496  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  ...   \n",
       "113455  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  ...   \n",
       "79074   Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  ...   \n",
       "100850  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  ...   \n",
       "\n",
       "       fecha_resultado_otro_cultivo_3 factor_riesgo_caso_confirmado  \\\n",
       "165354                            NaN                         False   \n",
       "120496                            NaN                         False   \n",
       "113455                            NaN                         False   \n",
       "79074                             NaN                         False   \n",
       "100850                            NaN                         False   \n",
       "\n",
       "       factor_riesgo_caso_sospechoso  factor_riesgo_viaje_internacional  \\\n",
       "165354                         False                              False   \n",
       "120496                         False                              False   \n",
       "113455                         False                              False   \n",
       "79074                          False                              False   \n",
       "100850                         False                              False   \n",
       "\n",
       "       factor_riesgo_viaje_nacional ningun_factor_riesgo  \\\n",
       "165354                        False                 True   \n",
       "120496                        False                 True   \n",
       "113455                        False                 True   \n",
       "79074                         False                 True   \n",
       "100850                        False                 True   \n",
       "\n",
       "       test_antigeno_sars_positivo tac_torax_covid condicion  \\\n",
       "165354                          NO              NO        no   \n",
       "120496                          NO              NO       NaN   \n",
       "113455                 DESCONOCIDO     DESCONOCIDO       NaN   \n",
       "79074                           NO              NO       NaN   \n",
       "100850                          NO              NO       NaN   \n",
       "\n",
       "                                        region_separacion  \n",
       "165354  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  \n",
       "120496  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  \n",
       "113455  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  \n",
       "79074   Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  \n",
       "100850  Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del ...  \n",
       "\n",
       "[5 rows x 276 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 16,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "data_aysen = data_aysen[((data_aysen['estado_caso']=='Validada'\n",
    "                        )|(data_aysen['estado_caso']=='Inconcluso'\n",
    "                          ))&(\n",
    "    data_aysen['vigente_no_eliminado']== True#'t'\n",
    ")]\n",
    "\n",
    "data_aysen.sample(5)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "61bbabc9",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Variables de importancia\n",
    "\n",
    "|Variable|Tipo|Descripción|Observación|\n",
    "|---|---|---|---|\n",
    "|`region_residencia`| Text | Residencia registrada | Variable utilizada pero no mostrada\n",
    "|`numero_folio`|Numeric| id | el número de folio se mantendrá por trazabilidad\n",
    "|`comuna_residencia`|Text| City | Comuna de residencia informada\n",
    "|`tipo_identificacion`|Text| Tipo de documento de identidad | Carnet o Pasaporte\n",
    "|`identificacion_paciente`|Numeric|Rol Unico Nominal o Numero de pasaporte| |\n",
    "|`fecha_notificacion`|DateTime| Fecha de notificación| DateTime en formato `%Y-%m-%d` |\n",
    "|`semana_epidemiologica`|Numeric|Semana epidemiologica|valores de 1 al 52|\n",
    "|`etapa_clinica`|Text|`SOSPECHA` o `BUSQUEDA A`| Debe ser filtrada para evitar valores `DESCARTADA` |\n",
    "|`resultado_pcr_1`|Text||\n",
    "|`fecha_resultado_pcr_1`|DateTime||\n",
    "|`fecha_toma_muestra_1`|DateTime||\n",
    "|`resultado_pcr_2`|Text||\n",
    "|`fecha_resultado_pcr_2`|DateTime||\n",
    "|`fecha_toma_muestra_2`|DateTime||\n",
    "|`resultado_pcr_3`|Text||\n",
    "|`fecha_resultado_pcr_3`|DateTime||\n",
    "|`fecha_toma_muestra_3`|DateTime||\n",
    "|`establecimiento_salud`|Text|Establecimiento de salud que reporta caso||\n",
    "|`comuna_seremi_xi`|Text|Comuna identificada a traves de establecimiento_salud||\n",
    "|`provincia_seremi_xi`|Text|Comuna identificada a traves de establecimiento_salud||\n"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 17,
   "id": "f0702ffd",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "ename": "KeyError",
     "evalue": "\"['provincia_seremi_xi', 'comuna_seremi_xi'] not in index\"",
     "output_type": "error",
     "traceback": [
      "\u001b[1;31m---------------------------------------------------------------------------\u001b[0m",
      "\u001b[1;31mKeyError\u001b[0m                                  Traceback (most recent call last)",
      "\u001b[1;32m<ipython-input-17-21ee43074044>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[1;34m\u001b[0m\n\u001b[0;32m      1\u001b[0m \u001b[1;31m# Selecciona variables de importancia\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m      2\u001b[0m \u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m----> 3\u001b[1;33m data_aysen_clean =  data_aysen[[\n\u001b[0m\u001b[0;32m      4\u001b[0m                                 \u001b[1;34m'numero_folio'\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m      5\u001b[0m                                 \u001b[1;34m'comuna_residencia'\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n",
      "\u001b[1;32m~\\anaconda3\\lib\\site-packages\\pandas\\core\\frame.py\u001b[0m in \u001b[0;36m__getitem__\u001b[1;34m(self, key)\u001b[0m\n\u001b[0;32m   3028\u001b[0m             \u001b[1;32mif\u001b[0m \u001b[0mis_iterator\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mkey\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m:\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m   3029\u001b[0m                 \u001b[0mkey\u001b[0m \u001b[1;33m=\u001b[0m \u001b[0mlist\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mkey\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m-> 3030\u001b[1;33m             \u001b[0mindexer\u001b[0m \u001b[1;33m=\u001b[0m \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[1;33m.\u001b[0m\u001b[0mloc\u001b[0m\u001b[1;33m.\u001b[0m\u001b[0m_get_listlike_indexer\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mkey\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0maxis\u001b[0m\u001b[1;33m=\u001b[0m\u001b[1;36m1\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mraise_missing\u001b[0m\u001b[1;33m=\u001b[0m\u001b[1;32mTrue\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m[\u001b[0m\u001b[1;36m1\u001b[0m\u001b[1;33m]\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[0;32m   3031\u001b[0m \u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m   3032\u001b[0m         \u001b[1;31m# take() does not accept boolean indexers\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n",
