From 23309a73453e9d386d4815d0ab14dee598148801 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: hepcat72 Date: Wed, 4 Dec 2019 17:38:07 -0500 Subject: [PATCH] Fixes issue 23: fatal errors when run on merged vcf files. Changed dot values to 0 unless the value is for GT. Added ALT to sample info to know how many AO values there should be. Checked number of AO values against the number of ALT values in expandSampleInfo. Converted single dot values to multiple zeros for AO values in expandSampleInfo. Added test 12 specific to this fix. Files checked in: src/vcfSampleCompare.pl t/run_tests.t --- src/vcfSampleCompare.pl | 64 +- t/expected/mixed_dots.vcf.vsc | 4 + t/expected/mixed_dots.vcf.vsc.vcf | 260 ++++++++ t/inputs/mixed_dots.vcf | 960 ++++++++++++++++++++++++++++++ t/run_tests.t | 70 +++ 5 files changed, 1340 insertions(+), 18 deletions(-) create mode 100644 t/expected/mixed_dots.vcf.vsc create mode 100644 t/expected/mixed_dots.vcf.vsc.vcf create mode 100644 t/inputs/mixed_dots.vcf diff --git a/src/vcfSampleCompare.pl b/src/vcfSampleCompare.pl index 8ede408..57fd88c 100755 --- a/src/vcfSampleCompare.pl +++ b/src/vcfSampleCompare.pl @@ -16,7 +16,7 @@ use strict; use CommandLineInterface; -our $VERSION = '2.012'; +our $VERSION = '2.013'; setScriptInfo(VERSION => $VERSION, CREATED => '6/22/2017', AUTHOR => 'Robert William Leach', @@ -914,9 +914,15 @@ #Create easy access to the sample info by creating a hash like: #sample_info->{$samplename}->{GT} = value $sample_info->{$sample} = - {map {$_ => $d[$format_key_tosubindex->{$_}]} + {map {$_ => ($d[$format_key_tosubindex->{$_}] eq '.' && + $_ ne 'GT' ? 0 : $d[$format_key_tosubindex->{$_}])} keys(%$format_key_tosubindex)}; $orig_sample_order->{$sample} = $sample_index; + + #Let's add ALT, because if data was merged from multiple runs, + #different samples will have comma-delimited AO values while others + #will have a single '.' even though there may be multiple ALT values + $sample_info->{$sample}->{ALT} = $cols[4]; } #Quick error check. There must be either 0 or scalar(@$group_diff_mins) @@ -1615,6 +1621,9 @@ sub createStaticMinSampleGroupPair my $best_remainder2 = []; my $best_gap = 0; + debug("Variant (AO/RO) keys: [",join(',',@variant_states),"].", + {LEVEL => 3}); + foreach my $state (@variant_states) { my $tmp_group1_1 = [];#Case1: bottom of group 1 vs top of group 2 @@ -2661,40 +2670,59 @@ sub expandSampleInfo { my $sample_info = $_[0]; my $expanded_sample_info = {}; - my $ao_keys = []; + my $ao_keys = {}; foreach my $sample (keys(%$sample_info)) { + my @real_alts = split(/,/,$sample_info->{$sample}->{ALT},-1); + foreach my $key (keys(%{$sample_info->{$sample}})) { - my $val = $sample_info->{$sample}->{$key}; + my $val = ($sample_info->{$sample}->{$key} eq '.' && $key ne 'GT' ? + 0 : $sample_info->{$sample}->{$key}); my @alts = split(/,/,$val,-1); + + if(scalar(@alts) != 1 && ($key eq 'RO' || $key eq 'DP')) + {error("Multiple values found in $key key [$val].", + {DETAIL => ('This script assumes that the FORMAT ' . + 'keys "DP" and "RO" each have a single ' . + '(comma-delimited) value, but found more ' . + 'than 1.')})} + elsif($key eq 'AO' && scalar(@real_alts) != 1 && + scalar(@alts) == 1 && $val ne '.' && $val ne '0') + { + error("Single value found in $key key [$val] but multiple ALT ", + "values: [$sample_info->{$sample}->{ALT}]. Cannot ", + "associate it with an ALT state. Setting zeroes.", + {DETAIL => ('Multiple ALT values must map to the same ' . + 'number of observation values for key ' . + "$key.")}); + @alts = map {0} @real_alts; + } + elsif($key eq 'AO' && scalar(@real_alts) != 1 && + scalar(@alts) == 1 && ($val eq '.' || $val eq '0')) + {@alts = map {0} @real_alts} + if(scalar(@alts) == 1) { $expanded_sample_info->{$sample}->{$key} = $val; - if($key eq 'AO' && scalar(@$ao_keys) == 0) - {push(@$ao_keys,'AO')} + if($key eq 'AO') + {$ao_keys->{AO}++} } else { - if($key eq 'RO' || $key eq 'DP') - { - error("Multiple values found in $key key [$val].", - {DETAIL => 'This script assumes that the FORMAT ' . - 'keys "DP" and "RO" each have a single (comma-' . - 'delimited) value, but found more than 1.'}); - } - - if($key eq 'AO' && scalar(@$ao_keys) == 0) - {push(@$ao_keys,map {"AO$_"} (1..scalar(@alts)))} + if($key eq 'AO') + {foreach my $key (map {"AO$_"} (1..scalar(@alts))) + {$ao_keys->{$key}++}} for(my $i = 0;$i <= $#alts;$i++) - {$expanded_sample_info->{$sample}->{$key .($i+1)} = $alts[$i]} + {$expanded_sample_info->{$sample}->{$key .($i+1)} = + ($alts[$i] eq '.' && $key ne 'GT' ? 0 : $alts[$i])} } } } - return($expanded_sample_info,$ao_keys); + return($expanded_sample_info,[sort(keys(%$ao_keys))]); } sub max diff --git a/t/expected/mixed_dots.vcf.vsc b/t/expected/mixed_dots.vcf.vsc new file mode 100644 index 0000000..fcf37a1 --- /dev/null +++ b/t/expected/mixed_dots.vcf.vsc @@ -0,0 +1,4 @@ +#CHROM POS ID REF ALT BEST_PAIR BEST_GT_SCORE BEST_OR_SCORE BEST_DP_SCORE PAIR_ID PAIR_GT_SCORE PAIR_OR_SCORE PAIR_DP_SCORE STATES_USED_GT STATES_USED_OR GROUP1_SAMPLES GROUP1_GTS GROUP1_ORS GROUP2_SAMPLES GROUP2_GTS GROUP2_ORS +1 11291515 . G C,A 1.1 1 0.7 0.3 1.1 1 0.7 0.3 0/1+1/1;0/2 1 147_93B,149_93D 1/1,0/1 2/2,4/10 153_93H 0/2 0/8 +1 1493804 . A C,G 1.1 1 0.8 0.25 1.1 1 0.8 0.25 0/0;0/2 2 147_93B,149_93D ./.,0/0 .,0/17 153_93H 0/2 4/5 +1 6692944 . T A,C 1.1 1 0.75 0.2 1.1 1 0.75 0.2 0/0;0/2 2 147_93B,149_93D ./.,0/0 .,0/14 153_93H 0/2 3/4 diff --git a/t/expected/mixed_dots.vcf.vsc.vcf b/t/expected/mixed_dots.vcf.vsc.vcf new file mode 100644 index 0000000..b1fe403 --- /dev/null +++ b/t/expected/mixed_dots.vcf.vsc.vcf @@ -0,0 +1,260 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##FILTER= +##fileDate=20191010 +##source=freeBayes v1.2.0-2-g29c4002 +##reference=208_Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa.fasta +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##contig= +##phasing=none +##commandline="/Genomics/grid/users/rleach/local/freebayes/bin/freebayes -b 146_93A-read.fastq.bam --fasta-reference 208_Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa.fasta --vcf 146_93A-read.fastq.bam.10_101368449-102291599.vcf --report-monomorphic --theta 0.00001 --ploidy 2 -K -i -X -u -n 0 --haplotype-length 0 --min-repeat-size 5 --min-repeat-entropy 0 -m 1 -q 0 -R 0 -Y 0 -e 1000 -F 0.0 -C 1 -G 1 --min-coverage 0 --min-alternate-qsum 0 --use-duplicate-reads --min-alternate-count 1 --min-alternate-fraction 0 -r 10:101368449-102291599" +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##bcftools_mergeVersion=1.4.1+htslib-1.4.1 +##bcftools_mergeCommand=merge --merge snps --output-type v --threads 1 input0.vcf.gz input1.vcf.gz input2.vcf.gz input3.vcf.gz input4.vcf.gz input5.vcf.gz input6.vcf.gz input7.vcf.gz; Date=Tue Dec 3 16:43:08 2019 +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 146_93A 147_93B 148_93C 149_93D 150_93E 151_93F 152_93G 153_93H +1 11291515 . G C,A 58.2588 . DPB=2;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4146;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=159;AB=0.125,0.25;ABP=42.0968,7.35324;AF=0.5,0.5;AO=4,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=148,74;RPL=0,0;RPP=11.6962,7.35324;RPR=4,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=3,1;TYPE=snp,snp;AN=12;AC=5,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2,.:0:0:2,.:74,.:-7.03,-0.60206,0,.,.,. 0/0:51:47,2,2:47:1739:2,2:74,74:0,-8.09047,-149.85,-8.09047,-144.394,-149.85 0/1:10:6,4,.:6:222:4,.:148,.:-10.6797,0,-17.3397,.,.,. 0/1:56:51,5,.:51:1875:5,.:185,.:-0.162321,0,-152.26,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:32:28,4,.:28:1036:4,.:148,.:-4.05704,0,-83.977,.,.,. 0/2:8:6,.,2:6:210:.,2:.,74:-4.62176,.,.,0,.,-16.8418 +1 1493804 . A C,G 88.3705 . DPB=49;EPPR=3.19126;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.0961;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1726;RO=48;RPPR=21.1059;SRF=25;SRP=3.19126;SRR=23;DP=71;AB=0,0.8;ABP=0,6.91895;AF=0,0.5;AO=1,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,148;RPL=1,4;RPP=5.18177,11.6962;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:48,1,.:48:1726:1,.:11,.:0,-13.6505,-154.6,.,.,. 0/0:17:16,1,.:16:592:1,.:37,.:0,-1.41751,-49.95,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:5:1,.,4:1:37:.,4:.,148:-12.1848,.,.,0,.,-2.19485 +1 6692944 . T A,C 58.0811 . 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DPB=10;EPPR=4.09604;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.15462;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=258;RO=8;RPPR=20.3821;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;DP=71;AB=0.2,0;ABP=10.8276,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2,.:8:258:2,.:74,.:-4.0197,0,-20.5322,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:61:60,.,1:60:1996:.,1:.,11:0,.,.,-17.2628,.,-178.873 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629898 . A C,T 2.20034e-15 . DPB=67;EPPR=28.8048;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=99.7366;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2380;RO=66;RPPR=32.6213;SRF=49;SRP=36.701;SRR=17;DP=141;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:67:66,1,.:66:2380:1,.:11,.:0,-19.069,-213.461,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:74:73,.,1:73:2613:.,1:.,11:0,.,.,-21.1762,.,-234.428 +1 629902 . A G,C 1.49699e-14 . DPB=43;EPPR=8.18047;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=60.9223;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1466;RO=42;RPPR=8.18047;SRF=36;SRP=49.5419;SRR=6;DP=239;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,22;RPL=0,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,7.35324;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:42,1,.:42:1466:1,.:37,.:0,-9.24429,-128.589,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:95:91,1,3:91:3257:1,3:37,85:0,-24.3431,-289.851,-20.7118,-283.407,-285.533 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:21:20,.,1:20:740:.,1:.,25:0,.,.,-3.82163,.,-64.47 0/0:80:78,.,2:78:2760:.,2:.,22:0,.,.,-21.9924,.,-246.664 +1 629906 . C T,A,G 1730.76 . DPB=43;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.1936;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=198;RO=6;RPPR=16.0391;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;DP=292;AB=0.772152,0.0204082,0.0243902;ABP=53.8337,198.797,83.5666;AF=0.5,0,0;AO=61,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.90025,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,3,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=2207,74,11;RPL=24,0,1;RPP=9.02635,7.35324,5.18177;RPR=37,2,0;RUN=1,1,1;SAF=52,1,0;SAP=68.8308,3.0103,5.18177;SAR=9,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=14;AC=9,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:6,37,.,.:6:198:37,.,.:1262,.,.:-100.977,0,-5.20571,.,.,.,.,.,.,. 0/1:6:5,1,.,.:5:185:1,.,.:37,.,.:-1.89382,0,-15.2138,.,.,.,.,.,.,. 0/1:98:21,74,2,1:21:739:74,2,1:2573,74,11:-203.034,0,-37.9722,-203.297,-54.188,-262.885,-208.67,-59.5695,-262.801,-268.558 0/1:41:17,23,.,1:17:565:23,.,1:838,.,11:-63.6226,0,-39.0188,.,.,.,-68.0617,-45.2659,.,-113.48 1/1:4:0,4,.,.:0:0:4,.,.:148,.,.:-13.69,-1.20412,0,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:21:0,21,.,.:0:0:21,.,.:751,.,.:-67.9476,-6.32163,0,.,.,.,.,.,.,. 0/1:79:18,61,.,.:18:630:61,.,.:2207,.,.:-175.21,0,-33.2686,.,.,.,.,.,.,. +1 629907 . A T,C,G 1.16329e-14 . DPB=43;EPPR=6.31921;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=65.2972;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1466;RO=42;RPPR=3.83753;SRF=34;SRP=37.9607;SRR=8;DP=271;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=18,37,37;RPL=0,0,0;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=1,1,1;RUN=1,1,1;SAF=1,0,1;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=0,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:42,1,.,.:42:1466:1,.,.:18,.,.:0,-11.1443,-130.489,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:108:106,.,1,1:106:3772:.,1,1:.,24,37:0,.,.,-30.1152,.,-337.371,-28.8152,.,-334.643,-336.2 0/0:40:39,.,1,.:39:1405:.,1,.:.,24,.:0,.,.,-9.6412,.,-124.41,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:80:78,.,1,1:78:2762:.,1,1:.,37,37:0,.,.,-20.4514,.,-245.234,-20.4514,.,-242.506,-245.234 +1 629910 . A T,C 7.08649e-16 . DPB=53;EPPR=11.1951;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=80.5628;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1802;RO=52;RPPR=11.1951;SRF=36;SRP=19.7139;SRR=16;DP=83;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:52,1,.:52:1802:1,.:11,.:0,-14.8546,-161.427,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,.,1:29:1061:.,1:.,11:0,.,.,-7.9309,.,-94.7559 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629911 . A G,T,C 8.72462e-15 . DPB=160;EPPR=3.13478;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=212.113;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5511;RO=157;RPPR=185.926;SRF=97;SRP=21.945;SRR=60;DP=351;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,1,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=37,11,11;RPL=1,1,0;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=0,0,1;RUN=1,1,1;SAF=0,0,0;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:160:157,2,1,.:157:5511:2,1,.:62,11,.:0,-42.1504,-490.516,-46.6394,-490.431,-495.107,.,.,.,. 0/0:56:55,.,1,.:55:1947:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-15.7577,.,-174.484,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:28,.,.,2:28:974:.,.,2:.,.,36:0,.,.,.,.,.,-5.6109,.,.,-84.5879 0/0:105:103,1,.,1:103:3497:1,.,1:37,.,11:0,-27.8471,-311.497,.,.,.,-30.4471,-311.112,.,-313.84 +1 629912 . T A,C 2.82671e-14 . DPB=165;EPPR=3.02362;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=227.878;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5895;RO=163;RPPR=191.662;SRF=100;SRP=21.248;SRR=63;DP=270;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:165:163,1,1:163:5895:1,1:11,37:0,-48.5089,-529.682,-45.9089,-526.954,-527.34 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:105:104,1,.:104:3774:1,.:11,.:0,-30.5081,-338.923,.,.,. +1 629914 . A C,T 6.82587e-15 . DPB=71;EPPR=3.79707;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=104.105;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2477;RO=69;RPPR=61.1995;SRF=43;SRP=12.1053;SRR=26;DP=71;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:71:69,1,1:69:2477:1,1:11,11:0,-20.0821,-222.185,-20.0821,-221.801,-222.185 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629915 . A C,G 0 . DPB=73;EPPR=3.28556;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=106.849;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2565;RO=71;RPPR=54.4222;SRF=43;SRP=9.89173;SRR=28;DP=73;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:73:71,1,1:71:2565:1,1:11,11:0,-20.6842,-230.108,-20.6842,-229.723,-230.108 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629917 . A C,G,T 9.37229e-15 . DPB=207;EPPR=10.206;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=3;ODDS=290.18;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=7310;RO=204;RPPR=211.642;SRF=113;SRP=8.16222;SRR=91;DP=411;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=7.35324,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,3;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=22,50,11;RPL=0,2,0;RPP=7.35324,7.35324,5.18177;RPR=2,0,1;RUN=1,1,1;SAF=0,1,0;SAP=7.35324,3.0103,5.18177;SAR=2,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:207:204,1,1,1:204:7310:1,1,1:11,11,11:0,-60.7211,-657.156,-60.7211,-656.769,-657.156,-60.7211,-656.769,-656.769,-657.156 0/0:78:76,.,2,.:76:2726:.,2,.:.,50,.:0,.,.,-18.7303,.,-240.949,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:126:124,2,.,.:124:4340:2,.,.:22,.,.:0,-35.8398,-388.86,.,.,.,.,.,.,. +1 629921 . A T,C,G 2.48919e-14 . DPB=80;EPPR=49.2159;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=114.357;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2807;RO=79;RPPR=26.1269;SRF=42;SRP=3.69747;SRR=37;DP=459;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=25,11,74;RPL=0,1,0;RPP=5.18177,5.18177,7.35324;RPR=1,0,2;RUN=1,1,1;SAF=0,0,1;SAP=5.18177,5.18177,3.0103;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:80:79,1,.,.:79:2807:1,.,.:25,.,.:0,-21.5824,-250.485,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:246:243,.,1,2:243:8675:.,1,2:.,11,74:0,.,.,-72.548,.,-779.834,-66.919,.,-774.077,-774.163 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:133:132,.,1,.:132:4696:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-38.937,.,-421.896,.,.,.,. +1 629922 . T A,C 3.10393e-15 . DPB=83;EPPR=49.7234;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=118.479;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2972;RO=82;RPPR=30.1272;SRF=43;SRP=3.434;SRR=39;DP=319;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:83:82,1,.:82:2972:1,.:25,.:0,-22.4855,-265.342,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:101:100,.,1:100:3590:.,1:.,37:0,.,.,-26.704,.,-319.759 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:135:133,1,1:133:4743:1,1:11,37:0,-39.478,-425.997,-36.878,-423.269,-423.655 +1 629925 . T A,C 0 . DPB=126;EPPR=10.1299;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=161.842;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4162;RO=122;RPPR=85.3127;SRF=66;SRP=4.7902;SRR=56;DP=268;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,62;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:126:122,2,2:122:4162:2,2:74,62:0,-30.6377,-367.921,-31.7777,-363.545,-369.002 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:142:141,1,.:141:5093:1,.:11,.:0,-41.6463,-457.631,.,.,. +1 629928 . A T,G 6.22293e-15 . DPB=123;EPPR=30.3062;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=172.451;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4391;RO=121;RPPR=88.4515;SRF=61;SRP=3.02825;SRR=60;DP=463;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=22,37;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=7.35324,5.18177;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:123:121,2,.:121:4391:2,.:22,.:0,-34.9367,-393.463,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:177:174,.,3:174:6222:.,3:.,111:0,.,.,-42.9223,.,-549.978 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:163:162,.,1:162:5836:.,1:.,37:0,.,.,-45.3679,.,-521.9 +1 629929 . T A,G 5.95171e-15 . DPB=125;EPPR=32.6871;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=178.393;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4451;RO=123;RPPR=97.0898;SRF=60;SRP=3.16919;SRR=63;DP=527;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:125:123,1,1:123:4451:1,1:11,11:0,-36.3377,-399.85,-36.3377,-399.464,-399.85 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:402:401,1,.:401:14517:1,.:11,.:0,-119.914,-1305.79,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629932 . T A,C,G 6.93087e-15 . DPB=126;EPPR=26.7923;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=177.673;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4589;RO=125;RPPR=59.4512;SRF=60;SRP=3.44459;SRR=65;DP=971;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,7.35324,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=25,74,37;RPL=0,1,0;RPP=5.18177,3.0103,5.18177;RPR=1,1,1;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,3.0103,5.18177;SAR=0,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:126:125,1,.,.:125:4589:1,.,.:25,.,.:0,-35.4298,-410.877,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:436:434,.,2,.:434:15576:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-124.219,.,-1395.17,.,.,.,. 0/0:222:221,.,.,1:221:7969:.,.,1:.,.,37:0,.,.,.,.,.,-63.1287,.,.,-713.871 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:187:185,.,2,.:185:6625:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-49.2626,.,-589.578,.,.,.,. +1 629936 . A C,T,G 1.00958e-14 . DPB=524;EPPR=19.4894;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=731.216;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=18805;RO=523;RPPR=87.9136;SRF=254;SRP=3.94449;SRR=269;DP=1057;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,3,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,3.73412,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,85,74;RPL=0,2,0;RPP=5.18177,3.73412,7.35324;RPR=1,1,2;RUN=1,1,1;SAF=0,1,1;SAP=5.18177,3.73412,3.0103;SAR=1,2,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:524:523,1,.,.:523:18805:1,.,.:11,.,.:0,-156.64,-1691.71,.,.,.,.,.,.,. 0/0:314:311,.,3,.:311:11007:.,3,.:.,85,.:0,.,.,-86.5901,.,-983.051,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:219:217,.,.,2:217:7865:.,.,2:.,.,74:0,.,.,.,.,.,-58.8956,.,.,-701.182 +1 629937 . A C,G,T 2.68227e-15 . DPB=527;EPPR=16.5;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=714.773;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=18733;RO=523;RPPR=54.1665;SRF=253;SRP=4.21021;SRR=270;DP=846;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,3;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,3.0103,3.73412;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,74,85;RPL=0,0,0;RPP=5.18177,7.35324,9.52472;RPR=1,2,3;RUN=1,1,1;SAF=0,1,2;SAP=5.18177,3.0103,3.73412;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:527:523,2,2,.:523:18733:2,2,.:48,74,.:0,-153.786,-1681.7,-151.316,-1676.25,-1679.36,.,.,.,. 0/0:319:315,1,.,3:315:11117:1,.,3:11,.,85:0,-94.1788,-999.652,.,.,.,-87.9475,-993.207,.,-992.992 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629940 . G C,A 0 . DPB=520;EPPR=7.56663;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=725.679;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=18915;RO=519;RPPR=4.21946;SRF=246;SRP=6.0604;SRR=273;DP=767;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:520:519,1,.:519:18915:1,.:11,.:0,-155.436,-1701.61,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:247:246,.,1:246:9002:.,1:.,37:0,.,.,-70.6544,.,-806.846 +1 629941 . C A,T,G 2.84048e-15 . DPB=140;EPPR=3.5851;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=162.261;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4848;RO=136;RPPR=4.03217;SRF=59;SRP=8.18351;SRR=77;DP=699;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=7.35324,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=22,74,11;RPL=0,2,0;RPP=7.35324,7.35324,5.18177;RPR=2,0,1;RUN=1,1,1;SAF=0,1,0;SAP=7.35324,3.0103,5.18177;SAR=2,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:140:136,4,.,.:136:4848:4,.,.:148,.,.:0,-28.4542,-422.986,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:320:316,2,2,.:316:11072:2,2,.:22,74,.:0,-93.8775,-994.611,-88.9375,-989.154,-989.929,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:239:238,.,.,1:238:8494:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-70.8462,.,.,-763.717 +1 629943 . A C,T 3.51852e-15 . DPB=489;EPPR=3.6537;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=669.581;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=17136;RO=486;RPPR=37.6109;SRF=230;SRP=6.0307;SRR=256;DP=794;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:489:486,3,.:486:17136:3,.:33,.:0,-144.124,-1539.51,.,.,. 0/0:305:303,1,1:303:10769:1,1:11,11:0,-90.5231,-968.465,-90.5231,-968.077,-968.465 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629944 . T C,G 0 . DPB=488;EPPR=3.88604;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=674.562;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=17444;RO=486;RPPR=63.1324;SRF=229;SRP=6.51325;SRR=257;DP=708;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,11;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:488:486,1,1:486:17444:1,1:37,11:0,-143.142,-1566.75,-145.742,-1566.36,-1569.09 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:220:218,2,.:218:7794:2,.:62,.:0,-60.3366,-695.928,.,.,. +1 629946 . G A,T 0 . DPB=134;EPPR=3.0761;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=174.767;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4694;RO=132;RPPR=34.8586;SRF=55;SRP=10.9724;SRR=77;DP=909;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,22;RPL=1,0;RPP=3.0103,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,2;SAP=3.0103,7.35324;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:134:132,2,.:132:4694:2,.:74,.:0,-33.308,-415.786,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:476:474,.,2:474:17142:.,2:.,36:0,.,.,-139.87,.,-1539.72 0/0:299:297,.,2:297:10671:.,2:.,22:0,.,.,-87.918,.,-958.659 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629948 . A G,T 0 . DPB=133;EPPR=3.07711;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=172.876;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4674;RO=130;RPPR=55.3929;SRF=55;SRP=9.69175;SRR=75;DP=561;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:133:130,2,1:130:4674:2,1:74,37:0,-33.076,-413.99,-36.1049,-411.563,-417.32 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:428:427,1,.:427:15249:1,.:37,.:0,-125.141,-1369.07,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629949 . A C,G,T 1.0552e-15 . DPB=426;EPPR=3.13925;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=3;ODDS=573.794;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=15141;RO=421;RPPR=307.579;SRF=195;SRP=7.96703;SRR=226;DP=935;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,3.0103,7.35324;LEN=1,1,1;MEANALT=1,3,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,74,22;RPL=1,2,0;RPP=5.18177,7.35324,7.35324;RPR=0,0,2;RUN=1,1,1;SAF=0,1,0;SAP=5.18177,3.0103,7.35324;SAR=1,1,2;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:426:421,2,2,1:421:15141:2,2,1:48,74,11:0,-123.033,-1358.46,-120.606,-1353.01,-1356.12,-126.084,-1358.38,-1356.04,-1361.79 0/0:295:294,1,.,.:294:10388:1,.,.:11,.,.:0,-87.7038,-934.173,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:214:212,.,.,2:212:7644:.,.,2:.,.,22:0,.,.,.,.,.,-62.3304,.,.,-686.231 +1 629950 . T A,C 3.96302e-15 . DPB=128;EPPR=3.28604;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=166.541;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4524;RO=126;RPPR=78.0812;SRF=51;SRP=12.937;SRR=75;DP=541;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:128:126,2,.:126:4524:2,.:74,.:0,-31.5018,-400.489,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:413:412,.,1:412:14894:.,1:.,37:0,.,.,-120.625,.,-1337.12 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629951 . A G,T 2.94054e-16 . DPB=399;EPPR=4.41408;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=539.019;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=14102;RO=396;RPPR=324.147;SRF=179;SRP=10.9285;SRR=217;DP=610;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:399:396,2,1:396:14102:2,1:74,11:0,-112.977,-1262.59,-118.606,-1262.51,-1268.26 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:211:210,1,.:210:7450:1,.:37,.:0,-59.8173,-667.155,.,.,. +1 629952 . A C,G,T 5.81612e-14 . DPB=396;EPPR=4.10723;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=3;ODDS=512.795;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=13816;RO=388;RPPR=341.693;SRF=176;SRP=10.2635;SRR=212;DP=880;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=3,3,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,74,11;RPL=2,2,1;RPP=7.35324,7.35324,5.18177;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,0;SAP=3.0103,3.0103,5.18177;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:396:388,2,2,4:388:13816:2,2,4:74,74,122:0,-110.731,-1236.8,-110.731,-1231.34,-1236.8,-107.056,-1227.62,-1227.62,-1232.48 0/0:277:275,.,.,2:275:9559:.,.,2:.,.,22:0,.,.,.,.,.,-81.2953,.,.,-858.568 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:207:206,.,.,1:206:7398:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-61.2132,.,.,-665.079 +1 629953 . A T,C 1.22052e-14 . DPB=126;EPPR=4.44029;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.168;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4371;RO=123;RPPR=118.84;SRF=50;SRP=12.3494;SRR=73;DP=401;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=3,5;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,3.44459;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=85,109;RPL=2,4;RPP=3.73412,6.91895;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.73412,6.91895;SAR=2,4;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:126:123,3,.:123:4371:3,.:85,.:0,-29.9964,-385.812,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:275:270,.,5:270:9562:.,5:.,109:0,.,.,-72.7552,.,-850.906 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 629954 . A C,T,G 1.04122e-14 . DPB=271;EPPR=3.01837;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=380.014;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=9255;RO=269;RPPR=113.513;SRF=129;SRP=3.98706;SRR=140;DP=479;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,25,74;RPL=0,1,0;RPP=5.18177,5.18177,7.35324;RPR=1,0,2;RUN=1,1,1;SAF=0,0,1;SAP=5.18177,5.18177,3.0103;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:271:269,1,1,.:269:9255:1,1,.:11,11,.:0,-80.2881,-832.193,-80.2881,-831.806,-832.193,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:208:205,.,1,2:205:7171:.,1,2:.,25,74:0,.,.,-59.8022,.,-643.16,-55.5732,.,-637.403,-638.749 +1 629956 . T A,C 1.16929e-14 . 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DPB=107;EPPR=4.32138;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=154.72;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3706;RO=106;RPPR=147.557;SRF=42;SRP=12.9253;SRR=64;DP=871;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,3;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,74,11;RPL=0,2,1;RPP=5.18177,7.35324,5.18177;RPR=1,0,0;RUN=1,1,1;SAF=0,1,1;SAP=5.18177,3.0103,5.18177;SAR=1,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=10;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:107:106,1,.,.:106:3706:1,.,.:11,.,.:0,-31.1102,-332.79,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:307:301,3,2,1:301:10619:3,2,1:47,74,11:0,-87.3464,-951.612,-84.4771,-946.457,-949.18,-89.9431,-951.827,-949.094,-954.851 0/0:227:225,.,2,.:225:7913:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-61.3038,.,-705.492,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:31:30,1,.,.:30:1046:1,.,.:11,.,.:0,-8.23193,-93.3887,.,.,.,.,.,.,. 0/0:199:198,1,.,.:198:6824:1,.,.:11,.,.:0,-58.805,-613.405,.,.,.,.,.,.,. +1 629960 . A G,T 1.85355e-15 . 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DPB=140;EPPR=12.9167;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=182.078;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4857;RO=137;RPPR=152.144;SRF=63;SRP=4.92817;SRR=74;DP=140;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:140:137,1,2:137:4857:1,2:11,74:0,-40.6388,-436.211,-35.0098,-430.454,-430.539 +1 629981 . A G,T 1.29134e-14 . 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DPB=14;EPPR=14.5915;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=26.7697;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=382;RO=12;RPPR=5.9056;SRF=2;SRP=14.5915;SRR=10;DP=14;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:14:12,1,1:12:382:1,1:11,11:0,-2.92339,-33.5823,-2.92339,-33.2104,-33.5823 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 630764 . T A,C 0.281902 . DPB=5;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.72723;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=111;RO=3;RPPR=9.52472;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;DP=17;AB=0.4,0.0833333;ABP=3.44459,21.1059;AF=0.5,0.5;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:5:3,2,.:3:111:2,.:74,.:-5.52485,0,-8.85485,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:12:11,.,1:11:381:.,1:.,37:-0.0876402,.,.,0,.,-31.024 +1 631190 . C A,T 1.53094e-06 . DPB=22;EPPR=3.12459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.8582;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=665;RO=19;RPPR=8.61041;SRF=9;SRP=3.12459;SRR=10;DP=36;AB=0.136364,0;ABP=28.2783,0;AF=0.5,0;AO=3,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=111,11;RPL=3,1;RPP=9.52472,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.73412,5.18177;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:22:19,3,.:19:665:3,.:111,.:-3.73734,0,-53.5773,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:14:13,.,1:13:481:.,1:.,11:0,.,.,-3.11442,.,-42.56 +1 631191 . G A,T 0.0426925 . DPB=22;EPPR=3.55317;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=4.61737;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=542;RO=16;RPPR=5.18177;SRF=7;SRP=3.55317;SRR=9;DP=36;AB=0.142857,0.0909091;ABP=18.5208,34.9902;AF=0.5,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=48,48;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:22:16,4,2:16:542:4,2:148,48:-7.38607,0,-42.8472,-8.52794,-40.3443,-51.8644 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:14:12,2,.:12:444:2,.:48,.:-0.34558,0,-36.1156,.,.,. +1 631405 . T C,A 27.976 . 