別途インストール済みのRとの競合： simple Error in readRDS(pfile): cannot read workspace version 3

[yougo-holly]

■お使いのKH Coderのバージョン
→3.Beta.01e [Perl 5.14.2, Perl/TK 804.03]
　※以下のバージョンも使用しましたが同様でした
　　2.00f [Perl 5.14.2, Perl/TK 804.029]
■KH Coderのインストール先フォルダ（解凍先フォルダ）
→C:\khcoder3

■どんなエラー・不具合・問題ですか？
→前処理を行った後、階層的クラスター分析や共起ネットワーク作成を試みると
　以下のエラーメッセージとなり、作成できない。
Rを用いた推定または描画に失敗しました
<simple Error in readRDS(pfile):cannnot read workspace version 3 written by R 3.6.2;need R 3.5.0 or newer>

■どのように操作すればその問題を再現できますか？
→(1)メニューから「ツール」「抽出語」「共起ネットワーク」をクリックし、
　(2)何も触らずに「OK」をクリックする
　※出現回数などを変更してもいずれも同じメッセージでした。

■エラー・メッセージ
Rを用いた推定または描画に失敗しました
<simple Error in readRDS(pfile):cannnot read workspace version 3 written by R 3.6.2;need R 3.5.0 or newer>

■コンソール・ウィンドウの表示内容（Macではターミナルの表示内容）

■その問題はチュートリアルの漱石「こころ」データでも同様に発生しましたか？
→はい

■分析しようとしているのは何語のテキストですか？
→日本語

■分析対象として指定しているファイルの形式は何ですか？
→CSV形式（.csv）

■お使いのOS
→Windows 10

[ko-ichi-h]

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

PCに別途インストールされているRとバッティングしてしまったようです。以下の手順をお試しいただいて、結果をお知らせいただけますでしょうか？

1. スタートボタン（画面左下すみにあるWindowsの旗のボタン）から「Windowsシステムツール」「コマンドプロンプト」をクリック
2. 以下の行を順に貼り付けては「Enter」キーを押していくことでKH Coderを起動
   • cd c:\khcoder3
   • set R_USER=HOGE
   • set R_PROFILE_USER=HOGE
   • set R_ENVIRON_USER=HOGE
   • kh_coder
3. 階層的クラスター分析を試す

別件ですし、動作に支障はありませんが、KH Coder画面表示のフォントが汚いですね。こちらのページの手順で改善していただけるかもしれません。
http://khcoder.net/FAQ.html#win-dpi

[yougo-holly]

樋口様
早速のコメント、ありがとうございます。
アドバイスいただいた通り、cmdから実行し、階層的クラスター分析を行いましたが、同様の結果となりました。

[ko-ichi-h]

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

うーん、ダメでしたか。申し訳ありません。

試しに、このZip内のファイルでkh_coder.exeを上書きして、ダブルクリックして起動してお試しいただくといかがでしょう？
kh_coder.zip

同じようにダメだった場合ですが、別途Rをインストールなさっているかと思うのですが、そのRのバージョンをお教えいただけますでしょうか。

p.s.
あ、でもエラーメッセージが微妙に変わりましたね。最初のご投稿では「R 4.0.2が保存したファイルは読めないよ」と言われていますが、コマンドプロンプトで設定していただくと「3.6.2が保存した…」と変わっていますね。うーん、ほかのRが保存したファイルを読み込みに行かないように設定できればよいのだと思うのですが…。

[yougo-holly]

zipファイルで実行してみましたが、同じエラーとなりました。

Rのバージョンは現在「3.6.2」「3.6.3」「4.0.2」をインストールしています。
エラーメッセージから、古いバージョンが良いのか、新しいバージョンが良いのか分からず、いろいろと試しておりました。
※始めは「4.0.2」で行っておりましたが、「3.5.0」をインストールしなおしてみたり、他のバージョンを入れてみたりを試行しておりました

[ko-ichi-h]

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

念のためのおうかがいですが、Rはご自身で、KH Coderとは別の用途でお使いなのでしょうか？

あと、Rのインストールですが、デフォルトの設定でインストールなさっていますか？　それとも何かチェックをつけたりはずしたり、起動時オプションを選択したりなさっていますでしょうか？

[ko-ichi-h]

ほかにお試しいただけることとしては、おそらく「ドキュメント」フォルダに「.RData」「.RHistory」というファイルがあると思います。これらのファイルの名前を「.RData_bak」「.RHistory_bak」などに変更してから、KH Coderを起動し、階層的クラスター分析をお試しいただくといかがでしょうか？

[yougo-holly]

