diff --git a/snp2cell/cli.py b/snp2cell/cli.py index 1e0c735..f60f1c7 100644 --- a/snp2cell/cli.py +++ b/snp2cell/cli.py @@ -296,7 +296,7 @@ def score_de( """ # load anndata log.info(f"load anndata from {Path(anndata).resolve()}") - ad = sc.read(anndata) + ad = sc.read_h5ad(anndata) if use_raw: log.info("load from `ad.raw` attribute") ad = ad.raw.to_adata()