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DPB=9;EPPR=4.09604;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.3389;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=296;RO=8;RPPR=20.3821;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;DP=13;AB=0,0.5;ABP=0,3.0103;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:9:8,1,.:8:296:1,.:11,.:0,-1.60927,-25.91,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:4:2,.,2:2:62:.,2:.,74:-5.82588,.,.,0,.,-4.68588 +1 631874 . C T,A 2.34638e-09 . DPB=31;EPPR=5.61607;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.6139;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1110;RO=30;RPPR=5.61607;SRF=18;SRP=5.61607;SRR=12;DP=40;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:31:30,1,.:30:1110:1,.:37,.:0,-5.63193,-96.57,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:9:8,.,1:8:296:.,1:.,11:0,.,.,-1.60927,.,-25.91 +1 632092 . T C,A 1.80934e-08 . DPB=19;EPPR=3.13803;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.2963;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=629;RO=17;RPPR=4.1599;SRF=7;SRP=4.1599;SRR=10;DP=37;AB=0.105263,0;ABP=28.7251,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:19:17,2,.:17:629:2,.:74,.:-1.31043,0,-51.2604,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:18:17,.,1:17:617:.,1:.,11:0,.,.,-4.31854,.,-54.7929 +1 632320 . A T,C 3.57064e-12 . DPB=19;EPPR=4.9405;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.468;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=666;RO=18;RPPR=7.35324;SRF=7;SRP=4.9405;SRR=11;DP=33;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:19:18,1,.:18:666:1,.:37,.:0,-2.01957,-56.61,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:14:13,.,1:13:481:.,1:.,11:0,.,.,-3.11442,.,-42.56 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 632693 . T A,G 213.946 . DPB=8;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=2.89296;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=36;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;DP=32;AB=0,0;ABP=0,0;AF=1,1;AO=8,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=12.7819,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=296,11;RPL=8,0;RPP=20.3821,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=12.7819,5.18177;SAR=7,0;TYPE=snp,snp;AN=10;AC=7,3 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/2:8:2,4,2:2:36:4,2:98,74:-10.5405,-3.61,-4.94882,-5.04294,0,-7.05715 2/2:1:0,.,1:0:0:.,1:.,11:-1.1,.,.,-0.30103,.,0 1/1:8:0,8,.:0:0:8,.:272,.:-24.82,-2.40824,0,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6,.:0:0:6,.:210,.:-19.25,-1.80618,0,.,.,. 1/1:9:1,8,.:1:11:8,.:296,.:-25.91,-1.60927,0,.,.,. +1 632817 . A C,T 58.2588 . DPB=4;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.2184;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=111;RO=3;RPPR=3.73412;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;DP=6;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,1;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,2 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:4:3,1,.:3:111:1,.:11,.:0,-0.10412,-9.26,.,.,. 2/2:2:0,.,2:0:0:.,2:.,74:-7.03,.,.,-0.60206,.,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 632827 . A C,T 0.105311 . DPB=6;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.70806;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=136;RO=4;RPPR=11.6962;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;DP=23;AB=0.333333,0.117647;ABP=4.45795,24.5973;AF=0.5,0.5;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,68;RPL=0,0;RPP=7.35324,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:6:4,2,.:4:136:2,.:74,.:-5.22382,0,-10.7738,.,.,. 0/2:17:15,.,2:15:543:.,2:.,68:-1.34249,.,.,0,.,-44.1145 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633007 . T A,C 4.11728e-08 . DPB=19;EPPR=3.55317;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=18.474;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=580;RO=16;RPPR=3.0103;SRF=7;SRP=3.55317;SRR=9;DP=19;AB=0.0526316,0.105263;ABP=36.0395,28.7251;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:19:16,1,2:16:580:1,2:11,74:-1.41479,-5.62897,-52.7048,0,-46.9471,-47.0191 +1 633014 . A T,C 3.33842 . DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=21;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:4:2,2,.:2:74:2,.:74,.:-5.82588,0,-5.82588,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:17:16,.,1:16:530:.,1:.,11:0,.,.,-4.01751,.,-46.9312 +1 633083 . A C,G 7.49575e-09 . DPB=18;EPPR=3.15506;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=20.1835;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=543;RO=15;RPPR=6.62942;SRF=7;SRP=3.15506;SRR=8;DP=34;AB=0.0555556,0;ABP=33.8935,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:18:15,1,2:15:543:1,2:37,62:-0.42249,-1.88897,-45.9884,0,-41.3176,-43.745 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:16:15,.,1:15:517:.,1:.,37:0,.,.,-1.11648,.,-43.1747 +1 633091 . A G,T 9.34108e-07 . DPB=9;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.3522;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=296;RO=8;RPPR=4.09604;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;DP=27;AB=0.111111,0;ABP=14.8328,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:9:8,1,.:8:296:1,.:37,.:-0.99073,0,-24.3007,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:18:17,.,1:17:603:.,1:.,11:0,.,.,-4.31854,.,-53.5247 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633160 . T A,G 2.98913e-05 . DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=12.7616;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=4;AB=0.25,0.25;ABP=5.18177,5.18177;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:4:2,1,1:2:74:1,1:11,11:-0.08691,0,-5.93024,0,-5.62897,-5.93024 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633338 . C A,T 3.80094e-10 . DPB=11;EPPR=3.87889;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.9109;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=358;RO=10;RPPR=16.9077;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;DP=26;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:11:10,1,.:10:358:1,.:11,.:0,-2.21133,-31.478,.,.,. 0/0:15:14,.,1:14:506:.,1:.,37:0,.,.,-0.81545,.,-42.2014 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633364 . A T,G 1.08483e-06 . DPB=4;EPPR=9.52472;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.2184;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=111;RO=3;RPPR=3.73412;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;DP=13;AB=0,0.111111;ABP=0,14.8328;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:4:3,1,.:3:111:1,.:11,.:0,-0.10412,-9.26,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:9:8,.,1:8:284:.,1:.,37:-0.99073,.,.,0,.,-23.2057 +1 633370 . T A,G 11.7495 . DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.62495;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=62;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=13;AB=0.5,0.111111;ABP=3.0103,14.8328;AF=0.5,0.5;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2,2,.:2:62:2,.:74,.:-5.82588,0,-4.68588,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:9:8,.,1:8:284:.,1:.,37:-0.99073,.,.,0,.,-23.2057 +1 633716 . T C,A 0.001248 . DPB=10;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.15462;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=296;RO=8;RPPR=20.3821;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;DP=77;AB=0.2,0;ABP=10.8276,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:10:8,2,.:8:296:2,.:74,.:-4.0197,0,-23.9997,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:67:66,.,1:66:2392:.,1:.,11:0,.,.,-19.069,.,-214.542 +1 633720 . T C,G 0.001248 . DPB=10;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.15462;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=296;RO=8;RPPR=20.3821;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;DP=34;AB=0.2,0;ABP=10.8276,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:10:8,2,.:8:296:2,.:74,.:-4.0197,0,-23.9997,.,.,. 0/0:24:23,.,1:23:825:.,1:.,11:0,.,.,-6.12472,.,-73.5087 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633886 . A G,T 46.8589 . DPB=2;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.7896;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=30;AB=0,0;ABP=0,0;AF=1,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,11;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2,.:0:0:2,.:62,.:-5.89,-0.60206,0,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:28:27,.,1:27:975:.,1:.,11:0,.,.,-7.32884,.,-87.0111 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633925 . T A,C 4.10551 . DPB=1;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.453402;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=39;AB=0,0;ABP=0,0;AF=1,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:1:0,1,.:0:0:1,.:11,.:-1.1,-0.30103,0,.,.,. 0/0:38:37,.,1:37:1357:.,1:.,37:0,.,.,-7.73914,.,-118.797 +1 633953 . A G,T 0 . DPB=35;EPPR=53.0819;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=50.0378;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1258;RO=34;RPPR=53.0819;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;DP=109;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:35:34,1,.:34:1258:1,.:37,.:0,-6.83605,-109.89,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:74:73,.,1:73:2701:.,1:.,37:0,.,.,-18.5762,.,-239.76 +1 633966 . T G,A,C 0 . DPB=38;EPPR=52.3673;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=54.1144;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1319;RO=37;RPPR=52.3673;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;DP=119;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=37,11,37;RPL=0,0,1;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=1,1,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=0,0,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:38:37,1,.,.:37:1319:1,.,.:37,.,.:0,-7.73914,-115.366,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:81:79,.,1,1:79:2887:.,1,1:.,11,37:0,.,.,-23.2224,.,-258.965,-20.6224,.,-256.238,-256.622 +1 633969 . T A,C 9.51091e-13 . DPB=15;EPPR=25.3454;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.1459;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=480;RO=14;RPPR=25.3454;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;DP=60;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:15:14,1,.:14:480:1,.:11,.:0,-3.41545,-42.4429,.,.,. 0/0:45:43,1,1:43:1515:1,1:11,37:0,-12.3853,-135.473,-9.78532,-132.744,-133.127 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633978 . A C,G 1.21749e-14 . DPB=55;EPPR=34.5369;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=77.3117;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1960;RO=54;RPPR=34.5369;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;DP=170;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:55:54,1,.:54:1960:1,.:37,.:0,-12.8566,-173.063,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:115:114,.,1:114:4142:.,1:.,37:0,.,.,-30.9184,.,-369.443 +1 633984 . C A,T 1.34086e-05 . DPB=3;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9612;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=166;AB=0.333333,0;ABP=3.73412,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:3:2,1,.:2:74:1,.:11,.:-0.19691,0,-6.12691,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:163:162,.,1:162:5892:.,1:.,37:0,.,.,-45.3679,.,-526.944 +1 633985 . A G,T 1.44948e-14 . DPB=44;EPPR=5.60547;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=51.3561;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1403;RO=41;RPPR=53.9075;SRF=29;SRP=18.3165;SRR=12;DP=44;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:44:41,2,1:41:1403:2,1:74,11:0,-6.11096,-119.663,-11.7399,-119.582,-125.34 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633986 . A T,C 1.20244e-14 . DPB=49;EPPR=5.9056;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=71.8725;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1726;RO=48;RPPR=61.6401;SRF=34;SRP=21.1059;SRR=14;DP=221;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:48,1,.:48:1726:1,.:25,.:0,-12.2505,-153.2,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:172:170,1,1:170:5962:1,1:11,11:0,-50.4861,-535.829,-50.4861,-535.443,-535.829 +1 633988 . T G,A 6.20809e-15 . DPB=136;EPPR=14.7363;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=194.683;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4743;RO=135;RPPR=79.5909;SRF=87;SRP=27.4756;SRR=48;DP=325;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:136:135,1,.:135:4743:1,.:11,.:0,-39.8401,-426.121,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:189:188,.,1:188:6780:.,1:.,11:0,.,.,-55.7947,.,-609.461 +1 633990 . T G,A 3.69157e-15 . DPB=81;EPPR=4.74748;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=118.955;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2786;RO=80;RPPR=128.521;SRF=50;SRP=13.8677;SRR=30;DP=421;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:81:80,1,.:80:2786:1,.:11,.:0,-23.2834,-249.988,.,.,. 0/0:146:145,1,.:145:5253:1,.:37,.:0,-40.2504,-469.432,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:194:193,.,1:193:7029:.,1:.,11:0,.,.,-57.2998,.,-631.874 +1 633992 . T A,C 3.54089e-15 . DPB=90;EPPR=3.62026;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=131.326;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3207;RO=89;RPPR=147.669;SRF=53;SRP=10.0615;SRR=36;DP=461;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:90:89,1,.:89:3207:1,.:11,.:0,-25.9927,-287.89,.,.,. 0/0:162:161,1,.:161:5733:1,.:37,.:0,-45.0669,-512.626,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:209:207,1,1:207:7547:1,1:11,37:0,-61.7542,-678.365,-59.1542,-675.637,-676.023 +1 633993 . A C,T 0 . DPB=95;EPPR=4.15441;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=137.081;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3289;RO=93;RPPR=156.204;SRF=56;SRP=11.4393;SRR=37;DP=95;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:95:93,1,1:93:3289:1,1:11,11:0,-27.3068,-295.261,-27.3068,-294.876,-295.261 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 633994 . T A,C 1.43446e-14 . DPB=98;EPPR=3.03269;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=142.331;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3465;RO=97;RPPR=157.23;SRF=56;SRP=8.04722;SRR=41;DP=318;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,111;RPL=0,0;RPP=5.18177,9.52472;RPR=1,3;RUN=1,1;SAF=1,2;SAP=5.18177,3.73412;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:98:97,1,.:97:3465:1,.:11,.:0,-28.4009,-311.107,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:220:217,.,3:217:7777:.,3:.,111:0,.,.,-55.8666,.,-689.928 +1 633995 . A C,T 0 . DPB=177;EPPR=15.6443;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=251.257;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6276;RO=176;RPPR=136.457;SRF=106;SRP=19.0002;SRR=70;DP=401;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:177:176,1,.:176:6276:1,.:11,.:0,-52.1823,-564.097,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:224:223,.,1:223:7913:.,1:.,11:0,.,.,-66.3307,.,-711.425 +1 633996 . A T,C 1.32298e-14 . DPB=100;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=139.595;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3422;RO=98;RPPR=159.356;SRF=56;SRP=7.35324;SRR=42;DP=511;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:100:98,2,.:98:3422:2,.:22,.:0,-28.013,-306.239,.,.,. 0/0:186:185,.,1:185:6481:.,1:.,11:0,.,.,-54.8916,.,-582.54 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:225:223,1,1:223:7935:1,1:11,11:0,-66.4407,-713.405,-66.4407,-713.018,-713.405 +1 633997 . A T,C,G 2.5469e-15 . DPB=107;EPPR=3.03098;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=146.101;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3747;RO=105;RPPR=166.822;SRF=60;SRP=7.66346;SRR=45;DP=522;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,7.35324,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=3,3,3;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,22,74;RPL=1,0,0;RPP=5.18177,7.35324,7.35324;RPR=0,2,2;RUN=1,1,1;SAF=1,0,1;SAP=5.18177,7.35324,3.0103;SAR=0,2,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:107:105,2,.,.:105:3747:2,.,.:36,.,.:0,-28.7902,-334.167,.,.,.,.,.,.,. 0/0:190:187,.,3,.:187:6607:.,3,.:.,33,.:0,.,.,-54.1157,.,-591.903,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:225:220,1,2,2:220:7600:1,2,2:11,22,74:0,-65.5636,-683.14,-64.918,-682.065,-682.151,-60.0647,-677.382,-676.695,-677.468 +1 634000 . T G,C 1.34086e-05 . DPB=3;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9612;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=3.0103;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=228;AB=0.333333,0;ABP=3.73412,0;AF=0.5,0;AO=1,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,111;RPL=0,1;RPP=5.18177,3.73412;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=5.18177,3.73412;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:3:2,1,.:2:74:1,.:11,.:-0.19691,0,-6.12691,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:225:222,.,3:222:7912:.,3:.,111:0,.,.,-57.3717,.,-702.076 +1 634001 . A C,G 1.58815e-14 . DPB=39;EPPR=8.7247;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=61.4614;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1278;RO=38;RPPR=35.9253;SRF=21;SRP=3.9246;SRR=17;DP=592;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=22,37;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=7.35324,5.18177;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:39:38,1,.:38:1278:1,.:11,.:0,-10.6402,-114.256,.,.,. 0/0:120:118,2,.:118:4160:2,.:22,.:0,-34.0336,-372.663,.,.,. 0/0:212:209,2,1:209:7253:2,1:22,37:0,-61.7107,-650.94,-59.7996,-648.513,-649.588 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:221:219,2,.:219:7617:2,.:22,.:0,-64.4376,-683.788,.,.,. +1 634005 . A T,C,G 6.90097e-15 . DPB=139;EPPR=21.2003;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=198.82;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4716;RO=138;RPPR=154.132;SRF=72;SRP=3.57677;SRR=66;DP=622;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=25,25,74;RPL=0,0,0;RPP=5.18177,5.18177,7.35324;RPR=1,1,2;RUN=1,1,1;SAF=0,0,1;SAP=5.18177,5.18177,3.0103;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:139:138,1,.,.:138:4716:1,.,.:11,.,.:0,-40.7432,-423.682,.,.,.,.,.,.,. 0/0:238:235,.,1,2:235:8141:.,1,2:.,11,74:0,.,.,-70.1397,.,-731.763,-64.5108,.,-726.006,-726.092 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:245:243,1,1,.:243:8665:1,1,.:25,25,.:0,-71.2013,-777.706,-71.2013,-776.059,-777.706,.,.,.,. +1 634009 . C T,G 0 . DPB=163;EPPR=13.5192;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=225.945;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5870;RO=162;RPPR=84.5612;SRF=81;SRP=3.0103;SRR=81;DP=423;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:163:162,1,.:162:5870:1,.:37,.:0,-45.3679,-524.962,.,.,. 0/0:260:258,.,2:258:9398:.,2:.,74:0,.,.,-71.2378,.,-839.154 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 634010 . C A,T 9.02574e-15 . DPB=173;EPPR=12.9082;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=245.735;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6178;RO=172;RPPR=92.0912;SRF=86;SRP=3.0103;SRR=86;DP=446;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:173:172,1,.:172:6178:1,.:11,.:0,-50.9782,-555.279,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:273:272,.,1:272:9926:.,1:.,11:0,.,.,-81.0812,.,-892.605 +1 634011 . A C,T,G 0 . DPB=183;EPPR=11.0758;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=256.318;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6434;RO=182;RPPR=64.8615;SRF=91;SRP=3.0103;SRR=91;DP=750;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.0103,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=2,1,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=36,22,74;RPL=1,1,0;RPP=3.0103,3.0103,7.35324;RPR=1,1,2;RUN=1,1,1;SAF=0,0,1;SAP=7.35324,7.35324,3.0103;SAR=2,2,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:183:182,1,.,.:182:6434:1,.,.:25,.,.:0,-52.5885,-576.914,.,.,.,.,.,.,. 0/0:285:283,.,2,.:283:9955:.,2,.:.,22,.:0,.,.,-83.7035,.,-894.212,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:282:278,2,.,2:278:9888:2,.,2:36,.,74:0,-81.1434,-886.761,.,.,.,-77.5334,-881.305,.,-883.339 +1 634012 . T C,G,A 9.58802e-13 . DPB=188;EPPR=8.72222;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=225.821;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6458;RO=184;RPPR=42.7105;SRF=92;SRP=3.0103;SRR=92;DP=777;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=3,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.73412,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=59,11,11;RPL=0,0,0;RPP=9.52472,5.18177,5.18177;RPR=3,1,1;RUN=1,1,1;SAF=1,0,1;SAP=3.73412,5.18177,5.18177;SAR=2,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:188:184,4,.,.:184:6458:4,.,.:148,.,.:0,-42.9036,-567.881,.,.,.,.,.,.,. 0/0:291:290,.,1,.:290:10376:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-86.4997,.,-933.098,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:15:14,.,.,1:14:430:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-3.41545,.,.,-37.9071 0/0:283:280,3,.,.:280:9868:3,.,.:59,.,.:0,-79.6848,-882.966,.,.,.,.,.,.,. +1 634016 . C A,T 0 . DPB=224;EPPR=10.109;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=316.178;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=8001;RO=223;RPPR=36.9067;SRF=112;SRP=3.02004;SRR=111;DP=840;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:224:223,1,.:223:8001:1,.:11,.:0,-66.3307,-719.349,.,.,. 0/0:312:311,1,.:311:11331:1,.:11,.:0,-92.8214,-1019.05,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:304:303,.,1:303:11037:.,1:.,37:0,.,.,-87.8131,.,-989.994 +1 634017 . T C,G,A 1.00112e-07 . DPB=48;EPPR=3.42611;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=73.7305;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1651;RO=47;RPPR=36.6912;SRF=25;SRP=3.42611;SRR=22;DP=1052;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,11,25;RPL=0,1,1;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=1,0,0;RUN=1,1,1;SAF=0,0,0;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=12;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:47,1,.,.:47:1651:1,.,.:11,.,.:0,-13.3494,-147.841,.,.,.,.,.,.,. 0/0:78:77,.,1,.:77:2699:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-22.3803,.,-242.161,.,.,.,. 0/0:259:257,1,.,1:257:8821:1,.,1:11,.,37:0,-76.8057,-793.003,.,.,.,-74.2057,-790.275,.,-790.662 0/0:334:332,1,1,.:332:11560:1,1,.:11,11,.:0,-99.253,-1039.65,-99.253,-1039.26,-1039.65,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:6:5,.,1,.:5:185:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-0.70618,.,-15.92,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:327:325,.,1,1:325:11329:.,1,1:.,11,25:0,.,.,-97.2158,.,-1018.79,-95.8158,.,-1017.14,-1017.53 +1 634018 . T C,G 1.46761e-14 . DPB=298;EPPR=6.5851;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=398.31;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=10202;RO=294;RPPR=112.943;SRF=142;SRP=3.7489;SRR=152;DP=298;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,22;RPL=0,1;RPP=7.35324,3.0103;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:298:294,2,2:294:10202:2,2:74,22:0,-82.3149,-911.625,-87.2549,-910.851,-916.307 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 634019 . A T,C,G 6.35557e-14 . DPB=57;EPPR=3.36563;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=69.7419;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1845;RO=55;RPPR=36.2141;SRF=28;SRP=3.04978;SRR=27;DP=1218;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=5,6,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.44459,3.0103,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=185,66,74;RPL=0,3,0;RPP=13.8677,3.0103,7.35324;RPR=5,3,2;RUN=1,1,1;SAF=2,0,1;SAP=3.44459,16.0391,3.0103;SAR=3,6,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=12;AC=1,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:55,2,.,.:55:1845:2,.,.:74,.,.:0,-10.1287,-159.355,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:301:296,.,3,2:296:10090:.,3,2:.,85,74:0,.,.,-82.41,.,-900.473,-83.0123,.,-895.318,-901.462 0/0:353:347,.,4,2:347:11527:.,4,2:.,44,74:0,.,.,-101.875,.,-1033.61,-98.3128,.,-1028.75,-1030.9 0/1:60:54,6,.,.:54:1950:6,.,.:222,.,.:-2.2882,0,-157.799,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:75:73,.,2,.:73:2591:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-15.5472,.,-226.515,.,.,.,. 0/0:372:361,5,6,.:361:12331:5,6,.:185,66,.:0,-93.4088,-1093.25,-104.68,-1090.62,-1103.96,.,.,.,. +1 1488768 . A G,T 0 . DPB=62;EPPR=16.2968;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=75.6031;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2021;RO=59;RPPR=11.2913;SRF=34;SRP=5.99147;SRR=25;DP=351;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:62:59,2,1:59:2021:2,1:74,11:0,-11.5295,-175.285,-17.1585,-175.202,-180.96 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:173:172,.,1:172:6020:.,1:.,11:0,.,.,-50.9782,.,-541.05 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:116:115,1,.:115:4095:1,.:37,.:0,-31.2195,-365.206,.,.,. +1 1488769 . G T,A 1.06417e-14 . DPB=22;EPPR=11.386;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.467;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=741;RO=21;RPPR=8.07707;SRF=9;SRP=3.94093;SRR=12;DP=138;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:22:21,1,.:21:741:1,.:11,.:0,-5.52266,-65.9429,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:116:115,.,1:115:4155:.,1:.,37:0,.,.,-31.2195,.,-370.611 +1 1488770 . C A,G 0 . DPB=175;EPPR=10.2822;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=230.147;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6228;RO=172;RPPR=58.0041;SRF=91;SRP=4.27278;SRR=81;DP=175;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:175:172,1,2:172:6228:1,2:11,74:0,-51.1749,-559.609,-45.5459,-553.852,-553.937 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488772 . A G,T,C 3.012 . DPB=36;EPPR=23.7032;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=56.2778;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1004;RO=34;RPPR=5.30951;SRF=18;SRP=3.26577;SRR=16;DP=366;AB=0,0,0.5;ABP=0,0,3.0103;AF=0,0,0.5;AO=2,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=7.35324,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,2,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,11,37;RPL=1,1,0;RPP=3.0103,5.18177,5.18177;RPR=1,0,1;RUN=1,1,1;SAF=1,1,0;SAP=3.0103,5.18177,5.18177;SAR=1,0,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=10;AC=1,0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:36:34,1,1,.:34:1004:1,1,.:11,11,.:0,-9.54605,-89.55,-9.54605,-89.1674,-89.55,.,.,.,. 0/0:189:188,.,.,1:188:6350:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-55.7947,.,.,-570.738 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:22:20,2,.,.:20:638:2,.,.:74,.,.:-0.40734,0,-51.1163,.,.,.,.,.,.,. 0/3:2:1,.,.,1:1:37:.,.,1:.,.,37:-3.09794,.,.,.,.,.,0,.,.,-3.09794 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:117:115,2,.,.:115:3997:2,.,.:74,.,.:0,-28.1905,-353.048,.,.,.,.,.,.,. +1 1488777 . T A,C 1.41939e-14 . DPB=64;EPPR=10.7656;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=95.6235;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2221;RO=63;RPPR=15.4532;SRF=36;SRP=5.80219;SRR=27;DP=586;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=22,74;RPL=0,1;RPP=7.35324,3.0103;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=7.35324,3.0103;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:63,1,.:63:2221:1,.:11,.:0,-18.1659,-199.143,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:256:254,2,.:254:8876:2,.:22,.:0,-74.9737,-797.099,.,.,. 0/0:135:133,2,.:133:4723:2,.:22,.:0,-38.549,-423.335,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:131:129,.,2:129:4485:.,2:.,74:0,.,.,-32.4049,.,-396.968 +1 1488781 . A C,T,G 1.49661e-14 . DPB=259;EPPR=17.8571;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=364.553;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=9198;RO=258;RPPR=71.1844;SRF=134;SRP=3.85196;SRR=124;DP=413;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,11,25;RPL=0,0,0;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=1,1,1;RUN=1,1,1;SAF=0,0,0;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:259:258,1,.,.:258:9198:1,.,.:11,.,.:0,-76.8668,-827.077,.,.,.,.,.,.,. 0/0:133:132,.,1,.:132:4504:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-38.937,.,-404.601,.,.,.,. 0/0:21:20,.,.,1:20:714:.,.,1:.,.,25:0,.,.,.,.,.,-3.82163,.,.,-62.117 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488782 . T A,C 9.61314e-15 . DPB=133;EPPR=3.61163;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=172.477;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4574;RO=130;RPPR=67.2191;SRF=66;SRP=3.07711;SRR=64;DP=133;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:133:130,1,2:130:4574:1,2:11,74:0,-38.5316,-410.739,-32.9026,-404.982,-405.067 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488784 . G A,C 4.43011e-15 . DPB=63;EPPR=5.25182;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=88.2662;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2282;RO=62;RPPR=11.9764;SRF=34;SRP=4.27115;SRR=28;DP=317;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:62,1,.:62:2282:1,.:37,.:0,-15.2649,-202.048,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:254:253,.,1:253:9249:.,1:.,11:0,.,.,-75.3616,.,-831.676 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488785 . C A,T 1.31126e-13 . DPB=136;EPPR=3.02638;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=194.683;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4897;RO=135;RPPR=27.4756;SRF=67;SRP=3.02638;SRR=68;DP=280;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:136:135,1,.:135:4897:1,.:11,.:0,-39.8401,-439.993,.,.,. 0/0:21:20,.,1:20:740:.,1:.,37:0,.,.,-2.62163,.,-63.27 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:123:121,.,2:121:4451:.,2:.,74:0,.,.,-29.9967,.,-393.928 +1 1488790 . A G,C 8.72462e-15 . DPB=41;EPPR=23.1103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=48.2271;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1417;RO=39;RPPR=9.74743;SRF=19;SRP=3.06598;SRR=20;DP=432;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:41:39,2,.:39:1417:2,.:74,.:0,-5.31223,-120.863,.,.,. 0/0:256:254,2,.:254:9142:2,.:74,.:0,-70.0337,-816.11,.,.,. 0/0:135:134,.,1:134:4832:.,1:.,11:0,.,.,-39.539,.,-434.141 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488792 . C T,A 1.36291e-14 . DPB=257;EPPR=4.44943;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=343.975;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=9221;RO=255;RPPR=111.746;SRF=127;SRP=3.01882;SRR=128;DP=397;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:257:255,2,.:255:9221:2,.:74,.:0,-70.3347,-823.222,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:25:24,1,.:24:888:1,.:37,.:0,-3.82575,-76.59,.,.,. 0/0:115:112,2,1:112:4106:2,1:74,11:0,-27.4841,-362.961,-33.1131,-362.876,-368.633 +1 1488793 . T G,A 0 . DPB=62;EPPR=4.31318;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=76.5037;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2120;RO=60;RPPR=79.5909;SRF=32;SRP=3.58936;SRR=28;DP=315;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:62:60,2,.:60:2120:2,.:74,.:0,-11.6339,-184.123,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:253:249,2,2:249:8965:2,2:74,74:0,-68.8985,-800.18,-68.8985,-794.724,-800.18 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488794 . T A,C 4.24907e-15 . DPB=249;EPPR=3.57524;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=332.023;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=8736;RO=246;RPPR=152.189;SRF=123;SRP=3.0103;SRR=123;DP=249;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:249:246,1,2:246:8736:1,2:11,74:0,-73.4511,-785.322,-67.8221,-779.565,-779.651 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488796 . T C,A 0 . DPB=62;EPPR=4.31318;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=76.5037;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2160;RO=60;RPPR=60.9162;SRF=31;SRP=3.15506;SRR=29;DP=190;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:62:60,2,.:60:2160:2,.:74,.:0,-11.6339,-187.73,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:128:126,1,1:126:4496:1,1:37,11:0,-34.7708,-401.425,-37.3708,-401.039,-403.767 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488799 . A G,T 1.52788e-14 . DPB=57;EPPR=4.94488;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=79.2326;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2023;RO=55;RPPR=63.0614;SRF=29;SRP=3.36563;SRR=26;DP=182;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=48,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:55,1,1:55:2023:1,1:37,11:0,-13.3977,-178.863,-15.9977,-178.48,-181.208 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:125:123,2,.:123:4489:2,.:48,.:0,-33.0687,-399.815,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488801 . T C,G 0 . DPB=208;EPPR=4.06441;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=287.417;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=7438;RO=206;RPPR=221.591;SRF=99;SRP=3.68493;SRR=107;DP=208;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:208:206,1,1:206:7438:1,1:25,37:0,-60.1232,-667.221,-58.9232,-664.493,-666.141 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488803 . C A,T 0 . DPB=25;EPPR=12.0581;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42.498;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=862;RO=24;RPPR=55.1256;SRF=7;SRP=12.0581;SRR=17;DP=331;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:25:24,1,.:24:862:1,.:11,.:0,-6.42575,-76.8392,.,.,. 0/0:199:196,3,.:196:7032:3,.:85,.:0,-51.9716,-625.305,.,.,. 0/0:107:105,1,1:105:3789:1,1:11,37:0,-31.0492,-340.141,-28.4492,-337.413,-337.798 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488804 . T A,C 3.01588e-16 . DPB=191;EPPR=3.75747;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=230.715;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6658;RO=186;RPPR=251.866;SRF=87;SRP=4.69144;SRR=99;DP=191;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,148;RPL=1,4;RPP=5.18177,11.6962;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,2;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,2;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:191:186,1,4:186:6658:1,4:11,148:0,-55.3546,-598.27,-43.6677,-586.455,-585.939 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488805 . A G,T 1.419e-09 . DPB=21;EPPR=9.95901;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.1405;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=714;RO=20;RPPR=46.4397;SRF=6;SRP=9.95901;SRR=14;DP=280;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=4,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=148,37;RPL=4,1;RPP=11.6962,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=3,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:21:20,1,.:20:714:1,.:37,.:0,-2.62163,-60.917,.,.,. 