diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index 993b622d..21cbd2ec 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -907,3 +907,6 @@ scratch/
*.pkl
/pyBiodatafuse-0.0.4.dev0
*.graphml
+
+# Testing RDF
+src/test.ttl
diff --git a/examples/rdf_example.ipynb b/examples/rdf_example.ipynb
index 304016da..942f3aba 100644
--- a/examples/rdf_example.ipynb
+++ b/examples/rdf_example.ipynb
@@ -417,7 +417,7 @@
},
{
"cell_type": "code",
- "execution_count": 22,
+ "execution_count": 4,
"metadata": {},
"outputs": [
{
@@ -466,7 +466,7 @@
" \n",
"
\n",
" \n",
- " 561 | \n",
+ " 291 | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
@@ -483,7 +483,7 @@
" NaN | \n",
"
\n",
" \n",
- " 661 | \n",
+ " 716 | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
@@ -494,13 +494,13 @@
" NaN | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
- " [{'disease_name': 'psoriasis', 'therapeutic_ar... | \n",
+ " [{'disease_name': 'Ventricular arrhythmia', 't... | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
"
\n",
" \n",
- " 549 | \n",
+ " 919 | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
@@ -511,7 +511,7 @@
" NaN | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
- " [{'disease_name': 'muscular dystrophy', 'thera... | \n",
+ " [{'disease_name': 'cancer', 'therapeutic_areas... | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
" NaN | \n",
@@ -522,32 +522,32 @@
],
"text/plain": [
" identifier identifier.source target target.source \\\n",
- "561 NaN NaN NaN NaN \n",
- "661 NaN NaN NaN NaN \n",
- "549 NaN NaN NaN NaN \n",
+ "291 NaN NaN NaN NaN \n",
+ "716 NaN NaN NaN NaN \n",
+ "919 NaN NaN NaN NaN \n",
"\n",
" Bgee_gene_expression_levels MINERVA WikiPathways OpenTargets_reactome \\\n",
- "561 NaN NaN NaN NaN \n",
- "661 NaN NaN NaN NaN \n",
- "549 NaN NaN NaN NaN \n",
+ "291 NaN NaN NaN NaN \n",
+ "716 NaN NaN NaN NaN \n",
+ "919 NaN NaN NaN NaN \n",
"\n",
" OpenTargets_go DISGENET_diseases \\\n",
- "561 NaN NaN \n",
- "661 NaN NaN \n",
- "549 NaN NaN \n",
+ "291 NaN NaN \n",
+ "716 NaN NaN \n",
+ "919 NaN NaN \n",
"\n",
" OpenTargets_diseases OpenTargets_compounds \\\n",
- "561 [{'disease_name': 'muscular dystrophy', 'thera... NaN \n",
- "661 [{'disease_name': 'psoriasis', 'therapeutic_ar... NaN \n",
- "549 [{'disease_name': 'muscular dystrophy', 'thera... NaN \n",
+ "291 [{'disease_name': 'muscular dystrophy', 'thera... NaN \n",
+ "716 [{'disease_name': 'Ventricular arrhythmia', 't... NaN \n",
+ "919 [{'disease_name': 'cancer', 'therapeutic_areas... NaN \n",
"\n",
" PubChem_assays StringDB_ppi \n",
- "561 NaN NaN \n",
- "661 NaN NaN \n",
- "549 NaN NaN "
+ "291 NaN NaN \n",
+ "716 NaN NaN \n",
+ "919 NaN NaN "
]
},
- "execution_count": 22,
+ "execution_count": 4,
"metadata": {},
"output_type": "execute_result"
}
@@ -567,7 +567,7 @@
},
{
"cell_type": "code",
- "execution_count": 23,
+ "execution_count": 5,
"metadata": {},
"outputs": [],
"source": [
@@ -583,15 +583,33 @@
},
{
"cell_type": "code",
- "execution_count": 24,
+ "execution_count": 6,
+ "metadata": {},
+ "outputs": [
+ {
+ "data": {
+ "text/plain": [
+ ")>"
+ ]
+ },
+ "execution_count": 6,
+ "metadata": {},
+ "output_type": "execute_result"
+ }
+ ],
+ "source": [
+ "g.serialize(format=\"turtle\", destination='test.ttl')"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "code",
+ "execution_count": 8,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
- "@prefix dc: .\n",
- "@prefix ns1: .\n",
"@prefix obo: .\n",
"@prefix rdfs: .\n",
"@prefix sio: .\n",
@@ -601,5555 +619,7591 @@
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 8.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 8e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 8e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 6e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 7.5e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216 ;\n",
" sio:SIO_000253 ;\n",
- " sio:SIO_000300 4e-01 ;\n",
- " sio:SIO_000628 ,\n",
+ " sio:SIO_000628 ,\n",
" .\n",
"\n",
" a sio:SIO_000983 ;\n",
" sio:SIO_000216