使用Omicverse

[Zolinlab]

关于ov.utils.cluster 函数调用sklearn的问题

TypeError: mclust_py() got an unexpected keyword argument 'covariance_type'

[Zolinlab]

不太清楚是不是我的环境问题。

这里提供一种代替方案

from sklearn.mixture import GaussianMixture

假设 'adata.X' 是您希望进行聚类的特征矩阵，或者可以使用其他 'adata.obsm' 中的矩阵

data = adata.obsm['scaled|original|X_pca'] # 如果使用 PCA 结果

定义 GMM 模型

gmm = GaussianMixture(n_components=21,#与聚类簇数量一致
covariance_type='full', tol=1e-9, max_iter=1000)

进行聚类

adata.obs['GMM_labels'] = gmm.fit_predict(data)
adata.obs['GMM_labels'] = adata.obs['GMM_labels'].astype('category')

查看聚类结果

print(adata.obs['GMM_labels'])