program-language.md

学习的捷径

• 入门资料推荐
• 首先应该学什么
• 分清楚可以自学的和需要讲解的
• 了解重点和必学知识点
• 知道学到哪里为止
• 随时使之具体应用实际

生信人的编程

也许真的不重要，但还是推荐大家学。

其中以R语言最为重要，在R里面把数据对象保存为Rdata文件，跟用excel操作其表格一样方便，同样的是可视化，却增加了大量的内置统计函数和方法，尤其适用于生物信息学数据分析。

至于perl/python，两者任选其一即可，对大部分数据处理人员来说用到perl/python脚本编程的其实不多了，各种编程语言之间的互补性越来越完善了。希望生信技能树的学员通过了解基本语法，编程模板，再实践若干编程题获得到解决生信基本需求的能力。虽然大部分的生信需求都已经被各式各样的软件或者网页工具给包装好了，但总有一些特殊情况需要自行编程来解决。

Sequence Manipulation Suite

网页工具：http://bioinformatics.org/sms2/three_to_one.html

Format Conversion

• Combine FASTA
• EMBL to FASTA
• EMBL Feature Extractor
• EMBL Trans Extractor
• Filter DNA
• Filter Protein
• GenBank to FASTA
• GenBank Feature Extractor
• GenBank Trans Extractor
• One to Three
• Range Extractor DNA
• Range Extractor Protein
• Reverse Complement
• Split Codons
• Split FASTA
• Three to One
• Window Extractor DNA
• Window Extractor Protein

Sequence Analysis

• Codon Plot
• Codon Usage
• CpG Islands
• DNA Molecular Weight
• DNA Pattern Find
• DNA Stats
• Fuzzy Search DNA
• Fuzzy Search Protein
• Ident and Sim
• Multi Rev Trans
• Mutate for Digest
• ORF Finder
• Pairwise Align Codons
• Pairwise Align DNA
• Pairwise Align Protein
• PCR Primer Stats
• PCR Products
• Protein GRAVY
• Protein Isoelectric Point
• Protein Molecular Weight
• Protein Pattern Find
• Protein Stats
• Restriction Digest
• Restriction Summary
• Reverse Translate
• Translate

Sequence Figures

• Color Align Conservation
• Color Align Properties
• Group DNA
• Group Protein
• Primer Map
• Restriction Map
• Translation Map

Random Sequences

• Mutate DNA
• Mutate Protein
• Random Coding DNA
• Random DNA Sequence
• Random DNA Regions
• Random Protein Sequence
• Random Protein Regions
• Sample DNA
• Sample Protein
• Shuffle DNA
• Shuffle Protein

Miscellaneous

• IUPAC codes
• Genetic codes
• Browser compatibility
• Mirror this site
• Use this site off-line
• About this site
• Acknowledgments
• Reference