-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
wgs_mapping.csv
We can make this file beautiful and searchable if this error is corrected: It looks like row 2 should actually have 1 column, instead of 7 in line 1.
111 lines (111 loc) · 11.4 KB
/
wgs_mapping.csv
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
#SampleID IDstring Country Region Age Mbases total_reads human_perc seqs microbiome_seqs KEGG_mapped KEGG_mapped_perc V4_16s_sequenced
371 371 USA STL 1,02 43,09188 165738 0,1 165559 43,04534 46523,15 28,1006468992927 No
Amz10baby Amz10baby Venezuela Platanillal 0,5 47,916306 120104 0,1 120014 47,885586 63073,908 52,5554585298382 Yes
Amz1baby Amz1baby Venezuela Platanillal 0,25 31,6 105314 81,3 19681 5,11706 6662,901 33,8544840201209 Yes
Amz1teenF Amz1teenF Venezuela Platanillal 15 9,505218 23374 0,1 23342 9,500194 10319,5 44,2100077114215 Yes
Amz2adltF Amz2adltF Venezuela Platanillal 35 44,65411 113735 0,7 112929 44,381097 43787,901 38,7747177430067 Yes
Amz2infF Amz2infF Venezuela Platanillal 1 38,508167 94612 0,1 94521 38,470047 50925,398 53,8773373112853 Yes
Amz4chldM1 Amz4chldM1 Venezuela Platanillal 5 90,400968 220083 0,3 219458 90,197238 73359,532 33,4275952574069 Yes
Amz4chldM2 Amz4chldM2 Venezuela Platanillal 6 25,106552 63839 0,1 63788 25,068684 23230,333 36,4180300369976 Yes
Amz5chldF1 Amz5chldF1 Venezuela Platanillal 9 55,184133 137357 0 137296 55,055696 64574,761 47,0332427747349 Yes
Amz5chldF2 Amz5chldF2 Venezuela Platanillal 11 23,547433 59107 0,1 59051 23,502298 21916 37,1136813940492 Yes
Amz5teenF Amz5teenF Venezuela Platanillal 18 46,525872 124110 0,1 123930 46,47375 44825 36,1696118776729 Yes
Amz7adltF Amz7adltF Venezuela Platanillal 29 95,889426 261971 0,3 261121 95,570286 80439,733 30,8055395774373 Yes
Amz7eldM Amz7eldM Venezuela Platanillal 53 33,580718 96561 0,1 96450 33,5646 34170,633 35,4283390357698 Yes
Amz9baby Amz9baby Venezuela Platanillal 0,42 51,898388 165327 0,1 165244 51,886616 91979,354 55,6627496308489 Yes
AmzC14infF AmzC14infF Venezuela Coromoto 0,917 37,304552 110696 0,1 110625 37,280625 42834,666 38,7206020338983 Yes
AmzC15infF AmzC15infF Venezuela Coromoto 0,75 56,516332 163342 0,3 162823 56,336758 73078,566 44,8822132008377 Yes
AmzC1babyF2 AmzC1babyF2 Venezuela Coromoto 0,417 47,68563 136451 0,1 136378 47,595922 61651,15 45,2060816260687 Yes
AmzC2babyF AmzC2babyF Venezuela Coromoto 0,417 58,611268 176437 0,1 176323 58,715559 96079,848 54,4908196888665 Yes
AmzC3babyF AmzC3babyF Venezuela Coromoto 0,5 47,747383 148455 0,2 148187 47,716214 82870,082 55,922639637755 Yes
AmzC5adltF AmzC5adltF Venezuela Coromoto 20 44,706592 145761 0,1 145658 44,571348 48362,477 33,2027605761441 Yes
AmzC5chldF AmzC5chldF Venezuela Coromoto 2 95,449878 261294 0,5 259910 94,86715 136517,76 52,5250125043284 Yes
AmzC5chldM AmzC5chldM Venezuela Coromoto 1 89,816854 246633 13,6 213186 78,87882 106532,397 49,9715727111537 Yes
F3T1pre4 F3T1pre4 USA STL 23 11,781728 52597 0 52576 11,777024 17978,533 34,1953229610469 Yes
