-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
MLD.R
50 lines (26 loc) · 853 Bytes
/
MLD.R
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
CALC_MLD <- function ( PRES_CTD, PSAL_CTD , TEMP_CTD ) {
require(oce)
MLD_LIMIT=0.03
THETA=swTheta(PSAL_CTD,TEMP_CTD,PRES_CTD)
POTDENS=swSigmaTheta(PSAL_CTD,TEMP_CTD,PRES_CTD)
FLAG_BAD_POTDENS=rep(FALSE,length(PRES_CTD))
for(i in 2 : length(PRES_CTD)) {
TEST=POTDENS[i]-POTDENS[i-1]
if(!is.na(TEST)) {
if( TEST<=-0.03) FLAG_BAD_POTDENS[i-1]=TRUE
}
}
POTDENS[which(FLAG_BAD_POTDENS==TRUE)]=NA
PRES_CTD[is.na(POTDENS)]=NA
TEMP_CTD[is.na(POTDENS)]=NA
PSAL_CTD[is.na(POTDENS)]=NA
abs_pres_10=abs(PRES_CTD-10)
POTDENS_10=max(POTDENS[which(abs_pres_10==min(abs_pres_10,na.rm=TRUE))])
# index pour trouver la profondeur de la MLD
# on initialise au max de profondeur au cas ou on ne trouverait pas de MLD
MLD=max(PRES_CTD)
MLD_CALC=(POTDENS-POTDENS_10)
i_MLD=min(which(MLD_CALC>MLD_LIMIT))
MLD=PRES_CTD[i_MLD]
return(MLD)
}