      "\u001b[1;32m~\\anaconda3\\lib\\site-packages\\pandas\\core\\indexing.py\u001b[0m in \u001b[0;36m_get_listlike_indexer\u001b[1;34m(self, key, axis, raise_missing)\u001b[0m\n\u001b[0;32m   1264\u001b[0m             \u001b[0mkeyarr\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mindexer\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mnew_indexer\u001b[0m \u001b[1;33m=\u001b[0m \u001b[0max\u001b[0m\u001b[1;33m.\u001b[0m\u001b[0m_reindex_non_unique\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mkeyarr\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m   1265\u001b[0m \u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m-> 1266\u001b[1;33m         \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[1;33m.\u001b[0m\u001b[0m_validate_read_indexer\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mkeyarr\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mindexer\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0maxis\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mraise_missing\u001b[0m\u001b[1;33m=\u001b[0m\u001b[0mraise_missing\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[0;32m   1267\u001b[0m         \u001b[1;32mreturn\u001b[0m \u001b[0mkeyarr\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mindexer\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m   1268\u001b[0m \u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n",
      "\u001b[1;32m~\\anaconda3\\lib\\site-packages\\pandas\\core\\indexing.py\u001b[0m in \u001b[0;36m_validate_read_indexer\u001b[1;34m(self, key, indexer, axis, raise_missing)\u001b[0m\n\u001b[0;32m   1314\u001b[0m             \u001b[1;32mif\u001b[0m \u001b[0mraise_missing\u001b[0m\u001b[1;33m:\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m   1315\u001b[0m                 \u001b[0mnot_found\u001b[0m \u001b[1;33m=\u001b[0m \u001b[0mlist\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mset\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mkey\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m \u001b[1;33m-\u001b[0m \u001b[0mset\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0max\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m-> 1316\u001b[1;33m                 \u001b[1;32mraise\u001b[0m \u001b[0mKeyError\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[1;34mf\"{not_found} not in index\"\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[0;32m   1317\u001b[0m \u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m   1318\u001b[0m             \u001b[0mnot_found\u001b[0m \u001b[1;33m=\u001b[0m \u001b[0mkey\u001b[0m\u001b[1;33m[\u001b[0m\u001b[0mmissing_mask\u001b[0m\u001b[1;33m]\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n",
      "\u001b[1;31mKeyError\u001b[0m: \"['provincia_seremi_xi', 'comuna_seremi_xi'] not in index\""
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "# Selecciona variables de importancia\n",
    "\n",
    "data_aysen_clean =  data_aysen[[\n",
    "                                'numero_folio',\n",
    "                                'comuna_residencia',\n",
    "                                'fecha_notificacion',\n",
    "                                'semana_epidemiologica',\n",
    "                                'etapa_clinica',\n",
    "                                'resultado_pcr_1',\n",
    "                                'resultado_pcr_2',\n",
    "                                'resultado_pcr_3',\n",
    "                                'fecha_toma_muestra_1',\n",
    "                                'fecha_toma_muestra_2',\n",
    "                                'fecha_toma_muestra_3',\n",
    "                                'fecha_resultado_pcr_1',\n",
    "                                'fecha_resultado_pcr_2',\n",
    "                                'fecha_resultado_pcr_3',\n",
    "                                'establecimiento_salud',\n",
    "                                'comuna_seremi_xi',\n",
    "                                'provincia_seremi_xi'\n",
    "                               ]]"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "049b9ba7",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Transforma Fechas a formato DateTime \n",
    "\n",
    "data_aysen_clean['fecha_notificacion'] = pd.to_datetime(data_aysen_clean['fecha_notificacion']) \n",
    "\n",
    "#data_aysen_clean['fecha_toma_muestra_1'] = pd.to_datetime(data_aysen_clean['fecha_toma_muestra_1'])\n",
    "\n",
    "#data_aysen_clean['fecha_toma_muestra_2'] = pd.to_datetime(data_aysen_clean['fecha_toma_muestra_2'])\n",
    "\n",
    "data_aysen_clean['fecha_toma_muestra_3'] = pd.to_datetime(data_aysen_clean['fecha_toma_muestra_3'])\n",
    "\n",
    "data_aysen_clean['fecha_resultado_pcr_1'] = pd.to_datetime(data_aysen_clean['fecha_resultado_pcr_1'])\n",
    "\n",
    "data_aysen_clean['fecha_resultado_pcr_2'] = pd.to_datetime(data_aysen_clean['fecha_resultado_pcr_2'])\n",
    "\n",
    "data_aysen_clean['fecha_resultado_pcr_3'] = pd.to_datetime(data_aysen_clean['fecha_resultado_pcr_3'])"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "949e4768",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Cálculo de semana epidemiologica"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "b8060512",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "semana_x = 33\n",
    "\n",
    "year = 2021\n",
    "\n",
    "# Filtra datos para semana_x y año (year)\n",
    "\n",
    "data_semx = data_aysen_clean[(data_aysen_clean['fecha_notificacion'].dt.year == year)&(data_aysen_clean['semana_epidemiologica']== semana_x)]\n",
    "\n",
    "data_semx.sample(10)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "ee4442c5",
   "metadata": {
    "scrolled": true
   },
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Agrega 53 semanas a las semanas de 2021 y crea semana_epidemiologica_21\n",
    "\n",
    "data_aysen_clean1 = data_aysen_clean[data_aysen_clean['fecha_notificacion']<=pd.to_datetime('2021-01-02')]\n",
    "data_aysen_clean2 = data_aysen_clean[data_aysen_clean['fecha_notificacion']>=pd.to_datetime('2021-01-03')]\n",
    "\n",
    "\n",
    "data_aysen_clean1['semana_epidemiologica_21'] = data_aysen_clean1['semana_epidemiologica']\n",
    "data_aysen_clean2['semana_epidemiologica_21'] = data_aysen_clean2['semana_epidemiologica']+53\n",
    "\n",
    "data_aysen_clean_21 = data_aysen_clean1.append(data_aysen_clean2, ignore_index=True)\n"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "6f022f2b",
   "metadata": {
    "scrolled": true
   },
   "outputs": [],
   "source": [
