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Taxam Grouper

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Taxam Grouper é um módulo de ferramentas do projeto TaxAM criado para agrupar amostras por matrizes geradas pelo TaxAM. No módulo, temos as seguintes ferramentas:

• Grouper
  Usado para agrupar amostras por matrizes geradas pelo TaxAM.

• Taxam Grouper GUI Usado para visualizar as grupos gerados pelo TaxAM Grouper.

Grouper

Usa alguns algoritmos para agrupar amostras. O primeiro é o K-means algoritmo. O segundo é o Hierarchical Clustering algoritmo.

Como usar o Grouper

1. Instalar todas as dependências no arquivo requirements.txt.

pip install -r requirements.txt

2. Executar script grouper:

python grouper <nome_do_algoritmo> <flag_1> <valor_1> <flag_2> <valor_2> ...

• Flags globais:

  • -fp or --file_path: Matriz a ser agrupada.
  • -on or --output_name: Nome para o arquivo de saída do TaxAM Grouper. Padrão "TaxAM_grouper".
  • -h or --help: Mostra a mensagem de ajuda e sai.

• Flags do K-means:

  • -n or --number_of_clusters: Define o número de clusters que o Kmeans vai usar para agrupar amostras. Padrão 2.
  • -ni or n_init: Número de vezes que o Kmeans vai rodar com centroides diferentes. O resultado final será o melhor de n_init rodadas consecutivas em termos de inércia. Padrão 10.
  • -mi or max_iter: Número máximo de iterações do algoritmo Kmeans para uma única rodada. Padrão 300.

Exemplo de uso

python grouper kmeans -fp "matrix.txt" -on "TaxAM_grouper" -n 3

Taxam Grouper GUI

É uma interface gráfica que permite visualizar os grupos gerados pelo TaxAM Grouper.

• Abra o index.html no navegador.

• Selecione a matriz que você deseja visualizar.

  

• Clique no botão "Visualizar".

  

• Então é possível visualizar os dados de cada grupo.