0/0:181:177,4,.:177:6377:4,.:136,.:0,-41.9064,-561.71,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:14:13,.,1:13:481:.,1:.,37:0,.,.,-0.51442,.,-39.96 0/0:64:60,4,.:60:2144:4,.:148,.:0,-5.57592,-179.627,.,.,. +1 1488809 . T G,A 0 . DPB=106;EPPR=3.76196;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=136.421;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3608;RO=104;RPPR=143.404;SRF=50;SRP=3.34437;SRR=54;DP=163;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,1;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:106:104,2,.:104:3608:2,.:74,.:0,-24.8792,-318.037,.,.,. 0/0:57:56,.,1:56:1996:.,1:.,11:0,.,.,-16.0587,.,-178.896 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1488827 . A G,T 5.40927e-15 . DPB=38;EPPR=6.8707;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.2222;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1296;RO=36;RPPR=14.8328;SRF=17;SRP=3.25157;SRR=19;DP=64;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:38:36,2,.:36:1296:2,.:74,.:0,-4.40914,-109.97,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:26:25,.,1:25:861:.,1:.,11:0,.,.,-6.72678,.,-76.7344 +1 1488849 . T A,G 9.75341e-09 . DPB=19;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.4547;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=654;RO=18;RPPR=4.9405;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=12;DP=31;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,34;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:19:18,1,.:18:654:1,.:11,.:0,-4.61957,-58.1233,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:12:11,.,1:11:407:.,1:.,34:0,.,.,-0.21236,.,-33.6 +1 1489157 . A C,G 5.43965e-15 . DPB=73;EPPR=6.1124;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=90.5182;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2464;RO=70;RPPR=18.0245;SRF=38;SRP=4.12706;SRR=32;DP=103;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:73:70,1,2:70:2464:1,2:11,74:0,-20.4698,-220.839,-14.8408,-215.082,-215.165 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,1,.:29:1047:1,.:11,.:0,-7.9309,-93.491,.,.,. +1 1489159 . A G,T 0 . DPB=70;EPPR=8.4876;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=89.1314;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2391;RO=67;RPPR=57.4916;SRF=36;SRP=3.82055;SRR=31;DP=70;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,18;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:70:67,2,1:67:2391:2,1:62,18:0,-15.1044,-209.698,-18.8934,-208.983,-213.659 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1489160 . A T,G 1.5644e-13 . DPB=70;EPPR=6.81824;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=102.24;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2451;RO=69;RPPR=66.7383;SRF=37;SRP=3.79707;SRR=32;DP=98;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=18,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:70:69,1,.:69:2451:1,.:18,.:0,-19.2721,-219.145,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:28:26,.,2:26:912:.,2:.,74:0,.,.,-1.39884,.,-75.4008 +1 1489161 . G T,A 2.34638e-09 . DPB=9;EPPR=4.09604;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.3389;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=296;RO=8;RPPR=7.35324;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;DP=78;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,48;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:9:8,1,.:8:296:1,.:11,.:0,-1.60927,-25.91,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:69:66,1,2:66:2266:1,2:11,48:0,-19.2223,-203.094,-16.0634,-199.68,-199.763 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1489162 . G A,T 1.96433e-07 . DPB=19;EPPR=3.15506;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=17.6046;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=543;RO=15;RPPR=3.15506;SRF=8;SRP=3.15506;SRR=7;DP=19;AB=0.105263,0.105263;ABP=28.7251,28.7251;AF=0.5,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:19:15,2,2:15:543:2,2:74,74:-1.54249,0,-43.7454,0,-38.2886,-43.7454 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1489763 . C G,T 5.75869e-06 . DPB=6;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=13.5724;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=148;RO=4;RPPR=3.0103;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;DP=6;AB=0.166667,0.166667;ABP=8.80089,8.80089;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,25;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:6:4,1,1:4:148:1,1:11,25:-0.81485,-1.4,-13.3109,0,-11.6869,-12.0229 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1490298 . A T,C 1.00112e-07 . DPB=6;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.5855;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=159;RO=5;RPPR=3.44459;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;DP=36;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:5,1,.:5:159:1,.:11,.:0,-0.70618,-13.528,.,.,. 0/0:24:23,1,.:23:813:1,.:11,.:0,-6.12472,-72.4235,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:6:5,.,1:5:185:.,1:.,11:0,.,.,-0.70618,.,-15.92 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1491241 . A C,G 2.14937e-05 . DPB=10;EPPR=3.25157;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.6199;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=309;RO=9;RPPR=5.18177;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;DP=43;AB=0.0714286,0.142857;ABP=25.3454,18.5208;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:10:9,1,.:9:309:1,.:11,.:0,-1.9103,-27.0533,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:19:18,1,.:18:628:1,.:11,.:0,-4.61957,-55.7689,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:14:11,1,2:11:383:1,2:11,74:-2.91994,-5.62897,-36.4681,0,-30.7079,-30.7749 +1 1491685 . A G,C 8.95347e-11 . 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DPB=63;EPPR=3.0459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=77.8578;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2143;RO=61;RPPR=118.668;SRF=31;SRP=3.0459;SRR=30;DP=93;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:63:61,2,.:61:2143:2,.:74,.:0,-11.9349,-186.191,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,.,1:29:1037:.,1:.,11:0,.,.,-7.9309,.,-92.5876 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492031 . A G,C 2.60371e-14 . DPB=87;EPPR=3.03585;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=110.479;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3043;RO=85;RPPR=154.477;SRF=42;SRP=3.03585;SRR=43;DP=122;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=0,0;RPP=7.35324,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:87:85,2,.:85:3043:2,.:74,.:0,-19.1596,-267.198,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:35:33,.,2:33:1197:.,2:.,74:0,.,.,-3.50605,.,-101.063 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492033 . A T,G 8.52851e-15 . DPB=92;EPPR=3.10681;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=117.298;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3242;RO=90;RPPR=149.802;SRF=44;SRP=3.10681;SRR=46;DP=149;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=0,0;RPP=7.35324,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:92:90,2,.:90:3242:2,.:74,.:0,-20.6648,-285.11,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:57:55,.,2:55:2011:.,2:.,74:0,.,.,-10.1287,.,-174.326 +1 1492035 . A C,G 3.29115e-06 . DPB=28;EPPR=3.09072;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.5436;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=961;RO=27;RPPR=45.5551;SRF=14;SRP=3.09072;SRR=13;DP=136;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:27,1,.:27:961:1,.:11,.:0,-7.32884,-85.7459,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:49:42,.,7:42:1506:.,7:.,259:-8.92953,.,.,0,.,-121.148 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:59:57,.,2:57:1985:.,2:.,74:0,.,.,-10.7308,.,-171.968 +1 1492037 . T A,C 0 . DPB=30;EPPR=3.08518;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.2472;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1049;RO=29;RPPR=19.8579;SRF=14;SRP=3.08518;SRR=15;DP=89;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:29,1,.:29:1049:1,.:11,.:0,-7.9309,-93.6717,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:59:57,.,2:57:2083:.,2:.,74:0,.,.,-10.7308,.,-180.805 +1 1492051 . T C,G,A 1.10754e-14 . DPB=138;EPPR=3.07512;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=178.362;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4770;RO=134;RPPR=77.9423;SRF=65;SRP=3.26958;SRR=69;DP=244;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,2,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,74,11;RPL=2,2,0;RPP=7.35324,7.35324,5.18177;RPR=0,0,1;RUN=1,1,1;SAF=1,1,0;SAP=3.0103,3.0103,5.18177;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:138:134,2,2,.:134:4770:2,2,.:74,74,.:0,-34.2801,-422.626,-34.2801,-417.17,-422.626,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:67:66,.,.,1:66:2404:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-19.069,.,.,-215.624 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:39:37,2,.,.:37:1267:2,.,.:74,.,.:0,-4.71017,-107.342,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492057 . A G,T 5.00245e-15 . DPB=108;EPPR=3.03098;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=138.242;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3823;RO=105;RPPR=231.015;SRF=52;SRP=3.03098;SRR=53;DP=173;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:108:105,2,1:105:3823:2,1:74,11:0,-25.3769,-337.488,-31.0058,-337.404,-343.161 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:65:63,2,.:63:2307:2,.:74,.:0,-12.5369,-200.966,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492058 . T A,G 0 . DPB=106;EPPR=3.19643;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=153.343;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3811;RO=105;RPPR=231.015;SRF=51;SRP=3.19643;SRR=54;DP=136;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,18;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:106:105,1,.:105:3811:1,.:11,.:0,-30.8092,-342.253,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,.,1:29:1073:.,1:.,18:0,.,.,-7.2309,.,-95.14 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492059 . G C,A 1.32298e-14 . DPB=106;EPPR=3.09382;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=136.421;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3824;RO=104;RPPR=228.843;SRF=51;SRP=3.09382;SRR=53;DP=136;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,55;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:106:104,2,.:104:3824:2,.:74,.:0,-24.8792,-337.498,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:28,.,2:28:1024:.,2:.,55:0,.,.,-3.8059,.,-87.3007 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492062 . T C,A 0.000114415 . DPB=12;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.5442;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=370;RO=10;RPPR=24.725;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;DP=87;AB=0.166667,0;ABP=14.5915,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:12:10,2,.:10:370:2,.:74,.:-3.41764,0,-30.0576,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:54:52,.,2:52:1898:.,2:.,74:0,.,.,-9.22562,.,-164.155 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:21:20,.,1:20:690:.,1:.,11:0,.,.,-5.22163,.,-61.345 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492066 . A G,C 22.446 . DPB=10;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.15462;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=258;RO=8;RPPR=20.3821;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;DP=141;AB=0.230769,0;ABP=19.3799,0;AF=0.5,0;AO=6,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=222,11;RPL=6,1;RPP=16.0391,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=3,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=3,1;TYPE=snp,snp;AN=10;AC=4,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2,.:8:258:2,.:74,.:-4.0197,0,-20.5322,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:49:43,6,.:43:1519:6,.:222,.:-5.59953,0,-122.313,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:39:38,.,1:38:1328:.,1:.,11:0,.,.,-10.6402,.,-118.769 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:17:13,4,.:13:455:4,.:122,.:-6.16749,0,-36.1825,.,.,. 0/1:26:20,6,.:20:714:6,.:222,.:-12.5232,0,-56.7902,.,.,. +1 1492192 . T C,A 0 . DPB=120;EPPR=4.85053;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=155.58;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4204;RO=118;RPPR=172.606;SRF=55;SRP=4.18805;SRR=63;DP=219;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,25;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:120:118,2,.:118:4204:2,.:74,.:0,-29.0936,-371.686,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:99:98,.,1:98:3472:.,1:.,25:0,.,.,-27.302,.,-310.334 +1 1492194 . A G,T 4.5685e-14 . DPB=47;EPPR=5.73856;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=33.4641;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1419;RO=39;RPPR=32.4644;SRF=16;SRP=5.73856;SRR=23;DP=146;AB=0,0.0851064;ABP=0,73.2828;AF=0,0;AO=4,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=136,148;RPL=0,0;RPP=11.6962,11.6962;RPR=4,4;RUN=1,1;SAF=2,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=2,3;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:47:39,4,4:39:1419:4,4:148,148:-0.375711,0,-114.76,0,-103.848,-114.76 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:99:95,4,.:95:3363:4,.:136,.:0,-17.222,-290.444,.,.,. +1 1492196 . A C,T 6.7955e-15 . DPB=51;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=77.8287;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1838;RO=50;RPPR=79.6198;SRF=25;SRP=3.0103;SRR=25;DP=151;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:50,1,.:50:1838:1,.:11,.:0,-14.2525,-164.688,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:100:99,.,1:99:3385:.,1:.,11:0,.,.,-29.003,.,-303.892 +1 1492200 . A G,C 1.31997e-14 . DPB=122;EPPR=8.97265;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=136.073;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4076;RO=118;RPPR=69.2586;SRF=55;SRP=4.18805;SRR=63;DP=222;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=4,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=148,22;RPL=2,0;RPP=3.0103,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=2,0;SAP=3.0103,7.35324;SAR=2,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:122:118,4,.:118:4076:4,.:148,.:0,-23.0357,-353.495,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:100:98,.,2:98:3332:.,2:.,22:0,.,.,-28.013,.,-298.13 +1 1492202 . T A,C 7.77536e-15 . DPB=51;EPPR=3.18402;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=77.8287;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1778;RO=50;RPPR=4.57376;SRF=24;SRP=3.18402;SRR=26;DP=310;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,11.6962;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=48,136;RPL=0,2;RPP=7.35324,3.0103;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=7.35324,3.0103;SAR=2,2;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:50,1,.:50:1778:1,.:11,.:0,-14.2525,-159.276,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:78:77,1,.:77:2711:1,.:11,.:0,-22.3803,-243.242,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:81:80,1,.:80:2786:1,.:11,.:0,-23.2834,-249.988,.,.,. 0/0:100:94,2,4:94:3216:2,4:48,136:0,-24.6122,-285.155,-17.1943,-274.722,-277.233 +1 1492203 . T C,A 3.83471e-15 . DPB=122;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.32;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4254;RO=120;RPPR=4.16842;SRF=56;SRP=4.16842;SRR=64;DP=347;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:122:120,2,.:120:4254:2,.:74,.:0,-29.6957,-376.184,.,.,. 0/0:78:76,2,.:76:2634:2,.:74,.:0,-16.4503,-230.377,.,.,. 0/0:47:46,.,1:46:1626:.,1:.,37:0,.,.,-10.4484,.,-142.993 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:100:99,.,1:99:3489:.,1:.,11:0,.,.,-29.003,.,-313.262 +1 1492204 . G A,T 2.93842e-15 . DPB=122;EPPR=3.17453;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=157.403;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4317;RO=119;RPPR=3.17453;SRF=55;SRP=4.48836;SRR=64;DP=122;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:122:119,2,1:119:4317:2,1:74,11:0,-29.5913,-381.947,-35.2203,-381.863,-387.62 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492205 . G A,T 1.94606e-08 . DPB=12;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.2234;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=395;RO=11;RPPR=3.20771;SRF=6;SRP=3.20771;SRR=5;DP=90;AB=0.0833333,0;ABP=21.1059,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:12:11,1,.:11:395:1,.:37,.:-0.0876402,0,-32.2967,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:78:77,.,1:77:2747:.,1:.,11:0,.,.,-22.3803,.,-246.487 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492206 . A G,C 2.10947e-16 . DPB=47;EPPR=9.12072;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=43.3267;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1555;RO=43;RPPR=72.1439;SRF=17;SRP=7.10075;SRR=26;DP=147;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=4,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=122,22;RPL=4,2;RPP=11.6962,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=2,0;SAP=3.0103,7.35324;SAR=2,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:47:43,4,.:43:1555:4,.:122,.:0,-2.86341,-129.027,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:100:98,.,2:98:3374:.,2:.,22:0,.,.,-28.013,.,-301.914 +1 1492207 . A C,T 1.15119e-14 . DPB=47;EPPR=3.19912;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=72.3652;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1614;RO=46;RPPR=51.3492;SRF=23;SRP=3.0103;SRR=23;DP=320;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:46,1,.:46:1614:1,.:11,.:0,-13.0484,-144.511,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:116:114,1,1:114:4044:1,1:11,11:0,-33.6284,-363.213,-33.6284,-362.827,-363.213 0/0:72:71,.,1:71:2411:.,1:.,11:0,.,.,-20.5742,.,-216.23 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:85:83,2,.:83:2793:2,.:74,.:0,-18.5575,-244.677,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492209 . A G,C,T 4.88833e-11 . DPB=47;EPPR=3.05855;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=56.2685;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1629;RO=45;RPPR=69.0713;SRF=22;SRP=3.05855;SRR=23;DP=144;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,5.18177,7.35324;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,11,22;RPL=2,1,2;RPP=7.35324,5.18177,7.35324;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=1,0,0;SAP=3.0103,5.18177,7.35324;SAR=1,1,2;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:45,2,.,.:45:1629:2,.,.:74,.,.:0,-7.11841,-139.942,.,.,.,.,.,.,. 0/0:12:11,.,1,.:11:395:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-2.51236,.,-34.8091,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:85:83,.,.,2:83:2971:.,.,2:.,.,22:0,.,.,.,.,.,-23.4975,.,.,-265.658 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492213 . C A,G 1.32449e-14 . DPB=83;EPPR=3.25157;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=117.52;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2909;RO=81;RPPR=145.872;SRF=39;SRP=3.25157;SRR=42;DP=83;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:83:81,1,1:81:2909:1,1:25,11:0,-22.3645,-259.736,-23.7645,-259.351,-260.998 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492215 . G C,A,T 1.44651e-14 . DPB=113;EPPR=5.3774;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=145.997;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4095;RO=111;RPPR=235.436;SRF=51;SRP=4.59489;SRR=60;DP=257;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,74,11;RPL=2,2,1;RPP=7.35324,7.35324,5.18177;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,0;SAP=3.0103,3.0103,5.18177;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:113:111,2,.,.:111:4095:2,.,.:74,.,.:0,-26.9864,-361.889,.,.,.,.,.,.,. 0/0:63:61,.,2,.:61:2195:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-11.9349,.,-190.88,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:81:80,.,.,1:80:2910:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-23.2834,.,.,-261.164 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492216 . G T,A 1.44651e-14 . DPB=113;EPPR=5.3774;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=145.997;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4035;RO=111;RPPR=235.436;SRF=51;SRP=4.59489;SRR=60;DP=176;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:113:111,2,.:111:4035:2,.:74,.:0,-26.9864,-356.484,.,.,. 0/0:63:61,.,2:61:2117:.,2:.,74:0,.,.,-11.9349,.,-183.847 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492221 . T C,A 0 . DPB=104;EPPR=4.37279;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=133.687;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3702;RO=102;RPPR=224.5;SRF=47;SRP=4.37279;SRR=55;DP=155;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:104:102,2,.:102:3702:2,.:74,.:0,-24.2771,-326.513,.,.,. 0/0:51:49,.,2:49:1741:.,2:.,74:0,.,.,-8.32253,.,-150.015 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492223 . A T,G 2.36865e-14 . DPB=47;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=72.3652;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1652;RO=46;RPPR=102.898;SRF=23;SRP=3.0103;SRR=23;DP=267;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=22,148;RPL=2,4;RPP=7.35324,11.6962;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=7.35324,3.0103;SAR=2,2;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:46,1,.:46:1652:1,.:11,.:0,-13.0484,-147.939,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:43:42,1,.:42:1518:1,.:18,.:0,-11.1443,-135.181,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:77:70,1,6:70:2464:1,6:11,174:0,-20.4088,-220.853,-7.06399,-207.305,-206.184 0/0:100:94,2,4:94:3344:2,4:22,148:0,-27.0055,-299.053,-16.0076,-287.539,-287.707 +1 1492225 . T C,G 0.001248 . DPB=10;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.15462;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=296;RO=8;RPPR=7.35324;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;DP=124;AB=0.2,0;ABP=10.8276,0;AF=0.5,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:10:8,2,.:8:296:2,.:74,.:-4.0197,0,-23.9997,.,.,. 0/0:74:72,.,2:72:2578:.,2:.,74:0,.,.,-15.2462,.,-225.348 0/0:40:38,.,2:38:1294:.,2:.,74:0,.,.,-5.0112,.,-109.771 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492231 . A T,G 2.60184e-13 . DPB=16;EPPR=6.62942;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.4676;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=529;RO=15;RPPR=20.5268;SRF=8;SRP=3.15506;SRR=7;DP=48;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:16:15,1,.:15:529:1,.:11,.:0,-3.71648,-46.8627,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:32:30,.,2:30:1072:.,2:.,74:0,.,.,-2.60296,.,-89.8073 +1 1492406 . A G,T 0.000114415 . DPB=12;EPPR=3.87889;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.5442;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=370;RO=10;RPPR=24.725;SRF=6;SRP=3.87889;SRR=4;DP=54;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:12:10,2,.:10:370:2,.:74,.:-3.41764,0,-30.0576,.,.,. 0/0:42:40,1,1:40:1468:1,1:37,11:0,-8.88223,-128.911,-11.4822,-128.529,-131.257 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492414 . A G,C 0.0124086 . DPB=8;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.85649;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=210;RO=6;RPPR=4.45795;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;DP=58;AB=0.25,0;ABP=7.35324,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:8:6,2,.:6:210:2,.:74,.:-4.62176,0,-16.8418,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:50:49,.,1:49:1751:.,1:.,11:0,.,.,-13.9515,.,-156.847 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492472 . T A,C 6.85812e-16 . DPB=49;EPPR=3.76559;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=58.0651;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1560;RO=46;RPPR=3.76559;SRF=24;SRP=3.19912;SRR=22;DP=49;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:46,1,2:46:1560:1,2:11,74:0,-13.2451,-139.467,-7.61611,-133.709,-133.791 +1 1492480 . T C,A 1.52048e-13 . DPB=26;EPPR=3.37221;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9831;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=840;RO=24;RPPR=20.744;SRF=10;SRP=4.45795;SRR=14;DP=84;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:26:24,2,.:24:840:2,.:62,.:0,-1.93678,-70.06,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:58:55,2,1:55:1985:2,1:74,11:0,-10.3254,-172.063,-15.9543,-171.981,-177.738 +1 1492512 . T A,C 1.10699e-07 . DPB=16;EPPR=3.17734;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=17.4854;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=443;RO=13;RPPR=7.18621;SRF=6;SRP=3.17734;SRR=7;DP=16;AB=0.0625,0.125;ABP=29.6108,22.5536;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,62;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:16:13,1,2:13:443:1,2:25,62:-1.10455,-3.08897,-38.7712,0,-34.0984,-35.4388 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1492541 . A C,G 3.22179 . DPB=5;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=0;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=5;AB=0.2,0.4;ABP=6.91895,3.44459;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:5:2,1,2:2:74:1,2:11,74:-5.62921,-5.62897,-11.3859,0,-5.62897,-5.62921 +1 1492643 . A G,C 6.77388 . DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.31247;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=62;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=134;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=68,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2,2,.:2:62:2,.:68,.:-5.25588,0,-4.68588,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:130:129,.,1:129:4689:.,1:.,11:0,.,.,-38.0339,.,-421.273 +1 1492645 . A G,T 2.59474e-07 . DPB=26;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.6937;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=738;RO=22;RPPR=50.7827;SRF=11;SRP=3.0103;SRR=11;DP=183;AB=0,0.1;ABP=0,16.9077;AF=0,0.5;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,37;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:26:22,4,.:22:738:4,.:122,.:-3.45822,0,-58.9287,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:10:9,.,1:9:333:.,1:.,37:-0.6897,.,.,0,.,-27.3297 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:147:145,2,.:145:5155:2,.:62,.:0,-38.3614,-458.416,.,.,. +1 1492648 . A G,T 0.0371221 . 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DPB=8;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5439;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=222;RO=6;RPPR=8.80089;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;DP=206;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,18;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2,.:6:222:2,.:48,.:-2.15176,0,-17.9418,.,.,. 0/0:37:34,2,1:34:1208:2,1:74,18:0,-4.05041,-102.104,-8.97938,-101.392,-107.149 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:161:159,2,.:159:5735:2,.:74,.:0,-41.4358,-509.481,.,.,. +1 1492673 . C A,G 8.34266e-09 . DPB=8;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.0704;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=233;RO=7;RPPR=18.2106;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;DP=238;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,18;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1,.:7:233:1,.:11,.:0,-1.30824,-20.2029,.,.,. 0/0:37:36,.,1:36:1270:.,1:.,18:0,.,.,-9.33811,.,-112.853 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:32:31,1,.:31:1147:1,.:11,.:0,-8.53296,-102.5,.,.,. 0/0:161:160,1,.:160:5772:1,.:11,.:0,-47.3658,-518.741,.,.,. +1 1492677 . T A,C 1.9558e-14 . DPB=37;EPPR=3.25157;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=52.7548;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1282;RO=36;RPPR=43.7857;SRF=16;SRP=3.9754;SRR=20;DP=191;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:37:36,1,.:36:1282:1,.:37,.:0,-7.43811,-112.036,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:154:151,1,2:151:5451:1,2:11,74:0,-44.8532,-489.678,-39.2243,-483.921,-484.006 +1 1492709 . G A,T 1.64604 . DPB=10;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.774696;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=259;RO=7;RPPR=18.2106;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;DP=16;AB=0.3,0.333333;ABP=6.48466,4.45795;AF=0.5,0.5;AO=3,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=111,74;RPL=0,0;RPP=9.52472,7.35324;RPR=3,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.73412,3.0103;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:10:7,3,.:7:259:3,.:111,.:-7.3497,0,-20.6697,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:6:4,.,2:4:148:.,2:.,74:-5.22382,.,.,0,.,-11.8838 +1 1493124 . A C,G 6.51774e-10 . DPB=10;EPPR=3.25157;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.6199;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=321;RO=9;RPPR=3.25157;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;DP=56;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:10:9,1,.:9:321:1,.:11,.:0,-1.9103,-28.1467,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:46:43,1,2:43:1527:1,2:11,74:0,-12.342,-136.512,-6.71302,-130.755,-130.836 +1 1493159 . A C,G 8.72691e-10 . DPB=20;EPPR=4.1599;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=22.328;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=605;RO=17;RPPR=24.5973;SRF=10;SRP=4.1599;SRR=7;DP=20;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,62;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:20:17,1,2:17:605:1,2:11,62:0,-4.49521,-53.5677,-0.00623638,-48.8956,-48.9689 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493284 . T C,G 2.59474e-07 . DPB=10;EPPR=9.04217;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.6332;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=333;RO=9;RPPR=14.8328;SRF=8;SRP=14.8328;SRR=1;DP=44;AB=0.1,0;ABP=16.9077,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:10:9,1,.:9:333:1,.:37,.:-0.6897,0,-27.3297,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:34:33,.,1:33:1221:.,1:.,11:0,.,.,-9.13502,.,-109.16 +1 1493287 . A G,T 5.27058e-09 . DPB=13;EPPR=21.1059;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.5297;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=432;RO=12;RPPR=9.52472;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;DP=92;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1,.:12:432:1,.:37,.:0,-0.21339,-35.54,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:45:44,.,1:44:1540:.,1:.,11:0,.,.,-12.4463,.,-137.85 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:34:33,1,.:33:1221:1,.:37,.:0,-6.53502,-106.56,.,.,. +1 1493293 . A C,G 5.57502e-16 . DPB=62;EPPR=41.7764;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=92.8826;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2197;RO=61;RPPR=68.8308;SRF=46;SRP=37.2199;SRR=15;DP=103;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=5.18177,7.35324;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:62:61,1,.:61:2197:1,.:11,.:0,-17.5639,-196.99,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:41:39,.,2:39:1443:.,2:.,74:0,.,.,-5.31223,.,-123.21 +1 1493294 . G A,T 0 . DPB=45;EPPR=14.3727;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=62.8382;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1553;RO=43;RPPR=51.5402;SRF=29;SRP=14.3727;SRR=14;DP=45;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:45:43,1,1:43:1553:1,1:37,11:0,-9.78532,-136.555,-12.3853,-136.173,-138.901 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493311 . T G,C 3.012 . DPB=62;EPPR=13.2981;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=92.8826;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2117;RO=61;RPPR=9.02635;SRF=45;SRP=32.9481;SRR=16;DP=64;AB=0,0.5;ABP=0,3.0103;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:62:61,1,.:61:2117:1,.:11,.:0,-17.5639,-189.777,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:2:1,.,1:1:37:.,1:.,37:-3.09794,.,.,0,.,-3.09794 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493329 . A C,G 1.37572e-14 . 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DPB=88;EPPR=15.2311;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=111.842;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3044;RO=86;RPPR=13.1102;SRF=41;SRP=3.41429;SRR=45;DP=183;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,1;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:88:86,2,.:86:3044:2,.:74,.:0,-19.4606,-267.284,.,.,. 0/0:82:81,.,1:81:2913:.,1:.,37:0,.,.,-20.9845,.,-258.83 0/0:13:12,.,1:12:444:.,1:.,11:0,.,.,-2.81339,.,-39.23 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493360 . A T,C 0 . DPB=32;EPPR=8.68415;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=51.9552;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1123;RO=31;RPPR=8.68415;SRF=13;SRP=4.76149;SRR=18;DP=126;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,22;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,7.35324;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:32:31,1,.:31:1123:1,.:11,.:0,-8.53296,-100.332,.,.,. 