From e1a5122929cd3cb83ced67b50b51862b7b30b5f1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mikblack Date: Tue, 21 Jun 2022 12:58:07 +1200 Subject: [PATCH] Progress on Unix Data Tools --- 4.UnixDataTools/README.md | 183 + DataFiles/Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed | 81226 +++++++++++++++++++ DataFiles/Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf | 81231 ++++++++++++++++++++ 3 files changed, 162640 insertions(+) create mode 100644 DataFiles/Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed create mode 100644 DataFiles/Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf diff --git a/4.UnixDataTools/README.md b/4.UnixDataTools/README.md index 0d2c5d3..8f8c64b 100644 --- a/4.UnixDataTools/README.md +++ b/4.UnixDataTools/README.md @@ -1,2 +1,185 @@ ## Unix Data Tools +### `head` and `tail` for inspecting text files + +Use `head` to view the first few lines (default is 10 lines) of the file `Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed` + +``` +head Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed +``` + +``` +1 3054233 3054733 +1 3054233 3054733 +1 3054233 3054733 +1 3102016 3102125 +1 3102016 3102125 +1 3102016 3102125 +1 3205901 3671498 +1 3205901 3216344 +1 3213609 3216344 +1 3205901 3207317 +``` + +We can choose the number of lines to display using the `-n` switch: + +``` +head -n 3 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed +``` + +``` +1 3054233 3054733 +1 3054233 3054733 +1 3054233 3054733 +``` + +Use `tail` to view the last three lines of the file `Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed`: + +``` +tail -n 3 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed +``` + +``` +1 195240910 195241007 +1 195240910 195241007 +1 195240910 195241007 +``` + +View the start *and* the end of a file with a single command: + +``` +(head -n 2; tail -n 2) < Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed +``` + +``` +1 3054233 3054733 +1 3054233 3054733 +1 195240910 195241007 +1 195240910 195241007 +``` + +Controlling output with `head` (and a pipe): + +``` +grep 'gene_id "ENSMUSG00000025907"' Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf | head -n 1 +``` + +``` +1 protein_coding gene 6206197 6276648 . + . gene_id "ENSMUSG00000025907"; gene_name "Rb1cc1"; gene_source "ensembl_havana"; gene_biotype "protein_coding"; +``` + +Note that using `head` speeds things up, as (in the above example), the `grep` command can stop as soon as `head` has one line of output. + +It takes longer if you run the command without `head` (use `time` to check): + +``` +time grep 'gene_id "ENSMUSG00000025907"' Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf +``` + +``` +grep 'gene_id "ENSMUSG00000025907"' Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf 0.56s user 0.02s system 94% cpu 0.611 total +``` + +With `head`: + +``` +time (grep 'gene_id "ENSMUSG00000025907"' Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf | head -n 1) +``` + +``` +( grep 'gene_id "ENSMUSG00000025907"' Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf | head ) 0.01s user 0.01s system 77% cpu 0.021 total +``` + +Definitely good to remember if you are testing things out when you are creating a workflow. + +### `less`(and `more`) + +`less` and `more` (stick with `less`, it has *more* features) + +Interactive program for inspecting files. + +``` +less Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf +``` + +Type `q` to exit. + +Other shortcuts: + +| Shortcut | Action| +|----------|-------| +| space | Next page | +| b | Previous page | +| g | First line | +| G | Last line | +| j | Down (one line) | +| k | Up (one line) | +| / | Search down (forward) for string | +| ? | Search up (backward) for string | +| n | Repeat last search downward (forward) | +| N | Repeat last search upward (backward) | + + +Try searching for the gene `Sgk3` in the file `Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf` using `less`. + + +### Summary information for text files + +The `wc` command returns word, line, character and byte counts for a file. + +``` +wc Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed +``` + +``` +81226 243678 1698545 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed +``` + +Can select which output you want using: + + - `-c`: bytes + - `-l`: lines + - `-m`: characters + - `-w`: words + +For example, to check how many lines there are in the file `Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed`: + +``` +wc -l Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed +``` + +``` +81226 