From 064e142e0b306f077751076f133d7c720006c200 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Chris Markiewicz Date: Fri, 8 Sep 2023 10:51:48 -0400 Subject: [PATCH] SCHEMA: Ignore n/a entries in stim_file columns when checking existence (#1608) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Fixes the following failures in bids-examples: ``` ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ eeg_ds003645s_hed │ └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ STIMULUS_FILE_MISSING sub-002_task-FacePerception_run-3_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM .tsv issing ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ eeg_ds003645s_hed_inheritance │ └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ STIMULUS_FILE_MISSING sub-002_task-FacePerception_run-3_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM .tsv issing ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ eeg_ds003645s_hed_library │ └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ STIMULUS_FILE_MISSING sub-002_task-FacePerception_run-3_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM .tsv issing ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ eeg_ds003645s_hed_longform │ └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ STIMULUS_FILE_MISSING sub-002_task-FacePerception_run-3_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM .tsv issing ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ ieeg_filtered_speech │ └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ STIMULUS_FILE_MISSING sub-cm8_task-FilteredSpeech_events.tsv schema.rules.checks.events.StimulusFileM issing ``` --- src/schema/rules/checks/events.yaml | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/src/schema/rules/checks/events.yaml b/src/schema/rules/checks/events.yaml index 458e60d408..cd8fd414bd 100644 --- a/src/schema/rules/checks/events.yaml +++ b/src/schema/rules/checks/events.yaml @@ -26,4 +26,4 @@ StimulusFileMissing: - suffix == "events" - columns.stim_file != null checks: - - exists(columns.stim_file, "stimuli") == length(columns.stim_file) + - exists(columns.stim_file, "stimuli") == length(columns.stim_file) - count(columns.stim_file, "n/a")