0/0:94:91,1,2:91:3279:1,2:11,22:0,-26.7048,-294.365,-26.0158,-293.293,-293.378 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493362 . C A,T 0 . DPB=93;EPPR=16.6056;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=132.229;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3340;RO=92;RPPR=16.6056;SRF=42;SRP=4.52089;SRR=50;DP=146;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:93:92,1,.:92:3340:1,.:25,.:0,-25.4958,-298.463,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:53:51,.,2:51:1875:.,2:.,74:0,.,.,-8.92459,.,-162.088 +1 1493374 . G A,T 2.95372e-15 . DPB=144;EPPR=5.21236;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=198.903;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5192;RO=142;RPPR=10.4117;SRF=75;SRP=3.98899;SRR=67;DP=144;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:144:142,1,1:142:5192:1,1:37,11:0,-39.5873,-464.074,-42.1873,-463.688,-466.416 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493377 . C A,T 0.105241 . DPB=88;EPPR=3.03526;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=128.576;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3207;RO=87;RPPR=8.62618;SRF=47;SRP=4.23331;SRR=40;DP=94;AB=0,0.333333;ABP=0,4.45795;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:88:87,1,.:87:3207:1,.:11,.:0,-25.3906,-287.899,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:6:4,.,2:4:148:.,2:.,74:-5.22382,.,.,0,.,-11.8838 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493383 . C A,T 4.55066e-15 . DPB=38;EPPR=3.5385;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=60.1011;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1257;RO=37;RPPR=7.76406;SRF=20;SRP=3.5385;SRR=17;DP=165;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:38:37,1,.:37:1257:1,.:11,.:0,-10.3391,-112.37,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:127:124,1,2:124:4490:1,2:11,74:0,-36.7254,-403.189,-31.0964,-397.432,-397.517 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493385 . T C,A 4.14407e-15 . DPB=81;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=112.968;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2786;RO=80;RPPR=3.0103;SRF=42;SRP=3.44459;SRR=38;DP=191;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:81:80,1,.:80:2786:1,.:37,.:0,-20.6834,-247.388,.,.,. 0/0:110:109,.,1:109:3935:.,1:.,11:0,.,.,-32.0133,.,-353.411 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493388 . T A,G 4.00799e-15 . DPB=34;EPPR=4.09604;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=53.564;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1056;RO=32;RPPR=48.8827;SRF=17;SRP=3.28173;SRR=15;DP=34;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:34:32,1,1:32:1056:1,1:11,11:0,-8.94399,-94.2633,-8.94399,-93.8821,-94.2633 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493394 . T A,G 0 . DPB=70;EPPR=8.32883;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=103.852;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2365;RO=69;RPPR=37.2818;SRF=35;SRP=3.04177;SRR=34;DP=169;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:70:69,1,.:69:2365:1,.:11,.:0,-19.9721,-212.093,.,.,. 0/0:99:98,.,1:98:3300:.,1:.,37:0,.,.,-26.102,.,-293.637 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493401 . C A,T 0 . DPB=65;EPPR=7.89611;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=96.9943;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2330;RO=64;RPPR=29.6108;SRF=28;SRP=5.18177;SRR=36;DP=130;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:65:64,1,.:64:2330:1,.:11,.:0,-18.4669,-208.964,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:65:64,.,1:64:2296:.,1:.,37:0,.,.,-15.8669,.,-203.299 +1 1493434 . T A,G 3.38047e-05 . DPB=13;EPPR=12.6832;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.7635;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=395;RO=11;RPPR=26.8965;SRF=2;SRP=12.6832;SRR=9;DP=22;AB=0.153846,0.111111;ABP=16.5402,14.8328;AF=0.5,0.5;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:13:11,2,.:11:395:2,.:74,.:-3.11661,0,-31.9957,.,.,. 0/2:9:8,.,1:8:284:.,1:.,37:-0.99073,.,.,0,.,-23.2057 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493440 . T A,C 4.92735e-15 . DPB=29;EPPR=6.95112;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=42.4219;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=937;RO=27;RPPR=12.7417;SRF=10;SRP=6.95112;SRR=17;DP=29;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,31;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:29:27,1,1:27:937:1,1:11,31:0,-7.53884,-83.4757,-5.53884,-81.2891,-81.6686 +1 1493451 . T A,C 8.34266e-09 . DPB=8;EPPR=5.80219;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.0704;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=235;RO=7;RPPR=3.32051;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;DP=31;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:8:7,1,.:7:235:1,.:11,.:0,-1.30824,-20.3857,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:23:22,.,1:22:788:.,1:.,37:0,.,.,-3.22369,.,-67.5782 +1 1493546 . A C,T 1.00223e-15 . DPB=35;EPPR=4.03217;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=56.0245;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1220;RO=34;RPPR=53.0819;SRF=16;SRP=3.26577;SRR=18;DP=94;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:35:34,1,.:34:1220:1,.:11,.:0,-9.43605,-109.059,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:59:58,.,1:58:2044:.,1:.,11:0,.,.,-16.6608,.,-183.212 +1 1493561 . C T,A 9.74898e-15 . DPB=46;EPPR=4.78696;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=60.6131;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1604;RO=44;RPPR=81.9729;SRF=21;SRP=3.20771;SRR=23;DP=70;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=48,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:46:44,2,.:44:1604:2,.:48,.:0,-9.28738,-140.165,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:24:23,.,1:23:851:.,1:.,11:0,.,.,-6.12472,.,-75.86 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493571 . C T,G 7.12394 . DPB=4;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.38629;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;DP=15;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:4:2,2,.:2:74:2,.:74,.:-5.82588,0,-5.82588,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:11:10,.,1:10:370:.,1:.,11:0,.,.,-2.21133,.,-32.57 +1 1493789 . T C,G 0.0124086 . DPB=8;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.85649;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=210;RO=6;RPPR=4.45795;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;DP=80;AB=0.25,0;ABP=7.35324,0;AF=0.5,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=0,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:8:6,2,.:6:210:2,.:74,.:-4.62176,0,-16.8418,.,.,. 0/0:72:70,.,2:70:2538:.,2:.,74:0,.,.,-14.6442,.,-221.753 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493804 . A C,G 88.3705 . DPB=49;EPPR=3.19126;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.0961;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1726;RO=48;RPPR=21.1059;SRF=25;SRP=3.19126;SRR=23;DP=71;AB=0,0.8;ABP=0,6.91895;AF=0,0.5;AO=1,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,148;RPL=1,4;RPP=5.18177,11.6962;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:48,1,.:48:1726:1,.:11,.:0,-13.6505,-154.6,.,.,. 0/0:17:16,1,.:16:592:1,.:37,.:0,-1.41751,-49.95,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:5:1,.,4:1:37:.,4:.,148:-12.1848,.,.,0,.,-2.19485 +1 1493809 . G T,A 1.32414e-11 . DPB=13;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.5164;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=406;RO=12;RPPR=3.73412;SRF=7;SRP=3.73412;SRR=5;DP=62;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:13:12,1,.:12:406:1,.:11,.:0,-2.81339,-35.7783,.,.,. 0/0:49:48,.,1:48:1702:.,1:.,37:0,.,.,-11.0505,.,-149.835 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1493836 . T A,C 1.419e-09 . DPB=22;EPPR=3.1137;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.467;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=765;RO=21;RPPR=8.07707;SRF=11;SRP=3.1137;SRR=10;DP=36;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:22:21,1,.:21:765:1,.:11,.:0,-5.52266,-68.1143,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:14:13,.,1:13:481:.,1:.,37:0,.,.,-0.51442,.,-39.96 +1 1493896 . T C,A 3.32127e-06 . DPB=15;EPPR=4.51363;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.2388;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=469;RO=13;RPPR=3.17734;SRF=8;SRP=4.51363;SRR=5;DP=55;AB=0.125,0;ABP=12.7819,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:15:13,2,.:13:469:2,.:74,.:-2.51455,0,-38.0553,.,.,. 0/1:8:7,1,.:7:247:1,.:37,.:-1.29176,0,-20.1746,.,.,. 0/0:32:31,.,1:31:1083:.,1:.,11:0,.,.,-8.53296,.,-96.7194 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1494019 . T A,C 4.11639e-08 . DPB=12;EPPR=10.8276;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=18.4768;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=308;RO=10;RPPR=6.48466;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;DP=12;AB=0.0833333,0.0833333;ABP=21.1059,21.1059;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:12:10,1,1:10:308:1,1:11,37:-0.14867,-2.6,-26.9523,0,-24.2187,-24.5887 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1495338 . C T,A 2.6018e-13 . DPB=30;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.6118;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1012;RO=28;RPPR=5.80219;SRF=14;SRP=3.0103;SRR=14;DP=46;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:28,2,.:28:1012:2,.:74,.:0,-2.0009,-84.4114,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:16:15,.,1:15:517:.,1:.,11:0,.,.,-3.71648,.,-45.7747 +1 1496234 . C T,A 0.00399234 . DPB=9;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.99147;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=259;RO=7;RPPR=18.2106;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;DP=19;AB=0.222222,0.2;ABP=9.04217,10.8276;AF=0.5,0.5;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:9:7,2,.:7:259:2,.:74,.:-4.32073,0,-20.9707,.,.,. 0/2:10:8,.,2:8:296:.,2:.,74:-4.0197,.,.,0,.,-23.9997 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1496357 . A T,G 3.32127e-06 . DPB=6;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.5855;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=173;RO=5;RPPR=3.44459;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;DP=14;AB=0,0.125;ABP=0,12.7819;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:6:5,1,.:5:173:1,.:11,.:0,-0.70618,-14.816,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:8:7,.,1:7:233:.,1:.,37:-1.29176,.,.,0,.,-18.8946 +1 1497715 . A G,T 7.04435e-15 . DPB=43;EPPR=22.1298;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=50.9033;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1443;RO=41;RPPR=22.1298;SRF=22;SRP=3.48696;SRR=19;DP=154;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=4,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=148,11;RPL=0,0;RPP=11.6962,5.18177;RPR=4,1;RUN=1,1;SAF=2,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:43:41,2,.:41:1443:2,.:74,.:0,-5.91429,-123.192,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:111:106,4,1:106:3796:4,1:148,11:0,-19.5853,-328.358,-31.2722,-328.875,-340.691 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1497716 . A C,G 0 . DPB=137;EPPR=21.3416;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=131.134;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4433;RO=129;RPPR=283.13;SRF=48;SRP=21.3416;SRR=81;DP=137;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,7;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.80219;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,247;RPL=0,0;RPP=5.18177,18.2106;RPR=1,7;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=5.18177,5.80219;SAR=1,5;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:137:129,1,7:129:4433:1,7:11,247:0,-38.1743,-398.002,-18.4976,-378.179,-376.759 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1497717 . A T,G 0 . DPB=47;EPPR=25.858;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=66.3785;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1640;RO=46;RPPR=25.858;SRF=24;SRP=3.19912;SRR=22;DP=164;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,6;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,196;RPL=0,0;RPP=5.18177,16.0391;RPR=1,6;RUN=1,1;SAF=0,3;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,3;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:47:46,1,.:46:1640:1,.:37,.:0,-10.4484,-144.257,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:117:110,1,6:110:3970:1,6:11,196:0,-32.4553,-356.373,-17.0938,-340.842,-339.723 +1 1497728 . T A,C,G 2.20034e-15 . DPB=167;EPPR=3.06326;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=219.151;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5634;RO=164;RPPR=7.30028;SRF=62;SRP=24.1954;SRR=102;DP=297;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,74,11;RPL=0,2,0;RPP=5.18177,7.35324,5.18177;RPR=1,0,1;RUN=1,1,1;SAF=0,1,0;SAP=5.18177,3.0103,5.18177;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:167:164,1,2,.:164:5634:1,2,.:11,74,.:0,-48.7666,-506.131,-43.1376,-500.373,-500.459,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:130:129,.,.,1:129:4313:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-38.0339,.,.,-387.404 +1 1497732 . G T,A 1.36214e-14 . DPB=49;EPPR=5.9056;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.0961;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1764;RO=48;RPPR=38.4777;SRF=24;SRP=3.0103;SRR=24;DP=216;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:48,1,.:48:1764:1,.:11,.:0,-13.6505,-158.027,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:167:165,.,2:165:6069:.,2:.,74:0,.,.,-43.242,.,-539.548 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1497735 . A T,G 3.57065e-12 . DPB=14;EPPR=3.17734;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=27.8286;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=481;RO=13;RPPR=31.2394;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;DP=151;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,148;RPL=1,4;RPP=5.18177,11.6962;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:14:13,1,.:13:481:1,.:11,.:0,-3.11442,-42.56,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:137:133,.,4:133:4847:.,4:.,148:0,.,.,-27.5511,.,-422.904 +1 1497736 . G A,T 4.39974e-15 . DPB=167;EPPR=18.1321;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=231.466;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6142;RO=166;RPPR=274.261;SRF=63;SRP=23.9402;SRR=103;DP=302;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,111;RPL=1,0;RPP=5.18177,9.52472;RPR=0,3;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.73412;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:167:166,1,.:166:6142:1,.:37,.:0,-46.572,-549.45,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:135:132,.,3:132:4834:.,3:.,111:0,.,.,-30.279,.,-425.066 +1 1497737 . G T,A 4.88872e-11 . DPB=12;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.2101;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=407;RO=11;RPPR=26.8965;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;DP=179;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:12:11,1,.:11:407:1,.:11,.:0,-2.51236,-35.9,.,.,. 0/0:167:165,.,2:165:6029:.,2:.,74:0,.,.,-43.242,.,-535.945 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1497740 . A T,G 1.40475e-12 . DPB=167;EPPR=18.1321;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=237.453;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5944;RO=166;RPPR=274.261;SRF=63;SRP=23.9402;SRR=103;DP=343;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:167:166,1,.:166:5944:1,.:11,.:0,-49.172,-534.218,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:40:36,.,4:36:1332:.,4:.,148:-1.6488,.,.,0,.,-108.209 0/0:136:135,.,1:135:4857:.,1:.,37:0,.,.,-37.2401,.,-433.79 +1 1497742 . T A,G,C 0.000114415 . DPB=14;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9956;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=444;RO=12;RPPR=29.068;SRF=6;SRP=3.0103;SRR=6;DP=328;AB=0,0.166667,0;ABP=0,14.5915,0;AF=0,0.5,0;AO=2,2,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=7.35324,3.0103,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=36,74,74;RPL=2,2,0;RPP=7.35324,7.35324,7.35324;RPR=0,0,2;RUN=1,1,1;SAF=0,1,1;SAP=7.35324,3.0103,3.0103;SAR=2,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=1,1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:14:12,2,.,.:12:444:2,.,.:74,.,.:-2.81558,0,-36.1156,.,.,.,.,.,.,. 0/2:12:10,.,2,.:10:358:.,2,.:.,74,.:-3.41764,.,.,0,.,-28.9656,.,.,.,. 0/0:166:164,2,.,.:164:5958:2,.,.:36,.,.:0,-46.551,-533.163,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:136:134,.,.,2:134:4884:.,.,2:.,.,74:0,.,.,.,.,.,-33.9101,.,.,-432.894 +1 1497778 . C G,A 8.12617e-07 . DPB=16;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.4916;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=506;RO=14;RPPR=33.4109;SRF=7;SRP=3.0103;SRR=7;DP=104;AB=0.125,0;ABP=22.5536,0;AF=0.5,0;AO=2,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,136;RPL=0,0;RPP=7.35324,11.6962;RPR=2,4;RUN=1,1;SAF=1,2;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:16:14,2,.:14:506:2,.:74,.:-2.21352,0,-41.0849,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:88:84,.,4:84:3070:.,4:.,136:0,.,.,-13.9106,.,-264.085 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1497787 . A G,T 8.12617e-07 . DPB=16;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.4916;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=518;RO=14;RPPR=8.59409;SRF=7;SRP=3.0103;SRR=7;DP=104;AB=0.125,0;ABP=22.5536,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:16:14,2,.:14:518:2,.:74,.:-2.21352,0,-42.1735,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:88:87,.,1:87:3207:.,1:.,11:0,.,.,-25.3906,.,-287.899 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1497793 . G A,C 7.76825e-12 . DPB=88;EPPR=8.46682;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=71.1326;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2862;RO=78;RPPR=131.74;SRF=31;SRP=10.1372;SRR=47;DP=113;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,148;RPL=2,4;RPP=7.35324,11.6962;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,2;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:88:78,6,4:78:2862:6,4:210,148:0,-6.39852,-238.689,-11.3565,-228.379,-244.268 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:25:23,2,.:23:851:2,.:74,.:0,-0.49575,-69.93,.,.,. +1 1497797 . G T,C 327.161 . 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DPB=5;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3948;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=148;RO=4;RPPR=11.6962;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;DP=21;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:5:4,1,.:4:148:1,.:37,.:-2.19485,0,-12.1849,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:16:14,1,1:14:518:1,1:37,11:0,-1.05545,-43.4027,-3.65545,-43.0321,-45.76 +1 1497833 . T C,A 0.277388 . DPB=5;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.72723;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=111;RO=3;RPPR=3.73412;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;DP=44;AB=0.4,0;ABP=3.44459,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,2,.:3:111:2,.:74,.:-5.52485,0,-8.85485,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:39:38,.,1:38:1272:.,1:.,11:0,.,.,-10.6402,.,-113.715 +1 1497845 . A C,G 2.34638e-09 . DPB=9;EPPR=4.09604;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.3389;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=296;RO=8;RPPR=7.35324;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;DP=54;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1,.:8:296:1,.:11,.:0,-1.60927,-25.91,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:45:43,.,2:43:1527:.,2:.,74:0,.,.,-6.51635,.,-130.755 +1 1497859 . A C,T 0 . DPB=30;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.3729;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=998;RO=28;RPPR=7.97367;SRF=15;SRP=3.32051;SRR=13;DP=73;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=22,11;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=7.35324,5.18177;SAR=2,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:28,2,.:28:998:2,.:22,.:0,-6.9409,-88.0864,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:43:40,2,1:40:1468:2,1:22,11:0,-10.6633,-130.391,-11.3522,-130.31,-131.375 +1 1497873 . A G,C 1.16244e-05 . DPB=28;EPPR=3.34437;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.6046;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=950;RO=26;RPPR=6.01695;SRF=12;SRP=3.34437;SRR=14;DP=61;AB=0.142857,0;ABP=10.7656,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:28:26,2,.:26:950:2,.:62,.:0,-2.53884,-79.9754,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:7:6,1,.:6:222:1,.:37,.:-1.59279,0,-18.2428,.,.,. 0/0:26:25,.,1:25:851:.,1:.,37:0,.,.,-4.12678,.,-73.2304 +1 1497941 . G A,T 0 . DPB=61;EPPR=4.877;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=73.2968;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2085;RO=57;RPPR=3.9627;SRF=27;SRP=3.35316;SRR=30;DP=61;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,0;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:61:57,2,2:57:2085:2,2:74,74:0,-11.1008,-180.986,-11.1008,-175.53,-180.986 +1 1497943 . A T,G 6.51778e-10 . DPB=10;EPPR=3.25157;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.6199;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=307;RO=9;RPPR=14.8328;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;DP=123;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:10:9,1,.:9:307:1,.:11,.:0,-1.9103,-26.8711,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:52:51,1,.:51:1849:1,.:11,.:0,-14.5536,-165.673,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:61:59,.,2:59:2147:.,2:.,74:0,.,.,-11.3328,.,-186.564 +1 1497967 . A C,G 5.05729e-13 . DPB=24;EPPR=3.10471;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.1525;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=789;RO=23;RPPR=52.9542;SRF=12;SRP=3.10471;SRR=11;DP=44;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:24:23,1,.:23:789:1,.:11,.:0,-6.12472,-70.253,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:20:19,.,1:19:703:.,1:.,37:0,.,.,-2.3206,.,-59.94 +1 1498142 . A G,T 0.147142 . DPB=48;EPPR=3.06598;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=3.36792;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1381;RO=39;RPPR=37.8095;SRF=22;SRP=4.40227;SRR=17;DP=48;AB=0.166667,0.0208333;ABP=49.335,98.736;AF=0.5,0;AO=8,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=296,11;RPL=0,0;RPP=20.3821,5.18177;RPR=8,1;RUN=1,1;SAF=4,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=4,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:48:39,8,1:39:1381:8,1:296,11:-12.7227,0,-110.38,-23.8028,-112.105,-136.038 +1 1498143 . A G,T 21.1645 . DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=93;AB=0.166667,0.0208333;ABP=49.335,98.736;AF=0.5,0;AO=8,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=296,11;RPL=0,0;RPP=20.3821,5.18177;RPR=8,1;RUN=1,1;SAF=4,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=4,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=4,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:4:2,2,.:2:74:2,.:74,.:-5.82588,0,-5.82588,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:17:15,2,.:15:555:2,.:74,.:-1.91249,0,-45.2025,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:24:18,6,.:18:666:6,.:210,.:-12.0253,0,-53.0853,.,.,. 0/1:48:39,8,1:39:1419:8,1:296,11:-12.7227,0,-113.809,-23.8028,-115.535,-139.466 +1 1498144 . A G,T 3.33842 . DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=56;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=4,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=148,11;RPL=0,0;RPP=11.6962,5.18177;RPR=4,1;RUN=1,1;SAF=2,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:4:2,2,.:2:74:2,.:74,.:-5.82588,0,-5.82588,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:52:47,4,1:47:1715:4,1:148,11:0,-1.82453,-141.072,-13.5114,-141.592,-153.407 +1 1498145 . A T,G 2.69258e-11 . DPB=17;EPPR=3.55317;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.8066;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=592;RO=16;RPPR=37.7539;SRF=9;SRP=3.55317;SRR=7;DP=103;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=0,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:17:16,1,.:16:592:1,.:37,.:0,-1.41751,-49.95,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,1,.:29:1073:1,.:37,.:0,-5.3309,-93.24,.,.,. 0/0:56:54,.,2:54:1908:.,2:.,74:0,.,.,-9.82768,.,-165.043 +1 1498148 . A G,C 2.93754e-09 . 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DPB=9;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.61642;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=259;RO=7;RPPR=10.7656;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;DP=126;AB=0.222222,0;ABP=9.04217,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,37;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:9:7,2,.:7:259:2,.:62,.:-3.18073,0,-20.9707,.,.,. 0/0:69:68,.,1:68:2478:.,1:.,37:0,.,.,-17.0711,.,-219.684 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:48:47,.,1:47:1677:.,1:.,37:0,.,.,-10.7494,.,-147.587 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1498157 . A G,C 0.0124086 . DPB=8;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.85649;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=198;RO=6;RPPR=16.0391;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;DP=149;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=3,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=111,11;RPL=0,0;RPP=9.52472,5.18177;RPR=3,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.73412,5.18177;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2,.:6:198:2,.:74,.:-4.62176,0,-15.7418,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:45,3,1:45:1665:3,1:111,37:0,-4.45944,-139.86,-10.5174,-137.734,-146.52 0/0:92:91,.,1:91:3277:.,1:.,11:0,.,.,-26.5948,.,-294.19 +1 1498163 . C A,G 0 . DPB=105;EPPR=3.35092;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=142.306;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3712;RO=102;RPPR=30.6008;SRF=48;SRP=3.7767;SRR=54;DP=105;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=36,11;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=7.35324,5.18177;SAR=2,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:105:102,2,1:102:3712:2,1:36,11:0,-28.0205,-331.045,-30.0394,-330.96,-333.294 +1 1498172 . A G,T 1.14049e-06 . DPB=79;EPPR=3.53672;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=15.1526;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2404;RO=66;RPPR=41.044;SRF=29;SRP=5.11597;SRR=37;DP=124;AB=0.139241,0;ABP=92.3155,0;AF=0.5,0;AO=11,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=4.78696,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=407,11;RPL=11,1;RPP=26.8965,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=4,0;SAP=4.78696,5.18177;SAR=7,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:79:66,11,2:66:2404:11,2:407,22:-13.6707,0,-193.427,-32.2007,-195.368,-228.086 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:45:44,.,1:44:1564:.,1:.,11:0,.,.,-12.4463,.,-140.015 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1498182 . A G,T 3.70153 . DPB=19;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.468;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=666;RO=18;RPPR=26.6552;SRF=9;SRP=3.0103;SRR=9;DP=212;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=4,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=148,11;RPL=3,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=3,1;TYPE=snp,snp;AN=10;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:19:18,1,.:18:666:1,.:37,.:0,-2.01957,-56.61,.,.,. 0/1:7:5,2,.:5:185:2,.:74,.:-4.92279,0,-14.9128,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:56:53,2,1:53:1833:2,1:74,11:0,-9.72332,-158.368,-15.3523,-158.286,-164.043 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:41:33,8,.:33:1197:8,.:278,.:-13.0253,0,-95.7505,.,.,. 0/0:89:85,4,.:85:3059:4,.:148,.:0,-13.1017,-261.98,.,.,. +1 1498816 . A C,G 2.04468e-14 . DPB=110;EPPR=43.3519;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.851;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3781;RO=109;RPPR=8.76769;SRF=58;SRP=3.98647;SRR=51;DP=137;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:110:109,1,.:109:3781:1,.:11,.:0,-32.0133,-339.537,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:27:26,.,1:26:962:.,1:.,37:0,.,.,-4.42781,.,-83.25 +1 1498822 . A C,G 6.47931e-15 . DPB=114;EPPR=32.7653;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=146.45;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3983;RO=111;RPPR=8.66395;SRF=60;SRP=4.59489;SRR=51;DP=114;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:114:111,1,2:111:3983:1,2:11,74:0,-32.812,-357.556,-27.1831,-351.799,-351.883 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1498828 . A C,T 0 . DPB=115;EPPR=13.982;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=165.738;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3990;RO=114;RPPR=71.5831;SRF=60;SRP=3.69603;SRR=54;DP=152;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:115:114,1,.:114:3990:1,.:11,.:0,-33.5184,-358.35,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:37:36,.,1:36:1296:.,1:.,11:0,.,.,-10.0381,.,-115.9 +1 1498853 . T A,G 1.70419e-14 . DPB=34;EPPR=8.34028;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=54.6672;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1173;RO=33;RPPR=26.7649;SRF=9;SRP=17.8158;SRR=24;DP=60;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:34:33,1,.:33:1173:1,.:11,.:0,-9.13502,-104.825,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:26:25,.,1:25:875:.,1:.,37:0,.,.,-4.12678,.,-75.4 +1 1498864 . A T,C 1.16245e-05 . DPB=7;EPPR=16.0391;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.831;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=210;RO=6;RPPR=16.0391;SRF=0;SRP=16.0391;SRR=6;DP=31;AB=0.142857,0;ABP=10.7656,0;AF=0.5,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,22;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,7.35324;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:7:6,1,.:6:210:1,.:37,.:-1.59279,0,-17.1428,.,.,. 0/0:24:22,.,2:22:802:.,2:.,22:0,.,.,-5.13472,.,-70.4545 +1 1498873 . C A,T 9.51083e-13 . DPB=15;EPPR=8.59409;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.1459;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=466;RO=14;RPPR=33.4109;SRF=4;SRP=8.59409;SRR=10;DP=38;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:15:14,1,.:14:466:1,.:11,.:0,-3.41545,-41.1729,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:23:22,.,1:22:802:.,1:.,37:0,.,.,-3.22369,.,-68.8445 +1 1498908 . A G,T 3.012 . DPB=2;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=37;RO=1;RPPR=5.18177;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;DP=27;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:2:1,1,.:1:37:1,.:37,.:-3.09794,0,-3.09794,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:25:24,.,1:24:888:.,1:.,37:0,.,.,-3.82575,.,-76.59 +1 1498940 . A T,G 0.0109038 . DPB=2;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.98672;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=37;RO=1;RPPR=5.18177;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;DP=56;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,48;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:2:1,1,.:1:37:1,.:11,.:-0.49794,0,-3.09794,.,.,. 0/0:54:52,.,2:52:1900:.,2:.,48:0,.,.,-11.6956,.,-166.805 +1 1498983 . T C,G 6.47554e-08 . DPB=18;EPPR=3.55317;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=26.3592;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=592;RO=16;RPPR=37.7539;SRF=7;SRP=3.55317;SRR=9;DP=36;AB=0.111111,0;ABP=26.6552,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:18:16,1,1:16:592:1,1:37,11:0,-1.65751,-50.0647,-4.25751,-49.6921,-52.42 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:18:16,2,.:16:580:2,.:74,.:-1.61146,0,-47.144,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1498995 . A G,C 68.0408 . DPB=13;EPPR=3.25157;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.82567;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=295;RO=9;RPPR=22.5536;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;DP=178;AB=0.375,0;ABP=5.18177,0;AF=0.5,0;AO=6,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=222,11;RPL=0,0;RPP=16.0391,5.18177;RPR=6,1;RUN=1,1;SAF=3,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=3,1;TYPE=snp,snp;AN=12;AC=5,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4,.:9:295:4,.:148,.:-9.77661,0,-22.9644,.,.,. 0/1:16:12,4,.:12:418:4,.:148,.:-8.87352,0,-33.1519,.,.,. 0/1:54:49,5,.:49:1661:5,.:185,.:-0.764381,0,-133.573,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:53:50,2,1:50:1774:2,1:74,11:0,-8.82023,-153.067,-14.4492,-152.985,-158.742 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:26:21,5,.:21:675:5,.:185,.:-9.19322,0,-53.2446,.,.,. 0/1:16:10,6,.:10:370:6,.:222,.:-15.5335,0,-28.8535,.,.,. +1 1498997 . A C,G,T 6.40104e-12 . DPB=62;EPPR=3.9627;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=73.0574;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2059;RO=57;RPPR=126.784;SRF=26;SRP=3.9627;SRR=31;DP=78;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=3,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=9.52472,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=33,74,25;RPL=0,0,0;RPP=9.52472,7.35324,5.18177;RPR=3,2,1;RUN=1,1,1;SAF=0,1,1;SAP=9.52472,3.0103,5.18177;SAR=3,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:62:57,3,2,.:57:2059:3,2,.:33,74,.:0,-15.2478,-182.488,-10.9968,-177.332,-178.785,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:16:15,.,.,1:15:543:.,.,1:.,.,25:0,.,.,.,.,.,-2.31648,.,.,-46.732 +1 1499275 . A G,T 2.84416e-06 . DPB=15;EPPR=3.17734;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.2388;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=481;RO=13;RPPR=11.1951;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;DP=96;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:15:13,2,.:13:481:2,.:74,.:-2.51455,0,-39.1446,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:28:27,.,1:27:973:.,1:.,11:0,.,.,-7.32884,.,-86.8304 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:53:51,2,.:51:1811:2,.:74,.:0,-8.92459,-156.315,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1499282 . T G,C,A 0.001248 . DPB=16;EPPR=3.15506;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.4809;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=555;RO=15;RPPR=27.4756;SRF=8;SRP=3.15506;SRR=7;DP=79;AB=0,0.2,0;ABP=0,10.8276,0;AF=0,0.5,0;AO=1,2,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,3.0103,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=37,74,74;RPL=0,2,2;RPP=5.18177,7.35324,7.35324;RPR=1,0,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,3.0103,3.0103;SAR=0,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:16:15,1,.,.:15:555:1,.,.:37,.,.:0,-1.11648,-46.62,.,.,.,.,.,.,. 