    "data_aysen_clean_21.sample(10)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "015b8b05",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Graficos de interes"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "644b29d2",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "df = data_aysen_clean_21.set_index('semana_epidemiologica_21').groupby(['semana_epidemiologica_21','etapa_clinica']).count()[['numero_folio']].rename(columns={'numero_folio':'casos'}).reset_index()                   \n",
    "\n",
    "df"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "fee181e3",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica regional por semana epidemiologica\n",
    "\n",
    "px.bar(df,\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'}, \n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos de la Región de Aysén diferenciados por etapa clínica',\n",
    "                    yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                    xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                    template='simple_white',                     \n",
    "                      )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "a69cb616",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Filtra etapa_clinica == 'DESCARTADA'\n",
    "\n",
    "df[df['etapa_clinica']!='DESCARTADA']"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "201c3743",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica regional por semana epidemiologica sin etapa_clinica 'DESCARTADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df[df['etapa_clinica']!='DESCARTADA'],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos de la Región de Aysén diferenciados por etapa clínica ',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "0add3b67",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "## Filtra valores de interes \n",
    "\n",
    "df[(df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')]"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "daeb3cec",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica regional por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df[(df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables de la Región de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white',\n",
    "                       xaxis=dict(domain=[0.1, 0.1]),\n",
    "                    ).update_xaxes(type='category',\n",
    "                                   visible=True)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "62bcc2ce",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "df[(df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')]"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "f88d3fcb",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica regional por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df[(df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y='casos',\n",
    "        #y= df[(df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')]['casos'].cumsum(),\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables de la Región de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "8ff30f07",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "df[(df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').rolling(2).mean().value_counts('semana_epidemiologica_21')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "05f2519e",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[(df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').rolling(8).mean()\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables de la Región de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "d8451271",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "cumsum_region= df[(df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "\n",
    "cumsum_region.value_counts('semana_epidemiologica_21')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "77a661ab",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(cumsum_region\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales de la Región de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "bb8d0973",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Analisis por Provincia y Comuna\n",
    "\n",
    "### Provincias registradas"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "669aabb1",
   "metadata": {},
   "source": [
    "Existen cuatro provincias registradas y se adiciona una quinta para el **Ejercicio libre de la Profesion** el cual corresponde a funcionarios de salud diagnosticando casos desde fuera de la región debido a convenios con laboratorios o entidades regionales"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "669db177",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "df_comuna = data_aysen_clean_21.set_index('semana_epidemiologica_21').groupby(['semana_epidemiologica_21','etapa_clinica', 'provincia_seremi_xi', 'comuna_seremi_xi' ]).count()[['numero_folio']].rename(columns={'numero_folio':'casos'}).reset_index()\n",
    "\n",
    "df_comuna"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "e09c5a5f",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "df_comuna['provincia_seremi_xi'].value_counts()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "28d958b1",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Filtra datos para casos PROBABLE y CONFIRMADA\n",
    "\n",
    "df_comuna[(df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')]"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "e5d5fd03",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[(df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        facet_col = 'provincia_seremi_xi',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables por provincia de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white',\n",
    "                      ).update_xaxes(title_text='', row=1, col=1\n",
    "                                                            ).update_xaxes(title_text='', row=1, col=2\n",
    "                                                                          ).update_xaxes(title_text='Semana epidemiológica', row=1, col=3\n",
    "                                                                                        ).update_xaxes(title_text='', row=1, col=4\n",
    "                                                                          ).update_xaxes(title_text='', row=1, col=5\n",
    "                                                                          )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "081e4156",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Gráficos provinciales\n",
    "\n",
    "### Provincia de Coyhaique"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "e82710a7",
   "metadata": {
    "scrolled": false
   },
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Coyhaique')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "      labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la provincia de Coyhaique',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white',\n",
    "                       xaxis=dict(range=[0, 100])\n",