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed +``` + +You can also check multiple files at once: + +``` +wc -l Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf + 81226 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed + 81231 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf + 162457 total +``` + +Why are there five lines difference between the files? Use `head` to check: + +``` +head -n 6 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf +``` + +``` +#!genome-build GRCm38.p2 +#!genome-version GRCm38 +#!genome-date 2012-01 +#!genome-build-accession NCBI:GCA_000001635.4 +#!genebuild-last-updated 2013-09 +1 pseudogene gene 3054233 3054733 . + . gene_id "ENSMUSG00000090025"; gene_name "Gm16088"; gene_source "havana"; gene_biotype "pseudogene"; +``` + +Not a definitive answer, but `Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf` has a five line header. + +### Column data + +Coming soon... + +And then: `grep`, `hexdump`, `sort`, `uniq`, `join`, `awk`, `sed`, regex... \ No newline at end of file diff --git a/DataFiles/Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed b/DataFiles/Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed new file mode 100644 index 0000000..6eb1747 --- /dev/null +++ b/DataFiles/Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed @@ -0,0 +1,81226 @@ +1 3054233 3054733 +1 3054233 3054733 +1 3054233 3054733 +1 3102016 3102125 +1 3102016 3102125 +1 3102016 3102125 +1 3205901 3671498 +1 3205901 3216344 +1 3213609 3216344 +1 3205901 3207317 +1 3206523 3215632 +1 3213439 3215632 +1 3206523 3207317 +1 3214482 3671498 +1 3670552 3671498 +1 3670552 3671348 +1 3671346 3671348 +1 3421702 3421901 +1 3421702 3421901 +1 3214482 3216968 +1 3216025 3216968 +1 3216022 3216024 +1 3671349 3671498 +1 3214482 3216021 +1 3466587 3513553 +1 3466587 3513553 +1 3466587 3466687 +1 3513405 3513553 +1 3783876 3783933 +1 3783876 3783933 +1 3783876 3783933 +1 4343507 4360314 +1 4343507 4360314 +1 4360200 4360314 +1 4352202 4352837 +1 4352202 4352825 +1 4352823 4352825 +1 4351910 4352081 +1 4351910 4352081 +1 4343507 4350091 +1 4344603 4350091 +1 4344600 4344602 +1 4360200 4360314 +1 4352826 4352837 +1 4343507 4344599 +1 4490928 4496413 +1 4490928 4496413 +1 4496291 4496413 +1 4495136 4495942 +1 4493772 4493863 +1 4493100 4493466 +1 4493100 4493406 +1 4493404 4493406 +1 4490928 4492668 +1 4491719 4492668 +1 4491716 4491718 +1 4496291 4496413 +1 4495136 4495942 +1 4493772 4493863 +1 4493407 4493466 +1 4490928 4491715 +1 4491713 4496363 +1 4496291 4496363 +1 4493772 4493863 +1 4493100 4493490 +1 4493100 4493406 +1 4493404 4493406 +1 4491713 4492668 +1 4491719 4492668 +1 4491716 4491718 +1 4496291 4496363 +1 4493772 4493863 +1 4493407 4493490 +1 4491713 4491715 +1 4529017 4529123 +1 4529017 4529123 +1 4529017 4529123 +1 4687934 4689403 +1 4687934 4689403 +1 4687934 4689403 +1 4723277 4723379 +1 4723277 4723379 +1 4723277 4723379 +1 4773206 4785739 +1 4773206 4785710 +1 4785573 4785710 +1 4785573 4785677 +1 4785675 4785677 +1 4783951 4784105 +1 4783951 4784105 +1 4782568 4782733 +1 4782568 4782733 +1 4777525 4777648 +1 4777525 4777648 +1 4773206 4774516 +1 4774455 4774516 +1 4774452 4774454 +1 4785678 4785710 +1 4773206 4774451 +1 4773211 4785739 +1 4785573 4785739 +1 4785573 4785677 +1 4785675 4785677 +1 4783951 4784105 +1 4783951 4784105 +1 4782568 4782733 +1 4782568 4782733 +1 4777525 4777648 +1 4777525 4777648 +1 4773211 4776801 +1 4776467 4776801 +1 4776464 4776466 +1 4785678 4785739 +1 4773211 4776463 +1 4774436 4785698 +1 4785573 4785698 +1 4785573 4785677 +1 4785675 4785677 +1 4782568 4782733 +1 4782683 4782733 +1 4782680 4782682 +1 4777525 4777648 +1 4774436 4774516 +1 4785678 4785698 +1 4782568 4782679 +1 4777525 4777648 +1 4774436 4774516 +1 4776377 4785739 +1 4785573 4785739 +1 4783951 4784105 +1 4782568 4782606 +1 4777525 4777648 +1 4776377 4776801 +1 4781221 4785739 +1 4785573 4785739 +1 4783951 4784105 +1 4782568 4782733 +1 4781221 4782301 +1 4783572 4785692 +1 4785573 4785692 +1 4783572 4784105 +1 4807788 4886770 +1 4807788 4848410 +1 4807788 4807982 +1 4807914 4807982 +1 4807914 4807916 +1 4808455 4808486 +1 4808455 4808486 +1 4828584 4828649 +1 4828584 4828649 +1 4830268 4830315 +1 4830268 4830315 +1 4832311 4832381 +1 4832311 4832381 +1 4837001 4837074 +1 4837001 4837074 +1 4839387 4839488 +1 4839387 4839488 +1 4840956 4841132 +1 4840956 4841132 +1 4846784 4846883 +1 4846784 4846816 +1 4846817 4846819 +1 4848140 4848410 +1 4807788 4807913 +1 4846820 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