0/2:10:8,.,2,.:8:284:.,2,.:.,74,.:-4.0197,.,.,0,.,-22.9047,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:53:51,.,.,2:51:1801:.,.,2:.,.,74:0,.,.,.,.,.,-8.92459,.,.,-155.413 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1499288 . T C,G 0.000113344 . DPB=6;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=11.2468;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=148;RO=4;RPPR=3.0103;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;DP=6;AB=0.166667,0.166667;ABP=8.80089,8.80089;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:6:4,1,1:4:148:1,1:37,37:-1.82485,0,-11.8149,0,-9.08691,-11.8149 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1499296 . T C,A 8.12617e-07 . DPB=16;EPPR=3.63072;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.4916;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=480;RO=14;RPPR=33.4109;SRF=8;SRP=3.63072;SRR=6;DP=367;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:16:14,2,.:14:480:2,.:74,.:-2.21352,0,-38.7264,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:351:348,2,1:348:12370:2,1:74,11:0,-98.5272,-1106.71,-104.156,-1106.63,-1112.38 +1 1499298 . T A,C 4.06228e-14 . DPB=60;EPPR=3.0471;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=90.1428;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2119;RO=59;RPPR=131.127;SRF=30;SRP=3.0471;SRR=29;DP=470;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:59,1,.:59:2119:1,.:11,.:0,-16.9618,-189.969,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:410:408,.,2:408:14708:.,2:.,74:0,.,.,-116.392,.,-1317.05 +1 1499299 . T C,A 0 . DPB=100;EPPR=11.8735;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=129.607;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3524;RO=98;RPPR=215.815;SRF=59;SRP=11.8735;SRR=39;DP=522;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:100:98,2,.:98:3524:2,.:74,.:0,-23.073,-310.49,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:422:419,2,1:419:15309:2,1:74,37:0,-120.074,-1371.15,-123.103,-1368.72,-1374.48 +1 1499300 . G A,T 0 . DPB=422;EPPR=3.52979;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=572.215;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=15232;RO=418;RPPR=850.903;SRF=205;SRP=3.34277;SRR=213;DP=422;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,48;RPL=0,1;RPP=7.35324,3.0103;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:422:418,2,2:418:15232:2,2:62,48:0,-120.818,-1365.39,-122.148,-1362.27,-1366.65 +1 1499302 . T C,A 2.50727e-14 . DPB=110;EPPR=5.02092;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=143.278;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3774;RO=108;RPPR=220.479;SRF=59;SRP=5.02092;SRR=49;DP=714;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:110:108,2,.:108:3774:2,.:74,.:0,-26.0833,-332.979,.,.,. 0/0:159:158,.,1:158:5684:.,1:.,11:0,.,.,-46.7638,.,-510.82 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:445:442,2,1:442:15714:2,1:74,11:0,-126.824,-1407.67,-132.453,-1407.59,-1413.34 +1 1499304 . T A,G,C 1.32619e-15 . DPB=121;EPPR=3.08268;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=174.005;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4086;RO=120;RPPR=206.332;SRF=60;SRP=3.0103;SRR=60;DP=695;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=2,1,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=22,11,74;RPL=0,1,0;RPP=7.35324,5.18177,7.35324;RPR=2,0,2;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=3.0103,5.18177,3.0103;SAR=1,0,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:121:120,1,.,.:120:4086:1,.,.:11,.,.:0,-35.3246,-366.98,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:121:120,.,1,.:120:4378:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-35.3246,.,-393.285,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:453:449,2,.,2:449:15897:2,.,2:22,.,74:0,-133.915,-1428.86,.,.,.,-128.975,-1423.41,.,-1424.18 +1 1499308 . C G,T 0 . DPB=126;EPPR=3.02795;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.168;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4401;RO=123;RPPR=97.0898;SRF=61;SRP=3.02795;SRR=62;DP=298;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=3,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=85,74;RPL=1,0;RPP=3.73412,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=2,1;SAP=3.73412,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:126:123,3,.:123:4401:3,.:85,.:0,-29.9964,-388.514,.,.,. 0/0:172:170,.,2:170:6066:.,2:.,74:0,.,.,-44.7472,.,-539.267 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1499309 . T G,C 9.9903e-15 . DPB=128;EPPR=3.0274;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=183.653;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4551;RO=127;RPPR=94.1267;SRF=63;SRP=3.0274;SRR=64;DP=798;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:128:127,1,.:127:4551:1,.:11,.:0,-37.4318,-408.848,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:133:131,.,2:131:4775:.,2:.,74:0,.,.,-33.007,.,-423.085 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:79:77,2,.:77:2799:2,.:74,.:0,-16.7514,-245.244,.,.,. 0/0:458:457,.,1:457:16113:.,1:.,37:0,.,.,-134.172,.,-1446.82 +1 1499311 . A G,C 8.98077e-15 . DPB=128;EPPR=3.02767;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=156.404;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4477;RO=125;RPPR=67.6507;SRF=63;SRP=3.02767;SRR=62;DP=930;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:128:125,3,.:125:4477:3,.:111,.:0,-28.1718,-392.928,.,.,. 0/0:196:194,.,2:194:6926:.,2:.,74:0,.,.,-51.9719,.,-616.667 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:148:147,.,1:147:5281:.,1:.,11:0,.,.,-43.4524,.,-474.549 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:458:455,2,1:455:16257:2,1:74,11:0,-130.737,-1456.54,-136.366,-1456.46,-1462.21 +1 1499313 . T C,A 8.98077e-15 . DPB=128;EPPR=3.02767;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=156.404;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4415;RO=125;RPPR=21.9282;SRF=63;SRP=3.02767;SRR=62;DP=764;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:128:125,3,.:125:4415:3,.:111,.:0,-28.1718,-387.343,.,.,. 0/0:184:183,.,1:183:6585:.,1:.,11:0,.,.,-54.2895,.,-591.91 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:452:450,2,.:450:16028:2,.:74,.:0,-129.036,-1435.85,.,.,. +1 1499316 . A T,C 0 . DPB=115;EPPR=5.75321;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=165.738;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4144;RO=114;RPPR=36.611;SRF=45;SRP=13.982;SRR=69;DP=549;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=22,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=7.35324,3.0103;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:115:114,1,.:114:4144:1,.:11,.:0,-33.5184,-372.224,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:434:430,2,2:430:15270:2,2:22,74:0,-128.195,-1372.44,-123.255,-1366.98,-1367.75 +1 1499317 . A G,T 1.28079e-14 . DPB=54;EPPR=3.05288;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=64.7964;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1799;RO=51;RPPR=55.1682;SRF=26;SRP=3.05288;SRR=25;DP=1051;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=14;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:51,2,1:51:1799:2,1:74,11:0,-9.12126,-155.315,-14.7502,-155.233,-160.99 0/0:122:120,2,.:120:4342:2,.:74,.:0,-29.6957,-384.112,.,.,. 0/0:170:166,4,.:166:5996:4,.:148,.:0,-37.4851,-526.311,.,.,. 0/0:113:109,4,.:109:3921:4,.:148,.:0,-20.3264,-339.56,.,.,. 0/0:111:110,.,1:110:3830:.,1:.,37:0,.,.,-29.7143,.,-341.348 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:52:49,3,.:49:1801:3,.:111,.:0,-5.29356,-152.098,.,.,. 0/0:429:427,2,.:427:15377:2,.:74,.:0,-122.112,-1377.26,.,.,. +1 1499318 . C A,G 0 . DPB=170;EPPR=3.12594;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=241.594;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6165;RO=169;RPPR=64.1841;SRF=82;SRP=3.33152;SRR=87;DP=281;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:170:169,1,.:169:6165:1,.:11,.:0,-50.0751,-554.115,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:111:110,.,1:110:4034:.,1:.,11:0,.,.,-32.3143,.,-362.327 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1499320 . T C,A 1.18738e-14 . DPB=63;EPPR=3.0459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=77.8578;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2221;RO=61;RPPR=3.33068;SRF=26;SRP=5.89373;SRR=35;DP=438;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=3,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=111,22;RPL=3,1;RPP=9.52472,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.73412,7.35324;SAR=2,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:63:61,2,.:61:2221:2,.:74,.:0,-11.9349,-193.224,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:375:370,3,2:370:13134:3,2:111,22:0,-102.138,-1172.16,-110.107,-1171.68,-1180.17 +1 1499322 . T G,A,C 3.52629e-15 . DPB=147;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=209.854;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5238;RO=146;RPPR=75.8885;SRF=71;SRP=3.24827;SRR=75;DP=612;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,11,74;RPL=0,1,2;RPP=5.18177,5.18177,7.35324;RPR=1,0,0;RUN=1,1,1;SAF=0,1,1;SAP=5.18177,5.18177,3.0103;SAR=1,0,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:147:146,1,.,.:146:5238:1,.,.:11,.,.:0,-43.1514,-470.679,.,.,.,.,.,.,. 0/0:90:89,.,1,.:89:3157:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-25.9927,.,-283.385,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:375:373,.,.,2:373:13301:.,.,2:.,.,74:0,.,.,.,.,.,-105.856,.,.,-1190.42 +1 1499323 . G T,A 6.90097e-15 . DPB=119;EPPR=15.4503;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=171.249;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4266;RO=118;RPPR=21.8543;SRF=55;SRP=4.18805;SRR=63;DP=171;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:119:118,1,.:118:4266:1,.:11,.:0,-34.7226,-383.202,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:52:50,.,2:50:1826:.,2:.,74:0,.,.,-8.62356,.,-157.675 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1499329 . T C,A,G 0 . DPB=102;EPPR=3.35774;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=130.953;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3534;RO=100;RPPR=163.612;SRF=47;SRP=3.79203;SRR=53;DP=392;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=3,3,3;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,22,11;RPL=2,2,1;RPP=7.35324,7.35324,5.18177;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=3.0103,3.0103,5.18177;SAR=1,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:102:100,2,.,.:100:3534:2,.,.:74,.,.:0,-23.6751,-311.383,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:290:285,2,2,1:285:10147:2,2,1:74,22,11:0,-79.6316,-906.709,-84.4849,-905.935,-911.391,-85.1306,-906.623,-911.305,-912.38 +1 1499334 . T A,C 0 . DPB=77;EPPR=4.06669;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=96.0619;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2702;RO=74;RPPR=146.797;SRF=34;SRP=4.06669;SRR=40;DP=323;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:77:74,1,2:74:2702:1,2:18,74:0,-21.0206,-241.619,-16.0916,-235.862,-236.576 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:246:244,2,.:244:8716:2,.:74,.:0,-67.0234,-777.767,.,.,. +1 1499337 . A G,C 1060.63 . DPB=11;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.82507;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=247;RO=7;RPPR=18.2106;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;DP=422;AB=0.325843,0;ABP=49.9043,0;AF=0.5,0;AO=58,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.16006,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=2108,11;RPL=58,1;RPP=128.956,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=28,0;SAP=3.16006,5.18177;SAR=30,1;TYPE=snp,snp;AN=16;AC=7,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4,.:7:247:4,.:148,.:-10.3787,0,-19.2715,.,.,. 0/1:75:67,8,.:67:2455:8,.:284,.:-3.33775,0,-198.739,.,.,. 0/1:53:45,8,.:45:1653:8,.:296,.:-11.0554,0,-133.183,.,.,. 0/1:33:29,4,.:29:1047:4,.:122,.:-1.35101,0,-84.657,.,.,. 0/1:23:17,6,.:17:629:6,.:222,.:-13.4263,0,-50.0563,.,.,. 0/1:10:4,6,.:4:148:6,.:222,.:-17.3397,0,-10.6797,.,.,. 0/0:39:38,.,1:38:1368:.,1:.,11:0,.,.,-10.6402,.,-122.38 0/1:178:120,58,.:120:4276:58,.:2108,.:-136.5,0,-331.613,.,.,. +1 1499585 . T A,C 0.0124086 . DPB=5;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.3816;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=122;RO=4;RPPR=11.6962;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;DP=13;AB=0,0.25;ABP=0,7.35324;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:5:4,1,.:4:122:1,.:11,.:0,-0.40515,-10.185,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:8:6,.,2:6:210:.,2:.,74:-4.62176,.,.,0,.,-16.8418 +1 1499621 . T C,A 27.976 . DPB=1;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.44012;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=86;AB=0,0;ABP=0,0;AF=1,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:1:0,1,.:0:0:1,.:37,.:-3.7,-0.30103,0,.,.,. 0/0:49:48,.,1:48:1676:.,1:.,11:0,.,.,-13.6505,.,-150.089 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:36:35,.,1:35:1133:.,1:.,11:0,.,.,-9.73708,.,-101.194 +1 1499683 . T A,G 58.2588 . DPB=2;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4146;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=26;AB=0,0;ABP=0,0;AF=1,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2,.:0:0:2,.:74,.:-7.03,-0.60206,0,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:24:22,.,2:22:776:.,2:.,74:0,.,.,-0.19472,.,-63.1627 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1499936 . C T,A 3.81948e-10 . DPB=22;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.1544;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=728;RO=20;RPPR=46.4397;SRF=10;SRP=3.0103;SRR=10;DP=44;AB=0.0909091,0;ABP=34.9902,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:22:20,2,.:20:728:2,.:74,.:-0.40734,0,-59.2613,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:22:21,.,1:21:753:.,1:.,11:0,.,.,-5.52266,.,-67.0286 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1499959 . A G,T 162.169 . DPB=40;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.5365;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1000;RO=28;RPPR=63.8115;SRF=14;SRP=3.0103;SRR=14;DP=82;AB=0.5,0.0416667;ABP=3.0103,46.8017;AF=0.5,0;AO=9,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.25157,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=333,37;RPL=8,1;RPP=14.8328,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=4,0;SAP=3.25157,5.18177;SAR=5,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=3,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:40:28,12,.:28:1000:12,.:432,.:-27.1988,0,-78.3159,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:24:18,5,1:18:654:5,1:185,37:-9.72631,0,-51.93,-12.1159,-50.4058,-65.2511 0/1:18:9,9,.:9:333:9,.:333,.:-24.9215,0,-24.9215,.,.,. +1 1500060 . G A,T 8.98077e-15 . DPB=56;EPPR=4.51363;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=66.5441;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1924;RO=52;RPPR=9.02361;SRF=25;SRP=3.17734;SRR=27;DP=56;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,1;RPP=7.35324,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:56:52,2,2:52:1924:2,2:74,74:0,-9.59562,-166.5,-9.59562,-161.044,-166.5 +1 1500098 . A G,C 0.00399234 . DPB=27;EPPR=3.09716;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.6675;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=913;RO=25;RPPR=57.2971;SRF=13;SRP=3.09716;SRR=12;DP=247;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=12;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:25,2,.:25:913:2,.:74,.:0,-1.09781,-75.5052,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:71:67,3,1:67:2351:3,1:111,11:0,-10.8871,-201.642,-19.545,-201.86,-210.647 0/1:9:7,2,.:7:259:2,.:74,.:-4.32073,0,-20.9707,.,.,. 0/0:74:70,4,.:70:2514:4,.:148,.:0,-8.58622,-212.929,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:41:40,1,.:40:1444:1,.:37,.:0,-8.64223,-126.621,.,.,. 0/0:25:23,2,.:23:813:2,.:74,.:0,-0.49575,-66.4935,.,.,. +1 1500107 . A G,C 3.57064e-12 . 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DPB=37;EPPR=3.07234;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42.8899;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1223;RO=35;RPPR=25.4075;SRF=17;SRP=3.07234;SRR=18;DP=297;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:35,2,.:35:1223:2,.:74,.:0,-4.10811,-103.389,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:124:122,2,.:122:4304:2,.:74,.:0,-30.2977,-380.683,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:136:133,2,1:133:4785:2,1:74,11:0,-33.8057,-424.065,-39.4347,-423.98,-429.737 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500118 . A C,G 0.00683541 . DPB=126;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=180.896;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4449;RO=125;RPPR=13.8677;SRF=56;SRP=5.94613;SRR=69;DP=280;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:126:125,1,.:125:4449:1,.:11,.:0,-36.8298,-399.666,.,.,. 0/2:16:13,.,3:13:469:.,3:.,111:-5.54352,.,.,0,.,-37.7543 0/0:138:136,.,2:136:4846:.,2:.,74:0,.,.,-34.5121,.,-429.466 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500120 . A C,G,T 0 . DPB=125;EPPR=3.08035;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=179.518;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4350;RO=124;RPPR=28.2974;SRF=56;SRP=5.53201;SRR=68;DP=293;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,4,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,148,11;RPL=0,2,1;RPP=7.35324,3.0103,5.18177;RPR=2,2,0;RUN=1,1,1;SAF=1,2,0;SAP=3.0103,3.0103,5.18177;SAR=1,2,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:125:124,1,.,.:124:4350:1,.,.:11,.,.:0,-36.5287,-390.751,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:138:132,2,4,.:132:4550:2,4,.:74,148,.:0,-33.678,-402.815,-27.6201,-391.301,-396.155,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,.,.,1:29:973:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-7.9309,.,.,-86.8055 +1 1500125 . T A,C 1.01361e-10 . DPB=111;EPPR=3.08926;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=160.229;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3870;RO=110;RPPR=117.032;SRF=49;SRP=5.85295;SRR=61;DP=257;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=36,37;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=7.35324,5.18177;SAR=2,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:111:110,1,.:110:3870:1,.:11,.:0,-32.3143,-347.552,.,.,. 0/0:16:15,.,1:15:529:.,1:.,37:0,.,.,-1.11648,.,-44.2627 0/0:130:128,2,.:128:4662:2,.:36,.:0,-35.7139,-416.524,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500127 . A G,T 8.12617e-07 . DPB=96;EPPR=3.1027;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=122.758;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3368;RO=94;RPPR=158.34;SRF=42;SRP=5.32038;SRR=52;DP=232;AB=0.125,0;ABP=22.5536,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:96:94,2,.:94:3368:2,.:74,.:0,-21.8689,-296.448,.,.,. 0/1:16:14,2,.:14:518:2,.:74,.:-2.21352,0,-42.1735,.,.,. 0/0:120:119,.,1:119:4241:.,1:.,11:0,.,.,-35.0236,.,-380.946 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500128 . G C,T 1.01361e-10 . DPB=16;EPPR=3.15506;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.4809;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=555;RO=15;RPPR=10.1038;SRF=7;SRP=3.15506;SRR=8;DP=136;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,22;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:16:15,1,.:15:555:1,.:37,.:0,-1.11648,-46.62,.,.,. 0/0:120:118,.,2:118:4292:.,2:.,22:0,.,.,-34.0336,.,-384.554 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500129 . C A,T 0 . DPB=94;EPPR=3.60686;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=119.115;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3305;RO=91;RPPR=167.398;SRF=41;SRP=4.94315;SRR=50;DP=94;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:94:91,1,2:91:3305:1,2:11,74:0,-26.7914,-296.54,-21.1625,-290.783,-290.867 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500130 . T G,C 9.85974e-06 . DPB=86;EPPR=3.94093;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=109.116;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2948;RO=84;RPPR=152.325;SRF=37;SRP=5.59539;SRR=47;DP=125;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,48;RPL=2,1;RPP=7.35324,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:86:84,2,.:84:2948:2,.:74,.:0,-18.8586,-258.641,.,.,. 0/2:14:12,.,2:12:432:.,2:.,74:-2.81558,.,.,0,.,-35.0256 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:25:23,.,2:23:839:.,2:.,48:0,.,.,-2.96575,.,-71.3148 +1 1500135 . C T,A 3.98551e-05 . DPB=6;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5988;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=185;RO=5;RPPR=6.91895;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;DP=93;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:6:5,1,.:5:185:1,.:37,.:-1.89382,0,-15.2138,.,.,. 0/0:87:84,2,1:84:3020:2,1:74,11:0,-19.0552,-265.213,-24.6842,-265.129,-270.886 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500137 . A T,G 0 . DPB=49;EPPR=3.19126;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.0961;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1712;RO=48;RPPR=107.241;SRF=23;SRP=3.19126;SRR=25;DP=164;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:48,1,.:48:1712:1,.:11,.:0,-13.6505,-153.337,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:85:83,.,2:83:3009:.,2:.,74:0,.,.,-18.5575,.,-264.143 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,1,.:29:1009:1,.:11,.:0,-7.9309,-90.0579,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500144 . C T,A,G 684.376 . DPB=8;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.6033;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=100;AB=0,0.0344828,0.0689655;ABP=0,57.5966,49.8093;AF=1,0,0;AO=9,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,3,3;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=333,11,74;RPL=9,1,2;RPP=22.5536,5.18177,7.35324;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=3,1,1;SAP=5.18177,5.18177,3.0103;SAR=6,0,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=14;AC=10,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8,.,.:0:0:8,.,.:284,.,.:-25.915,-2.40824,0,.,.,.,.,.,.,. 0/1:4:2,2,.,.:2:74:2,.,.:74,.,.:-5.82588,0,-5.82588,.,.,.,.,.,.,. 0/1:29:4,22,1,2:4:148:22,1,2:766,11,74:-61.1703,0,-5.54274,-61.695,-11.5136,-73.5127,-56.3139,-6.09261,-67.7545,-67.8325 0/1:6:3,3,.,.:3:99:3,.,.:111,.,.:-8.55382,0,-7.43382,.,.,.,.,.,.,. 0/1:39:8,31,.,.:8:296:31,.,.:1109,.,.:-88.4276,0,-15.2698,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4,.,.:0:0:4,.,.:148,.,.:-13.69,-1.20412,0,.,.,.,.,.,.,. 1/1:10:1,9,.,.:1:11:9,.,.:333,.,.:-29.24,-1.9103,0,.,.,.,.,.,.,. +1 1500146 . C A,T 1.30045e-08 . DPB=29;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.8948;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=984;RO=28;RPPR=63.8115;SRF=14;SRP=3.0103;SRR=14;DP=39;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,24;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:29:28,1,.:28:984:1,.:11,.:0,-7.62987,-87.8114,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:10:9,.,1:9:333:.,1:.,24:0,.,.,-0.6103,.,-27.94 +1 1500154 . T A,C 8.38271e-06 . DPB=4;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.2184;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=111;RO=3;RPPR=9.52472;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;DP=9;AB=0,0.2;ABP=0,6.91895;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,25;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:4:3,1,.:3:111:1,.:11,.:0,-0.10412,-9.26,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:5:4,.,1:4:148:.,1:.,25:-0.99485,.,.,0,.,-12.1849 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500497 . A G,C 113.509 . DPB=1;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.44012;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=21;AB=0.4,0.05;ABP=4.74748,38.1882;AF=0.5,0;AO=8,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=4.09604,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=296,37;RPL=0,0;RPP=20.3821,5.18177;RPR=8,1;RUN=1,1;SAF=3,0;SAP=4.09604,5.18177;SAR=5,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=3,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:1:0,1,.:0:0:1,.:37,.:-3.7,-0.30103,0,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:20:11,8,1:11:395:8,1:296,37:-20.9204,0,-29.8204,-21.2028,-29.1988,-53.1341 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500538 . A G,C 0.0124086 . DPB=8;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.85649;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=210;RO=6;RPPR=16.0391;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;DP=30;AB=0.25,0;ABP=7.35324,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:8:6,2,.:6:210:2,.:74,.:-4.62176,0,-16.8418,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:22:21,.,1:21:777:.,1:.,11:0,.,.,-5.52266,.,-69.2 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1500582 . T C,A 3.38047e-05 . DPB=13;EPPR=19.0002;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.7635;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=383;RO=11;RPPR=4.78696;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;DP=57;AB=0.153846,0;ABP=16.5402,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:13:11,2,.:11:383:2,.:74,.:-3.11661,0,-30.9048,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:44:43,.,1:43:1541:.,1:.,11:0,.,.,-12.1453,.,-137.948 +1 1500595 . A C,T 5.4267e-16 . DPB=58;EPPR=3.04978;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=70.1947;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2011;RO=55;RPPR=113.913;SRF=27;SRP=3.04978;SRR=28;DP=58;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:58:55,1,2:55:2011:1,2:11,74:0,-15.9543,-180.082,-10.3254,-174.325,-174.408 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 1501108 . A G,C 0.026607 . DPB=6;EPPR=11.6962;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09435;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=148;RO=4;RPPR=11.6962;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;DP=11;AB=0.333333,0;ABP=4.45795,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=7.35324,5.18177;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4,2,.:4:148:2,.:74,.:-5.22382,0,-11.8838,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:5:4,.,1:4:136:.,1:.,11:0,.,.,-0.40515,.,-11.48 +1 1501227 . A G,T 29.3607 . DPB=10;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.75938;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=210;RO=6;RPPR=4.45795;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;DP=82;AB=0.263158,0.0212766;ABP=12.2676,96.5684;AF=0.5,0;AO=5,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.44459,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=185,11;RPL=0,1;RPP=13.8677,5.18177;RPR=5,0;RUN=1,1;SAF=2,0;SAP=3.44459,5.18177;SAR=3,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=4,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:6,4,.:6:210:4,.:148,.:-10.6797,0,-16.2397,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:47:40,6,1:40:1404:6,1:184,11:-2.88119,0,-112.748,-14.2615,-113.871,-128.318 0/1:6:4,2,.:4:148:2,.:48,.:-2.75382,0,-11.8838,.,.,. 0/1:19:14,5,.:14:480:5,.:185,.:-11.3004,0,-37.8233,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691461 . A G,T 1.49687e-07 . DPB=11;EPPR=14.8328;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=17.1858;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=333;RO=9;RPPR=22.5536;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;DP=11;AB=0.0909091,0.0909091;ABP=19.0002,19.0002;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:11:9,1,1:9:333:1,1:37,11:-0.4497,0,-27.1937,-2.6,-26.8318,-29.5597 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691485 . T A,C 0.000114415 . DPB=114;EPPR=8.56389;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=164.361;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4043;RO=113;RPPR=99.881;SRF=47;SRP=9.94748;SRR=66;DP=216;AB=0,0.166667;ABP=0,14.5915;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:114:113,1,.:113:4043:1,.:11,.:0,-33.2174,-363.128,.,.,. 0/0:90:89,1,.:89:3183:1,.:11,.:0,-25.9927,-285.728,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:12:10,.,2:10:370:.,2:.,74:-3.41764,.,.,0,.,-30.0576 +1 6691495 . A C,T 3.23224e-15 . DPB=121;EPPR=7.64277;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=174.005;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4304;RO=120;RPPR=51.9408;SRF=52;SRP=7.64277;SRR=68;DP=229;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:121:120,1,.:120:4304:1,.:11,.:0,-35.3246,-386.619,.,.,. 0/0:108:107,.,1:107:3873:.,1:.,11:0,.,.,-31.4112,.,-347.832 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691500 . T C,A 4.09886e-15 . DPB=119;EPPR=7.18621;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=154.211;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4243;RO=117;RPPR=44.0084;SRF=52;SRP=6.14687;SRR=65;DP=240;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:119:117,2,.:117:4243:2,.:74,.:0,-28.7926,-375.203,.,.,. 0/0:121:118,2,1:118:4256:2,1:74,11:0,-29.2903,-376.455,-34.9192,-376.37,-382.127 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691503 . C G,A 1.31126e-13 . DPB=21;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.1405;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=714;RO=20;RPPR=3.44459;SRF=8;SRP=4.74748;SRR=12;DP=150;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1,.:20:714:1,.:37,.:0,-2.62163,-60.917,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:129:128,.,1:128:4674:.,1:.,11:0,.,.,-37.7329,.,-419.925 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691504 . T A,C 0 . DPB=131;EPPR=4.39525;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=168.764;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4675;RO=127;RPPR=3.16418;SRF=58;SRP=5.07918;SRR=69;DP=131;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=0,0;RPP=7.35324,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:131:127,2,2:127:4675:2,2:74,74:0,-32.1729,-414.088,-32.1729,-408.632,-414.088 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691512 . T A,G 6.36607e-15 . DPB=127;EPPR=3.28604;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=182.275;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4564;RO=126;RPPR=42.7172;SRF=56;SRP=6.38815;SRR=70;DP=155;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:127:126,1,.:126:4564:1,.:11,.:0,-37.1308,-410.022,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:28:27,.,1:27:999:.,1:.,11:0,.,.,-7.32884,.,-89.18 +1 6691517 . T A,C 8.12168e-15 . DPB=19;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.4547;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=642;RO=18;RPPR=7.35324;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=12;DP=136;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:18,1,.:18:642:1,.:11,.:0,-4.61957,-57.0367,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:117:115,.,2:115:4131:.,2:.,74:0,.,.,-28.1905,.,-365.119 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691536 . T C,G 0 . DPB=39;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=44.675;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1296;RO=36;RPPR=27.1378;SRF=13;SRP=9.04217;SRR=23;DP=39;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:39:36,2,1:36:1296:2,1:74,11:0,-4.60581,-110.05,-10.2348,-109.97,-115.727 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691695 . A G,T 4.96782e-14 . DPB=105;EPPR=29.3475;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=133.172;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3649;RO=101;RPPR=63.403;SRF=53;SRP=3.54779;SRR=48;DP=127;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:105:101,2,2:101:3649:2,2:74,74:0,-24.3461,-321.741,-24.3461,-316.285,-321.741 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:22:21,1,.:21:765:1,.:37,.:0,-2.92266,-65.5143,.,.,. +1 6691701 . A G,T 0 . DPB=37;EPPR=6.8707;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=52.7548;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1332;RO=36;RPPR=18.4519;SRF=20;SRP=3.9754;SRR=16;DP=155;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,1;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:37:36,1,.:36:1332:1,.:37,.:0,-7.43811,-116.55,.,.,. 0/0:118:115,2,1:115:4181:2,1:74,11:0,-28.3872,-369.708,-34.0161,-369.623,-375.38 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691704 . A G,T 5.69631e-13 . DPB=39;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=44.675;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1260;RO=36;RPPR=32.2045;SRF=18;SRP=3.0103;SRR=18;DP=192;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:39:36,2,1:36:1260:2,1:74,11:0,-4.60581,-106.8,-10.2348,-106.72,-112.478 0/0:126:125,.,1:125:4211:.,1:.,11:0,.,.,-36.8298,.,-378.227 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:27:25,2,.:25:889:2,.:74,.:0,-1.09781,-73.3356,.,.,. +1 6691709 . C T,G 58.2588 . DPB=27;EPPR=3.34437;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.2069;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=962;RO=26;RPPR=43.4331;SRF=14;SRP=3.34437;SRR=12;DP=29;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,1;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,2 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:26,1,.:26:962:1,.:37,.:0,-4.42781,-83.25,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 2/2:2:0,.,2:0:0:.,2:.,74:-7.03,.,.,-0.60206,.,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691713 . A G,T 4.82917e-15 . DPB=74;EPPR=3.13094;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=92.7827;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2652;RO=72;RPPR=30.1537;SRF=38;SRP=3.49285;SRR=34;DP=272;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:74:72,2,.:72:2652:2,.:74,.:0,-15.2462,-232.018,.,.,. 