F3T2pre4 F3T2pre4 USA STL 23 11,1672 49632 0,1 49596 11,1591 16907,499 34,0904488265183 Yes
F4T1pre4 F4T1pre4 USA STL 23 11,695924 49559 0,1 49517 11,735529 17122 34,5780237090292 Yes
F4T2pre4 F4T2pre4 USA STL 23 11,6298 49700 0 49683 11,625822 17571,786 35,3678038765775 Yes
h10A.2 h10A.2 Malawi Mbiza 1,6 74,561283 194643 0,4 193914 74,269062 84307,002 43,4764906092391 Yes
h10B.2 h10B.2 Malawi Mbiza 1,6 102,257154 254020 17,3 210101 85,931309 97916,916 46,6046882213793 No
h10M h10M Malawi Mbiza 26,5 55,249072 151016 0,1 150839 55,207074 52929,667 35,090173628836 Yes
h121A.1 h121A.1 Malawi Mbiza 0,43 37,380242 101266 1,5 99698 36,88826 43925,081 44,0581365724488 Yes
h121B.1 h121B.1 Malawi Mbiza 0,43 58,127016 153867 0,8 152687 57,715686 62425,267 40,884467570913 Yes
h209A.2 h209A.2 Malawi Mbiza 0,56 67,642002 170563 22,1 132838 53,79939 80450,019 60,5625039521823 Yes
h209B.2 h209B.2 Malawi Mbiza 0,56 48,071816 121080 18,8 98369 39,741076 55178,051 56,0929266333906 Yes
h257A.1 h257A.1 Malawi Mayaka 0,19 60,909165 155608 0,3 155162 60,668342 83784,882 53,9983256209639 Yes
h257B.1 h257B.1 Malawi Mayaka 0,19 71,658777 200057 44,3 111346 41,866096 64614,166 58,0300738239362 Yes
h257M.2 h257M.2 Malawi Mayaka 23 53,240735 180645 0,1 180417 53,223015 62727,201 34,7678993664677 Yes
h259A.2 h259A.2 Malawi Mbiza 0,268333333333333 32,1 100512 0,9 88000 32 49873 56,6738636363636 Yes
h259B.2 h259B.2 Malawi Mbiza 0,268333333333333 28,8 91029 5,6 76770 28 44785 58,3365898137293 Yes
h301A.1 h301A.1 Malawi Chamba 0,05 60,908281 145357 0,2 145054 60,777626 84455,057 58,2231837798337 Yes
h301B.1 h301B.1 Malawi Chamba 0,05 74,034648 187452 0,1 187224 73,95348 107090,66 57,1992159124899 Yes
h301M.1 h301M.1 Malawi Chamba 25 49,589851 170516 0,3 170081 49,493571 53793,583 31,6282142038205 Yes
h37A.2 h37A.2 Malawi Mbiza 1,2 67,810206 178164 4 171067 65,347594 73538,398 42,9880678330713 Yes
h37B.2 h37B.2 Malawi Mbiza 1,2 192,072457 499973 24,1 379277 149,435138 209026,08 55,1117204576075 Yes
h37M h37M Malawi Mbiza 26,88 73,576398 184402 0,1 184151 73,476249 61340,582 33,3099369539128 Yes
h47A.1 h47A.1 Malawi Chamba 0,6 100,401305 256160 0,7 254363 99,710296 113656,013 44,6826043882168 Yes
h47B.1 h47B.1 Malawi Chamba 0,6 71,950971 184511 0,1 184366 71,90274 79243,63 42,9816940216743 Yes
h95A.1 h95A.1 Malawi Mayaka 1,25 124,678627 330681 1 327329 123,403033 145375,282 44,4125885576897 Yes
h95B.1 h95B.1 Malawi Mayaka 1,25 101,66127 261321 1,3 258046 100,63794 123044,872 47,6833091774335 Yes
h95M h95M Malawi Mayaka 23,89 64,720752 168724 0,5 167919 64,480896 56888,766 33,8786950851303 Yes
TS1 TS1 USA MOAFTS 28 48,452278 190757 0 190749 48,450246 71458,914 37,4622745073369 Yes
TS2 TS2 USA MOAFTS 28 57,35268 248280 0 248274 57,351294 71863,232 28,9451299773637 Yes
TS3 TS3 USA MOAFTS 50 78,031499 315917 0 315900 78,0273 106136,299 33,5980686926243 Yes
TS4 TS4 USA MOAFTS 25 75,6787 288850 0 288836 75,675032 99321,998 34,386987079173 Yes
TS5 TS5 USA MOAFTS 25 83,974716 333233 0 333219 83,971188 125404,184 37,6341637181553 Yes
