a_protocols.md

Instrucciones para ejecutar los protocolos A

por Luis Lorenzo Mosquera, Victor Soroña Pombo & Ismael Castiñeira Paz

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⚠️ IMPORTANTÍSIMO: ANTES DE CARGAR NINGÚN PROTOCOLO ES IMPORTANTE TENER EL LABWARE COLOCADO EN SU CORRESPONDIENTE LUGAR. Pincha en el título de cada protocolo para ver que labware necesita ⚠️

Protocolo Dispensar buffer

Con la pipeta P1000 cojemos cantidades de X µl de buffer del recipiente llamado FALCON y las distribuímos por todos los pocillos de los racks de 24.

# ------------------------
# Buffer specific parameters (INPUTS)
# ------------------------
buffer_name = 'Lisis'                           # Selected buffer for this protocol
tube_type_source = 'falcon'                     # Selected buffer tube for this protocol

1er parámetro: establece el buffer a utilizar. Ej: Lisis, UXL Longwood, Roche Cobas, Roche Bleau
2º parámetro: tipo de tubo de origen (tubo en el que va a ir el buffer).

# ------------------------
# Protocol parameters (OUTPUTS)
# ------------------------
num_destinations = 96                           # number of slots for the destination rack
volume_to_be_moved = 300                        # volume in uL to be moved from 1 source to 1 destination
tube_type_dest = 'eppendorf'                    # Selected destination tube for this protocol

1er parámetro: establece el número total de tubos a atender (como destino del buffer).
2º parámetro: cantidad en µL a dispensar de buffer en los tubos.
3er parámetro: tipo de tubo a usar como destino. Ej: eppendorf, criotubo

Protocolo Dispensar muestras deepwell

Luego del paso anterior, las muestras inactivadas son introducidas en el robot manualmente. Con la pipeta P1000 cojemos cantidades de X ml de cada pocillo del rack de 24 y se coloca en la coordenada correspondiente en el deepwell de 96. De cada instrucción se coje una punta, se lleva a cabo la acción y se tira.

# ------------------------
# Sample specific parameters (INPUTS)
# ------------------------
buffer_name = 'Lisis'                      # Selected buffer for this protocol
num_samples = 96                           # total number of samples
tube_type_source = 'eppendorf'             # Selected source tube for this protocol

1er parámetro: establece el buffer que contienen los tubos.
2º parámetro: establece el número total de tubos a atender, es decir, los quevan a ser trasladados a la deepwell.
3er parámetro: tipo de tubo a usar.

# ------------------------
# Protocol parameters (OUTPUTS)
# ------------------------
num_destinations = 96                      # total number of destinations
volume_to_be_transfered = 300              # volume in uL to be moved from 1 source to 1 destination

1er parámetro: este parámetro debe llevar el mismo número que el anterior llamado num_samples ya que es el número de destinos en la deepwell.
2º parámetro: cantidad en µL a dispensar en cada pocillo de la deepwell.

Protocolo Pooling Deepwell & Pooling Hamilton

Luego del paso anterior, las muestras inactivadas son introducidas en el robot manualmente. Con la pipeta P300 cojemos cantidades de X ml de cada pocillo del rack de 24 y se deposita N veces en un pocillo en concreto.

La única diferencia entre las dos variantes es que en pooling deepwell el destino sería un deepwell y en pooling hamilton sería un rack de tubos.

Ej: Los 5 primeros pocillos del rack de 24 van al deepwell A1, los 5 siguientes al B1, etc.

# ------------------------
# Sample specific parameters (INPUTS)
# ------------------------
buffer_name = 'Lisis'                        # Selected buffer for this protocol
tube_type_source = 'eppendorf'                 # Selected destination tube for this protocol                        # Selected buffer for this protocol

1er parámetro: establece el buffer que contienen los tubos.
2º parámetro: tipo de tubo de origen (tubo en el que va a ir el buffer).

# ------------------------
# Protocol parameters (OUTPUTS)
# ------------------------
num_samples = 95                      # total number of destinations
volume_to_be_transfered = 300         # final volume in uL in the tube
pooling_factor = 5                    # num of destinations per source
dispense_height = -10                 # dispense height in the deepwell

1er parámetro: número total de destinos.
2º parámetro: cantidad en µL a dispensar.
3er parámetro: número de origenes para un destino.
P. ej: Si pooling_factor es igual a 4 -> las coordenadas A1, B1, C1, D1 del rack, van al A1 del deepwell 4º parámetro: altura de dispensado en el deepwell.

Protocolo Seroteca

Con la pipeta P1000 cojemos cantidades de X ml de cada pocillo del rack de 24 de aluminio y lo depositamos en su correspondiente coordenada del rack de 24. De cada instrucción se coje una punta, se lleva a cabo la acción y se tira.

# ------------------------
# Sample specific parameters (INPUTS)
# ------------------------
buffer_name = 'Lisis'                           # Selected buffer for this protocol
tube_type_source = 'criotubo'                   # Selected destination tube for this protocol

1er parámetro: establece el buffer que contienen los tubos.
2º parámetro: tipo de tubo en el que se encuentran las muestras.

# ------------------------
# Protocol parameters  (OUTPUTS)
# ------------------------
num_samples = 96                                # num of samples
volume_sample = 995                             # final volume of sample
tube_type_dest = 'criotubo'                     # Selected destination tube for this protocol

1er parámetro: número de tubos a usar.
2º parámetro: volumen de liquido a mover en μl. 3er parámetro: tipo de tubo de destino.