0/0:198:197,.,1:197:7065:.,1:.,11:0,.,.,-58.5039,.,-635.109 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691723 . A T,G 0 . DPB=86;EPPR=3.03585;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=125.826;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2983;RO=85;RPPR=3.03585;SRF=41;SRP=3.24022;SRR=44;DP=116;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:86:85,1,.:85:2983:1,.:11,.:0,-24.7886,-267.721,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,.,1:29:1049:.,1:.,37:0,.,.,-5.3309,.,-91.0717 +1 6691733 . A G,T 1.72677e-14 . DPB=40;EPPR=16.2152;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.9527;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1331;RO=37;RPPR=5.88603;SRF=18;SRP=3.06899;SRR=19;DP=357;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=3,4;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=111,136;RPL=3,1;RPP=9.52472,5.18177;RPR=0,3;RUN=1,1;SAF=1,2;SAP=3.73412,3.0103;SAR=2,2;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:37,3,.:37:1331:3,.:111,.:0,-1.6812,-109.79,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:90:89,.,1:89:3131:.,1:.,11:0,.,.,-25.9927,.,-281.042 0/0:227:223,.,4:223:8013:.,4:.,136:0,.,.,-55.7538,.,-708.949 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691737 . A C,G 0.001248 . DPB=76;EPPR=10.5224;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=95.5016;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2650;RO=74;RPPR=4.88833;SRF=34;SRP=4.06669;SRR=40;DP=265;AB=0,0.2;ABP=0,10.8276;AF=0,0.5;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,1;RPP=7.35324,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:76:74,2,.:74:2650:2,.:74,.:0,-15.8483,-231.828,.,.,. 0/0:179:178,.,1:178:6500:.,1:.,37:0,.,.,-50.1844,.,-581.665 0/2:10:8,.,2:8:296:.,2:.,74:-4.0197,.,.,0,.,-23.9997 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691741 . A T,G 8.52851e-15 . DPB=58;EPPR=6.09608;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=81.4174;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2085;RO=57;RPPR=11.5819;SRF=24;SRP=6.09608;SRR=33;DP=213;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,111;RPL=1,3;RPP=5.18177,9.52472;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.73412;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:58:57,1,.:57:2085:1,.:37,.:0,-13.7597,-184.316,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:155:152,.,3:152:5496:.,3:.,111:0,.,.,-36.2996,.,-484.642 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691744 . A G,T 5.27367e-15 . DPB=47;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=56.2685;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1665;RO=45;RPPR=6.91895;SRF=16;SRP=11.1654;SRR=29;DP=189;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=0,0;RPP=7.35324,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:47:45,2,.:45:1665:2,.:74,.:0,-7.11841,-143.19,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:142:140,.,2:140:5066:.,2:.,74:0,.,.,-35.7163,.,-449.272 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691748 . C A,G 1.31849e-14 . DPB=73;EPPR=6.02623;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=107.969;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2626;RO=72;RPPR=4.9405;SRF=31;SRP=6.02623;SRR=41;DP=239;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:73:72,1,.:72:2626:1,.:11,.:0,-20.8752,-235.605,.,.,. 0/0:129:128,1,.:128:4710:1,.:11,.:0,-37.7329,-423.168,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:37:36,.,1:36:1320:.,1:.,11:0,.,.,-10.0381,.,-118.067 +1 6691752 . T C,G 1.00623e-15 . DPB=30;EPPR=6.67934;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=43.2604;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1061;RO=29;RPPR=19.8579;SRF=11;SRP=6.67934;SRR=18;DP=144;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:29,1,.:29:1061:1,.:37,.:0,-5.3309,-92.1559,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:79:78,.,1:78:2720:.,1:.,11:0,.,.,-22.6814,.,-244.049 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:35:34,.,1:34:1194:.,1:.,11:0,.,.,-9.43605,.,-106.711 +1 6691754 . T C,A 4.32441e-14 . DPB=31;EPPR=3.08518;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.9314;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1049;RO=29;RPPR=42.621;SRF=12;SRP=4.88226;SRR=17;DP=141;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,24;RPL=1,1;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:31:29,2,.:29:1049:2,.:74,.:0,-2.30193,-87.7417,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:110:109,.,1:109:3895:.,1:.,24:0,.,.,-30.7133,.,-348.507 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691760 . T A,C,G 0 . DPB=80;EPPR=13.1908;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=3;ODDS=109.499;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2761;RO=77;RPPR=101.178;SRF=24;SRP=26.7273;SRR=53;DP=80;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=3,3,3;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,37,11;RPL=0,0,1;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=1,1,0;RUN=1,1,1;SAF=1,0,1;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=0,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=2;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:80:77,1,1,1:77:2761:1,1,1:11,37,11:0,-22.5337,-247.659,-20.0637,-244.931,-245.316,-22.5337,-247.274,-244.931,-247.659 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691774 . A G,T 6.65235e-15 . DPB=42;EPPR=10.8276;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.5646;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1480;RO=40;RPPR=4.96463;SRF=17;SRP=4.96463;SRR=23;DP=74;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:42:40,2,.:40:1480:2,.:74,.:0,-5.61326,-126.54,.,.,. 0/0:32:31,.,1:31:1147:.,1:.,37:0,.,.,-5.93296,.,-99.9 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691777 . T C,G 1.14537e-15 . DPB=44;EPPR=8.18047;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=61.4749;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1482;RO=42;RPPR=3.83753;SRF=17;SRP=6.31921;SRR=25;DP=78;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:44:42,1,1:42:1482:1,1:37,11:0,-9.48429,-130.157,-12.0843,-129.775,-132.503 0/0:34:33,1,.:33:1133:1,.:37,.:0,-6.53502,-98.6133,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691825 . G T,A 2.67921e-16 . DPB=28;EPPR=12.7417;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.5436;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=987;RO=27;RPPR=9.52472;SRF=9;SRP=9.52472;SRR=18;DP=94;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:27,1,.:27:987:1,.:11,.:0,-7.32884,-88.0956,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:66:64,.,2:64:2318:.,2:.,74:0,.,.,-12.838,.,-201.952 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691827 . A G,T 0 . DPB=65;EPPR=11.9764;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=79.6651;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2204;RO=62;RPPR=4.27115;SRF=27;SRP=5.25182;SRR=35;DP=65;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:65:62,2,1:62:2204:2,1:74,11:0,-12.4326,-191.768,-18.0616,-191.685,-197.443 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691833 . T G,C 1.92265e-14 . DPB=85;EPPR=15.5221;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.452;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2896;RO=84;RPPR=5.59539;SRF=38;SRP=4.66476;SRR=46;DP=118;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:85:84,1,.:84:2896:1,.:11,.:0,-24.4875,-259.885,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:33:31,.,2:31:1135:.,2:.,74:0,.,.,-2.90399,.,-95.4861 +1 6691841 . T C,G 5.18477e-14 . DPB=29;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.2945;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=935;RO=27;RPPR=12.7417;SRF=12;SRP=3.73412;SRR=15;DP=115;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:27,2,.:27:935:2,.:74,.:0,-1.69987,-77.4663,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:86:85,.,1:85:3021:.,1:.,11:0,.,.,-24.7886,.,-271.145 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691850 . T A,C,G 0 . DPB=88;EPPR=8.75832;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=3;ODDS=120.492;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3045;RO=85;RPPR=6.10145;SRF=38;SRP=5.07959;SRR=47;DP=88;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=3,3,3;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,37,11;RPL=0,0,0;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=1,1,1;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=0,0,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=2;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:88:85,1,1,1:85:3045:1,1,1:11,37,11:0,-24.9419,-273.219,-22.4719,-270.491,-270.876,-24.9419,-272.834,-270.491,-273.219 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691858 . T A,C 2.63707e-15 . DPB=40;EPPR=27.5646;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=62.8224;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1405;RO=39;RPPR=3.51141;SRF=20;SRP=3.06598;SRR=19;DP=138;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:39,1,.:39:1405:1,.:11,.:0,-10.9412,-125.71,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:98:96,.,2:96:3440:.,2:.,74:0,.,.,-22.4709,.,-302.928 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691867 . T G,C 1.47665e-14 . DPB=48;EPPR=36.6912;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=73.7305;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1703;RO=47;RPPR=4.16534;SRF=28;SRP=6.75262;SRR=19;DP=143;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:47,1,.:47:1703:1,.:11,.:0,-13.3494,-152.532,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:95:93,.,2:93:3229:.,2:.,74:0,.,.,-21.5678,.,-283.927 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691870 . T C,G 5.73346e-15 . DPB=55;EPPR=11.1951;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=66.1449;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1824;RO=52;RPPR=3.17734;SRF=34;SRP=13.7006;SRR=18;DP=55;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:52,2,1:52:1824:2,1:74,11:0,-9.42229,-157.563,-15.0513,-157.481,-163.238 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691873 . T C,A 4.96782e-14 . DPB=22;EPPR=3.94093;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.4802;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=739;RO=21;RPPR=48.6112;SRF=9;SRP=3.94093;SRR=12;DP=44;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,25;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:22:21,1,.:21:739:1,.:37,.:0,-2.92266,-63.1619,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:22:21,.,1:21:701:.,1:.,25:0,.,.,-4.12266,.,-60.9238 +1 6691886 . T C,A 0 . DPB=65;EPPR=5.80219;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=83.1923;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2229;RO=63;RPPR=15.4532;SRF=48;SRP=40.5458;SRR=15;DP=117;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:63,2,.:63:2229:2,.:62,.:0,-13.6769,-195.074,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:52:51,.,1:51:1837:.,1:.,11:0,.,.,-14.5536,.,-164.59 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691887 . G A,T 0 . DPB=66;EPPR=5.71629;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=92.3786;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2277;RO=65;RPPR=17.7429;SRF=49;SRP=39.3908;SRR=16;DP=117;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,48;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:66:65,1,.:65:2277:1,.:37,.:0,-16.168,-201.58,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:51:49,.,2:49:1763:.,2:.,48:0,.,.,-10.7925,.,-154.47 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691898 . T G,A 8.34266e-09 . DPB=60;EPPR=5.99147;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=90.1428;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2019;RO=59;RPPR=3.93042;SRF=42;SRP=26.0132;SRR=17;DP=68;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:59,1,.:59:2019:1,.:11,.:0,-16.9618,-180.952,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:8:7,.,1:7:259:.,1:.,11:0,.,.,-1.30824,.,-22.58 +1 6691899 . T A,G 0 . DPB=60;EPPR=9.23028;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=84.1561;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2071;RO=59;RPPR=3.0471;SRF=42;SRP=26.0132;SRR=17;DP=108;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:59,1,.:59:2071:1,.:37,.:0,-14.3618,-183.041,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:48:47,.,1:47:1603:.,1:.,11:0,.,.,-13.3494,.,-143.511 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691916 . T A,C 0 . DPB=65;EPPR=3.872;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=90.1894;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2233;RO=63;RPPR=7.18091;SRF=48;SRP=40.5458;SRR=15;DP=65;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:65:63,1,1:63:2233:1,1:11,37:0,-18.4059,-200.095,-15.8059,-197.367,-197.751 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691918 . T A,C 1.16244e-05 . DPB=68;EPPR=3.53672;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=84.6353;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2404;RO=66;RPPR=9.45891;SRF=49;SRP=36.701;SRR=17;DP=75;AB=0,0.142857;ABP=0,10.7656;AF=0,0.5;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:68:66,2,.:66:2404:2,.:74,.:0,-13.44,-209.694,.,.,. 0/2:7:6,.,1:6:196:.,1:.,37:-1.59279,.,.,0,.,-15.8595 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691929 . C A,T 9.58802e-13 . DPB=54;EPPR=9.02361;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=75.1287;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1864;RO=52;RPPR=3.17734;SRF=37;SRP=23.2217;SRR=15;DP=69;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:52,1,1:52:1864:1,1:11,37:0,-15.0946,-166.889,-12.4946,-164.161,-164.544 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:15:14,1,.:14:492:1,.:11,.:0,-3.41545,-43.5314,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691932 . T A,C 1.38875e-09 . DPB=53;EPPR=3.17734;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=80.5628;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1862;RO=52;RPPR=9.02361;SRF=35;SRP=16.5402;SRR=17;DP=74;AB=0,0.0952381;ABP=0,32.8939;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:52,1,.:52:1862:1,.:11,.:0,-14.8546,-166.838,.,.,. 0/2:21:19,.,2:19:703:.,2:.,74:-0.70837,.,.,0,.,-57.3184 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691943 . C G,T 8.18616e-10 . DPB=15;EPPR=4.51363;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=22.3945;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=481;RO=13;RPPR=16.5402;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;DP=15;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:15:13,1,1:13:481:1,1:11,37:0,-3.35442,-42.43,-0.75442,-39.7021,-40.0714 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691949 . T A,G 3.55673e-14 . DPB=53;EPPR=23.2217;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=80.5628;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1898;RO=52;RPPR=16.5402;SRF=28;SRP=3.67845;SRR=24;DP=71;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:52,1,.:52:1898:1,.:11,.:0,-14.8546,-170.085,.,.,. 0/0:18:17,.,1:17:617:.,1:.,11:0,.,.,-4.31854,.,-54.7929 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6691970 . T A,C 3.32127e-06 . DPB=62;EPPR=13.2981;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=89.659;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2207;RO=61;RPPR=46.6177;SRF=25;SRP=7.31765;SRR=36;DP=70;AB=0,0.125;ABP=0,12.7819;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:62:61,1,.:61:2207:1,.:25,.:0,-16.1639,-196.492,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:8:7,.,1:7:259:.,1:.,37:-1.29176,.,.,0,.,-21.2718 +1 6691974 . A G,T 8.34266e-09 . DPB=51;EPPR=17.0814;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=74.6051;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1788;RO=50;RPPR=53.2147;SRF=16;SRP=17.0814;SRR=34;DP=59;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:50,1,.:50:1788:1,.:25,.:0,-12.8525,-158.778,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:8:7,.,1:7:259:.,1:.,11:0,.,.,-1.30824,.,-22.58 +1 6691996 . A G,C 7.07279e-14 . DPB=138;EPPR=4.92817;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=191.454;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4871;RO=137;RPPR=61.9888;SRF=59;SRP=8.73221;SRR=78;DP=155;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:138:137,1,.:137:4871:1,.:37,.:0,-37.8421,-435.046,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:17:16,.,1:16:554:.,1:.,11:0,.,.,-4.01751,.,-49.1062 +1 6691997 . A G,T,C 1.20094e-14 . DPB=115;EPPR=13.1759;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=158.927;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4069;RO=113;RPPR=61.1404;SRF=42;SRP=19.1714;SRR=71;DP=263;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=37,11,37;RPL=0,0,1;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=1,1,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=0,0,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:115:113,1,1,.:113:4069:1,1,.:37,11,.:0,-30.8574,-362.998,-33.4574,-362.612,-365.34,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:148:147,.,.,1:147:5207:.,.,1:.,.,37:0,.,.,.,.,.,-40.8524,.,.,-465.284 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692000 . A G,C 2.80281e-15 . DPB=130;EPPR=3.1618;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=180.424;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4649;RO=129;RPPR=53.9305;SRF=55;SRP=9.08706;SRR=74;DP=292;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:130:129,1,.:129:4649:1,.:37,.:0,-35.4339,-415.07,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:162:161,.,1:161:5757:.,1:.,37:0,.,.,-45.0669,.,-514.788 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692002 . A T,G 0 . DPB=138;EPPR=3.15295;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=197.441;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4869;RO=137;RPPR=58.1847;SRF=59;SRP=8.73221;SRR=78;DP=303;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,48;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:138:137,1,.:137:4869:1,.:11,.:0,-40.4421,-437.465,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:165:163,.,2:163:5845:.,2:.,48:0,.,.,-45.1099,.,-521.849 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692009 . A C,G 0.000114415 . DPB=150;EPPR=3.14325;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=195.801;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5231;RO=147;RPPR=73.3394;SRF=58;SRP=17.2061;SRR=89;DP=162;AB=0,0.166667;ABP=0,14.5915;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:150:147,1,2:147:5231:1,2:11,74:0,-43.6491,-469.873,-38.0201,-464.116,-464.201 0/2:12:10,.,2:10:370:.,2:.,74:-3.41764,.,.,0,.,-30.0576 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692014 . T A,C 7.12722e-15 . DPB=156;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=215.458;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5636;RO=154;RPPR=53.772;SRF=56;SRP=27.8835;SRR=98;DP=360;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:156:154,1,1:154:5636:1,1:11,37:0,-45.7996,-506.376,-43.1996,-503.648,-504.034 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:204:202,1,1:202:7376:1,1:11,37:0,-60.2491,-662.975,-57.6491,-660.247,-660.634 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692022 . A G,C 0 . DPB=192;EPPR=66.9607;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=265.984;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6525;RO=191;RPPR=15.3911;SRF=75;SRP=22.1215;SRR=116;DP=261;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:192:191,1,.:191:6525:1,.:37,.:0,-54.0978,-583.892,.,.,. 0/0:69:68,.,1:68:2478:.,1:.,11:0,.,.,-19.6711,.,-222.284 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692027 . A G,T 1.04572e-14 . DPB=148;EPPR=53.0434;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=204.72;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5226;RO=146;RPPR=8.95954;SRF=53;SRP=26.8073;SRR=93;DP=439;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:148:146,1,1:146:5226:1,1:37,37:0,-40.9214,-466.998,-40.9214,-464.27,-466.998 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:189:186,3,.:186:6732:3,.:111,.:0,-46.5347,-595.882,.,.,. 0/0:65:63,2,.:63:2281:2,.:74,.:0,-12.5369,-198.622,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:37:36,.,1:36:1270:.,1:.,11:0,.,.,-10.0381,.,-113.553 +1 6692030 . A G,T 1.49774e-14 . DPB=152;EPPR=16.8301;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=210.766;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5473;RO=151;RPPR=49.7329;SRF=54;SRP=29.6001;SRR=97;DP=374;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:152:151,1,.:151:5473:1,.:37,.:0,-42.0566,-489.232,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:183:182,1,.:182:6622:1,.:37,.:0,-51.3885,-592.644,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:39:38,.,1:38:1358:.,1:.,11:0,.,.,-10.6402,.,-121.477 +1 6692031 . T A,G 7.12576e-12 . DPB=152;EPPR=8.2017;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=216.752;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5501;RO=151;RPPR=71.4764;SRF=52;SRP=34.7771;SRR=99;DP=350;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:152:151,1,.:151:5501:1,.:11,.:0,-44.6566,-494.354,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:180:179,1,.:179:6473:1,.:11,.:0,-53.0854,-581.832,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:18:17,.,1:17:629:.,1:.,37:0,.,.,-1.71854,.,-53.28 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692042 . T A,G 9.17641e-15 . DPB=164;EPPR=11.3365;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=233.312;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5857;RO=163;RPPR=94.785;SRF=55;SRP=40.4316;SRR=108;DP=206;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:164:163,1,.:163:5857:1,.:11,.:0,-48.2689,-526.389,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:42:41,.,1:41:1505:.,1:.,11:0,.,.,-11.5433,.,-134.717 +1 6692044 . T A,C,G 1.72529e-14 . 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DPB=122;EPPR=4.46393;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=175.383;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4337;RO=121;RPPR=46.0988;SRF=30;SRP=69.7876;SRR=91;DP=278;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:122:121,1,.:121:4337:1,.:11,.:0,-35.6257,-389.588,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:156:155,.,1:155:5563:.,1:.,37:0,.,.,-43.2607,.,-497.329 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692049 . T A,C,G 1.21598e-14 . DPB=106;EPPR=24.391;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=146.532;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3568;RO=104;RPPR=55.2092;SRF=17;SRP=105.32;SRR=87;DP=142;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,37,11;RPL=1,1,1;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=0,0,1;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=1,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:106:104,1,1,.:104:3568:1,1,.:11,37,.:0,-30.7481,-320.233,-28.1481,-317.505,-317.891,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:36:35,.,.,1:35:1233:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-9.73708,.,.,-110.222 +1 6692051 . T G,C 1.58059e-14 . DPB=101;EPPR=41.3151;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=146.46;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3626;RO=100;RPPR=53.041;SRF=11;SRP=135.123;SRR=89;DP=297;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:101:100,1,.:100:3626:1,.:11,.:0,-29.304,-325.603,.,.,. 0/0:25:24,1,.:24:888:1,.:11,.:0,-6.42575,-79.19,.,.,. 0/0:139:136,.,3:136:4820:.,3:.,111:0,.,.,-31.4832,.,-423.794 0/0:32:30,.,2:30:1072:.,2:.,74:0,.,.,-2.60296,.,-89.8073 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692055 . A G,T 2.88851e-14 . DPB=25;EPPR=10.6577;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.7393;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=839;RO=23;RPPR=7.63648;SRF=7;SRP=10.6577;SRR=16;DP=59;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=48,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:25:23,2,.:23:839:2,.:48,.:0,-2.96575,-71.3148,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:34:33,.,1:33:1183:.,1:.,11:0,.,.,-9.13502,.,-105.728 +1 6692061 . T C,G 2.92314e-14 . DPB=84;EPPR=33.6228;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=116.568;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3008;RO=82;RPPR=49.7234;SRF=6;SRP=132.769;SRR=76;DP=204;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:84:82,1,1:82:3008:1,1:37,37:0,-21.6555,-267.387,-21.6555,-264.659,-267.387 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:120:119,1,.:119:4379:1,.:37,.:0,-32.4236,-390.778,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692077 . A G,T 1.38875e-09 . DPB=52;EPPR=6.45911;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=73.2089;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1825;RO=51;RPPR=5.09662;SRF=9;SRP=49.3776;SRR=42;DP=184;AB=0,0.0952381;ABP=0,32.8939;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:51,1,.:51:1825:1,.:37,.:0,-11.9536,-160.908,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:111:108,1,2:108:3908:1,2:37,74:0,-29.4823,-348.382,-26.4533,-342.625,-345.052 0/2:21:19,.,2:19:665:.,2:.,74:-0.70837,.,.,0,.,-53.8784 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692086 . A T,G 2.30241e-07 . DPB=92;EPPR=11.6246;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=131.083;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3305;RO=91;RPPR=5.89764;SRF=41;SRP=4.94315;SRR=50;DP=109;AB=0,0.117647;ABP=0,24.5973;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=24,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:92:91,1,.:91:3305:1,.:24,.:0,-25.2948,-295.413,.,.,. 0/2:17:15,.,2:15:555:.,2:.,74:-1.91249,.,.,0,.,-45.2025 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692091 . T C,G 3.52629e-15 . DPB=34;EPPR=10.9724;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=51.4436;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1095;RO=33;RPPR=10.9724;SRF=6;SRP=32.0291;SRR=27;DP=124;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:33,1,.:33:1095:1,.:25,.:0,-7.73502,-96.3818,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:90:89,.,1:89:2967:.,1:.,11:0,.,.,-25.9927,.,-266.263 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692128 . A T,G 2.17654e-14 . DPB=23;EPPR=6.56362;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.8088;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=764;RO=22;RPPR=6.56362;SRF=2;SRP=34.9902;SRR=20;DP=53;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:22,1,.:22:764:1,.:11,.:0,-5.82369,-68.0073,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:28,.,2:28:976:.,2:.,74:0,.,.,-2.0009,.,-81.1586 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692139 . T A,C 3.80094e-10 . DPB=29;EPPR=14.1779;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.908;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1036;RO=28;RPPR=14.1779;SRF=4;SRP=34.0313;SRR=24;DP=44;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:29:28,1,.:28:1036:1,.:37,.:0,-5.02987,-89.91,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:15:14,.,1:14:518:.,1:.,37:0,.,.,-0.81545,.,-43.29 +1 6692185 . T C,A 9.85974e-06 . DPB=14;EPPR=9.52472;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9956;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=420;RO=12;RPPR=3.73412;SRF=4;SRP=5.9056;SRR=8;DP=18;AB=0.142857,0;ABP=18.5208,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:12,2,.:12:420:2,.:74,.:-2.81558,0,-33.9356,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:4:3,.,1:3:111:.,1:.,11:0,.,.,-0.10412,.,-9.26 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692197 . A G,T 0 . DPB=57;EPPR=9.68264;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=79.2326;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1813;RO=55;RPPR=14.4204;SRF=22;SRP=7.78754;SRR=33;DP=57;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:57:55,1,1:55:1813:1,1:37,11:0,-13.3977,-159.926,-15.9977,-159.542,-162.27 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692201 . G A,T 2.95372e-15 . DPB=59;EPPR=5.49198;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=77.1335;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2060;RO=56;RPPR=12.937;SRF=20;SRP=12.937;SRR=36;DP=59;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=48,11;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:59:56,2,1:56:2060:2,1:48,11:0,-13.0531,-181.247,-16.212,-181.164,-184.577 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692223 . A T,G 14.7221 . DPB=59;EPPR=6.75422;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=88.7734;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2098;RO=58;RPPR=32.3626;SRF=19;SRP=17.986;SRR=39;DP=65;AB=0,0.5;ABP=0,3.0103;AF=0,0.5;AO=1,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,111;RPL=1,3;RPP=5.18177,9.52472;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.73412;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:59:58,1,.:58:2098:1,.:11,.:0,-16.6608,-188.082,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:6:3,.,3:3:111:.,3:.,111:-8.55382,.,.,0,.,-8.55382 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692505 . T G,C 9.4627e-15 . DPB=30;EPPR=12.0706;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.2472;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=973;RO=29;RPPR=65.983;SRF=20;SRP=12.0706;SRR=9;DP=99;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,1,.:29:973:1,.:11,.:0,-7.9309,-86.8055,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:69:68,.,1:68:2454:.,1:.,37:0,.,.,-17.0711,.,-217.521 +1 6692513 . T C,G 0 . 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DPB=43;EPPR=6.31921;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=66.909;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1482;RO=42;RPPR=16.2459;SRF=26;SRP=8.18047;SRR=16;DP=122;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,74,11;RPL=0,0,1;RPP=5.18177,7.35324,5.18177;RPR=1,2,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,3.0103,5.18177;SAR=0,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:43:42,1,.,.:42:1482:1,.,.:11,.,.:0,-11.8443,-132.633,.,.,.,.,.,.,. 0/0:79:76,.,2,1:76:2650:.,2,1:.,74,11:0,.,.,-16.647,.,-231.902,-22.276,.,-231.818,-237.576 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692525 . A G,C,T 0.000381371 . DPB=130;EPPR=11.2212;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=169.282;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4346;RO=128;RPPR=165.939;SRF=60;SRP=4.09604;SRR=68;DP=508;AB=0.181818,0,0;ABP=12.6832,0,0;AF=0.5,0,0;AO=2,9,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=7.35324,3.25157,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,297,37;RPL=1,0,0;RPP=3.0103,22.5536,5.18177;RPR=1,9,1;RUN=1,1,1;SAF=1,5,1;SAP=3.0103,3.25157,5.18177;SAR=1,4,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=1,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:130:128,2,.,.:128:4346:2,.,.:74,.,.:0,-32.1039,-384.45,.,.,.,.,.,.,. 0/0:130:124,.,5,1:124:4388:.,5,1:.,185,37:0,.,.,-22.1829,.,-378.254,-34.2987,.,-376.73,-391.574 0/0:237:225,3,9,.:225:7997:3,9,.:111,297,.:0,-58.6348,-709.754,-43.741,-686.638,-693.016,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:11:9,2,.,.:9:255:2,.,.:74,.,.:-3.71867,0,-19.922,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692527 . G A,T 0 . DPB=275;EPPR=17.0929;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=368.265;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=9926;RO=272;RPPR=382.411;SRF=126;SRP=6.20364;SRR=146;DP=275;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:275:272,1,2:272:9926:1,2:37,74:0,-78.8512,-890.005,-75.8222,-884.248,-886.675 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692528 . A T,C,G 1.86841e-14 . DPB=135;EPPR=8.9043;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=188.899;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4809;RO=133;RPPR=94.8489;SRF=62;SRP=4.33278;SRR=71;DP=758;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.0103,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,74,74;RPL=0,0,0;RPP=7.35324,7.35324,7.35324;RPR=2,2,2;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=3.0103,3.0103,3.0103;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:135:133,2,.,.:133:4809:2,.,.:22,.,.:0,-38.549,-431.082,.,.,.,.,.,.,. 0/0:163:161,.,2,.:161:5747:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-42.0379,.,-510.557,.,.,.,. 0/0:277:275,.,.,2:275:9887:.,.,2:.,.,74:0,.,.,.,.,.,-76.3553,.,.,-883.16 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:183:181,2,.,.:181:6585:2,.,.:74,.,.:0,-48.0585,-585.984,.,.,.,.,.,.,. +1 6692530 . G T,A 1.23253e-14 . DPB=183;EPPR=7.78277;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=259.542;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=6622;RO=182;RPPR=264.351;SRF=114;SRP=28.2566;SRR=68;DP=466;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:183:182,1,.:182:6622:1,.:11,.:0,-53.9885,-595.244,.,.,. 