TS6 TS6 USA MOAFTS 50 91,92699 360498 0 360479 91,922145 132472,536 36,7490300405849 Yes
TS7 TS7 USA MOAFTS 26 113,634178 438742 0 438719 113,628221 152781,838 34,8245318757565 Yes
TS8 TS8 USA MOAFTS 26 96,442588 381196 0 381182 96,439046 138294,765 36,2805077364619 Yes
TS9 TS9 USA MOAFTS 50 126,002895 494129 0 494102 125,99601 173300,731 35,0738776608878 Yes
USBldChld10 USBldChld10 USA CO 1,3 44,109425 115789 0,1 115720 44,08932 43197,5 37,3293294158313 Yes
USBldChld2 USBldChld2 USA CO 4,5 48,223782 128358 0,1 128291 48,237416 48080,599 37,477764613262 Yes
USBldChld4 USBldChld4 USA CO 6 48,247208 128139 0,1 128029 48,266933 50837,167 39,7075404791102 Yes
USBldChld5 USBldChld5 USA CO 3 74,156697 194350 0,1 194229 74,001249 70594,833 36,346185688028 Yes
USBldChld8 USBldChld8 USA CO 1,6 64,652317 166196 0,1 166095 64,610955 59092,499 35,5775303290286 Yes
USchp18Child USchp18Child USA PA 3 75,891347 197198 0,1 196958 75,82883 79214,924 40,2191959707146 Yes
USchp18Mom USchp18Mom USA PA 40 44,000814 126603 0,1 126524 44,030352 49846,433 39,3968203660966 Yes
USchp33ChildA USchp33ChildA USA PA 5 69,055545 180715 0,2 180424 68,921968 68144,335 37,7689969183701 Yes
USchp33ChildB USchp33ChildB USA PA 7 73,809582 181797 0 181724 73,779944 66650,201 36,6766090334793 Yes
USchp33Mom USchp33Mom USA PA 45 54,863907 142654 0,1 142581 54,751104 51112 35,8476935917128 Yes
USchp60Child USchp60Child USA PA 1 43,618184 112418 0,1 112356 43,594128 43058,332 38,3231264907971 Yes
USchp60Mom USchp60Mom USA PA 33 114,64141 284470 0,1 284283 114,566049 106019,415 37,293617627505 Yes
USinfTw1.1 USinfTw1.1 USA STL 0,0833333333333333 37,891304 115285 0,1 115158 37,886982 62244,233 54,0511584084475 Yes
USinfTw1.2 USinfTw1.2 USA STL 0,0833333333333333 53,546471 161431 0 161375 53,5765 71658,368 44,4048756003098 Yes
USinfTw10.1 USinfTw10.1 USA STL 0,416666666666667 25,5765 72250 0 72215 25,56411 31074,579 43,030643218168 Yes
USinfTw10.2 USinfTw10.2 USA STL 0,416666666666667 32,453784 93258 0,1 93148 32,415504 43372,099 46,5625660239619 Yes
USinfTw11.1 USinfTw11.1 USA STL 0,5 26,170209 74559 0 74534 26,161434 30265 40,6056296455309 Yes
USinfTw11.2 USinfTw11.2 USA STL 0,5 33,223608 93852 0 93813 33,209802 43483,066 46,3507893362327 Yes
USinfTw12.1 USinfTw12.1 USA STL 0,5 37,993914 109809 0 109755 37,97523 41630,999 37,9308450640062 Yes
USinfTw12.2 USinfTw12.2 USA STL 0,5 28,17909 82395 0,1 82352 28,164384 32649,133 39,6458288809015 Yes
USinfTw13.1 USinfTw13.1 USA STL 0,583333333333333 26,251808 80036 0 79997 26,239016 31765,182 39,7079665487456 Yes
USinfTw13.2 USinfTw13.2 USA STL 0,583333333333333 27,279693 81921 0 81890 27,26937 33569,931 40,993932104042 Yes
USinfTw15.1 USinfTw15.1 USA STL 0,666666666666667 21,47376 64680 0 64661 21,467452 23853,347 36,8898516880345 Yes
USinfTw15.2 USinfTw15.2 USA STL 0,666666666666667 20,114042 59509 0 59487 20,047119 27220,629 45,758954057189 Yes
USinfTw16.1 USinfTw16.1 USA STL 0,75 17,440164 54162 0 54141 17,433402 18754,086 34,6393417188452 Yes