    "                      )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "142b73e0",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Coyhaique')]"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "68740417",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Coyhaique')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "      labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la provincia de Coyhaique',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "b5a5e48b",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Coyhaique')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales de la provincia de Coyhaique',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "74268510",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Provincia de Aysén"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "918f1761",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Aysen')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "            labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la provincia de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "9622b1e8",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Aysen')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "            labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la provincia de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "0b33ead1",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Aysen')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales de la provincia de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "0c4a0d13",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Provincia de General Carrera"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "8edfe3f0",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='General Carrera')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',      \n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la provincia de General Carrera',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "491cf2b7",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='General Carrera')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',      \n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la provincia de General Carrera',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "f36386b7",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='General Carrera')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales de la provincia de Coyhaique',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "468bb60f",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Provincia Capitan Prat"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "bf47727b",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Capitan Prat')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la provincia de Capitan Prat',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "cb9c5167",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Capitan Prat')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la provincia de Capitan Prat',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "2094e93a",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Capitan Prat')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales de la provincia de Coyhaique',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "1fb8cb64",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Ejercicio Libre de la Profesión"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "e154461e",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Ejercicio Libre de la Profesión')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables por Ejercicio Libre de la Profesión',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "591bd92e",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Ejercicio Libre de la Profesión')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables por Ejercicio Libre de la Profesión',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "aa99103d",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['provincia_seremi_xi']=='Ejercicio Libre de la Profesión')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales por Ejercicio Libre de la Profesión',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "b7522b20",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Datos Comunales\n",
    "\n",
    "### Comunas registradas"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "fba4133e",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "df_comuna['comuna_seremi_xi'].value_counts()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "4ffcaf31",
   "metadata": {},
   "source": [
    "Existen 11 comunas registradas "
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "38827d7d",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica comunal por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[(df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        facet_col = 'comuna_seremi_xi',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en las comunas de la región de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "7d6780a4",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Gráficos comunales"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "640d150b",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de Coyhaique"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "3815f85f",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Coyhaique')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Coyhaique',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "40c4f4d4",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Coyhaique')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Coyhaique',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "8d8fc751",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Coyhaique')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Coyhaique',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "79ed0be4",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de Aysén"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "6cc9f2c7",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Aysen')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "8e77fa9b",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Aysen')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "c8f08fb1",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Aysen')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Aysén',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "b4f0f605",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de Cisnes"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "d10eddbf",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Cisnes')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',        \n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Cisnes',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "b3ffa794",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Cisnes')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',        \n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Cisnes',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "cff21690",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Cisnes')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Cisnes',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "d803807b",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de