0/0:283:280,1,2:280:10224:1,2:25,74:0,-82.3794,-917.945,-78.1505,-912.188,-913.535 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692535 . A G,T,C 1.33202e-14 . DPB=138;EPPR=3.59368;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.565;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4760;RO=134;RPPR=53.8292;SRF=59;SRP=7.15878;SRR=75;DP=812;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=37,11,74;RPL=0,0,0;RPP=5.18177,5.18177,7.35324;RPR=1,1,2;RUN=1,1,1;SAF=1,0,1;SAP=5.18177,5.18177,3.0103;SAR=0,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:138:134,4,.,.:134:4760:4,.,.:148,.,.:0,-27.8521,-415.065,.,.,.,.,.,.,. 0/0:200:199,1,.,.:199:7241:1,.,.:37,.,.:0,-56.506,-648.354,.,.,.,.,.,.,. 0/0:289:288,.,1,.:288:10458:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-85.8977,.,-940.483,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:185:183,.,.,2:183:6735:.,.,2:.,.,74:0,.,.,.,.,.,-48.6605,.,.,-599.488 +1 6692537 . T A,C,G 9.90013e-15 . DPB=137;EPPR=5.37918;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=155.414;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4758;RO=132;RPPR=14.1309;SRF=57;SRP=8.34028;SRR=75;DP=610;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,74,11;RPL=1,0,0;RPP=5.18177,7.35324,5.18177;RPR=0,2,1;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,3.0103,5.18177;SAR=0,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:137:132,1,4,.:132:4758:1,4,.:11,148,.:0,-39.099,-427.273,-27.4121,-415.458,-414.941,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:289:288,.,.,1:288:10378:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-85.8977,.,.,-933.28 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:184:182,.,2,.:182:6686:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-48.3595,.,-595.077,.,.,.,. +1 6692540 . A G,T 7.38337e-15 . DPB=288;EPPR=3.49622;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=388.108;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=10332;RO=286;RPPR=8.96287;SRF=130;SRP=8.14287;SRR=156;DP=474;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,48;RPL=0,0;RPP=7.35324,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=7.35324,7.35324;SAR=2,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:288:286,2,.:286:10332:2,.:74,.:0,-79.6666,-923.211,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:186:184,.,2:184:6658:.,2:.,48:0,.,.,-51.4316,.,-595.022 +1 6692541 . G A,T 1.46203e-15 . 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DPB=73;EPPR=8.92153;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=101.982;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2614;RO=72;RPPR=42.0968;SRF=45;SRP=12.7819;SRR=27;DP=671;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:73:72,1,.:72:2614:1,.:37,.:0,-18.2752,-231.923,.,.,. 0/0:135:134,.,1:134:4796:.,1:.,11:0,.,.,-39.539,.,-430.898 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:290:287,2,1:287:10413:2,1:74,11:0,-80.1643,-930.589,-85.7933,-930.503,-936.26 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:173:171,2,.:171:6143:2,.:74,.:0,-45.0482,-546.199,.,.,. +1 6692546 . A T,G 5.75583e-15 . 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DPB=123;EPPR=5.57335;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=176.762;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4372;RO=122;RPPR=173.951;SRF=47;SRP=16.9647;SRR=75;DP=578;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,3,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,9.52472,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,111,37;RPL=1,3,1;RPP=5.18177,9.52472,5.18177;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=1,0,1;SAP=5.18177,9.52472,5.18177;SAR=0,3,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:123:122,1,.,.:122:4372:1,.,.:11,.,.:0,-35.9267,-392.738,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:271:269,.,2,.:269:9725:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-74.5491,.,-868.582,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:184:180,.,3,1:180:6596:.,3,1:.,111,37:0,.,.,-45.0985,.,-583.646,-51.1564,.,-581.521,-590.307 +1 6692553 . T A,C 1.2416e-14 . DPB=231;EPPR=110.022;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=301.9;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=8298;RO=228;RPPR=37.2967;SRF=109;SRP=3.9627;SRR=119;DP=470;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=3,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=85,74;RPL=2,2;RPP=3.73412,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=2,0;SAP=3.73412,7.35324;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:231:228,3,.:228:8298:3,.:85,.:0,-61.6046,-739.251,.,.,. 0/0:239:237,.,2:237:8335:.,2:.,74:0,.,.,-64.9162,.,-743.472 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692556 . T C,A 8.25729e-15 . DPB=227;EPPR=126.244;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=302.635;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=8035;RO=225;RPPR=41.3151;SRF=104;SRP=5.79944;SRR=121;DP=412;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,9.52472;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,85;RPL=1,2;RPP=5.18177,3.73412;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,2;SAP=5.18177,3.73412;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:227:225,2,.:225:8035:2,.:74,.:0,-61.3038,-716.477,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:185:181,1,3:181:6385:1,3:37,85:0,-51.4358,-571.367,-47.8045,-564.922,-567.048 +1 6692557 . T A,C,G 2.72729e-14 . DPB=102;EPPR=5.66432;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=130.04;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3553;RO=99;RPPR=161.484;SRF=37;SRP=16.7191;SRR=62;DP=484;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,7.35324,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,62,37;RPL=1,1,0;RPP=5.18177,3.0103,5.18177;RPR=0,1,1;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,3.0103,5.18177;SAR=0,1,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:102:99,1,2,.:99:3553:1,2,.:11,74,.:0,-29.1997,-318.856,-23.5707,-313.099,-313.183,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:198:197,.,.,1:197:7115:.,.,1:.,.,11:0,.,.,.,.,.,-58.5039,.,.,-639.611 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:184:181,.,2,1:181:6577:.,2,1:.,62,37:0,.,.,-49.5485,.,-586.383,-51.4375,.,-583.956,-588.633 +1 6692562 . A G,T 1.99749e-06 . DPB=161;EPPR=3.35173;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=211.828;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=5733;RO=159;RPPR=216.402;SRF=60;SRP=23.7827;SRR=99;DP=167;AB=0,0.166667;ABP=0,8.80089;AF=0,0.5;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,24;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:161:159,2,.:159:5733:2,.:74,.:0,-41.4358,-509.301,.,.,. 0/2:6:5,.,1:5:185:.,1:.,24:-0.59382,.,.,0,.,-15.2138 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692563 . A T,G 1.00112e-07 . DPB=66;EPPR=3.84548;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=98.3653;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2289;RO=65;RPPR=111.551;SRF=26;SRP=8.65613;SRR=39;DP=573;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=10;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:66:65,1,.:65:2289:1,.:11,.:0,-18.768,-205.262,.,.,. 0/0:208:206,.,2:206:7334:.,2:.,74:0,.,.,-55.5842,.,-653.386 0/0:133:128,4,1:128:4522:4,1:96,37:0,-31.2,-398.427,-35.4769,-396.602,-403.734 0/0:6:5,1,.:5:185:1,.:11,.:0,-0.70618,-15.92,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:160:159,1,.:159:5617:1,.:11,.:0,-47.0648,-504.783,.,.,. +1 6692566 . A T,G 1.5098e-14 . 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DPB=47;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=56.2685;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1591;RO=45;RPPR=84.1269;SRF=19;SRP=5.37479;SRR=26;DP=230;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:47:45,2,.:45:1591:2,.:74,.:0,-7.11841,-136.514,.,.,. 0/0:183:180,1,2:180:6510:1,2:11,74:0,-53.5831,-584.988,-47.9541,-579.231,-579.317 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692572 . T A,C 7.09685e-15 . 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DPB=117;EPPR=7.80251;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=162.507;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4220;RO=116;RPPR=4.88226;SRF=21;SRP=105.519;SRR=95;DP=197;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,25;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:117:116,1,.:116:4220:1,.:37,.:0,-31.5205,-376.464,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:80:77,2,1:77:2823:2,1:62,25:0,-18.1614,-248.565,-21.2503,-247.22,-251.895 +1 6692583 . A T,G 0.0109038 . DPB=2;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.98672;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=37;RO=1;RPPR=5.18177;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;DP=79;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:2:1,1,.:1:37:1,.:11,.:-0.49794,0,-3.09794,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:77:75,.,2:75:2725:.,2:.,74:0,.,.,-16.1493,.,-238.583 +1 6692599 . T G,C 1.37419e-14 . DPB=93;EPPR=71.8365;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=135.452;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3314;RO=92;RPPR=154.069;SRF=15;SRP=93.7401;SRR=77;DP=153;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:93:92,1,.:92:3314:1,.:11,.:0,-26.8958,-297.52,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:60:59,.,1:59:2159:.,1:.,37:0,.,.,-14.3618,.,-190.976 +1 6692611 . T A,C 5.21159e-13 . DPB=73;EPPR=90.9549;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=107.969;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2476;RO=72;RPPR=159.356;SRF=9;SRP=90.9549;SRR=63;DP=152;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:73:72,1,.:72:2476:1,.:11,.:0,-20.8752,-222.084,.,.,. 0/0:20:19,1,.:19:679:1,.:37,.:0,-2.3206,-57.7674,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:59:58,.,1:58:1964:.,1:.,37:0,.,.,-14.0608,.,-173.399 +1 6692923 . T A,C 9.58802e-13 . DPB=15;EPPR=3.63072;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.1459;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=456;RO=14;RPPR=18.5208;SRF=8;SRP=3.63072;SRR=6;DP=43;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:15:14,1,.:14:456:1,.:11,.:0,-3.41545,-40.2657,.,.,. 0/0:28:26,.,2:26:886:.,2:.,74:0,.,.,-1.39884,.,-73.0508 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6692944 . T A,C 58.0811 . DPB=14;EPPR=3.17734;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=27.8286;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=457;RO=13;RPPR=23.2217;SRF=6;SRP=3.17734;SRR=7;DP=18;AB=0,0.75;ABP=0,5.18177;AF=0,0.5;AO=1,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,111;RPL=1,3;RPP=5.18177,9.52472;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.73412;SAR=0,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:14:13,1,.:13:457:1,.:11,.:0,-3.11442,-40.3815,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:4:1,.,3:1:37:.,3:.,111:-9.15588,.,.,0,.,-2.49588 +1 6693114 . T C,G 83.1079 . DPB=23;EPPR=3.55317;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.1363;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=580;RO=16;RPPR=11.6962;SRF=7;SRP=3.55317;SRR=9;DP=39;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=3,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:23:16,7,.:16:580:7,.:259,.:-16.7563,0,-45.6388,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:2:1,.,1:1:37:.,1:.,24:-1.79794,.,.,0,.,-3.09794 ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2,.:0:0:2,.:74,.:-7.03,-0.60206,0,.,.,. 0/0:12:10,1,1:10:370:1,1:11,11:0,-2.32133,-32.5464,-2.32133,-32.1821,-32.5464 +1 6693237 . T C,A 2.30241e-07 . DPB=38;EPPR=3.9754;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.2222;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1284;RO=36;RPPR=22.5536;SRF=19;SRP=3.25157;SRR=17;DP=55;AB=0,0.117647;ABP=0,24.5973;AF=0,0.5;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=1,2;RPP=3.0103,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:38:36,2,.:36:1284:2,.:74,.:0,-4.40914,-108.887,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:17:15,.,2:15:531:.,2:.,74:-1.91249,.,.,0,.,-43.0265 +1 6693247 . T C,G 8.12168e-15 . DPB=48;EPPR=5.37479;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=56.7214;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1641;RO=45;RPPR=33.1696;SRF=23;SRP=3.05855;SRR=22;DP=67;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,1;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:48:45,2,1:45:1641:2,1:74,11:0,-7.31508,-141.106,-12.944,-141.024,-146.782 0/0:19:18,.,1:18:654:.,1:.,11:0,.,.,-4.61957,.,-58.1233 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693256 . T C,G 8.64928e-15 . DPB=68;EPPR=15.0703;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=83.9466;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2355;RO=65;RPPR=35.1147;SRF=32;SRP=3.04371;SRR=33;DP=68;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,25;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:68:65,2,1:65:2355:2,1:74,25:0,-13.429,-205.321,-17.658,-203.975,-209.733 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693279 . G C,T 0 . DPB=44;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=67.1623;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1452;RO=42;RPPR=8.18047;SRF=15;SRP=10.4553;SRR=27;DP=44;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:44:42,1,1:42:1452:1,1:11,11:0,-11.9543,-129.92,-11.9543,-129.538,-129.92 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693344 . T G,A 8.34266e-09 . DPB=8;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.0704;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=247;RO=7;RPPR=5.80219;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;DP=27;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1,.:7:247:1,.:11,.:0,-1.30824,-21.4829,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:19:18,.,1:18:642:.,1:.,11:0,.,.,-4.61957,.,-57.0367 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693366 . T G,C 0.000381371 . DPB=17;EPPR=11.6962;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.7933;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=566;RO=16;RPPR=22.5536;SRF=6;SRP=5.18177;SRR=10;DP=28;AB=0,0.181818;ABP=0,12.6832;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1,.:16:566:1,.:11,.:0,-4.01751,-50.1937,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:11:9,.,2:9:333:.,2:.,74:-3.71867,.,.,0,.,-27.0287 +1 6693449 . T C,G 7.07279e-14 . DPB=82;EPPR=4.74748;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=103.666;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2912;RO=80;RPPR=24.2907;SRF=30;SRP=13.8677;SRR=50;DP=143;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:82:80,2,.:80:2912:2,.:74,.:0,-17.6545,-255.414,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:17:16,.,1:16:592:.,1:.,11:0,.,.,-4.01751,.,-52.55 0/0:44:43,.,1:43:1555:.,1:.,11:0,.,.,-12.1453,.,-139.212 +1 6693451 . T A,C 8.34266e-09 . DPB=8;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.0704;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=259;RO=7;RPPR=10.7656;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;DP=40;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1,.:7:259:1,.:11,.:0,-1.30824,-22.58,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:24:23,.,1:23:825:.,1:.,37:0,.,.,-3.52472,.,-70.9087 0/0:8:7,1,.:7:259:1,.:11,.:0,-1.30824,-22.58,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693454 . C T,A 6.47554e-08 . DPB=18;EPPR=3.55317;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.0212;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=554;RO=16;RPPR=16.582;SRF=8;SRP=3.0103;SRR=8;DP=67;AB=0.111111,0;ABP=26.6552,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:18:16,2,.:16:554:2,.:74,.:-1.61146,0,-44.7877,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:48,.,1:48:1764:.,1:.,11:0,.,.,-13.6505,.,-158.027 +1 6693480 . T C,G,A 5.87661e-15 . DPB=150;EPPR=19.0969;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=195.801;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4923;RO=147;RPPR=226.495;SRF=53;SRP=27.8419;SRR=94;DP=199;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=7.35324,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,11,11;RPL=2,1,1;RPP=7.35324,5.18177,5.18177;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=0,1,1;SAP=7.35324,5.18177,5.18177;SAR=2,0,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=4;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:150:147,2,1,.:147:4923:2,1,.:74,11,.:0,-38.0201,-436.46,-43.6491,-436.375,-442.132,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:49:46,2,.,1:46:1630:2,.,1:74,.,11:0,-7.61611,-140.106,.,.,.,-13.2451,-140.024,.,-145.782 +1 6693516 . T C,G 5.38873e-07 . DPB=10;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=15.9048;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=296;RO=8;RPPR=7.35324;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;DP=10;AB=0.1,0.1;ABP=16.9077,16.9077;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:10:8,1,1:8:296:1,1:37,11:-0.75073,0,-24.1618,-2.6,-23.8028,-26.5307 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693703 . T C,A 9.85974e-06 . DPB=14;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9956;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=432;RO=12;RPPR=29.068;SRF=6;SRP=3.0103;SRR=6;DP=32;AB=0.142857,0;ABP=18.5208,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:14:12,2,.:12:432:2,.:74,.:-2.81558,0,-35.0256,.,.,. 0/0:18:17,.,1:17:605:.,1:.,11:0,.,.,-4.31854,.,-53.7059 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693735 . T G,C 2.30241e-07 . DPB=8;EPPR=5.80219;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.0704;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=259;RO=7;RPPR=3.32051;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;DP=25;AB=0,0.117647;ABP=0,24.5973;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:8:7,1,.:7:259:1,.:11,.:0,-1.30824,-22.58,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:17:15,.,2:15:555:.,2:.,74:-1.91249,.,.,0,.,-45.2025 +1 6693760 . T C,A 0.000381371 . DPB=11;EPPR=3.25157;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.34025;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=321;RO=9;RPPR=9.04217;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;DP=74;AB=0.111111,0.0222222;ABP=62.1226,92.2337;AF=0.5,0;AO=5,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.44459,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=173,25;RPL=0,0;RPP=13.8677,5.18177;RPR=5,1;RUN=1,1;SAF=2,1;SAP=3.44459,5.18177;SAR=3,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=3,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:11:9,2,.:9:321:2,.:74,.:-3.71867,0,-25.9353,.,.,. 0/1:18:16,2,.:16:592:2,.:74,.:-1.61146,0,-48.2315,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:45:39,5,1:39:1303:5,1:173,25:-2.40468,0,-104.107,-12.2119,-103.665,-117.43 +1 6693763 . T C,A 7.76825e-12 . DPB=25;EPPR=3.10471;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=27.0519;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=827;RO=23;RPPR=14.4341;SRF=11;SRP=3.10471;SRR=12;DP=86;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:25:23,2,.:23:827:2,.:74,.:0,-0.49575,-67.7596,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:61:60,.,1:60:2144:.,1:.,11:0,.,.,-17.2628,.,-192.217 +1 6693785 . A G,T 4.54336e-15 . DPB=71;EPPR=4.12706;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=99.237;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2528;RO=70;RPPR=34.7758;SRF=31;SRP=4.99565;SRR=39;DP=163;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:71:70,1,.:70:2528:1,.:37,.:0,-17.6731,-224.181,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:92:90,.,2:90:3128:.,2:.,74:0,.,.,-20.6648,.,-274.838 +1 6693788 . C A,G 2.78045e-15 . DPB=31;EPPR=7.64277;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=50.6007;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1098;RO=30;RPPR=7.64277;SRF=14;SRP=3.29983;SRR=16;DP=125;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:31:30,1,.:30:1098:1,.:11,.:0,-8.23193,-98.086,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:94:93,.,1:93:3405:.,1:.,11:0,.,.,-27.1968,.,-305.716 +1 6693790 . C T,A 0 . DPB=67;EPPR=7.05258;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=83.2789;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2355;RO=65;RPPR=3.04371;SRF=27;SRP=7.05258;SRR=38;DP=159;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,9.52472;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,47;RPL=2,1;RPP=7.35324,3.73412;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.73412;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:67:65,2,.:65:2355:2,.:74,.:0,-13.139,-205.282,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:92:89,.,3:89:3171:.,3:.,47:0,.,.,-23.3081,.,-281.36 +1 6693797 . C A,G 1.72571e-15 . DPB=30;EPPR=4.88226;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.2472;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1073;RO=29;RPPR=19.8579;SRF=14;SRP=3.08518;SRR=15;DP=185;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=4,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=11.6962,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=44,11;RPL=0,0;RPP=11.6962,5.18177;RPR=4,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=11.6962,5.18177;SAR=4,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:30:29,1,.:29:1073:1,.:11,.:0,-7.9309,-95.84,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:64:63,1,.:63:2279:1,.:11,.:0,-18.1659,-204.372,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:91:86,4,1:86:2810:4,1:44,11:0,-23.1327,-249.154,-25.1996,-249.672,-252.117 +1 6693798 . T C,G 3.80842 . DPB=64;EPPR=4.03458;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.33896;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1949;RO=53;RPPR=7.96781;SRF=22;SRP=6.32897;SRR=31;DP=173;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=3,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=9.52472,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=111,11;RPL=3,1;RPP=9.52472,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=9.52472,5.18177;SAR=3,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:64:53,11,.:53:1949:11,.:383,.:-15.5523,0,-156.512,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:19:18,.,1:18:666:.,1:.,11:0,.,.,-4.61957,.,-59.21 0/0:90:86,3,1:86:3068:3,1:111,11:0,-16.6067,-266.179,-25.2646,-266.396,-275.182 +1 6693814 . T A,C 0 . DPB=39;EPPR=12.9286;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=54.667;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1343;RO=37;RPPR=34.0565;SRF=11;SRP=16.2152;SRR=26;DP=39;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:39:37,1,1:37:1343:1,1:11,37:0,-10.5791,-120.003,-7.97914,-117.275,-117.656 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693825 . A T,C 3.6765e-15 . DPB=29;EPPR=4.25114;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.8948;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=884;RO=28;RPPR=7.97367;SRF=12;SRP=4.25114;SRR=16;DP=104;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=22,33;RPL=1,2;RPP=3.0103,3.73412;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=7.35324,9.52472;SAR=2,3;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:29:28,1,.:28:884:1,.:11,.:0,-7.62987,-78.7757,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:75:70,2,3:70:2278:2,3:22,33:0,-19.6942,-203.247,-19.0052,-201.791,-202.259 +1 6693828 . A C,T 0 . DPB=73;EPPR=14.0512;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=106.849;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2427;RO=71;RPPR=14.0512;SRF=18;SRP=40.4758;SRR=53;DP=73;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:73:71,1,1:71:2427:1,1:11,11:0,-20.6842,-217.669,-20.6842,-217.284,-217.669 +1 6693834 . A T,G,C 8.39871e-05 . DPB=10;EPPR=12.7819;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8534;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=284;RO=8;RPPR=20.3821;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;DP=105;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,2,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.0103,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=2,1,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=62,74,25;RPL=2,2,0;RPP=7.35324,7.35324,5.18177;RPR=0,0,1;RUN=1,1,1;SAF=1,1,0;SAP=3.0103,3.0103,5.18177;SAR=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=1,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:10:8,2,.,.:8:284:2,.,.:68,.,.:-3.4497,0,-22.9047,.,.,.,.,.,.,. 0/0:26:24,.,2,.:24:862:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-0.79678,.,-70.9092,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:69:66,2,.,1:66:2254:2,.,1:62,.,25:0,-14.85,-197.33,.,.,.,-17.939,-195.985,.,-200.661 +1 6693840 . T A,C 5.02599e-09 . DPB=10;EPPR=9.04217;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.6199;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=333;RO=9;RPPR=14.8328;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;DP=100;AB=0,0.1;ABP=0,30.8051;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:10:9,1,.:9:333:1,.:11,.:0,-1.9103,-29.24,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:20:18,.,2:18:628:.,2:.,74:-1.0094,.,.,0,.,-50.8483 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:70:69,1,.:69:2517:1,.:25,.:0,-18.5721,-224.395,.,.,. +1 6693842 . T A,C 0.00533479 . DPB=10;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.6199;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=333;RO=9;RPPR=9.04217;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;DP=13;AB=0,0.333333;ABP=0,3.73412;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:10:9,1,.:9:333:1,.:11,.:0,-1.9103,-29.24,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:3:2,.,1:2:74:.,1:.,37:-2.79691,.,.,0,.,-6.12691 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6693844 . T C,A 1.31076e-09 . DPB=19;EPPR=6.20364;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.9212;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=629;RO=17;RPPR=39.9253;SRF=6;SRP=6.20364;SRR=11;DP=77;AB=0.12069,0.0172414;ABP=75.4926,120.42;AF=0.5,0;AO=7,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.80219,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=259,11;RPL=7,1;RPP=18.2106,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=2,1;SAP=5.80219,5.18177;SAR=5,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:19:17,2,.:17:629:2,.:62,.:-0.17043,0,-51.2604,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:58:50,7,1:50:1788:7,1:259,11:-6.37879,0,-144.004,-20.7738,-145.427,-166.33 +1 6693845 . T A,C 1.04873e-14 . DPB=52;EPPR=18.305;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=52.191;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1652;RO=46;RPPR=71.1757;SRF=10;SRP=34.9215;SRR=36;DP=52;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,5;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,13.8677;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,123;RPL=1,5;RPP=5.18177,13.8677;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,13.8677;SAR=1,5;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:52:46,1,5:46:1652:1,5:11,123:0,-13.1811,-147.815,-4.1692,-138.562,-137.74 +1 6693964 . T G,C 58.2588 . DPB=6;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3619;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=185;RO=5;RPPR=6.91895;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;DP=8;AB=0.166667,0;ABP=8.80089,0;AF=0.5,1;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,2 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1,.:5:185:1,.:25,.:-0.69382,0,-15.2138,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 2/2:2:0,.,2:0:0:.,2:.,74:-7.03,.,.,-0.60206,.,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6694133 . A T,C 2.30241e-07 . DPB=8;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.0704;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=247;RO=7;RPPR=18.2106;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;DP=25;AB=0,0.117647;ABP=0,24.5973;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:8:7,1,.:7:247:1,.:11,.:0,-1.30824,-21.4829,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:17:15,.,2:15:529:.,2:.,74:-1.91249,.,.,0,.,-42.8452 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6694141 . T G,A 2.59474e-07 . DPB=17;EPPR=3.55317;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.7933;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=514;RO=16;RPPR=5.18177;SRF=7;SRP=3.55317;SRR=9;DP=27;AB=0,0.1;ABP=0,16.9077;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:17:16,1,.:16:514:1,.:11,.:0,-4.01751,-45.4812,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:10:9,.,1:9:307:.,1:.,37:-0.6897,.,.,0,.,-24.9608 +1 6694158 . T A,C 9.73208 . DPB=6;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=0;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;DP=6;AB=0.333333,0.333333;ABP=4.45795,4.45795;AF=0.5,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:6:2,2,2:2:74:2,2:74,74:-5.45588,0,-5.45588,0,-3.47436e-08,-5.45588 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6694269 . A G,T 0 . DPB=131;EPPR=4.41741;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=146.403;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=4551;RO=125;RPPR=194.534;SRF=60;SRP=3.44459;SRR=65;DP=131;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=4,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=148,74;RPL=2,0;RPP=3.0103,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=2,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:131:125,4,2:125:4551:4,2:148,74:0,-25.5129,-396.264,-31.5708,-391.41,-402.924 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6694275 . A T,G 0 . 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DPB=64;EPPR=11.9764;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=79.2123;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2092;RO=62;RPPR=17.0198;SRF=30;SRP=3.15039;SRR=32;DP=201;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,1;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:64:62,2,.:62:2092:2,.:74,.:0,-12.2359,-181.587,.,.,. 0/0:137:136,.,1:136:4662:.,1:.,11:0,.,.,-40.1411,.,-418.823 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6694297 . G C,A 6.93346e-16 . 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DPB=61;EPPR=3.0471;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.1502;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2095;RO=59;RPPR=91.3782;SRF=27;SRP=3.93042;SRR=32;DP=73;AB=0,0.166667;ABP=0,14.5915;AF=0,0.5;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:61:59,2,.:59:2095:2,.:74,.:0,-11.3328,-181.875,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:12:10,.,2:10:358:.,2:.,74:-3.41764,.,.,0,.,-28.9656 +1 6694562 . G T,A 58.2588 . 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DPB=107;EPPR=5.05886;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=154.72;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3734;RO=106;RPPR=115.189;SRF=42;SRP=12.9253;SRR=64;DP=169;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,111;RPL=0,0;RPP=5.18177,9.52472;RPR=1,3;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.73412;SAR=1,2;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:107:106,1,.:106:3734:1,.:11,.:0,-31.1102,-335.312,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:62:59,.,3:59:2107:.,3:.,111:0,.,.,-8.30386,.,-179.627 +1 6694989 . A G,T 0.0452707 . DPB=7;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=4.56001;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=148;RO=4;RPPR=11.6962;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;DP=7;AB=0.285714,0.142857;ABP=5.80219,10.7656;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:7:4,2,1:4:148:2,1:74,37:-4.85382,0,-11.5138,-3.02897,-9.08691,-14.8438 +1 6694993 . A C,G 2.07359e-05 . DPB=7;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=12.3011;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=185;RO=5;RPPR=13.8677;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;DP=7;AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=24,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:7:5,1,1:5:185:1,1:24,37:-1.58882,-1.3,-16.1438,0,-13.4159,-14.9522 +1 6695066 . A G,C 5.27059e-09 . 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DPB=3;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3362;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=62;RO=2;RPPR=3.0103;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=10;AB=0.333333,0.285714;ABP=3.73412,5.80219;AF=0.5,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:3:2,1,.:2:62:1,.:11,.:-0.19691,0,-4.98691,.,.,. 0/2:7:5,.,2:5:173:.,2:.,74:-4.92279,.,.,0,.,-13.8088 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695157 . A T,G 8.34266e-09 . 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DPB=91;EPPR=7.95924;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=108.91;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3120;RO=86;RPPR=189.757;SRF=36;SRP=7.95924;SRR=50;DP=91;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,3;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,3.73412;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=68,89;RPL=0,2;RPP=7.35324,3.73412;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=2,3;SAP=7.35324,9.52472;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:91:86,2,3:86:3120:2,3:68,89:0,-20.3533,-274.727,-18.8077,-268.224,-272.838 +1 6695161 . A T,C,G 1.96783e-14 . DPB=55;EPPR=3.17115;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=78.6932;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1962;RO=54;RPPR=80.8616;SRF=27;SRP=3.0103;SRR=27;DP=298;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=7.35324,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=3,3,3;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=65,24,31;RPL=2,0,0;RPP=7.35324,5.18177,5.18177;RPR=0,1,1;RUN=1,1,1;SAF=2,1,1;SAP=7.35324,5.18177,5.18177;SAR=0,0,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:55:54,1,.,.:54:1962:1,.,.:31,.,.:0,-13.4566,-173.843,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:149:148,1,.,.:148:5300:1,.,.:11,.,.:0,-43.7535,-476.258,.,.,.,.,.,.,. 