diff --git a/EvaluateKinetics.py b/EvaluateKinetics.py index a99ffef980..aff76734be 100644 --- a/EvaluateKinetics.py +++ b/EvaluateKinetics.py @@ -107,10 +107,10 @@ def getKineticsLeaveOneOut(family, missingGroups): #returns the average temperature for the range given by the kinetic model def getAverageTemp(kineticModel): - try: - return (kineticModel.Tmin.value + kineticModel.Tmax.value)/2 - except AttributeError: - return 1000 +# try: +# return (kineticModel.Tmin.value + kineticModel.Tmax.value)/2 +# except AttributeError: + return 1000 #calculates the parity values for each def calculateParity(exactKineticModel, approxKineticModel, T): @@ -130,7 +130,7 @@ def analyzeForParity(exactKinetics, approxKinetics, T=None, cutoff=0): exact=exactKinetics[key].getRateCoefficient(T) approx=approxKinetics[key].getRateCoefficient(T) dataPoint=[exact, approx] - if cutoff!=0 and math.log((float(exact)/float(approx)))**2 > cutoff**2: + if cutoff!=0 and math.log10((float(exact)/float(approx)))**2 > cutoff**2: continue parityData[key]=dataPoint @@ -143,7 +143,7 @@ def analyzeForParity(exactKinetics, approxKinetics, T=None, cutoff=0): def calculateQ(parityData): Q=0 for key, value in parityData.iteritems(): - Q+=(math.log(value[0]/value[1]))**2 + Q+=(math.log10(value[0]/value[1]))**2 return (Q/len(parityData))**0.5 def createParityPlot(parityData): @@ -435,9 +435,16 @@ def checkFamilies(FullDatabase): if True in problemsExist: outputFile.write(family + '\n') if problemsExist[0]: - outputFile.write('\n' + 'These groups exist in rules.py but not groups.py:' + '\n') - for group in problems[0]: - outputFile.write(group + '\n') + outputFile.write('\n' + 'These groups exist in rules.py but not groups.py:' + '\n' + "A suggested match could be incorrect, but if 'No match' is written, it is true (and most unfortunate)" + '\n') + for group, matchedGroups in problems[0].iteritems(): + outputFile.write(group + ', Suggested match from groups.py: ') + for matchedGroup in matchedGroups: + if matchedGroup==matchedGroups[-1]: + if len(matchedGroups)>1: + outputFile.write('and ') + outputFile.write(matchedGroup + '\n') + else: + outputFile.write(matchedGroup +', ' ) if problemsExist[1]: outputFile.write('\n' + 'These groups do not match the definition in the rule' + '\n') for rule, groups in problems[1].iteritems(): @@ -475,7 +482,7 @@ def checkFamilies(FullDatabase): outputFile.write('\n\n') if __name__ == '__main__': - + databaseProjectRootPath = os.path.dirname( os.path.abspath( __file__ )) #Thermo stuff # ThermoDatabase=ThermoDatabase() # ThermoDatabase.load(path) @@ -483,9 +490,9 @@ def checkFamilies(FullDatabase): # ThermoDatabase.save(path) FullDatabase=RMGDatabase() # path=r'C:\RMG-database\input\thermo' - path='C:\RMG-database\input' + path = os.path.join(databaseProjectRootPath, 'input') # FullDatabase.load(thermoLibraries=) - FullDatabase.load(path) + FullDatabase.load(path, kineticsFamilies='all') checkFamilies(FullDatabase) # trialDir=r'C:\Users\User1\Dropbox\Research\RMG\kinetics\LeaveOneOut\test' # trialDir=r'C:\RMG-database\input_test' diff --git a/input/kinetics/families/1,2_Insertion/groups.py b/input/kinetics/families/1,2_Insertion/groups.py index 52d565d308..4744e021d1 100644 --- a/input/kinetics/families/1,2_Insertion/groups.py +++ b/input/kinetics/families/1,2_Insertion/groups.py @@ -63,7 +63,7 @@ label = "carbene", group = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, @@ -194,7 +194,7 @@ label = "Cd_H", group = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 R 0 {1,S} @@ -212,7 +212,7 @@ label = "Cd_pri", group = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -230,8 +230,8 @@ label = "ethene", group = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 *3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -250,7 +250,7 @@ label = "Cd_sec", group = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 R!H 0 {1,S} @@ -268,7 +268,7 @@ label = "Cd/H/NonDeC", group = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 Cs 0 {1,S} @@ -286,7 +286,7 @@ label = "Cd/H/NonDeO", group = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 O 0 {1,S} @@ -304,7 +304,7 @@ label = "Cd/H/OneDe", group = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} @@ -340,7 +340,7 @@ label = "Cs_H", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 R 0 {1,S} 4 R 0 {1,S} @@ -359,7 +359,7 @@ label = "C_methane", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -378,7 +378,7 @@ label = "C_pri", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -397,7 +397,7 @@ label = "C_pri/NonDeC", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -416,7 +416,7 @@ label = "C_pri/NonDeO", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -435,7 +435,7 @@ label = "C_pri/De", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -454,7 +454,7 @@ label = "C_pri/Cd", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -473,7 +473,7 @@ label = "C_pri/Ct", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -492,7 +492,7 @@ label = "C_sec", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 R!H 0 {1,S} @@ -511,7 +511,7 @@ label = "C/H2/NonDeC", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 Cs 0 {1,S} @@ -530,7 +530,7 @@ label = "C/H2/NonDeO", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 O 0 {1,S} @@ -549,7 +549,7 @@ label = "C/H2/CsO", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 O 0 {1,S} @@ -568,7 +568,7 @@ label = "C/H2/O2", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 O 0 {1,S} @@ -587,7 +587,7 @@ label = "C/H2/OneDe", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,CO,Cb} 0 {1,S} @@ -606,7 +606,7 @@ label = "C/H2/OneDeC", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,CO,Cb} 0 {1,S} @@ -625,7 +625,7 @@ label = "C/H2/OneDeO", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,CO,Cb} 0 {1,S} @@ -644,7 +644,7 @@ label = "C/H2/TwoDe", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,CO,Cb} 0 {1,S} @@ -663,7 +663,7 @@ label = "C_ter", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 R!H 0 {1,S} 4 R!H 0 {1,S} @@ -682,7 +682,7 @@ label = "C/H/NonDeC", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 {Cs,O} 0 {1,S} 4 {Cs,O} 0 {1,S} @@ -701,7 +701,7 @@ label = "C/H/Cs3", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 Cs 0 {1,S} 4 Cs 0 {1,S} @@ -720,7 +720,7 @@ label = "C/H/NDMustO", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 O 0 {1,S} 4 {Cs,O} 0 {1,S} @@ -739,7 +739,7 @@ label = "C/H/OneDe", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} 4 {Cs,O} 0 {1,S} @@ -758,7 +758,7 @@ label = "C/H/Cs2", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} 4 Cs 0 {1,S} @@ -777,7 +777,7 @@ label = "C/H/ODMustO", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} 4 O 0 {1,S} @@ -796,7 +796,7 @@ label = "C/H/TwoDe", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} @@ -815,7 +815,7 @@ label = "C/H/Cs", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} @@ -834,7 +834,7 @@ label = "C/H/TDMustO", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} @@ -853,7 +853,7 @@ label = "C/H/ThreeDe", group = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} diff --git a/input/kinetics/families/1,2_Insertion/rules.py b/input/kinetics/families/1,2_Insertion/rules.py index 9dfb751ba1..71baedbe3a 100644 --- a/input/kinetics/families/1,2_Insertion/rules.py +++ b/input/kinetics/families/1,2_Insertion/rules.py @@ -4,9 +4,6 @@ name = "1,2_Insertion/rules" shortDesc = u"" longDesc = u""" -553 - 559 Some of the tortional motions in the alkyl part of the - -transition states are treated as free rotations as they are relatively loose TSs. """ entry( index = 553, @@ -29,7 +26,8 @@ shortDesc = u"""Default""", longDesc = u""" - +Some of the tortional motions in the alkyl part of the +transition states are treated as free rotations as they are relatively loose TSs. """, ) @@ -64,7 +62,8 @@ shortDesc = u"""[87]CBS-QB3 calculations from Sumathi 2003.""", longDesc = u""" - +Some of the tortional motions in the alkyl part of the +transition states are treated as free rotations as they are relatively loose TSs. """, ) @@ -93,7 +92,8 @@ shortDesc = u"""[87]CBS-QB3 calculations from Sumathi 2003.""", longDesc = u""" - +Some of the tortional motions in the alkyl part of the +transition states are treated as free rotations as they are relatively loose TSs. """, ) @@ -107,7 +107,7 @@ """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -125,7 +125,8 @@ shortDesc = u"""[87]CBS-QB3 calculations from Sumathi 2003.""", longDesc = u""" - +Some of the tortional motions in the alkyl part of the +transition states are treated as free rotations as they are relatively loose TSs. """, ) @@ -139,7 +140,7 @@ """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -157,7 +158,8 @@ shortDesc = u"""[87]CBS-QB3 calculations from Sumathi 2003.""", longDesc = u""" - +Some of the tortional motions in the alkyl part of the +transition states are treated as free rotations as they are relatively loose TSs. """, ) @@ -171,7 +173,7 @@ """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 Cs 0 {1,S} @@ -189,7 +191,8 @@ shortDesc = u"""[87]CBS-QB3 calculations from Sumathi 2003.""", longDesc = u""" - +Some of the tortional motions in the alkyl part of the +transition states are treated as free rotations as they are relatively loose TSs. """, ) @@ -203,7 +206,7 @@ """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 Cs 0 {1,S} 4 Cs 0 {1,S} @@ -261,14 +264,14 @@ label = "carbene;ethene", group1 = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 *3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -295,13 +298,13 @@ label = "carbene;Cd_pri", group1 = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -327,7 +330,7 @@ label = "carbene;acetylene", group1 = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, @@ -359,7 +362,7 @@ label = "carbene;Ct_H", group1 = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, @@ -389,13 +392,13 @@ label = "carbene;C_pri/Cd", group1 = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -422,13 +425,13 @@ label = "carbene;C_pri/Ct", group1 = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} 2 *3 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} @@ -455,13 +458,13 @@ label = "carbene;Cd/H/NonDeC", group1 = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 Cs 0 {1,S} @@ -487,13 +490,13 @@ label = "carbene;Cd/H/OneDe", group1 = """ -1 *1 C 2S {2,S} {3,S} +1 *1 Cs 2S {2,S} {3,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} """, group2 = """ -1 *2 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} +1 *2 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} 2 C 0 {1,D} 3 *3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} diff --git a/input/kinetics/families/1,3_Insertion_RSR/groups.py b/input/kinetics/families/1,3_Insertion_RSR/groups.py index 14469be1ed..84586b06c5 100644 --- a/input/kinetics/families/1,3_Insertion_RSR/groups.py +++ b/input/kinetics/families/1,3_Insertion_RSR/groups.py @@ -369,8 +369,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/H/Nd", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -389,8 +389,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/H/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -429,8 +429,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/H2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -449,8 +449,8 @@ label = "Cd/H/De_Cd/H2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -489,8 +489,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/Nd2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -509,8 +509,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/Cs2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 Cs 0 {2,S} @@ -529,8 +529,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/Nd/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -549,8 +549,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/De2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {2,S} @@ -589,8 +589,8 @@ label = "Cd/Nd2_Cd/H2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -609,8 +609,8 @@ label = "Cd/NdDe_Cd/H2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -629,8 +629,8 @@ label = "Cd/De2_Cd/H2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -669,8 +669,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/H/Nd", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -689,8 +689,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/H/Os", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -709,8 +709,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/H/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -729,8 +729,8 @@ label = "Cd/H/De_Cd/H/Nd", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -749,8 +749,8 @@ label = "Cd/H/De_Cd/H/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -789,8 +789,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/Nd2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -809,8 +809,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/Nd/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -829,8 +829,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/De2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {2,S} @@ -849,8 +849,8 @@ label = "Cd/H/De_Cd/Nd2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -869,8 +869,8 @@ label = "Cd/H/De_Cd/Nd/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -889,8 +889,8 @@ label = "Cd/H/De_Cd/De2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {2,S} @@ -929,8 +929,8 @@ label = "Cd/Nd2_Cd/H/Nd", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -949,8 +949,8 @@ label = "Cd/Nd2_Cd/H/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -969,8 +969,8 @@ label = "Cd/De2_Cd/H/Nd", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -989,8 +989,8 @@ label = "Cd/De2_Cd/H/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -1009,8 +1009,8 @@ label = "Cd/Nd/De_Cd/H/Nd", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -1029,8 +1029,8 @@ label = "Cd/Nd/De_Cd/H/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -1069,8 +1069,8 @@ label = "Cd/Nd2_Cd/Nd2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -1089,8 +1089,8 @@ label = "Cd/Nd2_Cd/Nd/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -1109,8 +1109,8 @@ label = "Cd/Nd2_Cd/De2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {2,S} @@ -1129,8 +1129,8 @@ label = "Cd/Nd/De_Cd/Nd2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -1149,8 +1149,8 @@ label = "Cd/Nd/De_Cd/Nd/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -1169,8 +1169,8 @@ label = "Cd/Nd/De_Cd/De2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {2,S} @@ -1189,8 +1189,8 @@ label = "Cd/De2_Cd/Nd2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -1209,8 +1209,8 @@ label = "Cd/De2_Cd/Nd/De", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cs,O,S} 0 {2,S} @@ -1229,8 +1229,8 @@ label = "Cd/De2_Cd/De2", group = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 4 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {1,S} 5 {Cd,Ct,Cb,CO,CS} 0 {2,S} diff --git a/input/kinetics/families/1,3_Insertion_RSR/rules.py b/input/kinetics/families/1,3_Insertion_RSR/rules.py index d602dce3a3..b43e0dbd68 100644 --- a/input/kinetics/families/1,3_Insertion_RSR/rules.py +++ b/input/kinetics/families/1,3_Insertion_RSR/rules.py @@ -130,8 +130,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/H/Nd;H_SH", group1 = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -164,8 +164,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/H2;H_SH", group1 = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -198,8 +198,8 @@ label = "Cd/H/Nd_Cd/H2;H_SCs", group1 = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 {Cs,O,S} 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -298,8 +298,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/H/Nd;H_SH", group1 = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} 3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} 5 H 0 {2,S} @@ -332,8 +332,8 @@ label = "Cd/H2_Cd/Cs2;H_SH", group1 = """ -1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} -2 *2 C 0 {1,D} {5,S} {6,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} 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a/input/kinetics/families/Disproportionation/rules.py b/input/kinetics/families/Disproportionation/rules.py index 19f50eac40..375ab0c630 100644 --- a/input/kinetics/families/Disproportionation/rules.py +++ b/input/kinetics/families/Disproportionation/rules.py @@ -518,8 +518,8 @@ label = "Ct_rad/Ct;Cmethyl_Csrad", group1 = """ -1 *1 C 1 {2,T} -2 C 0 {1,T} +1 *1 Ct 1 {2,T} +2 Ct 0 {1,T} """, group2 = """ @@ -1075,8 +1075,8 @@ label = "Ct_rad/Ct;C/H2/Nd_Csrad", group1 = """ -1 *1 C 1 {2,T} -2 C 0 {1,T} +1 *1 Ct 1 {2,T} +2 Ct 0 {1,T} """, group2 = """ @@ -1200,8 +1200,8 @@ label = "Ct_rad/Ct;C/H/NdNd_Csrad", group1 = """ -1 *1 C 1 {2,T} -2 C 0 {1,T} +1 *1 Ct 1 {2,T} +2 Ct 0 {1,T} """, group2 = """ @@ -2640,46 +2640,6 @@ """, ) -entry( - index = 548, - label = "Ct_rad;O_Csrad", - group1 = -""" -1 *1 C 1 {2,T} -2 C 0 {1,T} -""", - group2 = -""" -1 *2 O 0 {2,S} {3,S} -2 *3 Cs 1 {1,S} -3 *4 H 0 {1,S} -""", - kinetics = ArrheniusEP( - A = (36100000000000.0, 'cm^3/(mol*s)', '*|/', 5), - n = 0, - alpha = 0, - E0 = (0, 'kcal/mol'), - Tmin = (300, 'K'), - Tmax = (2500, 'K'), - ), - rank = 4, - shortDesc = u"""Tsang [90] Literature review.""", - longDesc = -u""" -[90] Tsang, W.; Journal of Physical and Chemical Reference Data (1987), 16(3), 471-508. -Literature review: C2H + CH2OH --> C2H2 + CH2O - -pg. 504: Discussion on evaluated data - -Entry 39,21 (a): CH2OH + C2H --> C2H2 + CH2O - -Author suggest a disproportionation rate coefficient of 6.0x10^-11 cm3/molecule/s, due - -to very exothermic rxn. No data available at the time. -MRH 30-Aug-2009 -""", -) - entry( index = 549, label = "CO_pri_rad;O_Csrad", diff --git a/input/kinetics/families/Disproportionation/training.py b/input/kinetics/families/Disproportionation/training.py index 9c77ba454c..8e7ef7db9c 100644 --- a/input/kinetics/families/Disproportionation/training.py +++ b/input/kinetics/families/Disproportionation/training.py @@ -7,3 +7,58 @@ Put kinetic parameters for reactions to use as a training set for fitting group additivity values in this file. """ +entry( + index = 001, + reactant1 = +""" +1 *1 C 1 0 {2,T} +2 C 0 0 {1,T} {3,S} +3 H 0 0 {2,S} +""", + reactant2 = +""" +1 *3 C 1 0 {2,S} {3,S} {4,S} +2 *2 O 0 2 {1,S} {5,S} +3 H 0 0 {1,S} +4 H 0 0 {1,S} +5 *4 H 0 0 {2,S} +""", + product1 = +""" +1 *1 C 0 0 {2,T} {3,S} +2 C 0 0 {1,T} {4,S} +3 *4 H 0 0 {1,S} +4 H 0 0 {2,S} +""", + product2 = +""" +1 *3 C 0 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 O 0 2 {1,D} +3 H 0 0 {1,S} +4 H 0 0 {1,S} +""", + kinetics = ArrheniusEP( + A = (36100000000000.0, 'cm^3/(mol*s)', '*|/', 5), + n = 0, + alpha = 0, + E0 = (0, 'kcal/mol'), + Tmin = (300, 'K'), + Tmax = (2500, 'K'), + ), + rank = 4, + shortDesc = u"""Tsang [90] Literature review.""", + longDesc = +u""" +[90] Tsang, W.; Journal of Physical and Chemical Reference Data (1987), 16(3), 471-508. +Literature review: C2H + CH2OH --> C2H2 + CH2O + +pg. 504: Discussion on evaluated data + +Entry 39,21 (a): CH2OH + C2H --> C2H2 + CH2O + +Author suggest a disproportionation rate coefficient of 6.0x10^-11 cm3/molecule/s, due + +to very exothermic rxn. No data available at the time. +MRH 30-Aug-2009 +""", +) \ No newline at end of file diff --git a/input/kinetics/families/H_Abstraction/groups.py b/input/kinetics/families/H_Abstraction/groups.py index 788e116771..049216deb6 100644 --- a/input/kinetics/families/H_Abstraction/groups.py +++ b/input/kinetics/families/H_Abstraction/groups.py @@ -3211,7 +3211,11 @@ label = "C/H/CtCt", group = """ -1 *3 R!H 2 +1 *1 C 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +2 *2 H 0 {1,S} +3 Ct 0 {1,S} +4 Ct 0 {1,S} +5 Cs 0 {1,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -3910,9 +3914,9 @@ label = "O_rad/Cd", group = """ -1 *3 O 1 {2,S} -2 C 0 {1,S} {3,D} -3 C 0 {2,D} +1 *3 O 1 {2,S} +2 Cd 0 {1,S} {3,D} +3 {Cd,Cdd} 0 {2,D} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -3927,12 +3931,12 @@ label = "O_rad/Cd\H_Cd\H2", group = """ -1 *3 O 1 {2,S} -2 C 0 {1,S} {3,D} {4,S} -3 C 0 {2,D} {5,S} {6,S} -4 H 0 {2,S} -5 H 0 {3,S} -6 H 0 {3,S} +1 *3 O 1 {2,S} +2 Cd 0 {1,S} {3,D} {4,S} +3 Cd 0 {2,D} {5,S} {6,S} +4 H 0 {2,S} +5 H 0 {3,S} +6 H 0 {3,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -3947,12 +3951,12 @@ label = "O_rad/Cd\H_Cd\H\Cs", group = """ -1 *3 O 1 {2,S} -2 C 0 {1,S} {3,D} {4,S} -3 C 0 {2,D} {5,S} {6,S} -4 H 0 {2,S} -5 Cs 0 {3,S} -6 H 0 {3,S} +1 *3 O 1 {2,S} +2 Cd 0 {1,S} {3,D} {4,S} +3 Cd 0 {2,D} {5,S} {6,S} +4 H 0 {2,S} +5 Cs 0 {3,S} +6 H 0 {3,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -3967,12 +3971,12 @@ label = "O_rad/Cd\H_Cd\Cs2", group = """ -1 *3 O 1 {2,S} -2 C 0 {1,S} {3,D} {4,S} -3 C 0 {2,D} {5,S} {6,S} -4 H 0 {2,S} -5 Cs 0 {3,S} -6 Cs 0 {3,S} +1 *3 O 1 {2,S} +2 Cd 0 {1,S} {3,D} {4,S} +3 Cd 0 {2,D} {5,S} {6,S} +4 H 0 {2,S} +5 Cs 0 {3,S} +6 Cs 0 {3,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -3987,12 +3991,12 @@ label = "O_rad/Cd\Cs_Cd\H2", group = """ -1 *3 O 1 {2,S} -2 C 0 {1,S} {3,D} {4,S} -3 C 0 {2,D} {5,S} {6,S} -4 Cs 0 {2,S} -5 H 0 {3,S} -6 H 0 {3,S} +1 *3 O 1 {2,S} +2 Cd 0 {1,S} {3,D} {4,S} +3 Cd 0 {2,D} {5,S} {6,S} +4 Cs 0 {2,S} +5 H 0 {3,S} +6 H 0 {3,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -4007,12 +4011,12 @@ label = "O_rad/Cd\Cs_Cd\H\Cs", group = """ -1 *3 O 1 {2,S} -2 C 0 {1,S} {3,D} {4,S} -3 C 0 {2,D} {5,S} {6,S} -4 Cs 0 {2,S} -5 Cs 0 {3,S} -6 H 0 {3,S} +1 *3 O 1 {2,S} +2 Cd 0 {1,S} {3,D} {4,S} +3 Cd 0 {2,D} {5,S} {6,S} +4 Cs 0 {2,S} +5 Cs 0 {3,S} +6 H 0 {3,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -4027,12 +4031,12 @@ label = "O_rad/Cd\Cs_Cd\Cs2", group = """ -1 *3 O 1 {2,S} -2 C 0 {1,S} {3,D} {4,S} -3 C 0 {2,D} {5,S} {6,S} -4 Cs 0 {2,S} -5 Cs 0 {3,S} -6 Cs 0 {3,S} +1 *3 O 1 {2,S} +2 Cd 0 {1,S} {3,D} {4,S} +3 Cd 0 {2,D} {5,S} {6,S} +4 Cs 0 {2,S} +5 Cs 0 {3,S} +6 Cs 0 {3,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -8742,7 +8746,23 @@ """, ) - + +entry( + index = 491, + label = "O_rad/OneDeC", + group = +""" +1 *3 O 1 {2,S} +2 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} +""", + kinetics = None, + shortDesc = u"""""", + longDesc = +u""" + +""", +) + tree( """ L1: X_H_or_Xrad_H_Xbirad_H_Xtrirad_H @@ -9015,13 +9035,14 @@ L6: OOC L5: O_rad/NonDeN L5: O_rad/OneDe - L6: O_rad/Cd - L7: O_rad/Cd\H_Cd\H2 - L7: O_rad/Cd\H_Cd\H\Cs - L7: