[R包分享] ggalign实现轴对齐与图表布局的工具

[ixxmu]

https://mp.weixin.qq.com/s/N6p-B7K-5Okkagnknc9pZQ

[ixxmu]

[R包分享] ggalign实现轴对齐与图表布局的工具 by R语言数据分析指南

欢迎关注R语言数据分析指南

❝

本节来介绍一款新的R包ggalign，该包作为ggplot的扩展包主要实现轴对齐与图表布局方面的功能增强，内容非常的丰富。下面小编通过两个案例来展示一下具体功能，更多详细内容请参考作者官方文档。

官方文档

❝

https://yunuuuu.github.io/ggalign/dev/

拼图功能

各种布局方式

案例1

library(tidyverse)
install.packages("ggalign")
library(ggalign)
library(patchwork)
# 构建数据
set.seed(123)
small_mat <- matrix(rnorm(56), nrow = 7)
rownames(small_mat) <- paste0("row", seq_len(nrow(small_mat)))
colnames(small_mat) <- paste0("column", seq_len(ncol(small_mat)))

ggplot绘图方式

p1 <- ggplot(aes(name,id,fill=value),data=df) +
  geom_tile()+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=45,vjust=1,hjust=1),
        axis.title =element_blank(),
        axis.ticks = element_blank()) 

p2 <- ggplot(aes(value,id,fill="red"),data=df) +
  geom_col(show.legend = F)+
  theme(axis.text.y=element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.title =element_blank(),
        axis.line.x=element_line())

library(patchwork)
(p1+p2)+plot_layout(guides = 'collect')

ggalign水平布局方式

df <- small_mat %>% as.data.frame() %>% 
  rownames_to_column(var="id") %>% pivot_longer(-id)

stack_alignh() +
  ggfree(aes(name,id,fill=value),data=df) +
  geom_tile()+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=45,vjust=1,hjust=1),
        axis.title =element_blank(),
        axis.ticks = element_blank()) +
  ggfree(aes(value,id,fill="red"),data=df) +
  geom_col(show.legend = F)+
  theme(axis.text.y=element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.title =element_blank(),
        axis.line.x=element_line())

同样一个图使用了ggalign的水平布局后可以去掉图形的中间变量保存，不在通过单独拼图的步骤一段代码出图。free_gg()的别名是ggfree，该函数允许您将 ggplot 对象合并到布局中。与align_gg()精确对齐每个轴值的 不同，free_gg()更侧重于布局集成，而不强制执行严格的轴对齐。

案例2复杂热图

expr <- read_example("gene_expression.rds")
mat <- as.matrix(expr[, grep("cell", colnames(expr))])
base_mean <- rowMeans(mat)
mat_scaled <- t(apply(mat, 1, scale))
type <- gsub("s\\d+_", "", colnames(mat))

stack_alignh(mat_scaled) +
    stack_active(sizes = c(0.2, 1, 1)) +
    # group stack rows into 5 groups
    align_kmeans(centers = 5L) +
    # add a block plot for each group in the stack
    ggalign(size = unit(1, "cm"), data = NULL) +
    geom_tile(aes(x = 1, fill = factor(.panel))) +
    scale_fill_brewer(palette = "Dark2", name = "Kmeans group") +
    scale_x_continuous(breaks = NULL, name = NULL) +
    # add a heatmap plot in the stack
    ggheatmap() -
    plot_align(free_spaces = "l") +
    scale_y_continuous(breaks = NULL) +
    scale_fill_viridis_c(option = "magma") +
    # add dendrogram for this heatmap
    anno_top() +
    align_dendro() +
    # add a block for the heatmap column
    ggalign(data = type, size = unit(1, "cm")) +
    geom_tile(aes(y = 1, fill = factor(value))) +
    scale_y_continuous(breaks = NULL, name = NULL) +
    scale_fill_brewer(
        palette = "Set1", name = "type",
        guide = guide_legend(position = "top")
    ) +
    # add another heatmap in the stack and set the heatmap body width
    ggheatmap(base_mean, width = unit(2, "cm")) +
    scale_y_continuous(breaks = NULL) +
    scale_x_continuous(name = "base mean", breaks = FALSE) +
    scale_fill_gradientn(colours = c("#2600D1FF", "white", "#EE3F3FFF")) +
    # set the active context of the heatmap to the top
    # and set the size of the top stack
    anno_top(size = unit(4, "cm")) +
    # add box plot in the heatmap top
    ggalign() +
    geom_boxplot(aes(y = value, fill = factor(.extra_panel))) +
    scale_x_continuous(expand = expansion(), breaks = NULL) +
    scale_fill_brewer(
        palette = "Dark2", name = "base mean",
        guide = guide_legend(position = "top")
    ) +
    theme(axis.title.y = element_blank()) +
    # we move into the stack layout
    stack_active() +
    # add a point plot
    ggalign(data = expr$length, size = unit(2, "cm")) +
    geom_point(aes(x = value)) +
    labs(x = "length") +
    theme(
        panel.border = element_rect(fill = NA),
        axis.text.x = element_text(angle = -60, hjust = 0)
    ) +
    # add another heatmap and set the heatmap body width
    ggheatmap(expr$type, width = unit(2, "cm")) +
    scale_fill_brewer(palette = "Set3", name = "gene type") +
    scale_x_continuous(breaks = NULL, name = "gene type") +
    # add barplot in the top annotation, and remove the spaces in the y-axis
    anno_top() -
    plot_align(free_spaces = "lr") +
    ggalign(limits = FALSE) +
    geom_bar(
        aes(.extra_panel, fill = factor(value)),
        position = position_fill()
    ) +
    scale_y_continuous(expand = expansion()) +
    scale_fill_brewer(palette = "Set3", name = "gene type", guide = "none") -
    plot_theme(plot.margin = margin()) &
    theme(
        plot.background = element_blank(), panel.background = element_blank(),
        legend.background = element_blank()
    )

关注下方公众号下回更新不迷路

❝

ggalign包的内容很多，上面两个案例只是介绍了其冰山一角，更多详细的内容可参考作者官方文档。本节介绍到此结束，有需要学习R数据可视化的朋友欢迎到淘宝店铺：R语言数据分析指南，购买小编的R语言可视化文档(2024版)，购买将赠送2023年的绘图文档内容。目前此文档(2023+2024)已经更新上传200案例文档，2024更新的绘图内容将同时包含数据+代码+注释文档+文档清单，2023无目录仅有数据文件夹，小编只分享案例文档，不额外回答问题，无答疑服务，零基础不推荐买。

案例特点

所选案例图均属于个性化分析图表完全适用于论文发表，内容异常丰富两年累计发布案例图200+，2024年6月起提供html版注释文档更加直观易学。文档累计上千人次购买拥有良好的社群交流体验。R代码结构清晰易懂，为防止中文乱码提供单独的注释文档

R代码结构清晰易懂，为防止中文乱码2024年6月起提供单独html注释文档

群友精彩评论

淘宝店铺

2024年已更新案例图展示