热点基因集——Neutrophil中性粒细胞基因

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热点基因集——Neutrophil中性粒细胞基因 by 学R时习之

肿瘤微环境是由多种免疫细胞、成纤维细胞、内皮细胞和细胞外基质成分等构成的动态网络，其中免疫细胞又可粗略分为淋巴系(T细胞、B细胞、NK细胞等)和髓系(单核，树突，巨噬，粒细胞，肥大细胞等)。肿瘤免疫中T细胞、B细胞占主导地位，其他的细胞类型其实也发挥着重要的作用。下面来学习下大佬利用Neutrophil中性粒细胞相关基因进行分析的文章。

Part1. 文章信息

中性粒细胞相关特征表征免疫景观并预测浸润性乳腺癌的预后。

Neutrophil-related Signature Characterizes Immune Landscape and Predicts Prognosis of Invasive Breast Cancer.(PMID: 39417978,2024.10)

Notes:

• NRGs: neutrophil-related genes, 中性粒细胞相关基因

• IBC: invasive breast cancer, 侵袭性乳腺癌

• TME: tumor microenvironment, 肿瘤微环境

• neutrophil related gene sets, 中性粒细胞相关基因集，作者从MSigDB收集整理34个基因集，包括1394个基因在Supplementary Table S1中。

Part2. 结果解读

技术路线图

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Part2.1 NRGs差异分析

将NRGs基因与差异基因(DEGs)求交集，共获得216个基因。

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Part2.2 预后模型构建及验证

针对交集基因，结合cox回归分析、LASSO得到7个基因构建预后模型。并在GSE20685数据集中验证。

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Part2.3 riskScore周边

针对构建的预后模型(riskScore)，分析其临床特征(TNM、年龄、性别等)、基因突变、富集分析、免疫细胞浸润等，并构建Nomgram。

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Part2.4 核心基因周边

针对构建预后模型的基因，进行基因表达、预后、临床特征、免疫、富集分析、PPI网络、单细胞水平分析，并在临床样本中验证。

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碎碎念：

• 仔细想想肿瘤微环境中的每一个组成部分都可以拎出来分析，比如T细胞、B细胞、NK细胞、巨噬细胞、细胞外机制等。同样的定义某个范围后可以无限放大，如金属(铁、铜、锌、锰、硒)与肿瘤；翻译后修饰(乳酸化、乙酰化、磷酸化、泛素化)与肿瘤；细胞代谢(糖酵解、脂肪酸、氨基酸、鞘脂代谢)与肿瘤；细胞器(线粒体、迁移体)与肿瘤等等。只要言之合理即可，有实验验证更好，能详细说明机制课题标书估计信手拈来……

• 信息大爆炸时代，用好辅助工具非常重要，推荐几个好用的AI工具：通义千问、kimi、NextChat。

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