From 0c550c9d58b1dec9348802b166ad70f10f9bbabb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: ixxmu Date: Sat, 1 Jun 2024 14:39:30 +0000 Subject: [PATCH] A custom message for the commit --- ...1\250\350\276\276\346\250\241\345\274\217_.md" | 15 --------------- 1 file changed, 15 deletions(-) delete mode 100644 "docs/2024-06/\344\275\277\347\224\250\346\244\215\347\211\251\347\203\255\345\233\276\347\233\264\350\247\202show\345\207\272\347\233\256\346\240\207\345\237\272\345\233\240\350\241\250\350\276\276\346\250\241\345\274\217_.md" diff --git "a/docs/2024-06/\344\275\277\347\224\250\346\244\215\347\211\251\347\203\255\345\233\276\347\233\264\350\247\202show\345\207\272\347\233\256\346\240\207\345\237\272\345\233\240\350\241\250\350\276\276\346\250\241\345\274\217_.md" "b/docs/2024-06/\344\275\277\347\224\250\346\244\215\347\211\251\347\203\255\345\233\276\347\233\264\350\247\202show\345\207\272\347\233\256\346\240\207\345\237\272\345\233\240\350\241\250\350\276\276\346\250\241\345\274\217_.md" deleted file mode 100644 index 7bdb738a..00000000 --- "a/docs/2024-06/\344\275\277\347\224\250\346\244\215\347\211\251\347\203\255\345\233\276\347\233\264\350\247\202show\345\207\272\347\233\256\346\240\207\345\237\272\345\233\240\350\241\250\350\276\276\346\250\241\345\274\217_.md" +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ ---- -title: "使用植物热图直观show出目标基因表达模式！" -date: 2024-06-01T14:38:23Z -draft: ["false"] -tags: [ - "fetched", - "SCIPainter" -] -categories: ["Acdemic"] ---- -使用植物热图直观show出目标基因表达模式！ by SCIPainter ------- -
今日分享一个有趣且好用的可视化在线工具eplant，在单一门户中提供集成的搜索、分析和可视化功能。eplant特色之一在于，探究目标基因在物种不同组织器官的表达模式或实验结果时，采用了植物热图直观呈现其对应部位的表达水平，如下：



下面就一起来看看如何使用eplant以及在eplant中可以进行哪些探索吧！

进入首页，可点击Gene Expression and Protein Tools可快速跳转下方基因表达和蛋白质工具部分。

网站链接：https://bar.utoronto.ca/

除了第一个eplant（拟南芥），我们还可以看到很多其它常用研究物种，如玉米、杨树、番茄、亚麻荠、大豆、马铃薯、大麦、小麦、苜蓿、桉树、水稻、柳树、向日葵、大麻、甘蔗等等，点击感兴趣物种可进入对应探索页面。


以拟南芥为例，点击eplant（第一个工具）进入用户探索页面。在页面左侧可输入目标基因（支持多个），在模块查看器中可切换不同探索分析点，如查看基因信息、出版物信息、植物表达水平热图、亚细胞定位染色体位置、蛋白互作、蛋白质3D结构、基因组可视化、外部链接等。


输入ABI3为例进行search：

1

Gene Info viewer


在基因信息查看模块，提供了目标基因的别名、全名、描述信息、位置和基因模型结构，以及所选基因的内含子/外显子信息、DNA序列、蛋白序列等内容。


2

Publication viewer


出版物查看模块中，提供了关于当前所选基因的出版物和基因“功能参考”记录（GeneRIFs）的列表，以及对应PubMed文章链接。


3

Navigator viewer


在导航查看模块可查看拟南芥和其他物种的同源序列系统发育树。


4

Heat Map viewer


在热图查看模块，展示了输入基因在全部收录样本的表达水平。将鼠标悬停到热图单元格上，可查看对应样本的关联元数据，如该样本的表达水平、实验处理方式等。

当输入多个查询基因时，会全部展示在同一张热图中。


5

Plant eFP viewers


在植物eFP查看模块，可查看当前选中基因在物种不同组织器官的表达水平，表达量直接以热图的形式映射在植物对应位置。

点击右上角和查看使用数据的引文和实验信息，也可下载到原始数据。


6

Tissue&Expriment eFP viewers


在组织和实验eFP查看模块，提供有关单个组织中基因表达的详细信息，以及不同实验处理下的结果。


另外，点击上方的Set eFP colors可自定义植物热图配色，图表都可输出为PNG或SVG格式。


7

Others


还有非常多的模块如可查看亚细胞定位、染色体信息、蛋白互作网络、蛋白质分子的3D结构等等，不同的物种所含模块可能会不同，以具体物种为准。


其它物种如玉米（部分）：

马铃薯（部分）：

如果感兴趣大家可以去用用看，更多细节可查看官方工具提示或文献。好啦，今日分享毕！更多科研技能、绘图干货关注SCIPainter不迷路！

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参考文献



Waese J, Fan J, Pasha A, et al. ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology[J]. Plant Cell, 2017:tpc.00073.2017.


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