O_rad/Cd\H_Cd\Cs2 - L7: O_rad/Cd\Cs_Cd\H2 - L7: O_rad/Cd\Cs_Cd\H\Cs - L7: O_rad/Cd\Cs_Cd\Cs2 + L6: O_rad/OneDeC + L7: O_rad/Cd + L8: O_rad/Cd\H_Cd\H2 + L8: O_rad/Cd\H_Cd\H\Cs + L8: O_rad/Cd\H_Cd\Cs2 + L8: O_rad/Cd\Cs_Cd\H2 + L8: O_rad/Cd\Cs_Cd\H\Cs + L8: O_rad/Cd\Cs_Cd\Cs2 L6: InChI=1S/NO3/c2-1(3)4 L6: O_rad/OneDeN L3: S_rad diff --git a/input/kinetics/families/H_Abstraction/rules.py b/input/kinetics/families/H_Abstraction/rules.py index e6edecbe29..ea7521610a 100644 --- a/input/kinetics/families/H_Abstraction/rules.py +++ b/input/kinetics/families/H_Abstraction/rules.py @@ -1017,7 +1017,7 @@ entry( index = 161, - label = "H2;Ct_rad", + label = "H2;Ct_rad/Ct", group1 = """ 1 *1 H 0 {2,S} @@ -1025,8 +1025,8 @@ """, group2 = """ -1 *3 C 1 {2,T} -2 C 0 {1,T} +1 *3 Ct 1 {2,T} +2 Ct 0 {1,T} """, kinetics = ArrheniusEP( A = (5400000000000.0, 'cm^3/(mol*s)', '*|/', 3.16), @@ -1380,7 +1380,7 @@ entry( index = 170, - 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label = "Cd_pri;O2b", + label = "Cd/H2/NonDeC;O2b", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -3067,7 +3067,7 @@ entry( index = 209, - label = "Cd_pri;O_atom_triplet", + label = "Cd/H2/NonDeC;O_atom_triplet", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -3098,7 +3098,7 @@ entry( index = 210, - label = "Cd_pri;C_rad/H2/Cs", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H2/Cs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -3144,7 +3144,7 @@ entry( index = 211, - label = "Cd_pri;O_pri_rad", + label = "Cd/H2/NonDeC;O_pri_rad", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -3377,7 +3377,7 @@ entry( index = 216, - label = "Cd/H/NonDeC;Ct_rad", + label = "Cd/H/NonDeC;Ct_rad/Ct", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -3387,8 +3387,8 @@ """, group2 = """ -1 *3 C 1 {2,T} -2 C 0 {1,T} +1 *3 Ct 1 {2,T} +2 Ct 0 {1,T} """, kinetics = ArrheniusEP( A = (1210000000000.0, 'cm^3/(mol*s)', '*|/', 5), @@ -5368,7 +5368,7 @@ entry( index = 266, - label = "O/H/NonDeC;Ct_rad", + label = "O/H/NonDeC;Ct_rad/Ct", group1 = """ 1 *1 O 0 {2,S} {3,S} @@ -5377,8 +5377,8 @@ """, group2 = """ -1 *3 C 1 {2,T} -2 C 0 {1,T} +1 *3 Ct 1 {2,T} +2 Ct 0 {1,T} """, kinetics = ArrheniusEP( A = (1210000000000.0, 'cm^3/(mol*s)', '*|/', 5), @@ -7182,12 +7182,12 @@ """, group2 = """ -1 *3 O 1 {2,S} -2 C 0 {1,S} {3,D} {4,S} -3 C 0 {2,D} {5,S} {6,S} -4 H 0 {2,S} -5 Cs 0 {3,S} -6 H 0 {3,S} +1 *3 O 1 {2,S} +2 Cd 0 {1,S} {3,D} {4,S} +3 Cd 0 {2,D} {5,S} {6,S} +4 H 0 {2,S} +5 Cs 0 {3,S} +6 H 0 {3,S} """, kinetics = ArrheniusEP( A = (7.52e-08, 'cm^3/(mol*s)'), @@ -7648,7 +7648,7 @@ entry( index = 535, - label = "H2O2;O_rad/OneDe", + label = "H2O2;O_rad/OneDeC", group1 = """ 1 *1 O 0 {2,S} {3,S} @@ -7673,7 +7673,7 @@ shortDesc = u"""MHS CBS-QB3 w/1dHR calculations, see node 534.""", longDesc = u""" -Rxn family nodes: H2O2 + O_rad/OneDe +Rxn family nodes: H2O2 + O_rad/OneDeC The rate coefficient for this node was taken from node 534 (H2O2 + InChI=1/C4H7O/c1-2-3-4-5/h3-4H,2H2,1H3) by analogy: HOOH + *O-C=R. Discussed with MRH. @@ -8958,7 +8958,7 @@ entry( index = 1195, - label = "S_pri;O_rad/OneDe", + label = "S_pri;O_rad/OneDeC", group1 = """ 1 *1 S 0 {2,S} {3,S} @@ -44117,7 +44117,7 @@ entry( index = 4793, - label = "Cd_pri;C_methyl", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_methyl", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44150,7 +44150,7 @@ entry( index = 4794, - label = "Cd_pri;C_rad/H2/Cs", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H2/Cs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44183,7 +44183,7 @@ entry( index = 4795, - label = "Cd_pri;C_rad/H/NonDeC", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/NonDeC", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44216,7 +44216,7 @@ entry( index = 4796, - label = "Cd_pri;C_rad/Cs3", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/Cs3", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44249,7 +44249,7 @@ entry( index = 4797, - label = "Cd_pri;C_rad/H2/Cd", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H2/Cd", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44283,7 +44283,7 @@ entry( index = 4798, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CdCs", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CdCs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44317,7 +44317,7 @@ entry( index = 4799, - label = "Cd_pri;C_rad/CdCs2", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CdCs2", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44351,7 +44351,7 @@ entry( index = 4800, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CdCd", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CdCd", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44386,7 +44386,7 @@ entry( index = 4801, - label = "Cd_pri;C_rad/CdCdCs", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CdCdCs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44421,7 +44421,7 @@ entry( index = 4802, - label = "Cd_pri;C_rad/H2/Ct", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H2/Ct", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44454,7 +44454,7 @@ entry( index = 4803, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CtCs", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CtCs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44487,7 +44487,7 @@ entry( index = 4804, - label = "Cd_pri;C_rad/CtCs2", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CtCs2", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44520,7 +44520,7 @@ entry( index = 4805, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CtCt", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CtCt", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44553,7 +44553,7 @@ entry( index = 4806, - label = "Cd_pri;C_rad/CtCtCs", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CtCtCs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44586,7 +44586,7 @@ entry( index = 4807, - label = "Cd_pri;C_rad/H2/Cb", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H2/Cb", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44619,7 +44619,7 @@ entry( index = 4808, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CbCs", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CbCs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44652,7 +44652,7 @@ entry( index = 4809, - label = "Cd_pri;C_rad/CbCs2", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CbCs2", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44685,7 +44685,7 @@ entry( index = 4810, - label = "Cd_pri;Cd_pri_rad", + label = "Cd/H2/NonDeC;Cd_pri_rad", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44717,7 +44717,7 @@ entry( index = 4811, - label = "Cd_pri;Cd_rad/NonDeC", + label = "Cd/H2/NonDeC;Cd_rad/NonDeC", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44749,7 +44749,7 @@ entry( index = 4812, - label = "Cd_pri;Cd_rad/Cd", + label = "Cd/H2/NonDeC;Cd_rad/Cd", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44782,7 +44782,7 @@ entry( index = 4813, - label = "Cd_pri;Cb_rad", + label = "Cd/H2/NonDeC;Cb_rad", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44814,7 +44814,7 @@ entry( index = 4814, - label = "Cd_pri;Cd_rad/Ct", + label = "Cd/H2/NonDeC;Cd_rad/Ct", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44846,7 +44846,7 @@ entry( index = 4815, - label = "Cd_pri;C_rad/H2/S", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H2/S", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44879,7 +44879,7 @@ entry( index = 4816, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CsS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CsS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44912,7 +44912,7 @@ entry( index = 4817, - label = "Cd_pri;C_rad/Cs2S", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/Cs2S", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44945,7 +44945,7 @@ entry( index = 4818, - label = "Cd_pri;C_rad/H2/CS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H2/CS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -44979,7 +44979,7 @@ entry( index = 4819, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CSCs", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CSCs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45013,7 +45013,7 @@ entry( index = 4820, - label = "Cd_pri;C_rad/CSCs2", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CSCs2", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45047,7 +45047,7 @@ entry( index = 4821, - label = "Cd_pri;Cd_rad/NonDeS", + label = "Cd/H2/NonDeC;Cd_rad/NonDeS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45079,7 +45079,7 @@ entry( index = 4822, - label = "Cd_pri;Cd_rad/CS", + label = "Cd/H2/NonDeC;Cd_rad/CS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45112,7 +45112,7 @@ entry( index = 4823, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CdS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CdS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45146,7 +45146,7 @@ entry( index = 4824, - label = "Cd_pri;C_rad/CdCsS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CdCsS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45180,7 +45180,7 @@ entry( index = 4825, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CSS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CSS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45214,7 +45214,7 @@ entry( index = 4826, - label = "Cd_pri;C_rad/CSCsS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CSCsS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45248,7 +45248,7 @@ entry( index = 4827, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CtS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CtS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45281,7 +45281,7 @@ entry( index = 4828, - label = "Cd_pri;C_rad/CtCsS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CtCsS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45314,7 +45314,7 @@ entry( index = 4829, - label = "Cd_pri;C_rad/H/CbS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/H/CbS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45347,7 +45347,7 @@ entry( index = 4830, - label = "Cd_pri;C_rad/CbCsS", + label = "Cd/H2/NonDeC;C_rad/CbCsS", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45380,7 +45380,7 @@ entry( index = 4831, - label = "Cd_pri;CS_pri_rad", + label = "Cd/H2/NonDeC;CS_pri_rad", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45412,7 +45412,7 @@ entry( index = 4832, - label = "Cd_pri;CS_rad/Cs", + label = "Cd/H2/NonDeC;CS_rad/Cs", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45444,7 +45444,7 @@ entry( index = 4833, - label = "Cd_pri;CS_rad/S", + label = "Cd/H2/NonDeC;CS_rad/S", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45476,7 +45476,7 @@ entry( index = 4834, - label = "Cd_pri;CS_rad/Cd", + label = "Cd/H2/NonDeC;CS_rad/Cd", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -45509,7 +45509,7 @@ entry( index = 4835, - label = "Cd_pri;CS_rad/Ct", + label = "Cd/H2/NonDeC;CS_rad/Ct", group1 = """ 1 *1 C 0 {2,D} {3,S} {4,S} @@ -95042,7 +95042,9 @@ """ 1 *1 N3d 0 {2,S} {3,D} 2 *2 H 0 {1,S} -3 Cs 0 {1,D} +3 Cd 0 {1,D} {4,S} {5,S} +4 R 0 {3,S} +5 R 0 {3,S} """, group2 = """ @@ -95071,7 +95073,9 @@ """ 1 *1 N3d 0 {2,S} {3,D} 2 *2 H 0 {1,S} -3 