diff --git a/book/graphs/efficacy/kmg01.qmd b/book/graphs/efficacy/kmg01.qmd index 1cd370c16f..337bb6ff09 100644 --- a/book/graphs/efficacy/kmg01.qmd +++ b/book/graphs/efficacy/kmg01.qmd @@ -27,8 +27,9 @@ variables <- list(tte = "AVAL", is_event = "is_event", arm = "ARMCD") ## Standard Plot +::: {.content-visible when-profile="development"} -```{r plot1, fig.height = 8, test = list(plot_v1 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +```{r plot1, fig.width = 9, fig.height = 6, test = list(plot_v1 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} plot <- g_km( df = anl, variables = variables, @@ -38,11 +39,44 @@ plot <- g_km( ) plot ``` +::: + +::: {.content-visible when-profile="stable"} + +```{r plot1-stbl, fig.height = 8, test = list(plot_v1 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +plot <- g_km( + df = anl, + variables = variables, + xlab = "Time (Days)", + ylim = c(0, 1), + annot_coxph = TRUE +) +plot +``` +::: ## Plot of Failures +::: {.content-visible when-profile="development"} -```{r plot2, fig.height = 8, test = list(plot_v2 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +```{r plot2, fig.width = 9, fig.height = 6, test = list(plot_v2 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +plot <- g_km( + df = anl, + variables = variables, + xlab = "Time (Days)", + yval = "Failure", + ylim = c(0, 1), + font_size = 8, + annot_coxph = TRUE, + control_annot_coxph = control_coxph_annot(x = 0.25, y = 0.85, w = 0.3) +) +plot +``` +::: + +::: {.content-visible when-profile="stable"} + +```{r plot2-stbl, fig.height = 8, test = list(plot_v2 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} plot <- g_km( df = anl, variables = variables, @@ -57,11 +91,26 @@ plot <- g_km( ) plot ``` +::: ## Plot Without
Comparative Statistics +::: {.content-visible when-profile="development"} + +```{r plot3, fig.width = 9, fig.height = 6, test = list(plot_v3 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +plot <- g_km( + df = anl, + variables = variables, + xlab = "Time (Days)", + ylim = c(0, 1) +) +plot +``` +::: + +::: {.content-visible when-profile="stable"} -```{r plot3, fig.height = 8, test = list(plot_v3 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +```{r plot3-stbl, fig.height = 8, test = list(plot_v3 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} plot <- g_km( df = anl, variables = variables, @@ -71,11 +120,28 @@ plot <- g_km( ) plot ``` +::: ## Plot Without
Censoring Marks +::: {.content-visible when-profile="development"} + +```{r plot4, fig.width = 9, fig.height = 6, test = list(plot_v4 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +plot <- g_km( + df = anl, + variables = variables, + censor_show = FALSE, + xlab = "Time (Days)", + ylim = c(0, 1), + annot_coxph = TRUE +) +plot +``` +::: + +::: {.content-visible when-profile="stable"} -```{r plot4, fig.height = 8, test = list(plot_v4 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +```{r plot4-stbl, fig.height = 8, test = list(plot_v4 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} plot <- g_km( df = anl, variables = variables, @@ -86,11 +152,13 @@ plot <- g_km( ) plot ``` +::: ## Plot Modifying
Censoring Marks +::: {.content-visible when-profile="development"} -```{r plot5, fig.height = 8, test = list(plot_v5 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +```{r plot5, fig.width = 9, fig.height = 6, test = list(plot_v5 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} plot <- g_km( df = anl, variables = variables, @@ -102,11 +170,29 @@ plot <- g_km( ) plot ``` +::: + +::: {.content-visible when-profile="stable"} + +```{r plot5-stbl, fig.height = 8, test = list(plot_v5 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +plot <- g_km( + df = anl, + variables = variables, + pch = 1, + size = 2, + xlab = "Time (Days)", + ylim = c(0, 1), + annot_coxph = TRUE +) +plot +``` +::: ## Plot Modifying Options for Statistics,
Tie Handling, Stratification, etc. +::: {.content-visible when-profile="development"} -```{r plot6, test = list(plot_v6 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +```{r plot6, fig.width = 9, fig.height = 6, test = list(plot_v6 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} variables$strata <- c("STRATA1", "STRATA2") plot <- g_km( df = anl, @@ -123,6 +209,35 @@ plot <- g_km( ) plot ``` +::: + +::: {.content-visible when-profile="stable"} + +```{r plot6-stbl, test = list(plot_v6 = "plot"), opts.label = "skip_test_strict"} +variables$strata <- c("STRATA1", "STRATA2") +plot <- g_km( + df = anl, + variables = variables, + control_surv = control_surv_timepoint(conf_level = 0.8), + xlab = "Time (Days)", + ylim = c(0, 1), + annot_coxph = TRUE, + control_coxph_pw = control_coxph( + pval_method = "wald", + ties = "breslow", + conf_level = 0.8 + ) +) +plot +``` +::: + +::: {.content-visible when-profile="development"} +```{r test parameters, test = list(width = "width", height = "height"), echo=FALSE} +width <- 9 +height <- 6 +``` +::: {{< include ../../test-utils/save_results.qmd >}} diff --git a/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v1.svg b/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v1.svg index 1c8c28d69f..951bace2e0 