USinfTw16.2 USinfTw16.2 USA STL 0,75 20,14308 62170 0,1 62121 20,127204 22762,683 36,642492876805 Yes
USinfTw17.1 USinfTw17.1 USA STL 0,75 19,352 60475 0,1 60439 19,34048 20310,884 33,6055924154933 Yes
USinfTw17.2 USinfTw17.2 USA STL 0,75 22,70848 70964 0 70950 22,704 25744,968 36,2860718816068 No
USinfTw18.1 USinfTw18.1 USA STL 0,916666666666667 24,28514 72710 0 72687 24,277458 28898,314 39,7571972980038 Yes
USinfTw18.2 USinfTw18.2 USA STL 0,916666666666667 23,20098 70306 0 70281 23,19273 30729,648 43,7239766081871 Yes
USinfTw19.1 USinfTw19.1 USA STL 0,416666666666667 94,07769 288553 22,1 224659 75,260765 128275,071 57,0976773688123 Yes
USinfTw19.2 USinfTw19.2 USA STL 0,416666666666667 40,738098 158514 9,1 144110 37,32449 81792,365 56,7568975088474 Yes
USinfTw2.1 USinfTw2.1 USA STL 0,0833333333333333 20,457056 57952 0,1 57905 20,440465 34933,75 60,3294188757448 Yes
USinfTw2.2 USinfTw2.2 USA STL 0,0833333333333333 32,832812 92227 0,1 92151 32,805756 54253,929 58,8750301136179 Yes
USinfTw20.1 USinfTw20.1 USA STL 0,0833333333333333 18,649014 72283 1,2 71435 18,43023 41876,5 58,6218240358368 Yes
USinfTw20.2 USinfTw20.2 USA STL 0,0833333333333333 34,668704 133856 0,3 133407 34,552413 82194,733 61,612009114964 Yes
USinfTw21.1 USinfTw21.1 USA STL 0,25 65,81094 203215 2,1 199009 64,677925 105155,706 52,8396735826018 Yes
USinfTw21.2 USinfTw21.2 USA STL 0,25 55,605402 176942 0,1 176845 55,52933 96650,571 54,6527020837457 Yes
USinfTw3.1 USinfTw3.1 USA STL 0,166666666666667 60,11781 175179 0,1 174966 60,013338 84691,263 48,4044117142759 Yes
USinfTw3.2 USinfTw3.2 USA STL 0,166666666666667 54,454686 154605 0 154534 54,395968 73836,329 47,7799895168701 Yes
USinfTw4.1 USinfTw4.1 USA STL 0,166666666666667 50,45677 148280 3,6 142916 48,877272 78272,462 54,7681589185256 Yes
USinfTw4.2 USinfTw4.2 USA STL 0,166666666666667 58,479351 169593 0,1 169453 58,461285 95360,685 56,2755955928783 Yes
USinfTw5.1 USinfTw5.1 USA STL 0,25 48,392605 145624 0,1 145475 48,2977 70294,632 48,3207643925073 Yes
USinfTw5.2 USinfTw5.2 USA STL 0,25 55,853044 166645 0 166583 55,805305 82400,695 49,4652485547745 Yes
USinfTw6.1 USinfTw6.1 USA STL 0,25 68,933816 197773 0,5 196750 68,66575 111790,044 56,8183196950445 Yes
USinfTw6.2 USinfTw6.2 USA STL 0,25 58,86425 171799 0 171733 58,904419 97060,022 56,5179796544636 Yes
USinfTw7.1 USinfTw7.1 USA STL 0,333333333333333 23,581284 68154 0,1 68101 23,562946 25114,868 36,8788534676437 Yes
USinfTw7.2 USinfTw7.2 USA STL 0,333333333333333 54,286095 157351 0 157283 54,262635 61399,3 39,0374674948977 Yes
USinfTw8.1 USinfTw8.1 USA STL 0,333333333333333 45,585184 133988 0 133942 45,54028 47977,35 35,8194964984844 Yes
USinfTw8.2 USinfTw8.2 USA STL 0,333333333333333 51,18693 139855 0 139800 51,1668 55710,344 39,8500314735336 Yes
USinfTw9.1 USinfTw9.1 USA STL 0,416666666666667 76,440419 220495 0 220391 76,475677 95963,898 43,542566620234 Yes
USinfTw9.2 USinfTw9.2 USA STL 0,416666666666667 80,110372 223193 0,2 222856 80,005304 88557,368 39,7374842947913 Yes