Cs 0 {1,D} +3 Cd 0 {1,D} {4,S} {5,S} +4 R 0 {3,S} +5 R 0 {3,S} """, group2 = """ @@ -95100,7 +95104,9 @@ """ 1 *1 N3d 0 {2,S} {3,D} 2 *2 H 0 {1,S} -3 Cs 0 {1,D} +3 Cd 0 {1,D} {4,S} {5,S} +4 R 0 {3,S} +5 R 0 {3,S} """, group2 = """ @@ -95130,7 +95136,9 @@ """ 1 *1 N3d 0 {2,S} {3,D} 2 *2 H 0 {1,S} -3 Cs 0 {1,D} +3 Cd 0 {1,D} {4,S} {5,S} +4 R 0 {3,S} +5 R 0 {3,S} """, group2 = """ @@ -95162,7 +95170,9 @@ """ 1 *1 N3d 0 {2,S} {3,D} 2 *2 H 0 {1,S} -3 Cs 0 {1,D} +3 Cd 0 {1,D} {4,S} {5,S} +4 R 0 {3,S} +5 R 0 {3,S} """, group2 = """ diff --git a/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/groups.py b/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/groups.py index c299079213..47c2e3679f 100644 --- a/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/groups.py +++ b/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/groups.py @@ -1148,7 +1148,7 @@ """ 1 *1 R!H 1 {2,{S,D,T,B}} 2 *4 R!H 0 {1,{S,D,T,B}} {3,S} -3 R!H 0 {2,S} {4,{S,D,T,B}} +3 *6 R!H 0 {2,S} {4,{S,D,T,B}} 4 *5 R!H 0 {3,{S,D,T,B}} {5,S} 5 *2 {Cd,Ct,CO,N} 0 {4,S} {6,{D,T}} 6 *3 {Cd,Ct,Od,Sd,Cdd,N} 0 {5,{D,T}} @@ -2944,7 +2944,7 @@ group = """ 1 *2 CO 0 {2,D} -2 *3 O 0 {1,D} +2 *3 Od 0 {1,D} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -2960,7 +2960,7 @@ group = """ 1 *2 CO 0 {2,D} {3,S} -2 *3 O 0 {1,D} +2 *3 Od 0 {1,D} 3 H 0 {1,S} """, kinetics = None, @@ -2977,7 +2977,7 @@ group = """ 1 *2 CO 0 {2,D} {3,S} -2 *3 O 0 {1,D} +2 *3 Od 0 {1,D} 3 {Cs,O,S} 0 {1,S} """, kinetics = None, @@ -2994,7 +2994,7 @@ group = """ 1 *2 CO 0 {2,D} {3,S} -2 *3 O 0 {1,D} +2 *3 Od 0 {1,D} 3 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} """, kinetics = None, diff --git a/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/rules.py b/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/rules.py index 290b69631f..dd3f2ec830 100644 --- a/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/rules.py +++ b/input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/rules.py @@ -12,8 +12,8 @@ group1 = "OR{R3, R4, R5, R6, R7, R8, R9}", group2 = """ -1 *2 {Cd,Ct,CO} 0 {2,{D,T}} -2 *3 {Cd,Ct,Od,Sd} 0 {1,{D,T}} +1 *2 {Cd,Cdd,Ct,CO,N} 0 {2,{D,T}} +2 *3 {Cd,Ct,Od,Sd,Cdd,N} 0 {1,{D,T}} """, group3 = """ @@ -44,7 +44,7 @@ 2 *4 Cd 0 {1,S} {3,D} 3 *5 Cd 0 {2,D} {4,S} 4 *2 Cd 0 {3,S} {5,D} -5 *3 Cd 0 {4,D} +5 *3 {Cd,Cdd} 0 {4,D} """, group2 = """ @@ -83,7 +83,7 @@ """ 1 *1 R!H 1 {2,S} 2 *2 Cd 0 {1,S} {3,D} -3 *3 Cd 0 {2,D} +3 *3 {Cd,Cdd} 0 {2,D} """, group2 = """ @@ -162,7 +162,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -204,7 +204,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -246,7 +246,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -288,7 +288,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -330,7 +330,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -372,7 +372,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -414,7 +414,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -456,7 +456,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -497,7 +497,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -539,7 +539,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -581,7 +581,7 @@ 3 *6 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 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group2 = """ @@ -27547,7 +27547,7 @@ 3 *6 {Cd,Ct,Cb} 0 {2,{D,T,B}} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -27589,7 +27589,7 @@ 3 *6 {Cd,Ct,Cb} 0 {2,{D,T,B}} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -27631,7 +27631,7 @@ 3 *6 {Cd,Ct,Cb} 0 {2,{D,T,B}} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -27673,7 +27673,7 @@ 3 *6 {Cd,Ct,Cb} 0 {2,{D,T,B}} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -27715,7 +27715,7 @@ 3 *6 {Cd,Ct,Cb} 0 {2,{D,T,B}} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -27757,7 +27757,7 @@ 3 *6 {Cd,Ct,Cb} 0 {2,{D,T,B}} {4,S} 4 *5 R!H 0 {3,S} {5,S} 5 *2 Cd 0 {4,S} {6,D} -6 *3 Cd 0 {5,D} +6 *3 {Cd,Cdd} 0 {5,D} """, group2 = """ @@ -27800,8 +27800,8 @@ 5 *8 R!H 0 {4,S} {6,S} 6 *9 R!H 0 {5,S} {7,D} 7 *5 R!H 0 {6,D} {8,S} -8 *2 {Cd,Ct,CO} 0 {7,S} {9,{D,T}} -9 *3 {Cd,Ct,Od,Sd} 0 {8,{D,T}} +8 *2 {Cd,Ct,CO,N} 0 {7,S} {9,{D,T}} +9 *3 {Cd,Ct,Od,Sd,Cdd,N} 0 {8,{D,T}} """, group2 = """ diff --git a/input/kinetics/families/R_Addition_CSm/rules.py b/input/kinetics/families/R_Addition_CSm/rules.py index e843af0af8..382d22da8b 100644 --- a/input/kinetics/families/R_Addition_CSm/rules.py +++ b/input/kinetics/families/R_Addition_CSm/rules.py @@ -103,10 +103,10 @@ """, group2 = """ -1 *2 C 1 {2,S} {3,S} {4,S} +1 *2 Cs 1 {2,S} {3,S} {4,S} 2 H 0 {1,S} 3 H 0 {1,S} -4 C 0 {1,S} {5,S} {6,S} {7,S} +4 Cs 0 {1,S} {5,S} {6,S} {7,S} 5 H 0 {4,S} 6 H 0 {4,S} 7 H 0 {4,S} diff --git a/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/groups.py b/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/groups.py index 5d8330074b..d27f4700c5 100644 --- a/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/groups.py +++ b/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/groups.py @@ -3202,15 +3202,15 @@ label = "Cds-HH_Cds-Cs\H3/H", group = """ -1 C 0 {2,S} {4,S} {5,S} {6,S} -2 *2 C 0 {1,S} {3,D} {7,S} -3 *1 C 0 {2,D} {8,S} {9,S} +1 *1 Cd 0 {2,D} {3,S} {4,S} +2 *2 Cd 0 {1,D} {5,S} {6,S} +3 H 0 {1,S} 4 H 0 {1,S} -5 H 0 {1,S} -6 H 0 {1,S} -7 H 0 {2,S} -8 H 0 {3,S} -9 H 0 {3,S} +5 Cs 0 {2,S} {7,S} {8,S} {9,S} +6 H 0 {2,S} +7 H 0 {5,S} +8 H 0 {5,S} +9 H 0 {5,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -17500,9 +17500,9 @@ """ 1 *1 Ct 0 {2,T} {3,S} 2 *2 Ct 0 {1,T} {4,S} -3 Cd 0 {1,S} {5,D} +3 Ct 0 {1,S} {5,T} 4 H 0 {2,S} -5 C 0 {3,D} +5 Ct 0 {3,T} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -17592,9 +17592,9 @@ """ 1 *1 Ct 0 {2,T} {3,S} 2 *2 Ct 0 {1,T} {4,S} -3 Cd 0 {1,S} {5,D} +3 Ct 0 {1,S} {5,T} 4 Cs 0 {2,S} -5 C 0 {3,D} +5 Ct 0 {3,T} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -17742,7 +17742,7 @@ group = """ 1 *1 Od 0 {2,D} -2 *2 {C,S} 0 {1,D} +2 *2 R!H 0 {1,D} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -18551,7 +18551,7 @@ group = """ 1 *3 Ct 1 {2,T} -2 C 0 {1,T} +2 R 0 {1,T} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -19147,8 +19147,8 @@ """ 1 *3 C 1 {2,S} {3,S} {4,S} 2 {Cd,Ct,Cb,CO,N3d,N5d} 0 {1,S} -3 {H,Cs,Os,Ss} 0 {1,S} -4 {H,Cs,Os,Ss} 0 {1,S} +3 {H,Cs,Os,Ss,N3s,N5s} 0 {1,S} +4 {H,Cs,Os,Ss,N3s,N5s} 0 {1,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -20578,23 +20578,7 @@ group = """ 1 *3 O 1 {2,S} -2 O 0 {1,S} -""", - kinetics = None, - shortDesc = u"""""", - longDesc = -u""" - -""", -) - -entry( - index = 1031, - label = "OJ-OneDe", - group = -""" -1 *3 O 1 {2,S} -2 {Cd,Ct,Cb,CO,N3d,N5d} 0 {1,S} +2 Os 0 {1,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -20620,27 +20604,12 @@ """, ) -entry( - index = 1033, - label = "Y_1centerbirad", - group = -""" -1 *3 {Cs,Cd,O,S} {2S,2T} -""", - kinetics = None, - shortDesc = u"""""", - longDesc = -u""" - -""", -) - entry( index = 1034, label = "O_atom_triplet", group = """ -1 *3 O {2S,2T} +1 *3 O 2T """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -20670,9 +20639,9 @@ label = "CH2_triplet", group = """ -1 *3 C {2S,2T} {2,S} {3,S} -2 H 0 {1,S} -3 H 0 {1,S} +1 *3 C 2T {2,S} {3,S} +2 H 0 {1,S} +3 H 0 {1,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -20687,7 +20656,7 @@ label = "SJ", group = """ -1 *3 Ss 1 {2,S} +1 *3 S 1 {2,S} 2 R 0 {1,S} """, kinetics = None, @@ -21645,43 +21614,12 @@ """, ) -entry( - index = 345, - label = "N3_atom_quartet", - group = -""" -1 *3 N3s 3 -""", - kinetics = None, - shortDesc = u"""""", - longDesc = -u""" - -""", -) - -entry( - index = 346, - label = "CH_quartet", - group = -""" -1 *3 Cs 3 {2,S} -2 H 0 {1,S} -""", - kinetics = None, - shortDesc = u"""""", - longDesc = -u""" - -""", -) - entry( index = 350, label = "Y_1centerbirad", group = """ -1 *3 R!H 2 +1 *3 R!H 2T """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -21696,7 +21634,7 @@ label = "CO_birad", group = """ -1 *3 C 2 {2,D} +1 *3 C 2T {2,D} 2 Od 0 {1,D} """, kinetics = None, @@ -21880,8 +21818,8 @@ group = """ 1 *3 C 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longDesc = -u""" - +1 *3 O 1 {2,S} +2 {Cd,Ct,Cb,CO} 0 {1,S} """, -) - -entry( - index = 393, - label = "Y_1centerquadrad", - group = "OR{C_quintet, C_triplet, C_singlet}", kinetics = None, shortDesc = u"""""", longDesc = @@ -22335,12 +22257,12 @@ ) entry( - index = 394, - label = "N1d_R", + index = 3960, + label = "O_rad/NonDe", group = """ -1 *1 N1d 0 2 {2,D} -2 *2 R!H 0 0 {1,D} +1 *3 O 1 {2,S} +2 {Cs,Os,Ss} 0 {1,S} """, kinetics = None, shortDesc = u"""""", @@ -22349,7 +22271,6 @@ """, ) - tree( """ L1: R_R @@ -22518,7 +22439,7 @@ L4: Cds_N3d L5: Cds-HH_N3d L5: Cds-NonDeH_N3d - L6: Cds-NonDe2_N3d + L5: Cds-NonDe2_N3d L3: Cds_Cds L4: Cds-HH_Cds L5: Cds-HH_Cds-HH @@ -23317,8 +23238,8 @@ L2: CJ L3: CbJ L3: CtJ - L4: CtJ_Ct - L4: CtJ_N3t + L4: CtJ_Ct + L4: CtJ_N3t L3: C2b L3: C=SJ L4: C=SJ-H @@ -23433,10 +23354,12 @@ L3: OJ_pri L3: OJ_sec L4: OJ-NonDe - L5: OJ-Cs - L5: OJ-Os + L5: O_rad/NonDe + L6: OJ-Cs + L6: OJ-Os L5: OJ-Ns L4: OJ-OneDe + L5: O_rad/OneDe L5: OJ-OneDeN L6: OJ-NO L3: O2b diff --git a/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/rules.py b/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/rules.py index e8725b3461..e1501f97df 100644 --- a/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/rules.py +++ b/input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/rules.py @@ -78741,9 +78741,9 @@ """ 1 *1 Ct 0 {2,T} {3,S} 2 *2 Ct 0 {1,T} {4,S} -3 Cd 0 {1,S} {5,D} +3 Ct 0 {1,S} {5,T} 4 Cs 0 {2,S} -5 C 0 {3,D} +5 Ct 0 {3,T} """, group2 = """ @@ -78775,9 +78775,9 @@ """ 1 *1 Ct 0 {2,T} {3,S} 2 *2 Ct 0 {1,T} {4,S} -3 Cd 0 {1,S} {5,D} +3 Ct 0 {1,S} {5,T} 4 Cs 0 {2,S} -5 C 0 {3,D} +5 Ct 0 {3,T} """, group2 = """ @@ -78809,9 +78809,9 @@ """ 1 *1 Ct 0 {2,T} {3,S} 2 *2 Ct 0 {1,T} {4,S} -3 Cd 0 {1,S} {5,D} +3 Ct 0 {1,S} {5,T} 4 Cs 0 {2,S} -5 C 0 {3,D} +5 Ct 0 {3,T} """, group2 = """ @@ -78843,9 +78843,9 @@ """ 1 *1 Ct 0 {2,T} {3,S} 2 *2 Ct 0 {1,T} {4,S} -3 Cd 0 {1,S} {5,D} +3 Ct 0 {1,S} {5,T} 4 Cs 0 {2,S} -5 C 0 {3,D} +5 Ct 0 {3,T} """, group2 = """ @@ -78877,9 +78877,9 @@ """ 1 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a/input/kinetics/families/intra_H_migration/groups.py +++ b/input/kinetics/families/intra_H_migration/groups.py @@ -327,9 +327,9 @@ label = "R3H_SS_S", group = """ -1 *1 R 1 {2,S} +1 *1 R!H 1 {2,S} 2 *4 Ss 0 {1,S} {3,S} -3 *2 R 0 {2,S} {4,S} +3 *2 R!H 0 {2,S} {4,S} 4 *3 H 0 {3,S} """, kinetics = None, @@ -4702,7 +4702,13 @@ entry( index = 243, label = "Cs_H_out_H/OneDe", - group = "OR{Cs_H_out_H/Cd, Cs_H_out_H/Ct, Cs_H_out_H/CO, Cs_H_out_H/CS}", + group = +""" +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} +2 *3 H 0 {1,S} +3 {Cd,Ct,CS,CO} 0 {1,S} +4 H 0 {1,S} +""", kinetics = None, shortDesc = u"""""", longDesc = diff --git a/input/kinetics/families/intra_H_migration/rules.py b/input/kinetics/families/intra_H_migration/rules.py index 00d6f927c9..5cfd662e23 100644 --- a/input/kinetics/families/intra_H_migration/rules.py +++ b/input/kinetics/families/intra_H_migration/rules.py @@ -11894,11 +11894,10 @@ """, group3 = """ -1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S} +1 *2 Cs 0 {2,S} {3,S} {4,S} 2 *3 H 0 {1,S} -3 *4 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