100644 --- a/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v1.svg +++ b/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v1.svg @@ -1,5 +1,5 @@ - + - + - - + + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -N - - - - -134 - - - - -ARM A - - - - -Median - - - - -134 - - - - -ARM B - - - - -95% CI - - - - -132 - - - - -ARM C - - - - -NA - - - - -NA - - - - -286.6 - - - - -(283.1, NA) - - - - -(287.3, NA) - - - - -(232.1, NA) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +Time (Days) +Survival Probability + + + + + + + +ARM A +ARM B +ARM C + + + +Censored - - + + - - - - + + + + + +134 +134 +132 +121 +124 +116 +93 +91 +89 +76 +76 +63 +37 +31 +29 +0 +0 +0 +ARM C +ARM B +ARM A + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +Time (Days) +Patients at Risk: - - + + - - - - + + + + + +N +134 +134 +132 +Median +NA +NA +286.6 +95% CI +(283.1, NA) +(287.3, NA) +(232.1, NA) +ARM C +ARM B +ARM A - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -HR - - - - -1.00 - - - - -ARM B - - - - -95% CI - - - - -1.29 - - - - -ARM C - - - - -p-value (log-rank) - - - - -(0.69, 1.44) - - - - -(0.91, 1.83) - - - - -0.9998 - - - - -0.1541 - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - -Survival Probability - - - - - - -0 -100 -200 -300 -400 -500 -Time (Days) - - - - -ARM A -ARM B -ARM C - - -Censored -Patients at Risk: - - - -134 -121 -93 -76 -37 -0 -134 -124 -91 -76 -31 -0 -132 -116 -89 -63 -29 -0 - - - -ARM A -ARM B -ARM C - - - - - - -0 -100 -200 -300 -400 -500 -Time (Days) + + + + + +HR +1.00 +1.29 +95% CI +(0.69, 1.44) +(0.91, 1.83) +p-value (log-rank) +0.9998 +0.1541 +ARM C +ARM B diff --git a/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v2.svg b/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v2.svg index 768539aba1..df7272b4e5 100644 --- a/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v2.svg +++ b/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v2.svg @@ -1,5 +1,5 @@ - + - + - - + + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -N - - - - -134 - - - - -ARM A - - - - -Median - - - - -134 - - - - -ARM B - - - - -95% CI - - - - -132 - - - - -ARM C - - - - -NA - - - - -NA - - - - -286.6 - - - - -(283.1, NA) - - - - -(287.3, NA) - - - - -(232.1, NA) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +Time (Days) +Failure Probability + + + + + + + +ARM A +ARM B +ARM C + + + +Censored - - + + - - - - + + + + + +134 +134 +132 +121 +124 +116 +93 +91 +89 +76 +76 +63 +37 +31 +29 +0 +0 +0 +ARM C +ARM B +ARM A + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +Time (Days) +Patients at Risk: - - + + - - - - + + + + + +N +134 +134 +132 +Median +NA +NA +286.6 +95% CI +(283.1, NA) +(287.3, NA) +(232.1, NA) +ARM C +ARM B +ARM A - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -HR - - - - -1.00 - - - - -ARM B - - - - -95% CI - - - - -1.29 - - - - -ARM C - - - - -p-value (log-rank) - - - - -(0.69, 1.44) - - - - -(0.91, 1.83) - - - - -0.9998 - - - - -0.1541 - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - -Failure Probability - - - - - - -0 -100 -200 -300 -400 -500 -Time (Days) - - - - -ARM A -ARM B -ARM C - - -Censored -Patients at Risk: - - - -134 -121 -93 -76 -37 -0 -134 -124 -91 -76 -31 -0 -132 -116 -89 -63 -29 -0 - - - -ARM A -ARM B -ARM C - - - - - - -0 -100 -200 -300 -400 -500 -Time (Days) + + + + + +HR +1.00 +1.29 +95% CI +(0.69, 1.44) +(0.91, 1.83) +p-value (log-rank) +0.9998 +0.1541 +ARM C +ARM B diff --git a/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v3.svg b/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v3.svg index 2b3c8ca9d1..482aae1b0b 100644 --- a/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v3.svg +++ b/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v3.svg @@ -1,5 +1,5 @@ - + - + - - + + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- + + - - - - - - - - - - - - - - + + + + + +134 +134 +132 +121 +124 +116 +93 +91 +89 +76 +76 +63 +37 +31 +29 +0 +0 +0 +ARM C +ARM B +ARM A + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +Time (Days) +Patients at Risk: - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -N - - - - -134 - - - - -ARM A - - - - -Median - - - - -134 - - - - -ARM B - - - - -95% CI - - - - -132 - - - - -ARM C - - - - -NA - - - - -NA - - - - -286.6 - - - - -(283.1, NA) - - - - -(287.3, NA) - - - - -(232.1, NA) - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - -Survival Probability - - - - - - -0 -100 -200 -300 -400 -500 -Time (Days) - - - - -ARM A -ARM B -ARM C - - -Censored -Patients at Risk: - - - -134 -121 -93 -76 -37 -0 -134 -124 -91 -76 -31 -0 -132 -116 -89 -63 -29 -0 - - - -ARM A -ARM B -ARM C - - - - - - -0 -100 -200 -300 -400 -500 -Time (Days) + + + + + +N +134 +134 +132 +Median +NA +NA +286.6 +95% CI +(283.1, NA) +(287.3, NA) +(232.1, NA) +ARM C +ARM B +ARM A diff --git a/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v4.svg b/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v4.svg index aab1fe32c9..311143968d 100644 --- a/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v4.svg +++ b/package/tests/testthat/_snaps/development/graphs-efficacy-kmg01/kmg01-plot_v4.svg @@ -1,5 +1,5 @@ - 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