はい、KH Corderとは別に、統計解析のためにRをインストールしておりました。
Rのインストールの際はすべてデフォルトチェックで行っていましたので、特にオプションなどは行っていません。
「ドキュメント」フォルダ内に「.RHistory」がございましたので、「RHistory_bak」に変更してからKHCorderを立ち上げ、階層的クラスター分析を行いまいしたが、やはり動作しませんでした。

Rを別にインストールしていることが問題であれば、一時的にRを全てアンインストールするという方法も可能性としてありますか？

[ko-ichi-h]

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

うーん、対策が上手くいかず、申し訳ありません。
原因が分からなくて頭を抱えております。

Rをアンインストールしていただくことは、試してみる価値として0ではありません。しかし、個人的な予想としては、これでは上手くいかないのではないかと思っております。というのも今回のエラーの原因は、バージョン3.5以降のRが保存した「.RData」を、KH Coderに付属のRが読み込もうとしていることです。そして、Rのアンインストーラーがこの「.RData」を削除してくれるかどうか怪しいのです。「.RData」が残れば、R本体がなくなっても同じことなのです。※「.RData」と書いていますが、「ドキュメント」フォルダになかったということですので、もしかしたらお使いのPCでは違う名前になっているかもしれません。「.rds」で終わるファイル名で、「.rds」のまえにアルファベットとアンダーバー等が並ぶファイル名になっているかもしれません。

うーん、原因を探るために、ひとまず以下の操作をお願いできますでしょうか。

（1）コマンドプロンプトを起動して「set」と入力してEnterキーをおしてみてください。多くの行が表示されると思いますが「R_」ではじまる行はありますでしょうか？　もしありましたら、ここにすべてコピー＆ペーストしていただけますでしょうか。アルファベット順に並んでいるはずですので、複数あるとしたら一箇所に固まっているはずです。

（2）「コマンドプロンプト」に以下の行を順に貼り付けてはEnterキーを押してみていただき、最後の行を貼り付けていただいた後のスクリーンショットを貼り付けていただけますでしょうか。その後はコマンドプロントのWindowを右上の「×」で閉じていただいてOKです。

cd C:\khcoder3\dep\R\bin\x64
set LANG=EN
Rterm --vanilla

[ko-ichi-h]

（3）こちらのZip内のファイルでkh_coder.exeを上書きして、ダブルクリックして起動してお試しいただくといかがでしょう？　さらに考えられる対策を追加してみました。
kh_coder.zip

[yougo-holly]

(1)→ありました。「R_LIBS=C:\Program Files\R\R-3.6.2\library」になります。
(2)→実行いたしました。

(3)→同じエラー結果となりました。。

[yougo-holly]

＞今回のエラーの原因は、バージョン3.5以降のRが保存した「.RData」を、KH Coderに付属のRが読み込もうとしていることです。
「.RData」とは、RPjを作成・保存した際に自動で生成されるファイルのことでしょうか？過去行ってきた分析のたびに、「.RData」というファイルが作業フォルダ上に生成されております。
ただ、こちらを全て削除するというのは、過去分析の内容に影響を及ぼすのではと、少し不安でございます。

[ko-ichi-h]

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

「R_LIBS」がありましたか！　これは大きな手がかりです。もしほかにも「R_」で始まるものがあったらお教え下さい。

再度、対策版を作ってみました。こちらのZip内のファイルでkh_coder.exeを上書きして、ダブルクリックして起動してお試しいただくといかがでしょう？
kh_coder.zip

[ko-ichi-h]

「.RData」につきましては、削除するよりも、読み込まないようにKH Coder付属のRを設定する方向でまいりましょう。

[yougo-holly]

樋口さん
いただいたKh_corder.zipから実行したところ、無事に描画ができました！！！チュートリアルも、私が分析したかったテキストもどちらも正常に動作しました。
本当にありがとうございます。これは、R_LIBSを読みにいかないように？という処置を施していただいたバージョンという理解で良いのでしょうか？参考までに教えていただけますと幸いです。

[ko-ichi-h]

これは、R_LIBSを読みにいかないように？という処置を施していただいたバージョン

はい、おっしゃる通りです。Rのインストーラーが自動的にR_LIBSを設定するケースは珍しいと思うのですが、何かお心当たりはございますか？

ともあれ、トラブルシュートに長々とお付き合いいただき、まことにありがとうございました。心より感謝申し上げます。

[yougo-holly]

＞Rのインストーラーが自動的にR_LIBSを設定するケースは珍しいと思うのですが、何かお心当たりはございますか？
→いいえ、特に心当たりはありません。あまり詳細分からないままRも使用してしまっているため、反省です。
こちらこそ、夜遅くまでご対応いただきまして本当に感謝申し上げます。
またトラブルございましたら投稿させていただきますので、よろしくお願いいたします。