Chile Chico"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "9f1c7915",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Chile Chico')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Chile Chico',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "95449929",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Chile Chico')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Chile Chico',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "15156713",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Chile Chico')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Chile Chico',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "ca5182a1",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de Cochrane"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "8df9632e",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Cochrane')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Cochrane',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "2edc5b44",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Cochrane')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Cochrane',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "7256a6a9",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Cochrane')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Cochrane',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "2cfdcbf4",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de Guaitecas"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "0aa7e2cf",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Guaitecas')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Guaitecas',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "e80f3345",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Guaitecas')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Guaitecas',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "90515e9f",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Guaitecas')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Guaitecas',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "aff23ccf",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna Rio Ibañez"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "fbc34e7a",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Rio Ibañez')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Rio Ibañez',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "30967d95",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Rio Ibañez')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Rio Ibañez',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "2ac620fd",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Rio Ibañez')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Rio Ibañez',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "74878dc1",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de Lago Verde"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "5111b1e0",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Lago Verde')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Lago Verde',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "c5737f73",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Lago Verde')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Lago Verde',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "c067618c",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Lago Verde')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Lago Verde',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "c83985f2",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de Tortel"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "5f3435cc",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Tortel')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Tortel',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "3713bb6e",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Tortel')],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= 'Casos Confirmados y Probables en la comuna de Tortel',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "3bb3d3a5",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']=='Tortel')][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= 'Casos de Covid19 totales en Tortel',\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "49be5be6",
   "metadata": {},
   "source": [
    "### Comuna de O'Higgins"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "d38270e2",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.bar(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']==\"O'Higgins\")],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= \"Casos Confirmados y Probables en la comuna de O'Higgins\",\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "b39874d2",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "# Crea gráfico de etapa_clinica provincial por semana epidemiologica solo con etapa_clinica 'PROBABLE' y 'CONFIRMADA'\n",
    "\n",
    "px.line(df_comuna[((df_comuna['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df_comuna['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']==\"O'Higgins\")],\n",
    "        x= 'semana_epidemiologica_21',\n",
    "        y= 'casos',\n",
    "        color= 'etapa_clinica',\n",
    "        labels={'etapa_clinica':'Etapa Clínica'},\n",
    "       ).update_layout(title= \"Casos Confirmados y Probables en la comuna de O'Higgins\",\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white')"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "1b37105c",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "px.line(df[((df['etapa_clinica']=='PROBABLE')|(df['etapa_clinica']=='CONFIRMADA'))&(df_comuna['comuna_seremi_xi']==\"O'Higgins\")][['semana_epidemiologica_21','casos']].set_index('semana_epidemiologica_21').cumsum()\n",
    "                    ).update_layout(\n",
    "                       title= \"Casos de Covid19 totales en O'Higgins\",\n",
    "                       yaxis_title='Número de casos',\n",
    "                       xaxis_title='Semana epidemiológica',\n",
    "                       template='simple_white'\n",
    "                    )"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "9dda7115",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": []
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "b02a68f8",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": []
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "d9fa9e7f",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": []
  }
 ],
 "metadata": {
  "kernelspec": {
   "display_name": "Python 3",
   "language": "python",
   "name": "python3"
  },
  "language_info": {
   "codemirror_mode": {
    "name": "ipython",
    "version": 3
   },
   "file_extension": ".py",
   "mimetype": "text/x-python",
   "name": "python",
   "nbconvert_exporter": "python",
   "pygments_lexer": "ipython3",
   "version": "3.8.10"
  }
 },
 "nbformat": 4,
 "nbformat_minor": 5
}