光热生物
画图只画
发表级
为什么采用手动注释？
怎么手动注释？
手动注释局限性是什么？
手动注释Marker基因
CellType | Marker | Marker | Marker | Marker |
| 免疫细胞 | PTPRC | |||
T cell | CD3D | |||
| CD4+T | CD3D | CD4 | ||
CD8+T | CD3D | CD8A | GZMK | |
| NK | KLRD1 | GNLY |
B | CD79A | MS4A1 | ||
| Plasma | SDC1 | IGHG1 | MZB1 | TNFRSF17 |
Myeloid | LYZ | CST3 | CD14 | CD68 |
| Fibroblast | COL1A1 | DCN | PDGFRA | |
Endothelial | CLDN5 | CDH5 | ||
| T Proliferative | MKI67 |
T Regulatory | FOXP3 | |||
| T Exhausted | TIGIT | LAG3 | HAVCR2 | PDCD1 |
T Naive | CCR7 | |||
| T Memory | IL17RA | |||
上皮/Tumor | EPCAM | KRT18 | KRT19 | |
| 干细胞-like | ALDH1A1 | |||
Mast | TPSAB1 | TPSB2 |
总体思路
表达“CD3D”,“CD3E”,“CD3G”为T细胞；
表达“CD79A”,“MS4A1”为B细胞；
表达“TNFRSF17”,“SDC1”为浆细胞；
表达“COL1A1”,“DCN”,“PDGFRA”为纤维细胞；
表达“CLDN5”,“CDH5”为内皮细胞等等；
最后，根据高表达的标志物阐述细胞功能：
表达“GZMB”,“PRF1”为溶细胞活性；
表达“FOXP3”为调节性；
表达“PDCD1”,“HAVCR2”,“LAG3”等等免疫检查点为耗竭性；
表达“SELL”,“CCR7”则为naïve；
表达“CD69”则为Activated
手动注释没有固定的模式，可以先笼统注释，再提取亚群精细注释
特别需要注意什么？
髓系我在上面采用了笼统注释，具体标志物非常复杂，反复check髓系注释是否准确：髓系标志物ITGAM
巨噬细胞：巨噬细胞也属于天然免疫系统细胞，并且通过 CD68 和 MHCII 表达以及 CD11c 的缺乏便可检测到。它们专门负责吞噬，并且还会分泌影响免疫反应的细胞因子。巨噬细胞一般划分为促炎（M1样）或抗炎（M2样）细胞。巨噬细胞不表达ITGAX。
M1样巨噬细胞可通过CD80、CD86 或 NOS2 的表达而被鉴定出，并且可通过恶性细胞的吞噬以及 T 细胞激活配体的产生来促进抗肿瘤免疫反应。
M2-样巨噬细胞可通过 CD163 或 CD206 表达被鉴定出，并且能通过分泌免疫抑制细胞因子（例如IL-10）以及促进 Th2反应来促进肿瘤生长。M2 巨噬细胞还表达免疫抑制酶精氨酸酶，这种精氨酸酶会耗竭肿瘤微环境中的精氨酸，从而导致T 细胞增殖和功能减弱。
单核细胞：在表达髓系标志物ITGAM的基础上且“CD14”阳性的基础上，但不表达M1和M2细胞的标志物。单核细胞的固有标志物是CD14，人可以用CD16（ FCGR3A）来区分不同亚型：经典型单核细胞标记为CD14+CD16-；中间型单核细胞标记为CD14+CD16+；非经典型单核细胞标记为CD14+CD16++
肿瘤细胞怎么办？
我以前在做肺癌单细胞注释的时候注意到，肿瘤标志物和正常上皮标志物十分接近，因此，我们可以采用inferCNV去判断该簇细胞是否为肿瘤细胞，如果有大片的拷贝数缺失或增加，显然是肿瘤细胞。注意，参考细胞不要选择浆细胞。
End