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Ateliers Finist'R 2021

L'atelier Finist'R 2021 -- ou bootcamp R se tiendra à la station biologique de Roscoff du 23 au 27 août 2021.

Il s'agit de la cinquième édition de l'atelier Finist'R. Cet atelier réunit annuellement un groupe de chercheurs, ingénieurs, doctorants, tous utilisateurs avancés de R et dévelopeurs de paquets pour explorer les dernières fonctionalités du logiciel et les nouvelles pratiques de développement. A l'issu de l'atelier le collectif produit une synthèse de cette veille logiciel de manière à progresser collectivement dans l'utilisation du logiciel mais surtout dans la production d'outils statistiques à destination de la communauté.

La restitution se fait sous forme de site web. Le site de l'édition 2021 sera disponible ici

Participants

Eric Adjakossa, Julie Aubert, Pierre Barbillon, Saint-Clair Chabert, Julien Chiquet, Sophie Donnet, Nicolas Enjalbert Courrech, Marie-Pierre Etienne, José Garcia-Gomez, Pierre Gloaguen, Gabriel Lang, Tam Le Minh, Gaspar Massiot, Pierre Navaro, Rémi Patin, Isabelle Sanchez.

Idees à explorer

Interopérabilité et utilisation autres langages

• Atelier Python for Rusers et comment utiliser les 2 -> depuis R ou depuis Python https://paulvanderlaken.com/2019/07/29/python-for-r-users/ d'après un workshop d'une durée de 3 heures.

• R and Rcpp https://www.r-bloggers.com/2020/02/rcppdeepstate/

Développement de packages et contributions

• Création de packages, tests etc... plus cosmétique https://github.com/forwards/rdevguide

• A Guide to Contributing to R Core https://github.com/ropensci-review-tools/autotest

• https://cran.r-project.org/web/packages/tinytest/index.html

Reproductibilité

• https://quarto.org/: A scientific and technical publishing system built on Pandoc
• docker via binder
• pagedown

Présentation

• Faire ses présentations en xarigan
• Créer un template pour les HappyR
• flipbookr avec xaringan

Application web, shiny etc.

package plumber

Gestion de grosses données - passage à l'échelle

• bonnes pratiques

• https://docs.microsoft.com/fr-fr/sql/machine-learning/r/ref-r-revoscaler?view=sql-server-ver15

• https://docs.microsoft.com/en-us/machine-learning-server/r/tutorial-large-data-tips

• Compiler ses fonctions ? library(compiler) http://www.noamross.net/archives/2013-04-25-faster-talk/

• packages dédiés data.table package

• gestion de la mémoire

• parallélisation https://mfasiolo.github.io/sc2-2019/rcpp_advanced_iii/1_openmp/

Graphiques - visualisation

• https://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/Talks/useR2021/index.html {riverplot}, {ggpattern}, {ggtextures}, {ragg}

• Packages à explorer ?

• startR is an R package developed at the Earth Science Department in Barcelona Supercomputing Center (BSC-CNS) that allows to retrieve, arrange, and process large multi-dimensional datasets automatically with a concise workflow.

Autour des outils des collaboratifs

• Github-classroom pour setup des devoirs à rendre

• Une mise au point sur l'utilisation de Git