0/0:94:90,2,1,1:90:3194:2,1,1:65,24,31:0,-21.8198,-281.663,-25.2537,-280.407,-285.354,-24.6004,-279.777,-283.166,-284.723 +1 6695165 . T A,C 8.77543e-14 . DPB=50;EPPR=16.956;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.097;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1639;RO=45;RPPR=76.4061;SRF=15;SRP=13.8677;SRR=30;DP=313;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:50:45,5,.:45:1639:5,.:181,.:-1.6005,0,-132.823,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:162:160,.,2:160:5782:.,2:.,74:0,.,.,-41.7369,.,-513.711 0/0:101:100,1,.:100:3574:1,.:37,.:0,-26.704,-318.317,.,.,. +1 6695167 . T A,C 1.5153 . DPB=61;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=76.829;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2060;RO=58;RPPR=75.4926;SRF=28;SRP=3.16006;SRR=30;DP=407;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=10;AC=0,2 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:61:58,1,2:58:2060:1,2:11,62:0,-16.8374,-184.52,-12.3485,-179.845,-179.928 0/2:23:21,.,2:21:713:.,2:.,74:-0.10631,.,.,0,.,-57.5858 0/2:50:41,.,9:41:1467:.,9:.,333:-15.2885,.,.,0,.,-117.336 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:166:163,.,3:163:5723:.,3:.,111:0,.,.,-39.611,.,-505.061 0/0:107:105,.,2:105:3673:.,2:.,74:0,.,.,-25.1802,.,-323.89 +1 6695169 . T G,A,C 5.18477e-14 . DPB=29;EPPR=3.09072;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.2945;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=975;RO=27;RPPR=21.1059;SRF=13;SRP=3.09072;SRR=14;DP=436;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=2,1,4;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,37,148;RPL=0,1,0;RPP=7.35324,5.18177,11.6962;RPR=2,0,4;RUN=1,1,1;SAF=1,1,2;SAP=3.0103,5.18177,3.0103;SAR=1,0,2;TYPE=snp,snp,snp;AN=10;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:27,2,.,.:27:975:2,.,.:74,.,.:0,-1.69987,-81.0811,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:66:64,.,2,.:64:2320:.,2,.:.,74,.:0,.,.,-12.838,.,-202.132,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:53:51,.,.,2:51:1875:.,.,2:.,.,74:0,.,.,.,.,.,-8.92459,.,.,-162.088 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:181:177,.,.,4:177:6463:.,.,4:.,.,148:0,.,.,.,.,.,-40.7964,.,.,-568.345 0/0:107:106,.,1,.:106:3824:.,1,.:.,37,.:0,.,.,-28.5102,.,-340.821,.,.,.,. +1 6695171 . T C,G 1.82608e-07 . DPB=56;EPPR=21.1059;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.9845;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1728;RO=48;RPPR=98.736;SRF=15;SRP=17.6677;SRR=33;DP=375;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=5,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.44459,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=185,11;RPL=0,0;RPP=13.8677,5.18177;RPR=5,1;RUN=1,1;SAF=2,1;SAP=3.44459,5.18177;SAR=3,0;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:56:48,8,.:48:1728:8,.:284,.:-9.05732,0,-139.022,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:207:202,5,.:202:7424:5,.:185,.:0,-45.2932,-651.508,.,.,. 0/0:112:111,.,1:111:3995:.,1:.,11:0,.,.,-32.6154,.,-358.81 +1 6695173 . T A,C 5.50272e-14 . DPB=33;EPPR=3.28173;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=50.0871;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1146;RO=32;RPPR=30.1537;SRF=15;SRP=3.28173;SRR=17;DP=412;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:32,1,.:32:1146:1,.:25,.:0,-7.43399,-100.998,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:57:56,.,1:56:2046:.,1:.,37:0,.,.,-13.4587,.,-180.805 ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:209:207,2,.:207:7571:2,.:48,.:0,-58.3553,-677.196,.,.,. 0/0:113:112,1,.:112:4120:1,.:37,.:0,-30.3164,-367.468,.,.,. +1 6695176 . T G,C 0 . DPB=34;EPPR=4.65535;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=54.6672;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1083;RO=33;RPPR=44.1367;SRF=14;SRP=4.65535;SRR=19;DP=91;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,62;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:34:33,1,.:33:1083:1,.:11,.:0,-9.13502,-96.6982,.,.,. 0/0:57:55,.,2:55:2023:.,2:.,62:0,.,.,-11.2687,.,-176.548 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695177 . T A,C 1.38323e-14 . DPB=34;EPPR=3.0761;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=48.6804;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1209;RO=33;RPPR=22.0271;SRF=15;SRP=3.60252;SRR=18;DP=332;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:33,1,.:33:1209:1,.:37,.:0,-6.53502,-105.476,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:83:82,1,.:82:2998:1,.:11,.:0,-23.8855,-269.086,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:215:213,1,1:213:7759:1,1:11,37:0,-63.5604,-697.444,-60.9604,-694.716,-695.103 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695178 . A C,G 0 . DPB=34;EPPR=3.0761;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=54.6672;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1197;RO=33;RPPR=8.34028;SRF=15;SRP=3.60252;SRR=18;DP=366;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=6;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:33,1,.:33:1197:1,.:11,.:0,-9.13502,-106.993,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:215:213,.,2:213:7805:.,2:.,74:0,.,.,-57.6914,.,-695.786 0/0:117:115,.,2:115:4183:.,2:.,74:0,.,.,-28.1905,.,-369.804 +1 6695185 . G T,A 1.75185e-15 . 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DPB=36;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.7265;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=962;RO=26;RPPR=6.01695;SRF=11;SRP=4.34659;SRR=15;DP=601;AB=0.204918,0.0104167,0.00460829;ABP=95.2801,202.876,465.574;AF=0.5,0,0;AO=25,1,1;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=10.0459,5.18177,5.18177;LEN=1,1,1;MEANALT=1,2,2;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=861,11,37;RPL=16,1,1;RPP=7.26639,5.18177,5.18177;RPR=9,0,0;RUN=1,1,1;SAF=10,1,1;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=15,0,0;TYPE=snp,snp,snp;AN=14;AC=7,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:26,10,.,.:26:962:10,.,.:370,.,.:-22.8329,0,-76.1129,.,.,.,.,.,.,. 0/1:24:16,8,.,.:16:592:8,.,.:296,.,.:-19.7853,0,-46.4253,.,.,.,.,.,.,. 0/1:96:68,27,1,.:68:2480:27,1,.:999,11,.:-61.5629,0,-194.853,-81.3532,-202.296,-283.778,.,.,.,. 0/1:36:29,6,.,1:29:1037:6,.,1:222,.,11:-9.66681,0,-83.0333,.,.,.,-17.7448,-84.1587,.,-102.034 0/1:70:56,14,.,.:56:2060:14,.,.:518,.,.:-25.9179,0,-164.696,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:217:188,28,.,1:188:6802:28,.,1:1036,.,37:-28.2175,0,-547.149,.,.,.,-81.7822,-552.549,.,-637.06 0/1:122:97,25,.,.:97:3475:25,.,.:861,.,.:-41.1087,0,-276.383,.,.,.,.,.,.,. +1 6695199 . T C,A 5.77843e-15 . DPB=37;EPPR=3.07234;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42.8899;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1269;RO=35;RPPR=30.3709;SRF=16;SRP=3.56868;SRR=19;DP=461;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,74;RPL=1,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=8;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:35,2,.:35:1269:2,.:74,.:0,-4.10811,-107.543,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:86:85,1,.:85:3145:1,.:37,.:0,-22.1886,-279.72,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:211:210,.,1:210:7696:.,1:.,11:0,.,.,-62.4173,.,-691.906 0/0:127:124,1,2:124:4526:1,2:37,74:0,-34.2987,-404.005,-31.2698,-398.248,-400.675 +1 6695219 . T C,A 1.53692e-14 . DPB=59;EPPR=73.4498;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=73.8312;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2109;RO=57;RPPR=126.784;SRF=7;SRP=73.4498;SRR=50;DP=102;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=7.35324,5.18177;SAR=2,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:59:57,2,.:57:2109:2,.:74,.:0,-10.7308,-183.15,.,.,. 0/0:43:42,.,1:42:1518:.,1:.,37:0,.,.,-9.24429,.,-133.281 +1 6695295 . A C,G 2.10914e-12 . DPB=26;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.3582;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=876;RO=24;RPPR=6.26751;SRF=13;SRP=3.37221;SRR=11;DP=116;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:26:24,2,.:24:876:2,.:74,.:0,-0.79678,-72.175,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:90:89,.,1:89:3179:.,1:.,37:0,.,.,-23.3927,.,-282.767 +1 6695297 . T G,A,C 1.15345e-14 . DPB=20;EPPR=5.8675;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.7897;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=653;RO=19;RPPR=4.03889;SRF=11;SRP=4.03889;SRR=8;DP=176;AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AF=0,0,0;AO=1,1,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=1,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=11,11,48;RPL=0,1,2;RPP=5.18177,5.18177,7.35324;RPR=1,0,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=5.18177,5.18177,3.0103;SAR=0,0,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=6;AC=0,0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:19,1,.,.:19:653:1,.,.:11,.,.:0,-4.9206,-58.0137,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:66:65,.,1,.:65:2381:.,1,.:.,11,.:0,.,.,-18.768,.,-213.556,.,.,.,. 0/0:90:88,.,.,2:88:3194:.,.,2:.,.,48:0,.,.,.,.,.,-22.5327,.,.,-283.263 +1 6695307 . T A,C 1.49624e-14 . DPB=21;EPPR=9.95901;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.9036;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=716;RO=20;RPPR=9.95901;SRF=12;SRP=4.74748;SRR=8;DP=90;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,74;RPL=0,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1,.:20:716:1,.:25,.:0,-3.82163,-62.298,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:69:67,.,2:67:2467:.,2:.,74:0,.,.,-13.7411,.,-215.368 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695309 . T A,C 4.11728e-08 . DPB=19;EPPR=7.89611;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=18.474;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=516;RO=16;RPPR=11.6962;SRF=9;SRP=3.55317;SRR=7;DP=19;AB=0.0526316,0.105263;ABP=36.0395,28.7251;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,2;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:19:16,1,2:16:516:1,2:11,74:-1.41479,-5.62897,-46.9092,0,-41.1471,-41.2215 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695323 . A G,T 7.3756e-15 . DPB=41;EPPR=7.52028;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=48.2271;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1443;RO=39;RPPR=32.4644;SRF=16;SRP=5.73856;SRR=23;DP=105;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,0;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:41:39,2,.:39:1443:2,.:74,.:0,-5.31223,-123.21,.,.,. 0/0:64:63,.,1:63:2295:.,1:.,11:0,.,.,-18.1659,.,-205.814 +1 6695325 . A G,T 5.91427e-15 . DPB=25;EPPR=3.37221;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.5113;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=836;RO=24;RPPR=3.37221;SRF=14;SRP=4.45795;SRR=10;DP=86;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,25;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:24,1,.:24:836:1,.:37,.:0,-3.82575,-71.8883,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:61:60,.,1:60:2122:.,1:.,25:0,.,.,-15.8628,.,-188.834 +1 6695326 . A T,G 2.63707e-15 . DPB=40;EPPR=3.51141;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=62.8224;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1357;RO=39;RPPR=5.73856;SRF=20;SRP=3.06598;SRR=19;DP=97;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:40:39,1,.:39:1357:1,.:11,.:0,-10.9412,-121.378,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:57:56,.,1:56:1996:.,1:.,37:0,.,.,-13.4587,.,-176.296 +1 6695379 . A T,G 3.38047e-05 . DPB=33;EPPR=12.7819;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=53.3107;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1096;RO=32;RPPR=16.3106;SRF=23;SRP=16.3106;SRR=9;DP=46;AB=0,0.153846;ABP=0,16.5402;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=0,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:32,1,.:32:1096:1,.:11,.:0,-8.83399,-97.8825,.,.,. 0/2:13:11,.,2:11:383:.,2:.,74:-3.11661,.,.,0,.,-30.9048 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695380 . C T,A,G 1.32491e-11 . 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DPB=87;EPPR=45.3805;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=107.083;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2982;RO=82;RPPR=15.8273;SRF=39;SRP=3.434;SRR=43;DP=98;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:87:82,2,3:82:2982:2,3:74,59:0,-18.5572,-261.812,-20.3815,-258.013,-263.168 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:11:10,.,1:10:370:.,1:.,11:0,.,.,-2.21133,.,-32.57 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695421 . C T,A 9.58802e-13 . 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DPB=108;EPPR=10.476;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=138.641;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=3785;RO=105;RPPR=6.50534;SRF=39;SRP=18.0865;SRR=66;DP=108;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:108:105,2,1:105:3785:2,1:74,37:0,-25.5502,-333.981,-28.5792,-331.554,-337.311 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695456 . A G,T 9.77912e-15 . DPB=51;EPPR=28.0257;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=71.842;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1762;RO=50;RPPR=14.1282;SRF=10;SRP=42.0968;SRR=40;DP=91;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:50,1,.:50:1762:1,.:37,.:0,-11.6525,-155.232,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:40:39,.,1:39:1393:.,1:.,11:0,.,.,-10.9412,.,-124.627 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695470 . T G,A 0 . DPB=74;EPPR=3.04005;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=109.341;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2653;RO=73;RPPR=5.41974;SRF=21;SRP=31.5964;SRR=52;DP=109;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,24;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:74:73,1,.:73:2653:1,.:11,.:0,-21.1762,-238.033,.,.,. 0/0:35:34,.,1:34:1196:.,1:.,24:0,.,.,-8.13605,.,-105.592 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695489 . T C,A 5.05729e-13 . 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DPB=17;EPPR=22.5536;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.5697;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=554;RO=16;RPPR=37.7539;SRF=2;SRP=22.5536;SRR=14;DP=25;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=25,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1,.:16:554:1,.:25,.:0,-2.61751,-47.7062,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:8:7,.,1:7:247:.,1:.,11:0,.,.,-1.30824,.,-21.4829 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6695586 . T C,G 3.38047e-05 . 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DPB=11;EPPR=14.8328;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.34025;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=333;RO=9;RPPR=5.18177;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;DP=30;AB=0.181818,0;ABP=12.6832,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2,.:9:333:2,.:74,.:-3.71867,0,-27.0287,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:19:18,.,1:18:616:.,1:.,11:0,.,.,-4.61957,.,-54.6822 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6696399 . A G,T 0.000381371 . 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DPB=13;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=19.776;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=321;RO=11;RPPR=12.6832;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;DP=13;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:13:11,1,1:11:321:1,1:37,11:0,-0.15236,-25.5967,-2.75236,-25.2239,-27.9583 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6696792 . T A,C 8.18608e-10 . DPB=15;EPPR=16.5402;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=22.3945;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=481;RO=13;RPPR=4.51363;SRF=10;SRP=11.1951;SRR=3;DP=15;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:15:13,1,1:13:481:1,1:11,37:0,-3.35442,-42.43,-0.75442,-39.7021,-40.0714 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6696833 . T C,G 7.13555e-08 . 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DPB=46;EPPR=13.1438;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=53.095;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1530;RO=42;RPPR=4.87156;SRF=16;SRP=8.18047;SRR=26;DP=46;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,1;RPP=7.35324,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:46:42,2,2:42:1530:2,2:74,74:0,-6.58532,-131.035,-6.58532,-125.578,-131.035 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 6697680 . T G,A 0.0109038 . DPB=2;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.98672;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=37;RO=1;RPPR=5.18177;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;DP=13;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:2:1,1,.:1:37:1,.:11,.:-0.49794,0,-3.09794,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:11:10,.,1:10:370:.,1:.,11:0,.,.,-2.21133,.,-32.57 +1 6697881 . T A,C 4.10551 . DPB=2;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=37;RO=1;RPPR=5.18177;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;DP=3;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,1;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,2 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:2:1,1,.:1:37:1,.:37,.:-3.09794,0,-3.09794,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 2/2:1:0,.,1:0:0:.,1:.,11:-1.1,.,.,-0.30103,.,0 +1 6697955 . T C,G 93.4101 . DPB=6;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=10.9475;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=37;RO=1;RPPR=5.18177;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;DP=9;AB=0,0.166667;ABP=0,8.80089;AF=1,0;AO=3,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.73412,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=99,11;RPL=3,1;RPP=9.52472,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.73412,5.18177;SAR=2,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=3,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:6:1,4,1:1:37:4,1:148,11:-12.0228,0,-1.95485,-11.6869,-2.6,-14.4148 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3,.:0:0:3,.:99,.:-9.24,-0.90309,0,.,.,. +1 6698102 . T A,C 1.08483e-06 . DPB=4;EPPR=9.52472;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.2184;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=111;RO=3;RPPR=3.73412;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;DP=41;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:4:3,1,.:3:111:1,.:11,.:0,-0.10412,-9.26,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:37:35,.,2:35:1259:.,2:.,74:0,.,.,-4.10811,.,-106.64 +1 6698135 . G A,T 5.36294e-11 . 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DPB=12;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.2101;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=381;RO=11;RPPR=12.6832;SRF=7;SRP=4.78696;SRR=4;DP=47;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:12:11,1,.:11:381:1,.:11,.:0,-2.51236,-33.5364,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:35:33,.,2:33:1107:.,2:.,74:0,.,.,-3.50605,.,-92.9355 +1 11097738 . G A,T 8.18616e-10 . 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DPB=17;EPPR=3.15506;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=25.0335;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=555;RO=15;RPPR=14.7363;SRF=8;SRP=3.15506;SRR=7;DP=17;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:17:15,1,1:15:555:1,1:11,37:0,-3.95648,-49.09,-1.35648,-46.3621,-46.7337 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11100619 . C A,T 27.976 . DPB=2;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.98672;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=37;RO=1;RPPR=5.18177;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;DP=3;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,1;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,2 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:2:1,1,.:1:37:1,.:11,.:-0.49794,0,-3.09794,.,.,. 2/2:1:0,.,1:0:0:.,1:.,37:-3.7,.,.,-0.30103,.,0 +1 11107361 . T A,C 0 . 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DPB=76;EPPR=4.9405;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=93.5656;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=2588;RO=72;RPPR=159.356;SRF=32;SRP=4.9405;SRR=40;DP=76;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,74;RPL=0,0;RPP=7.35324,7.35324;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:76:72,2,2:72:2588:2,2:62,74:0,-16.7262,-227.36,-15.5862,-221.904,-226.278 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11171255 . T C,G 1.80837e-06 . 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DPB=18;EPPR=3.55317;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=26.3592;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=566;RO=16;RPPR=7.89611;SRF=12;SRP=11.6962;SRR=4;DP=18;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:18:16,1,1:16:566:1,1:37,11:0,-1.65751,-47.7094,-4.25751,-47.3358,-50.0647 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11273970 . G A,C 2.64891e-14 . 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DPB=11;EPPR=3.25157;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.34025;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=321;RO=9;RPPR=3.25157;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;DP=39;AB=0.181818,0;ABP=12.6832,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=7.35324,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=1,1;RPP=3.0103,5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2,.:9:321:2,.:74,.:-3.71867,0,-25.9353,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:28:27,.,1:27:963:.,1:.,11:0,.,.,-7.32884,.,-85.9267 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11274010 . T A,C 9.85974e-06 . 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DPB=9;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.99147;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=259;RO=7;RPPR=5.80219;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;DP=25;AB=0.222222,0;ABP=9.04217,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,37;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:9:7,2,.:7:259:2,.:74,.:-4.32073,0,-20.9707,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:16:15,.,1:15:531:.,1:.,37:0,.,.,-1.11648,.,-44.444 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11283766 . A G,T 1.94606e-08 . 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DPB=15;EPPR=4.51363;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.2388;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=469;RO=13;RPPR=3.17734;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;DP=20;AB=0.133333,0;ABP=20.5268,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:15:13,2,.:13:469:2,.:74,.:-2.51455,0,-38.0553,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:5:4,.,1:4:148:.,1:.,11:0,.,.,-0.40515,.,-12.59 +1 11286440 . T C,A 0.335717 . DPB=20;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.5772;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=666;RO=18;RPPR=3.49285;SRF=9;SRP=3.0103;SRR=9;DP=25;AB=0.1,0.4;ABP=30.8051,3.44459;AF=0.5,0.5;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:20:18,2,.:18:666:2,.:74,.:-1.0094,0,-54.2894,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:5:3,.,2:3:111:.,2:.,74:-5.52485,.,.,0,.,-8.85485 +1 11287522 . G A,T 30.295 . 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DPB=6;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.70806;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=136;RO=4;RPPR=11.6962;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;DP=19;AB=0.333333,0;ABP=4.45795,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=0,1;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,0;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4,2,.:4:136:2,.:74,.:-5.22382,0,-10.7738,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:13:12,.,1:12:418:.,1:.,11:0,.,.,-2.81339,.,-36.8683 +1 11296000 . A C,G 7.27476e-05 . 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DPB=17;EPPR=4.31318;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7527;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=529;RO=15;RPPR=20.5268;SRF=7;SRP=3.15506;SRR=8;DP=72;AB=0.117647,0;ABP=24.5973,0;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,11;RPL=2,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:17:15,2,.:15:529:2,.:74,.:-1.91249,0,-42.8452,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:55:54,.,1:54:1922:.,1:.,11:0,.,.,-15.4566,.,-172.236 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11297903 . A G,C 1.94606e-08 . 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DPB=3;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9612;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=7;AB=0.333333,0.5;ABP=3.73412,3.0103;AF=0.5,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=0,0;RPP=5.18177,7.35324;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:3:2,1,.:2:74:1,.:11,.:-0.19691,0,-6.12691,.,.,. 0/2:4:2,.,2:2:74:.,2:.,74:-5.82588,.,.,0,.,-5.82588 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11370575 . A G,T 27.976 . 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DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=7.07424;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=4;AB=0.25,0.25;ABP=5.18177,5.18177;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:4:2,1,1:2:74:1,1:11,37:-2.55691,-2.6,-8.35691,0,-5.62897,-5.93024 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11669343 . A G,C 0.001248 . 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DPB=18;EPPR=3.15506;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=19.7844;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=479;RO=15;RPPR=35.5824;SRF=7;SRP=3.15506;SRR=8;DP=18;AB=0.111111,0.0555556;ABP=26.6552,33.8935;AF=0.5,0;AO=2,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=62,11;RPL=0,0;RPP=7.35324,5.18177;RPR=2,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,5.18177;SAR=1,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:18:15,2,1:15:479:2,1:62,11:-0.595824,0,-38.1887,-4.48897,-38.1149,-42.7907 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11669483 . T A,C 3.38117e-14 . 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DPB=27;EPPR=28.1125;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=38.7103;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=925;RO=25;RPPR=28.1125;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;DP=27;AB=0,0;ABP=0,0;AF=0,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=0,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:27:25,1,1:25:925:1,1:37,37:0,-4.49678,-79.92,-4.49678,-77.1921,-79.92 +1 11675868 . A T,G 58.2588 . 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DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=74;RO=2;RPPR=7.35324;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;DP=8;AB=0.5,0.5;ABP=3.0103,3.0103;AF=0.5,0.5;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:4:2,2,.:2:74:2,.:74,.:-5.82588,0,-5.82588,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:4:2,.,2:2:74:.,2:.,74:-5.82588,.,.,0,.,-5.82588 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11780997 . G C,T 0.0109038 . DPB=2;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.98672;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=37;RO=1;RPPR=5.18177;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;DP=9;AB=0.5,0;ABP=3.0103,0;AF=0.5,0;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=1,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:2:1,1,.:1:37:1,.:11,.:-0.49794,0,-3.09794,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:7:6,.,1:6:196:.,1:.,11:0,.,.,-1.00721,.,-16.8667 +1 11793453 . T G,C 3.33842 . 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DPB=2;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4146;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=29;AB=0.2,0.5,0.181818;ABP=10.8276,3.0103,12.6832;AF=0,0.5,0.5;AO=2,3,2;CIGAR=1X,1X,1X;DPRA=0,0,0;EPP=3.0103,3.73412,3.0103;LEN=1,1,1;MEANALT=2,1,1;MQM=255,255,255;PAIRED=1,1,1;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;QA=74,111,74;RPL=2,3,2;RPP=7.35324,9.52472,7.35324;RPR=0,0,0;RUN=1,1,1;SAF=1,1,1;SAP=3.0103,3.73412,3.0103;SAR=1,2,1;TYPE=snp,snp,snp;AN=8;AC=2,2,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2,.,.:0:0:2,.,.:74,.,.:-7.03,-0.60206,0,.,.,.,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:10:6,2,2,.:6:184:2,2,.:74,74,.:-4.25176,0,-14.1043,0,-8.63255,-14.1043,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:6:3,.,3,.:3:111:.,3,.:.,111,.:-8.55382,.,.,0,.,-8.55382,.,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/3:11:9,.,.,2:9:333:.,.,2:.,.,74:-3.71867,.,.,.,.,.,0,.,.,-27.0287 ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11793455 . T A,G 28.0408 . 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DPB=10;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=2;ODDS=6.70845;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=210;RO=6;RPPR=16.0391;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;DP=17;AB=0.285714,0.2;ABP=5.80219,10.8276;AF=0.5,0;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.0103;LEN=1,1;MEANALT=1,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=74,74;RPL=2,2;RPP=7.35324,7.35324;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=3.0103,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=2,0 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:10:6,2,2:6:210:2,2:74,74:-4.25176,0,-16.4768,0,-11.0159,-16.4768 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:7:5,2,.:5:185:2,.:74,.:-4.92279,0,-14.9128,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11807534 . A C,T 2.98913e-05 . 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DPB=6;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.5855;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=173;RO=5;RPPR=6.91895;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;DP=8;AB=0,0.5;ABP=0,3.0103;AF=0,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,37;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:6:5,1,.:5:173:1,.:11,.:0,-0.70618,-14.816,.,.,. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/2:2:1,.,1:1:11:.,1:.,37:-3.09794,.,.,0,.,-0.49794 +1 11814604 . T C,A 0.00399234 . 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DPB=2;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.8875;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=2;AB=0.5,0.5;ABP=3.0103,3.0103;AF=0.5,0.5;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=37,11;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=2;AC=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/2:2:0,1,1:0:0:1,1:37,11:-3.95794,-0.79897,-0.49794,-3.39897,0,-3.09794 ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. +1 11816958 . T A,C 0.001248 . DPB=7;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=255;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.8177;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=210;RO=6;RPPR=3.0103;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;DP=17;AB=0,0.2;ABP=0,10.8276;AF=0,0.5;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;LEN=1,1;MEANALT=1,1;MQM=255,255;PAIRED=1,1;PAO=0,0;PQA=0,0;QA=11,74;RPL=1,1;RPP=5.18177,3.0103;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=1,1;TYPE=snp,snp;AN=4;AC=0,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:7:6,1,.:6:210:1,.:11,.:0,-1.00721,-18.15,.,.,. 0/2:10:8,.,2:8:260:.,2:.,74:-4.0197,.,.,0,.,-20.7147 diff --git a/t/run_tests.t b/t/run_tests.t index 028addd..71a7f69 100644 --- a/t/run_tests.t +++ b/t/run_tests.t @@ -1004,6 +1004,76 @@ testaf4(#Test description 0); +TEST12: + +#Describe the test +$test_num++; +$sub_test_num = 1; +$reqnum = '23'; + +$inf1 = 'inputs/mixed_dots.vcf'; + +$tdir = "$outd/TEST$test_num"; +$rvcf = ".vsc"; +$vcf = ".vsc.vcf"; +$outf1 = "$tdir/" . basename($inf1) . $rvcf; +$outf2 = "$tdir/" . basename($inf1) . $vcf; + +$expf1 = "expected/test$test_num$rvcf"; +$expf2 = "expected/test$test_num$vcf"; + + +testaf4(#Test description + $test_num, + $sub_test_num, + $reqnum, + "bcftools merge fix relating to single dots for multiple ALT values", + + $in_script, + $outd, + + #Input files (to make sure they pre-exist) + [$inf1], + #Supply the first input file on standard in + 0, + + #Output files (they will be deleted if they pre-exist) + [$outf1,$outf2], + #Don't delete these pre-existing outfiles before test (e.g. if you want + #to test overwrite protection & created them on purpose) + [], + + #Options to supply to the test script on command line in 1 string + "--outdir '$tdir' -u $rvcf -o $vcf --noheader -s '147_93B 149_93D' " . + "-d '2' -s '151_93F 153_93H' -d '1' --nogenotype --filter --grow $inf1", + + #Names of files expected to NOT be created. Supply undef if not testing. + [], + + #Exact expected stdout & stderr files. Supply undef if no test. + undef,undef, + #Exact expected output files. Must be the same size as the output files + #array above. Supply undef if not testing. + [$expf1,$expf2], + + #Patterns expected in string output for stdout & stderr. Supply undef + #if not testing. + undef,undef, + #Patterns expected in string output for o1, o2, ... Supply undef if not + #testing. + [undef,undef], + + #Patterns not expected in string output for stdout & stderr. Supply + #undef if not testing. + undef,'(ERROR|WARNING)\d+:', + #Patterns not expected in string output for o1, o1, ... Supply undef if + #not testing. + [undef,undef], + + #Exit code (0 = success, 1 = error: means any non-0 value is expected) + 0); + +