-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 18
/
Copy pathblast.mf
70 lines (46 loc) · 4.98 KB
/
blast.mf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
small.fasta.0 small.fasta.1 small.fasta.2 small.fasta.3 small.fasta.4 small.fasta.5 small.fasta.6 small.fasta.7 small.fasta.8 small.fasta.9 small.fasta.10 small.fasta.11 small.fasta.12 small.fasta.13 small.fasta.14 small.fasta.15 small.fasta.16 small.fasta.17 small.fasta.18 small.fasta.19 : small.fasta split_fasta
LOCAL ./split_fasta 10 small.fasta
small.fasta.0.out small.fasta.0.err : blastall small.fasta.0 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.0 -o small.fasta.0.out 2> small.fasta.0.err
small.fasta.1.out small.fasta.1.err : blastall small.fasta.1 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.1 -o small.fasta.1.out 2> small.fasta.1.err
small.fasta.2.out small.fasta.2.err : blastall small.fasta.2 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.2 -o small.fasta.2.out 2> small.fasta.2.err
small.fasta.3.out small.fasta.3.err : blastall small.fasta.3 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.3 -o small.fasta.3.out 2> small.fasta.3.err
small.fasta.4.out small.fasta.4.err : blastall small.fasta.4 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.4 -o small.fasta.4.out 2> small.fasta.4.err
small.fasta.5.out small.fasta.5.err : blastall small.fasta.5 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.5 -o small.fasta.5.out 2> small.fasta.5.err
small.fasta.6.out small.fasta.6.err : blastall small.fasta.6 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.6 -o small.fasta.6.out 2> small.fasta.6.err
small.fasta.7.out small.fasta.7.err : blastall small.fasta.7 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.7 -o small.fasta.7.out 2> small.fasta.7.err
small.fasta.8.out small.fasta.8.err : blastall small.fasta.8 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.8 -o small.fasta.8.out 2> small.fasta.8.err
small.fasta.9.out small.fasta.9.err : blastall small.fasta.9 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.9 -o small.fasta.9.out 2> small.fasta.9.err
small.fasta.10.out small.fasta.10.err : blastall small.fasta.10 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.10 -o small.fasta.10.out 2> small.fasta.10.err
small.fasta.11.out small.fasta.11.err : blastall small.fasta.11 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.11 -o small.fasta.11.out 2> small.fasta.11.err
small.fasta.12.out small.fasta.12.err : blastall small.fasta.12 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.12 -o small.fasta.12.out 2> small.fasta.12.err
small.fasta.13.out small.fasta.13.err : blastall small.fasta.13 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.13 -o small.fasta.13.out 2> small.fasta.13.err
small.fasta.14.out small.fasta.14.err : blastall small.fasta.14 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.14 -o small.fasta.14.out 2> small.fasta.14.err
small.fasta.15.out small.fasta.15.err : blastall small.fasta.15 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.15 -o small.fasta.15.out 2> small.fasta.15.err
small.fasta.16.out small.fasta.16.err : blastall small.fasta.16 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.16 -o small.fasta.16.out 2> small.fasta.16.err
small.fasta.17.out small.fasta.17.err : blastall small.fasta.17 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.17 -o small.fasta.17.out 2> small.fasta.17.err
small.fasta.18.out small.fasta.18.err : blastall small.fasta.18 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.18 -o small.fasta.18.out 2> small.fasta.18.err
small.fasta.19.out small.fasta.19.err : blastall small.fasta.19 nt
./blastall -p blastn -d nt/nt -i small.fasta.19 -o small.fasta.19.out 2> small.fasta.19.err
output.fasta : cat_blast small.fasta.0.out small.fasta.1.out small.fasta.2.out small.fasta.3.out small.fasta.4.out small.fasta.5.out small.fasta.6.out small.fasta.7.out small.fasta.8.out small.fasta.9.out small.fasta.10.out small.fasta.11.out small.fasta.12.out small.fasta.13.out small.fasta.14.out small.fasta.15.out small.fasta.16.out small.fasta.17.out small.fasta.18.out small.fasta.19.out
LOCAL ./cat_blast output.fasta small.fasta.0.out small.fasta.1.out small.fasta.2.out small.fasta.3.out small.fasta.4.out small.fasta.5.out small.fasta.6.out small.fasta.7.out small.fasta.8.out small.fasta.9.out small.fasta.10.out small.fasta.11.out small.fasta.12.out small.fasta.13.out small.fasta.14.out small.fasta.15.out small.fasta.16.out small.fasta.17.out small.fasta.18.out small.fasta.19.out
output.fasta.err : small.fasta.0.err small.fasta.1.err small.fasta.2.err small.fasta.3.err small.fasta.4.err small.fasta.5.err small.fasta.6.err small.fasta.7.err small.fasta.8.err small.fasta.9.err small.fasta.10.err small.fasta.11.err small.fasta.12.err small.fasta.13.err small.fasta.14.err small.fasta.15.err small.fasta.16.err small.fasta.17.err small.fasta.18.err small.fasta.19.err
LOCAL cat small.fasta.0.err small.fasta.1.err small.fasta.2.err small.fasta.3.err small.fasta.4.err small.fasta.5.err small.fasta.6.err small.fasta.7.err small.fasta.8.err small.fasta.9.err small.fasta.10.err small.fasta.11.err small.fasta.12.err small.fasta.13.err small.fasta.14.err small.fasta.15.err small.fasta.16.err small.fasta.17.err small.fasta.18.err small.fasta.19.err > output.fasta.err